Slide 1

ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinus
carpio carpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA
(Cyprinus carpio carpio) MENGGUNAKAN
METODA RAPD

Dibimbing oleh :
Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi.
Yuniar Mulyani, SP. Msi.


Slide 2

pendekatan molekuler yaitu dengan
metode RAPD (Randomly Amplified
Polymhorpic DNA).
Menurut Haymer (1994) keragaman
genetik pada organisme dapat
dianalisis dengan melihat DNA.

Pencegahan Inbreeding

Keanekaragaman ikan Koi dan mas
Majalaya


Slide 3

Melihat sejauhmana tingkat kekerabatan genetik pada strain strain ikan Koi (Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, Yamabuki
Ogon, dan Ikan Mas Majalaya). Tingkat kekerabatan dapat
dideteksi dengan teknik RAPD-PCR (Random Amplified
Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction).

Tancho

Kohaku
Yamabuki Ogon


Slide 4

Penelitian bertujuan untuk melihat kekerabatan genetik
dengan melihat peta sidik jari (fingerprint) pada strain strain ikan Koi (Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri,
Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya) dengan teknik
RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNAPolymerase Chain Reaction).

Shiro Utshuri

Asagi

Majalaya


Slide 5

MANFAAT PENELITIAN

• Hasil penelitian ini diharapkan menjadi
informasi bagi pembenih mengenai tingkat
kekerabatan genetik ikan Koi Kohaku, Tancho,
Asagi, Utsiro Usuri, yamabuki ogon, dan Ikan
Mas Majalaya.
• Mencegah terjadinya inbreeding pada strain
ikan mas.


Slide 6

Ikan mas bernilai
ekonomis tinggi

Terjadi banyak
persilangan

Perlu pengetahuan
genetik

Menggunakan
metode RAPD dengan
berbagai keunggulan
(Hawksworth 1993)

Analisis dilakukan
pada tingkat
polimorfisme DNA
(Beeching et al. 1993)

Genetik dapat analisis
melalui penanda
molekuler

Terhindarnya
inbreeding pada Ikan
mas

Pemanfaatan sumber
daya genetik ikan mas
yang lestari

Primer RAPD OPA-2,
OPA-3, OPA-5, OPA12, dan OPA-13

(Yoon dan Park 2001)


Slide 7

Waktu
dan
tempat
Alat
dan
bahan
Prosedur
penelitian


Slide 8

• Waktu : Maret
sampai Mei 2012
• Tempat : Sampel
diambil di BBPBAT
Sukabumi dan
analisis data
dilakukan di Lab.
Bioteknologi FPIK


Slide 9

•

Alat
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–

Botol plastic
Gunting
Pinset
Timbangan
Kamera
Cool box
Plastic bening
Autoclave
Microtube
Rak mikrotube
Penggerus
Centrifuge
Water bath
Mikropipet dan microtips
Vortex-mixer
Kulkas
Timer

–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–

Botol plastik
Mesin Thermal cycler
Microtube
Cetakan agarose
Hot plate magnetic stirrer
Alat elektoforesis
Power supply
Ultraviolet illuminator
Ember gelap dan tertutup
Sendok pipih
Kamera digital
Computer
Freezer -200C
Spetofotometer
Timbangan analitik
Gelas ukur


Slide 10

• Bahan
 Ikan Koi Kohaku, Tancho, Asagi,
Utsiro Usuri, yamabuki ogon, dan
Ikan Mas Majalaya berukuran 200300 gr
 Ethanol : gliserol (4:1)
 Akuades
 Ethanol 70%
 Es curai
 Es curai
 CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl
Ammonium Bromide)
 Merkaptoentanol
 Kloroform : Isoamilalkohol (24:1)
 Isopropanol
 Fenol (P) : cloroform (C) :
isoamilalkohol (I) 25 : 24 : 1
 Ethanol 80% dingin
 TE 10:1 (1mM Tris-HCL, 0,1mM
EDTA, pH 8)

 Polyvinylpyrrolidone

 Master mix
 Primer RAPD OPA-02, OPA-03,
OPA-05, OPA-12, OPA-13
 DNA
 Nuklease free water (NFW)
 Gel Agarose
 Loading dye
 Larutan tris borate EDTA (TBE)
 Ethidium Bromide (EtBr)
 Marker λ cut Ecor I/ hind III
 Akuades
 Buffer pemuat (loading buffer)


Slide 11

Pengambilan
Sampel

Isolasi DNA

Amflipikasi
DNA dengan
RAPD

Analisis data
dengan NTSYS

Elektropresis


Slide 12

Pengambilan sampel
Hasil isolasi DNA
Amplifikasi DNA

Analisis keanekaragaman


Slide 13


Slide 14

Sampel ikan..


Slide 15

• Menggunakan Metoda CTAB (Mulyani 2003)


Slide 16

λ K3 K4 O3 O4 M3 M4

λ K1 K2 T1 T2 O1 O2 A1 A2 S1 S2 M1 M2 P1 P2

Keterangan :
λ
K1
K2
K3
K4
T1
T2
O1
O2
O3
O4

: Marker Lambda DNA/EcoR1
: sampel 1 ikan Koi strain Kohaku
: Sampel 2 ikan Koi strain Kohaku
: Sampel 3 ikan Koi strain Kohaku
: Sampel 4 ikan Koi strain Kohaku
: sampel 1 ikan Koi strain Tancho
: Sampel 2 ikan Koi strain Tancho
: sampel 1 ikan Koi strain Ogon
: Sampel 2 ikan Koi strain Ogon
: Sampel 3 ikan Koi strain Ogon
: Sampel 4 ikan Koi strain Ogon

λ

K4

T1

O3

A1

S2 M4 P2

A1 : Sampel 1 ikan Koi strain Asagi
A2 : Sampel 2 ikan Koi strain Asagi
S1 : Sampel 1 ikan Koi strain Shiro
S2 : Sampel 2 ikan Koi strain Shiro
M1 : Sampel 1 ikan Mas Majalaya
M2 : Sampel 2 ikan Mas Majalaya
M3 : Sampel 3 ikan Mas Majalaya
M4 : Sampel 4 ikan Mas Majalaya
P1 : Sampel 1 ikan Patin
P2 : Sampel 2 ikan Patin


Slide 17

• Menggunakan mesin
mesin Mastercycler
Personal dari
Eppendorf.
• Primer OPA – 2 dan
OPA - 3


Slide 18

M

K4

T1

O3

A1

S2 M4

P2

M

K4

T1

O3

A1

S2 M4

P2


Slide 19

• Perhitungan panjang basa
Step 1 setiap pita
• Penentuan pita – pita
Step 2 polimorfik atau monomorfik
• Pengubahan menjadi matriks
Step 3 biner (1/0)


Slide 20

Data binner
Menggunakan NTSYS PC
Metode UPGMA
Fenogram


Slide 21


Slide 22


Slide 23


Slide 24

• Strain Koi kekerabatan relatif jauh indeks
kesamaan 48 -53%

• Strain Koi kekerabatan relatif dekat indeks
kesamaan 84%


Slide 25

Lanjutan….
• Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dan
ikan Koi relatif dengan (indeks kesamaan 62%)

• Primer OPA-2 lebih sensitif dibandingkan
Primer OPA-3


Slide 26

• Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapat
digunakan untuk melihat hubungan kekerabatan sampel ikan
Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, dan Shiro) dan ikan mas
Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan
ikan Koi relatif dekat.

• Koi strain Kohaku, Shiro, dan Tancho memiliki hubungan
kekerabatan yang relatif jauh dan berpotensi menghasilkan
keturunan dengan heterozigositas tinggi. Koi strain Ogon dan
Asagi memliki hubungan kekerabatan yang dekat berpotensi
besar menyebabkan inbreeding.
• Primer OPA-2 dapat mendeteksi hubungan kekerabatan pada
setiap strain Koi dan mampu membedakan kelompok ikan Koi
dan ikan mas Majalaya, sedangkan primer OPA-3 tidak mampu
membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya.


Slide 27

• Primer OPA-2 baik digunakan untuk
mendeteksi hubungan kekerabatan DNA
genom pada spesies ikan Koi (Cyprinus carpio).
• Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan
jumlah sampel lebih banyak pada setiap strain
ikan Koi agar menghasilkan hasil yang lebih
baik.


Slide 28

TERIMA KASIH  


Slide 29


Slide 30