Transcript 高雅：深入Pubmed
深入Pubmed，了解不一样的生物医学世界 主讲：高雅 邮箱：[email protected] 内容梗概 01 聊聊时间 从A4纸上看人生，致2015的1/4年 今天是4.7，我们的2015年已经过去了1/4. 网上流行一个说法，人生其实只有900个月，而你可以用一张A4纸画一个30X30的表格，每过一个月 你可以在小格子里打钩，你的全部人生就会在这一张白纸上。 假如你们一个月见两次面，你能陪伴他们的时间就是这样的 而再假设我们的父母平均五十岁的话，他们的人生是这样的 假如你们一年见一次面，就会是这样 你将持续为之操心，直到他考上大学，那么花费的精力是 假设你和你的女朋友/男朋友谈了一场6个月的感情，它在 假如你刚有了孩子，在孩子上幼儿园前，你能和他朝夕相 假如你们天天见面，你能陪伴他们的时间是这样的 如果你是30岁上下的上班狗，你的人生就是这样的 如果是20岁上下的年轻人，人生就是这样的 这样的 这张纸上是这样的。 处的日子是这样的 内容梗概 02 进一步了解 pubmed 01 聊聊时间 Pubmed和NCBI NCBI：National Center for Biotechnology Information 美国国立生物技术信息中心。NCBI是美国国立卫生研究院 （NIH）的下属部门——美国国家医学图书馆(NLM)的部门成员之一。 01 生物数据库 包含Pubmed和Blast在内的数据库收 —— 集与存取 系统， 可用来获取单一数 据库或许多数据库的整合数据。 + + NCBI 02 生物信息工具 走进Pubmed https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 走进Pubmed 数据类型：期刊论文、综述、数据资源链接等。 Pubmed 数据范围： Medline：4800余种生物医学期刊，记录中用[indexed for MEDLINE]标记 In process citation：获Mesh词后，再加入Medline，用[in process]标记 Publisher Supplied Citations：出版商直接向Pubmed提供的电子记录，包括 Medline中未收录的部分记录。记录中用[Pubmed-as supplied by publisher]标记。 Oldmedline：1950-1965年发表的文章，没有Mesh字段和摘要，记录中用 [Pubmed-OLDMEDLINE for pre1966]标记。 Pubmed nor medline：pubmed收录medline不收录的文献。记录中用 [pubmed]标记。 走进Pubmed 特点： 广。 提供生物医学期刊，专业性强，覆盖时间 更新速度快，时效性强。 提供检索词自动转换匹配。 高级检索 检索指南 基本检索输入框 检索工具 特定文献检索 临床查询 专题查询 其他资源 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等 Pubmed基本检索规则 1.检索栏输入一个或多个检索词，系统默认空格为AND检索 如：检索维他命C和癌症的关系，一般使用者都会在检索框输入vitamin c cancer 检索结果有4869条 结果太多、相关性低 该课题逐年发文趋势 与该课题相关的研究 精炼检索结果 Pubmed基本检索规则 2.检索框中输入布尔逻辑运算式，注意：运算符必须大写 如：哮喘病的治疗，输入asthma AND (therapy OR treatment) 3.字段限定符[ ]，空格按词组匹配 如： (vitamin c[title]) AND cancer[title] Matrine[title] AND zhou h [author] Pubmed基本检索规则 4.截词检索：treat* 可检出treat,treated,treatment等 5.强迫短语检索：“”不进行自动转换匹配和扩展检索 如：检索胞质小RNA，输入检索式应为“small cytoplasmic RNA” 比较不加“”，误检多 Pubmed基本检索规则 6.自动转换匹配检索词 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换， 并默认在所有记录字段中匹配 如：renal failure—— "renal insufficiency"[MeSH Terms] OR ("renal"[All Fields] AND "insufficiency"[All Fields]) OR "renal insufficiency"[All Fields] OR ("renal"[All Fields] AND "failure"[All Fields]) OR "renal failure"[All Fields] 检索结果右侧的search details 显示系统自动匹配转换的检索词 Pubmed基本检索规则 7.对检索结果进行限制 在结果显示页左侧，可对检索结果的文献类型、文本可获性、发表时间、研究对象，语种、性 别、年龄等进行限定，从而精炼检索结果 根据需要对检索结果进行筛选 Pubmed的高级检索 下拉框中的选项均可作为限定符使用，如：检索词[限定符] 下拉框选[title] 检索框中输入Vitamin c 增加一个检索框，用AND链接，选择[title] 输入cancer 检索历史，点击编号可对检索式进行保存、删除等操作 内容梗概 02 进一步了解 pubmed 01 聊聊时间 03 MESH的 独特魅力 Pubmed的其他资源 1.Mesh database（规范化医学主题词表） 功能：确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 在更多资源点击MeSH Database 例1. 检索2010-2015年关于结肠癌治疗的文献 分析： 结肠癌的不同表达形式：colon cancer OR colon tumor OR colonic carcinoma…… 治疗的不同表达形式：therapy OR treat OR treatment OR surgery OR radiotherapy…… 两者概念之间：结肠癌AND治疗 Step1：检索结肠癌的规范化名词，在检索框中输入 自由词colon cancer 点击第一个规范化词 Step2：选择副主题词，副主题词：治疗 找出治疗的所有相关词并勾选 勾选完添加到检索构建器中，用AND 连接 还可以编写自由词进行添加 只查重点论述的文献 系统自动扩展检索下位词，勾选后不检索下位词 树形结构 上位词 下位词 点击检索Pubmed 初步检索结果，未限定年份 点击5年之内的文章 可以自由设定检索文章的年份限制 2010-2015关于结肠癌治疗的文献检索结果 点击添加到检索构建器 检索Pubmed 勾选重点论述“结肠癌治疗”主题词的文献 MeSH检索结果如下： 点击近5年的文献 选择输出方式 File：保存检索结果为文本文件 Clipboard：剪贴板，多次检索可暂存检索需下载的记录，最后一起保存。最多允许储存500条，保存8小 时。 Email：通过邮件发送。 Collections：将检索结果存到My NCBI中。 Order：全文传递服务，需账号，收费。 查询检索记录 未登陆的情况下检索记录保存8小时 检索结果的显示形式 排序方式选择 Abstract格式提供全文链接、规范词等信息 Medline格式提供所有字段信息 我们对比用pubmed高级检索功能进行检索的结果与MESH检索结果的异同： 对比MeSH检索结果 发现高级检索式的结果比MeSH检索的结果多了近一倍 文献，原因何在？ 加工中，无MeSH词 全文链接 文献类型、MeSH词、相关物质 Linkout网络资源链接 相关论文 例2.用Mesh检索2008-2015年期间关于免疫球蛋白在多发性硬化治疗中疗效观察的文献 案例分析： 匹配主题词(AND)：免疫球蛋白、多发性硬化、疗效观察 匹配副主题词：治疗 匹配主题词(AND)： immunoglobulin、 Multiple sclerosis、treatment efficicy 匹配副主题词：drug therapy OR therapy OR surgery Step1：输入主题词immunoglobulin 勾选匹配主题词 加入检索构建器，用AND运算 step:2：输入主题词Multiple sclerosis 点击该主题词，为主题词匹配副主题词 Step3：匹配副主题词 勾选副主题词，加入检索构建器 Step4：输入主题词treatment efficicy 将匹配的主题词加入检索构建器 点击检索Pubmed 检索结果 2008-2015年期间关于免疫球蛋白在多发性硬化治疗中疗效观察的 文献 选择时间年限 Mesh检索的优点 1.查全同义词 如：renal/kidney failure；colon cancer/tumor… 2.查全子概念 如：chronic/acute kidney failure，ATN 3.根据树形结构调整检索词 缩小：不扩展下位词，或选中某个下位词 扩大：选用上位词，或选中多个同位词 4.了解同一概念的同义词，近义词，供自由词检索参考。 5.提高文献相关度 标有Mesh词的都是文章的主题，筛去非主题的文章 Major Topic Headings（加权，重点论述的主题） Mesh检索的缺点 1.人工标引费时 最新文章还未标Mesh词，如标注[in process]，用Mesh会漏检 2.Medline不收录的文献，supplied by publisher的文献不标Mesh词 3.新词，一些很专指的概念没有对应的规范词 查上述类型的文献需配合自由词检索 Pubmed的其他资源 2.Journal Database（期刊信息库） 通过输入刊名全称或缩写，ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息 提供期刊 输入主题、期刊名或缩写、ISSN号，浏览期刊出版社等详细信息 提供期刊，在PMC(pubmed central)中的免费全文链接 在nucleotide、protein、pubmed等库中的记录链接 相关的其他期刊 …… Pubmed的其他资源 3.PubMed central (PMC) 由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）于2000年2月建 立的生命科学期刊文献数据库，保存生命科学期刊主要研究论文的全文，免费供公众使用。PMC的所 有全文在PubMed中都有相应的条目。在利用PubMed检索时，检索结果中可以在网上免费获得全文的 文献记录都会有相应的链接，其中包括在PMC免费获取全文。 Pubmed的其他资源 引文匹配器 临床查询：专门检索临床研究方法 学（循证医学）文献，主要涉及治 疗、诊断、病因和预后四个分类 序列相似搜索程序 核苷酸序列数据库 谢谢