Transcript Le monde microbien - ifsi du chu de nice 2012-2015

Le monde microbien
K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie
Objectifs de ce cours
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Au terme de ce cours l’étudiant devra être capable:
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De définir le terme « microbien »
De définir les différents agents qu’il comporte
De définir les réservoir de chacun de ces agents
Les micro-organismes ?
Micro-organisme : organisme visible au microscope
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Bactéries
Virus
Champignons
Parasites
Prions (ATNC)
Les Bactéries
structure d’une bactérie :
Bactéries
Dès l’arrivée au laboratoire :
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examen direct (parfois), résultat immédiat
puis mise en culture, résultat >= 24h
puis antibiogramme, résultat >= 48h
Cocci
Gram +
Cocci
Gram -
Bacille gram +
Bacille gram -
Classification des bactéries
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Forme :
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Propriétés tinctoriales : GRAM
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Gram +
Gram –
Pouvoir respiratoire :
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Cocci
Bacilles
Aérobie
Anaérobie
Aéro-anaérobies
Mobilité
Les bactéries
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Morphologie variable selon les espèces:
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Sphérique (cocci)
Allongée (bacille)
Incurvée (vibrion)
Spiralée (spirelle)
Irrégulière (corynébactérie)
Ramifiée (actinomycète)
Bactéries aérobies: ont besoin d’oxygène pour se
développer
Bactéries anaérobies: se développent dans les milieux
dépourvus d’oxygène
Cocci gram +
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Staphylocoques
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Staphylocoque doré ( staphylocoque aureus : SA)

Staphylocoque non doré ( staphylocoque coagulase négative, S. blanc,
S. Epidermidis …)
Streptocoques
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S. Pneumoniae (Pneumocoque)
Autres streptocoques
Entérocoque
Cocci
Gram +
Cocci gram 
Neisseria (meningitidis, gonorrhoeae, neisseria)
Bacilles gram +
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Corynébactéries
Anaérobies: Clostridium (difficile, perfringens, tetani,
botulinum)
Bacilles gram 
Entérobactéries :
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Colibacille (E.coli...),
Proteus (vulgaris, mirabilis),
Serratia,
Entérobacter, …
Non entérobactérie
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Pseudomonas (dont P. aeruginosa = Pyocyanique)
Acinetobacter
Bacille gram -
Principaux Germes des IN
85 % = BACTERIES
ENTEROBACTERIES
STAPHYLOCOQUES
PYOCYANIQUES
ENTEROCOQUES
Mais TOUTE Bactérie peut être responsable
Cas particuliers
 Bacille de Koch (aérien, endoscopies)
 Légionella (eau)
Reservoirs
1014 bactéries / être humain
100 000 000 000 000
 10 x plus que de cellules eucaryotes
 rhinopharynx : 108/ml
 colon : 1011/ml
FLORES DE L'ENVIRONNEMENT
 Eau potable : 100 bact/ml
 Air : 100 à 100 000 bact/cm3
 Sol : 106 à 107 bact/gr
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S aureus :
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S epidermidis
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Habitat : Flore cutanée
ILK, ISO (os)….
Clostridium difficile :
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Habitat : flore cutanée (nez, périné)
Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…)
ISO, pneumopathies, infect° cutanée….
Habitat : Flore digestive
colite
enterocoque
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
Habitat : Flore digestive
IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

E coli :
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
Habitat : Flore digestive, génitale
IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)
Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus
mirabilis…)
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
Habitat : Flore digestive
IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)

Pseudomonas aeruginosa
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
Habitat : Environnement
Peu pathogène
ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Acinetobacter baumannii :
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Habitat : Environnement / peau
Peu pathogène
ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Peau
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Flore résidente – flore transitoire
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Provenance : Autres mains, tube digestif, rhinopharynx, milieu
extérieur / surfaces
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Bactéries : Staph coag nég, strepto, S.aureus (gites),
anaérobies
Naso-pharynx
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Staphylocoque doré
Streptocoque pneumoniae
autres streptocoques
neisseria sp
Donc surtout des
Cocci
Gram +
Tube digestif
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Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium...)
Entérobactéries (E.coli, P.mirabilis, K.pneumoniae,
Enterobacter, Citrobacter, Serratia)
Streptocoques
Entérocoques
Serratia sp
P.aeruginosa
Donc surtout des
Bacille gram -
Les bactéries

Les mycobactéries
mycobactérium tuberculosis
mycobactérium non tuberculosis (avium,
xenopi...)
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Bactérie atypiques: Chlamydia (pneumoniae, trachomatis),
ureaplasma, mycoplasama pneumoniae
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Les bactéries anaérobies: clostridium, propionibacteries...
Les virus
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Définition
Micro-organismes visibles seulement au microscope électronique
Taille: 0,2 à 0,3 µm
Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme de la cellule
qu'ils infectent.
Multiplication intracellulaire obligatoire
Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule, acaryotes
(limite entre le vivant et le non vivant) .
Ils ont tous :
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Une capside protéique
Un acide nucléique (ARN ou ADN)
Quelquefois : des glucides et des lipides
Les virus
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VHB – VHC – VIH
VRS
Grippe : HxNy
Autres
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Exemples de maladies virales :
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rougeole, oreillons, poliomyélite, rhume, varicelle, grippe, fièvre jaune,
dengue, Chikungunya, SIDA
Classification
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Acide nucléique : ADN – ARN
Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants
Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale
Diagnostic : culture difficile (cellules), biologie moléculaire
(PCR), sérologie
Champignons
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Mousses, champignons, levures, moisissures
Pas de photosynthèse, tous st hétérotrophes
Eucaryote: plusieurs chromosomes
Etres unicellulaire (levure) ou pluricellulaire (mycélium) qui
appartiennent au règne végétal.
Levures : Candida albicans….
Ch. filamenteux : Aspergillus
Champignons
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Environnement : Aspergillus CHEZ l’IMMUNODEP.
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Pneumopathies
Infections systémiques graves
ISO
Flore endogène : Candida
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Infections localisées
Infections généralisés
Parasites
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Définition: être vivant animal ou végétal qui pendant une partie ou la
totalité de son existence vit aux dépends d’un autre organisme appelé
Hôte.
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Les parasites de l’homme sont répartis en plusieurs
classes :
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Les protozoaires : être unicellulaire doté de mouvement

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amibe, trypanosome, giardia, trichomonas, toxoplasme
selon les cas il se déplace grâce à des plasmopodes (rhizopodes), des
flagelles, une membrane ondulante ou des cils.
Existent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou
enkystée, intra ou extracellulaire
Les métazoaires (vers).
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nématodes (vers ronds)
trématodes (vers plats)
cestodes (vers plats segmentés)
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Transmission :
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
Soit directe sans l’intermédiaire d’un individu
Soit indirecte, avec l’intervention d’un facteur extérieur qui
se trouve soit au niveau de l’environnement ou soit un
organisme actif comme un moustique. C’est un vecteur :
c’est quelqu’un ou quelque chose qui transmet l’infection
d’un individu à un autre.
La pénétration du parasite se fait soit par voie trans-cutanée
soit par voie buccale.
Ectoparasites
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Ectoparasites :
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


Ectoparasites : poux, gale, puces…
Transmission inter-humaine (poux – gale…)
Environnement : poux de poules….
Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas
d’épidémie
Les agents transmissibles non
conventionnels (ATNC)
Définition
Il s'agit de particules infectieuses, non bactériennes, non
virales, susceptibles de s'accumuler dans les cellules de
l'hôte, principalement au niveau du système nerveux
central, les organes lymphoïdes.
Ces sont des protéines pathogènes résistantes,
responsables d'une spongiose et d'une mort neuronale
suivies de la mort du patient.
Les agents transmissibles non
conventionnels (ATNC)
Maladie de Creutzfeld Jacob
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Prions
C’est la plus petite particule infectante connue décrite en 1982, constituée
de protéines hydrophobes ne renfermant ni ADN ni ARN. De ce fait, les
prions ne sont pas des virus. Ils sont responsables de certaines
encéphalopathies à évolution lente (exemple de la maladie de la vache
folle)
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.
Iatrogène (hormone de croissance, neurochirurgie ...)
Familiale
Sporadique
Nouveau variant (viande de boeuf)