酶的催化机理

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Transcript 酶的催化机理

酶 化 学
酶是不是活细胞产生的,具有催
化活性和高度专一性的特殊蛋白质。
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酶是生物催化剂,主要是蛋白质,也有核
酸,能在比较温和的条件下高效率的起催化
作用,使生物体内的各种物质处于不断的新
陈代谢中。
生物体内→新陈代谢→各种化学反应→条
件温和(37℃,近中性),速度快,有条不
紊。
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酶参与化学反应称为酶促反应,
酶作用下进行化学变化的物质称为底
物。
生物体的新陈代谢就是在许多种酶作
用下发生的化学变化。
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一、酶的概念
(一)酶的生物学意义
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(二)酶是生物催化剂
1.酶与一般催化剂的共同点:
(1)用量少而催化效率高
(2)能加快化学反应的速度,但不改变平
衡点,反应前后本身不发生变化
(3)降低反应所需的活化能
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2.酶作为生物催化剂的特殊点
(1)催化效率高
催化效率比化学催化剂高
107~1013倍,比非催化反应高108~1020倍。
(2)高的专一性 酶只能作用于一种或一类物质
(3)反应条件温和
(4)酶在体内受到严格调控
(5)酶的催化活力与辅酶、辅基和金属离子有
关。
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(三)酶的化学本质
1.大多数酶是蛋白质
James Batcheller Sumner
1925年,美国化学家萨姆纳
首次从刀豆中提纯了脲酶,并证
明是一种蛋白质。
美国化学家诺思谱把一系列
酶提纯出来,证明它们都是蛋白
质。他俩因而共同获得了1946
John Howard Northrop
年诺贝尔奖。
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2.某些RNA有催化活性
近年来,一些研究结果表明,
某些RNA分子也有催化活性。
1982年美国科罗拉多大学的
T.R.Cech等人发现四膜虫的rRNA
前体在完全无蛋白质存在的情况下
能进行自我拼接,得到成熟的rRNA
产物,因此首次提出了RNA具有酶
Thomas R. Cech
活性的概念。
University of Colorado
at Boulder, USA
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1983年,耶鲁大学的S. Altman
核糖核酸酶P至少能催化六种tRNA前
体的加工。真正发挥催化活性的是核
糖核酸酶P中的RNA成分,而其中的
蛋白质成分是非活性的。
酶的化学本质不完全是蛋白质,某
Sidney Altman
些RNA分子也具有催化活性。这类
RNA被称为ribozyme(核酶)。
Yale University
New Haven, CT, USA
Cech和Altman因此获得1989年
的诺贝尔奖。
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3. 抗体酶
抗体:特异性地结合抗原且帮助巨噬细胞摄
入,摧毁抗原。
酶:高选择性地结合化学反应中特定结构的
物质,并催化化学反应,使反应在温和条件下高
效率地进行。
抗体酶:具有催化功能的抗体分子。在抗体
分子肽链的N端是识别抗原的活性区域,同时被
赋予了酶的特性。
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4.有些DNA也有催化活性
1995 年 Cuenoud 等 发 现 有 些
DNA分子亦具有催化活性。
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(四)酶的组成
1.单纯蛋白质酶类
2. 缀合蛋白质酶类
全酶= 酶蛋白 +
辅助因子
(辅酶、辅基或金属离子)
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根据酶蛋白分子的特点将酶分
成三类:
1.单体酶
2.寡聚酶
3.多酶复合物
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二、酶的命名和分类
1961年国际酶学委员会
(一)命名
1.系统名称
(1)标明底物,催化反应的性质
(2)
两个底物参加反应时应同时列出,中间用冒写(:)
分开。如其中一个底物为水时,水可略去。
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习惯命名
惯用名 常依据酶所作用的底物和反应类型命名。
原则:
(1)根据作用底物:如淀粉酶、蔗糖酶、蛋白酶
等。
(2)根据反应性质:如水解酶、脱氢酶、转氨酶
等。
(3)二者结合:如乳酸脱氢酶、谷丙转氨酶等。
(4)再加上酶的来源、特性:如木瓜蛋白酶、胃
蛋白酶、酸性磷酸酯酶、碱性磷酸酯酶等。
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(二)系统分类法及编号
1.分类
2.编号
4个阿拉伯数字的编号表示,中用“·”隔开,
前面冠以EC(为Enzyme Commission),
EC 类·亚类·亚亚类·排号
如EC l.1.1.1
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在每一大类酶中,又根据底物中被作用的基
团或键的特点分为若干亚类,然后再把属于
某一亚类、亚亚类的酶按顺序排好,这样把
已知的酶分门别类地排成一个表,叫做酶表。
• 类 亚类 亚亚类 序号
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(三)六大类酶催化反应的性质
1、氧化还原酶类:催化氧化还原反应,涉及H
和电子的转移。如脱氢酶类。
2、转移酶类:催化分子间功能基团的转移。
如转氨酶类。
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3.水解酶类:催化水解反应。如蛋白酶、淀
粉酶、脂肪酶、蔗糖酶等。
4.裂合酶类:催化非水解地除去底物分子中
的基团及其逆反应的酶。如醛缩酶脱氨酶 脱
羧酶
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5.异构酶类:催化同分异构体的相互转变。
6、合成酶:与ATP 分解相偶联,并由二种物
质合成一种物质。如天冬酰胺合成酶 丙酮酸
羧化酶
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二、酶的结构
活性中心:酶分子表现催化活性的关键部
位,指酶分子中与底物结合并起催化反应
的空间部位。
活性中心是由酶分子中几个位点上的
氨基酸组成。
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活性中心由2部分组成:
① 结合部位:酶分子与底物直接结合的部位。
② 催化部位:酶分子中催化底物发生化学变化的部
位。
活性中心的形成需要酶分子具有一定的空间构象,
因此,酶分子中其他部位的作用对于酶的催化来说,
可能是次要的,但绝对不是毫无意义的,它们至少为
酶活性中心的形成提供了结构基础。
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酶的活性中心是由少数几个氨基酸组成,
这几个氨基酸可能位于同一条肽链上,也可能
位于不同的肽链上,因此,酶的活性中心是一
个三维的结构,这些活性中心的氨基酸残基在
一级结构上可能相距很远,但通过多肽链的盘
绕折叠,在空间结构上都处于十分邻近的位置。
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三、酶的催化机理
酶为什么能催化化学反应
酶如何降低化学反应活化能
酶高效性的解释
溶菌酶的催化机理
丝氨酸蛋白酶的催化机理
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酶的催化机理是解释酶催化特性的理论,如:
酶为什么能催化化学反应、酶是如何催化化学反应
的、酶为什么有专一性、酶为什么有高效性等。
(一)、酶为什么能催化化学反应
一个化学反应要能够发生,关键的是反应体系中
的分子必须具备一定能量即分子处于活化状态,活
化分子比一般分子多含的能量就称为活化能。反应
体系中活化分子越多,反应就越快。因此,设法增
加活化分子数量,是加快化学反应的唯一途径。增
加反应体系的活化分子数有两条途径:一是向反应体
系中加入能量 ,如通过加热、加压、光照等,另一
途径是降低反应活化能。酶的作用就在于降低化学
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反应活化能,如下图1所示:
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(二)、酶如何降低化学反应的活化能 :中间产物学说
中间产物学说认为:酶在催化化学反应时,酶与底物首
先形成不稳定的中间物,然后分解酶与产物。即酶将原来
活化能很高的反应分成两个活化能较低的反应来进行,因
而加快了反应速度。
S + E → ES
→ P + E
底物 酶 中间产物
产物
中间产物学说已经得到一些可靠的实验依据。如,用吸光
法证明了含铁卟啉的过氧化物酶参加反应时,单纯的酶的吸
收光谱与加入了第一个底物H2O2后确实产生了变化。
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酶作用专一性机理
锁钥学说:将酶的活性中心比喻作锁孔,底物分子象钥
匙,底物能专一性地插入到酶的活性中心。
诱导契合学说:酶的活性中心在结构上具柔性,底物接
近活性中心时,可诱导酶蛋白构象发生变化,同时底
物构象也发生变化。这样就使酶活性中心有关基团正
确排列和定向,使酶与底物完全契合而结合成中间产
物并引起底物发生反应。
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酶专一性的“锁钥学说”
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酶专一性的“诱导契合学说”
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(三)、酶的高效性的解释
1、底物与酶的邻近效应和定向效应
2、底物分子的形变和扭曲
3、共价催化
4、酸碱催化
5.金属离子的作用
6.活性部位的微环境的影响:酶活性中心是
低介电区,介电常数越大,极性基团的相互
作用越小。
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底物与酶的邻近效应和定向效应
• 邻近效应:酶与底物结合形成中间复合物后,
使酶的催化基团邻近底物,使有效浓度极大提
高,从而反应速率大大提高。有人曾测过某底
物在溶液中的浓度为0.001moll-1而在活性中心
的浓度100moll-1,比溶液中的浓度高十万倍。
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酶
与 酶在发挥作用之前,必须与底物密切结合
底
物
相
互
诱
导,
发
生
形
变
断
裂
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常见酶的催化机理
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溶菌酶催化机理:
1、D糖构象由椅式
半椅式
2、Asp52在极性区以AspCOO-存在,Glu35在非极性区
以GluCOOH存在
3、Glu35起广义酸催化D环C1-O断裂, C1
C1+
4、AspCOO-羧基O与D环C1+0.3nm,GluCOOH羧基
O与D环C1+0.3nm
5、 AspCOO-稳定C1+
6、 Glu35 COO-进攻H2O的H形成GluCOOH,促使
H2O形成OH7、 C +
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与OH-结合并恢复椅式构象
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