Transcript M. tuberculosis

Les mycobactéries
Dr N. Fortineau
Bactériologie-Virologie-Hygiène
CHU de Bicêtre (94)
Les mycobactéries
> 70 espèces identifiées
Pathogènes obligatoires
Opportunistes
M. tuberculosis complex
M. avium complex
M. kansasii
M. leprae
M. xenopi ...
M. chelonae
M. fortuitum
M. marinum ...
La tuberculose
- Mycobacterium tuberculosis
- M. tuberculosis
complex
- Mycobacterium bovis
- Mycobacterium africanum
(- Mycobacterium microti)
- Multiplication très lente (temps de génération 20h)
- Persiste dans l'organisme (macrophage)
- Réservoir essentiellement humain
- Transmission quasi interhumaine par voie aérienne
La tuberculose dans le Monde
- 2000 M de personnes ont eu un contact infectant BK
- Maladie persistante : 9 M de nouveaux cas T / an
• Asie : 55%
• 15% patients HIV +
• Afrique : 31%
• Europe : 5%
- 2 M de décès / an (dont 25% HIV+, surtout en Afrique)
- Prévalence mondiale en 2007 : 13,7 M de cas
- 500.000 cas de tuberculose multi-Résistante
- incidence/ 100.000 hbts en baisse de 1% / an
Facteurs aggravant l'épidémie
- Absence d'accès au traitement complet
- Absence ou retard de diagnostic
- Émergence de la résistance aux anti-tuberculeux
- Infection par le VIH (Afrique sub-saharienne)
- Mouvements de populations
- Populations défavorisées des pays industrialisés
La tuberculose en France (2006)
- Europe occidentale : incidence 17 / 105
( Ex URSS : 110 / 105 )
- France : 8,5 / 105 en régression constante depuis 1993 (- 40%)
2006
SDF
(5336 cas)
(181 / 105)
Région IDF
(17,3 / 105 ) 37%
Age > 75 ans
(23 / 105)
Origine étrangère
(39 / 105)
Résistance aux AntiTuberculeux : définitions
Résistance primaire :
nouveaux cas (= jamais traités par antituberculeux)
Résistance secondaire :
cas déjà été traités 1 mois par antituberculeux
Multirésistance :
Résistance INH+RMP
Ultrarésistance
Multirésistance
+ R à Fluoroquinolones
+ R à 1 aminoside autre que streptomycine
(amikacine/capréomycine)
Résistance aux AntiTuberculeux en France (2005)
Résistance "primaire"
8,8 % R à 1 AT
- Ethambutol : 0,6 %
- Isoniazide : 4,2 %
- Rifampicine : 0,9%
- Streptomycine : 6,3 %
Multi-résistance primaire (INH + RIF) : 0,7%
- Ethambutol : 3,5 %
- Isoniazide : 14 %
Résistance "secondaire"
21% R à 1 AT
- Rifampicine : 8,9 %
- Streptomycine : 11,7 %
Multi-résistance secondaire (INH + RIF) : 6,9 %
Résistance aux Anti-Tuberculeux en France
- Cas de tuberculose multi-R environ 70 / an
- 1,3% de tuberculose multi-R (taux faible)
- 2/3 des multi-R sont primaires
- Naissance dans un pays étranger : R primaire et secondaire + élevées
- Infection par le VIH : R secondaire plus élevée
- 42% de guérison après 2 ans de traitement
- Excrétion de BAAR multi-R est prolongée
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Différentes étapes
- Prélèvement
- Examen direct
- Culture
- Identification
- Antibiogramme
+ / - Amplification génique (PCR)
Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
- Choix des prélèvements :
- Expectoration
- Expectoration
spontanée (à jeun au réveil)
provoquée (séance de kiné)
x 3 jours
x 3 jours
- Tubage gastrique (à jeun au réveil) x 3 jours
- Fibroscopie bronchique avec aspiration +/- biopsies si lésions
- Lavage bronchoalvéolaire (petit volume 20 ml de H2O)
- Liquide pleural, biopsie de plèvre, biopsie ganglionnaire...
- Hémocultures dans miliaire et formes disséminées (milieux spéciaux)
Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
Examen microscopique direct : JO
- Colorations de Ziehl et fluorescence (auramine) après concentration/ fluidification
- Sensibilité : 104 - 105 BAAR/ml = + dans 60% des tuberculoses pulmonaires
- Positivité souvent synonyme de tuberculose chez l'immunocompétent
Mais ne permet pas d'identifier directement l'espèce de mycobactérie
- Très souvent négatif dans la miliaire tuberculeuse
Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
Examen microscopique direct : JO
Coloration de Ziehl x 1000
Coloration auramine x 400
Diagnostic par Amplification Génique
Principe : amplification et détection d'une cible (ADN ou ARN spécifique)
Contre
Pour
Bonne sensibilité théorique
(si direct + 95%)
Sensibilité controverservée (inhibiteurs)
Bonne spécificité (98%)
Mauvaise valeur prédictive négative
Rapidité du résultat (< 24h)
Coût élevé (B250) / culture (B60)
(si direct négatif : sensibilité < 60% / culture)
Ne permet pas de s'affranchir de la culture
Tests disponibles :
PCR "maison" IS6110
SDA (Test Probetec, BD)
PCR (Test Amplicor, Roche Diagnostic System)
TMA (Test Gene Probe BioMérieux)
Diagnostic de tuberculose par culture
- Seul diagnostic de certitude
- Permet l'identification ultérieure et la réalisation de l'antibiogramme
- Durée +++ : 15 jours à 3 mois (milieu solide) à 8-20 jours (milieu liquide)
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Objectifs de l'American Thoracic Society et du C.D.C.
(1995)
- Résultats de l'examen direct ≤ 24 h (J0)
- Obtenir une culture positive ≤ J10
- Identification de M. tuberculosis à J15-J21
- Antibiogramme de M. tuberculosis à J21-J28
Diagnostic biologique de la tuberculose
Timing des différentes étapes
- Prélèvement
J0
- Examen direct
J0-J1
- Culture +
J6-J60
- Identification
+ 4-10 J
- Antibiogramme
+ 10-21 J
20-80 J
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Techniques "classiques" de référence : LONG
- Culture en milieu solide à base d'oeuf : Löwenstein-Jensen
- Identification :
Délai de croissance
Aspect et pigmentation des colonies
Tests biochimiques
20-30 jours
+
20-30 jours
Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Techniques "récentes" : + RAPIDES
- Culture en milieu liquide avec système de détection :
Production de CO2 ou
Consommation d' O2
- Avantages :
• Délai de culture
• Sensibilité
< 15 jours pour M. tuberculosis
94 %
(LJ : 65-75 %)
• Antibiogramme directement réalisable en 7-10 jours
Liquide + LJ : 100 %
Identification rapide des mycobactéries
à partir des cultures en milieu liquide
- Techniques phénotypiques
• H.P.L.C des acides mycoliques, mise en évidence d’antigènes spécifiques
- Techniques génotypiques
• Hybridation de l ’ADN ou ARN avec sondes spécifiques (AccuProbe)
• Amplification génique (P.C.R.)
• Restriction de l ’ADN par des endonucléases spécifiques (R.F.L.P)
• Séquençage de fragments d ’ADN
PCR-RFLP / Technique PRA (gène rpoB)
1. M. gordonae
10. M. phlei
2. M. szulgai
11. M. pulveris
3. M. kansasii I
12. M. fortuitum I
4. M. gallinarum
13. M. austroafricanum
5. M. avium
14. M. smegmatis
6. M. scrofulaceum 15. M. marinum
7. M. asiaticum
8. M. chelonae
9. M. moriokaese
d'après Lee H. et coll.,J. Clin. Microbiol., 2000
PCR-Hybridation inversée / Test LiPA Mycobactéries
substrat
Mycobacterium sp.
M. tuberculosis compl.
M. kansasii
M. xenopi
M. gordonae
M.A.I.S
M. avium
M. intracellulare
M. scrofulaceum
M. chelonae
M
MAIS
MG
MC
MK
MA
MTB
NM
Cible ADN : région intercistronique codant pour ARN16s
Traitement de la Tuberculose pulmonaire
- En l'absence de traitement :
Mortalité 50%
Guérison spontanée : 30%
Chronicité : 20%
- Avec antituberculeux :
Mortalité 5%
- Les Antituberculeux :
4 Majeurs
Streptomycine (1944)
Isoniazide (1952)
PAS (1946)
Rifampicine (1965)
Kanamycine (1957)
Pyrazinamide (1980)
Ofloxacine (1987)
Ethambutol (1968)
Traitement de la Tuberculose pulmonaire
J0
Isoniazide
4-5 mg/kg/j
Rifampicine
10 mg/kg/j
Pyrazinamide
20-30 mg/kg/j
+/- Ethambutol
15-20 mg/kg/j
M1 M2 M3 M4 M5 M6
Mois
Traitement de la Tuberculose pulmonaire *
M1-M2
Rifater 1cp/12 kg
Traitement
standard
+/- éthambutol 15 mg/kg
Grossesse
Rifampicine 10 mg/kg
Isoniazide 4-5 mg/kg
M3-M6
Rifinah 1cp/30 kg
Ethambutol 10 mg/kg
M7-M9
-
Rifampicine 10 mg/kg
Isoniazide 4-5 mg/kg
en une prise quotienne, à distance d'un repas
* à bacilles sensibles
Traitement de la Tuberculose pulmonaire multi-R
Associer au moins 3 antituberculeux actifs pendant 18 mois
- Ofloxacine
- Amikacine
- Streptomycine
- Ethionamide
Surveillance du traitement de la tuberculose