Transcript 27611 - Introduktion til Bioinformatik Rasmus Wernersson, adjunkt Center for Biologisk Sevkensanalyse [email protected] Dagens program • Nu – Test af forhåndskundskaber • Om lidt: – ”Peptalk” af Søren Brunak. •

27611 - Introduktion til
Bioinformatik
Rasmus Wernersson, adjunkt
Center for Biologisk Sevkensanalyse
[email protected]
Dagens program
• Nu
– Test af
forhåndskundskaber
• Om lidt:
– ”Peptalk” af Søren Brunak.
• 14:00 ->
– Praktisk introduktion til
kurset
– Dagens forelæsning +
øvelser
Læringsmål / Learning Objectives
• Læringsmål for kurset
– Basal forståelse af biologiske data
• DNA
• Protein
• Mikro-arrays
– Kendskab til det vigtigste bioinformatiske
metoder
• Alignment
• Database søgninger
• Analyse af sekvensdata
Oversigt over kursusforløbet: Basisdel
• Basal bioinformatik og case-stories
– De 6 første uger:
• Det biologisk informations begreb. Sekventering (“hvor
kommer data fra?”).
– Case-story: Om bioinformatik, Søren Brunak
• Arbejde med DNA sekvenser
– Case-story: Gen-finding, Nikolaj Blom
• Arbejde med peptid sekvenser
– Case-story: Forudsigelser ud fra protein sekvens.
• Alignments.
• Genomics
– Case-story: Microbial genomics
– Case-story: Immunologisk bioinformatik.
• Transcriptomics og DNA mikro-arrays.
– Case-story: Kræft og DNA mikro-arrays.
Kursusprogram - CBS’s hjemmeside
• Kursusprogrammet findes
på CBS’s hjemmeside.
• Opdateres løbende.
• Udleveret materiale vil
også blive lagt frem til
download her.
Pensum
• Lærebog: Mount, 2004
• Udleverede noter,
artikler mm.
• Den projekt-specifikke
del af forløbet, vil bruge
forskellige dele af
bogen.
Oversigt over kursusforløbet: projektforløb
• Der kan vælges projekt inden for følgende områder:
– DNA mikro-arrays
• Gen ekspression.
– Immunologisk bioinformatik
• Forudsigelse af epitoper.
– Microbial genomics
• DNA atlas.
– Prediction
• Neurale netværk. Intron/exon struktur. Protein modifikationer.
• Projektgrupper på 4 personer.
Eksamen
• Deltagelse evalueres på baggrund af
projektrapporten.
• Husk:
– De enkelte gruppemedlemmers bidrag skal
angives.
– Ingen afskrift af anden tekst uden tydeligt
kildehenvisning.
Praktiske oplysninger
• Hvor:
– Aud. 51 tirsdag 13-17
• 13-15: Lærebogsmateriale
• 15-17: Case-story
– Træftid (”office hours”)
• Rasmus: Torsdag 13-15, (kontor 016/208).
• I projektperioden vil det bliver undervist i
en række parallelle forløb.