Transcript perfiles expresion génica

PERFILES DE EXPRESIÓN GÉNICA
Y DIAGNÓSTICO / PRONÓSTICO
EN CÁNCER
17 DE JUNIO
2013
MONTSERRAT SERÉS ROIG
GENÓMICA Y PROTEÓMICA
CURSO 2012-2013
DEFINICIONES
• EXPRESIÓN GÉNICA : proceso por el cual todos los
organismos procariotas y eucariotas transforman la
información por los ácidos nucleicos ( DNA ) en las proteinas
necesarias para su desarollo y funcionamiento .
• PERFIL DE EXPRESIÓN GÉNICA : medida de
expresión de varios genes en una célula en un momento
dado.
METODOS DE DETECCIÓN
GEN PORTERO :
•Secuencia conocida .
•Caraterísticas visulamente identificables .
•Luminiscentes / fluorecentes .
NOTHERN BLOT :
•Sonda radioactiva-mRNA
•Electroforesis en gel
•Separación de fragmentos según su tamaño .
WESTERN BLOT :
•Detectar proteinas específicas .
•Electroforesis en gel .
•Unión mediante Ag-Ac .
HIBRIDACIÓN IN SITU :
•Capacidad de AANN de hibridación .
•Complementariedad
•Sonda marcada con isotopo radioactivo con secuencia de ADN o
ARN .
PCR :
•gran número de copias .
•Fragmento ADN en particular .
MICROARRAYS ( chip de ADN )
•Superficie sólida a la cual se une una colección de ADN
•Medir el nivel de hibridación entre sonda y molécula diana
(target ) mediante fluorescencia .
APLICACIONES
• Estudio de expresión de genes .
• Clasificar enfermedades
• Identificar genes específicos de ciertas
patologias .
• Predicción de respuesta a un tratamiento .
• Detección de polimorfismo de un gen ( SNP’s).
DIAGNÓSTICO/ PRONÓSTICO EN
CÁNCER
• Pulmon / hígado / mama / próstata /
digestivos / hematológicos / pancreas etc .
• Clasificación de subtipos .
• Diagnóstico .
• Pronóstico : - respuesta a un tratamiento
- supervivencia del paciente .
• Buscar nuevas moléculas diana ( TARGETS ) .
CÁNCER / GENÉTICA
• Visualizar el cáncer como una enfermedad genética .
(mutaciones heredables )
• Ciertos genes se convierten en oncogenes causantes de
cáncer .
• Otros genes , supresores , previenen el crecimiento
incontrolado de células ; si son anulados provocan aparición
de cáncer .
• Las mutaciones aisladas , generalmente no son suficientes
para causar cáncer , sino que producen cambios que
predisponen a las células al crecimiento maligno .
EL CANCER ES UN PROCESO DE
MUCHAS ETAPAS
CLASIFICIÓN MOLECULAR EN EL
CÁNCER DE MAMA
• Clasificado en 4 subtipos : luminal A / luminal B / Her2neu /
Basal Like .
• Estudio descriptivo transversal en 399 pacientes .
• Seguimiento en 5 años .
• Se mide : - EFECTIVIDAD DEL TRATAMIENTO
- PRONÓSTICO
- CLASIFICACIÓN GENÉTICA
- RIESGO
• DIAGNÓSTICO INICIAL : mediante biopsias guiadas por
ultrasonidos .
CÁNCER DE MAMA DESDE EL PUNTO
DE VISTA INMUNOHISTOQUÍMICO
Luimnal A
Luminal B
Herb2Neu
Basal Like
estrogeno
positivo
positivo
negativo
negativo
progestageno
Positivo/negativo
positivo
negativo
negativo
Gen C-erB2
negativo
positivo
positivo
negativo
Pre /
postmenopausa
post
post
pre
pre
diagnóstico
precoz
precoz
tardío
tardío
pronóstico
favorable
favorable
desfavorable
desfavorable
Diferenciado/
indiferenciado
diferenciado
diferenciado
indiferenciado
indiferenciado
edad
precoz
precoz
tardía
tardía
Tratamiento inicial
IQ
IQ
QT
QT
Diseminación
precoz
negativa
negativa
positiva
positiva
DIAGNÓSTICO GENÉTICO
MICROARRAYS :
•Identificar la expresión génica .
•Precisión en el diagnóstico .
•Un pronóstico más preciso .
•Selectividad en el tratamiento con QT :
-menos morbi/mortalidad inducida por el
tratamiento QT.
-menos coste
-más índice de curación
GENÉTICA EN CÁNCER DE MAMA
• De los 4 subtipos luminal A / B son menos
agresivos respecto a los otros 2 .
• Diagnóstico subclinico mayor en luminal A / B.
• Menor / mayor agresividad .
• Selectividad del tratamiento .
• Posibilidad de realización de un ONCOTYPE
TCGA
( The Cancer Genome Atlas )
• Artículo publicado : « Endometrial cancer findings
emerge from genome sequencing study « .
• Publicación del análisis genético de 7 cánceres ,
entre ellos el endometrial .
• Publicado en el New England Journal of
Medecine .
• Intenta caracterizar el análisis genómico de hasta
20 cánceres diferentes .
• Gracias a la contribución de muchos pacientes en
proporcionar sus datos clínicos
Cáncer de Endometrio
• 4 subtipos .
• Analizar similitudes con otros cánceres comunes
(ovario , mama , colorectal ) .
• Determinar que pacientes se benefician de un
tratamiento más agresivo .
• Es el 4° cancer más común en U.S en mujeres .
• Clasificamos 2 tipos :
- Endometrial : asociado a un exceso de estrógenos y
obesidad .
- Seroso : más común en mujeres en edad post
menopáusica .
OBJETIVOS DEL ESTUDIO
• Clasificar la mortalidad asociada segun el tipo de
cáncer .
• Adecuar un tratamiento agresivo a cada subtipo .
• identificación de mutaciones :
- Gen supresor TP53
- Extensión de «copy numbers «
Que proporcinan mayor agresividad al tipo serosos.
• Compartir características genéticas con otros
tipos de cánceres :
- Ovario seroso / basal-like mama / endometrio
comparten similar « copy numbers « y
mutación en el gen TP53 .
- Menos frecuente la mutación en el gen PTEN
- Endometrio- colorectal comparten la
mutación en el gen POLE involucrado en la
reparación del ADN .
CONCLUSIONES
• TCGA permite conocer el perfil genético de
ciertos cánceres .
• Mayor efectividad en los tratamientos de
ciertos cánceres con diferente perfil genético .
• Asociación de anomalías genéticas entre
cánceres .
• Contribución pública del conocimiento de la
genética de un cáncer para un mejor futuro en
su manejo y tratamiento
BIBLIOGRAFIA
• « Endometrial cancer findings emerge from
genome sequencing study «. Broad Institute of
MIT and Harvard .8 de mayo 2013
• Clasificación molecular del cáncer de mama y
su correlación – J.Uribe , C. Herenandez,
F.Menolascino . Rev Venez Oncol
2010;22(2):109-116.
• Pubmed : perfiles de expresión génica en
cáncer .
MUCHAS GRACIAS