Transcript PubMed检索方法——怎么用？

文摘型数据库PubMed
检索方法与技巧
翁蕾鸣
北京大学医学图书馆信息咨询部
[email protected]
主要内容
PubMed简介——是什么？
PubMed特色服务——能干什么？
PubMed检索方法——怎么用？
其他辅助功能
PubMed简介——是什么？



创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国
生物技术信息中心(NCBI)
 1996年1月开始向全球开放
特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、
检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在网
上直接免费获得全文。
http://pubmed.gov
PubMed简介——是什么？

NCBI (National Center for Biotechnology
Information，美国国立生物技术信息中心)
 目前国际上几个重要分子生物信息网站之一
 成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现
计算信息处理方法对生物医学研究的重要性
 1988年11月4日成立
 是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫
生研究院）底下的National Library of Medicine（
NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一
 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。
PubMed简介——是什么？

NCBI目前提供的生物信息资源主要分
为
 生物数据库
 生物信息工具
PubMed简介——是什么？

生物数据库
 永久数据的大的组织体
 结合计算机软件执行更新、查询与存取数据
的功能。
 容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题
的信息
 Entrez： NCBI的数据库搜寻与存取系统，可
用来获取单一数据库或许多数据库的整合数
据。
 目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据
库包括如下：
PubMed简介——是什么？
PubMed简介——是什么？

NCBI目前提供的生物信息资源主要分
为
 生物数据库
 生物信息工具
PubMed简介——是什么？
Entrez
 一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索
系统。
 整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基
因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。
 可以检索相关的序列，结构和参考文献。
BLAST
 序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
 在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
附加软件工具
开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提
交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以
从HTTP或FTP来获得。
PubMed简介——是什么？
Entrez可以检索的数据库：
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Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库
Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of
Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、
临床与文献相关数据
Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库
3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据
Gene，包含许多物种的基因数据库
Genome，包含超过800种物种的基因组数据库
GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱
GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据
GEO Profiles，基因表现图谱
HomoloGene，同源基因批注数据库
Journals，期刊文献（包含PubMed）
MeSH，医学主题词数据库
NCBI Web Site，所有NCBI网页
NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录
Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq
和PDB等三大序列数据库）
PubMed简介——是什么？
Entrez可以检索的数据库：
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Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数
据库
PopSet，族群演化分析相关研究资料
Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、
PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质
序列资料）
PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料
PubChem Compound，小分子化学物质结构
PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据
PubMed，科学文献报导数据库
PubMed Central，科学文献数字全文数据库
Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP
SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)
Structure，分子模型数据(MMDB)
Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息
UniGene，人类unique基因序列数据库
UniSTS，unique序列卷标地址数据库

1. 要注册账号
http://www.medlive.cn/pubmed/pubme
2. 英文检索
d_search.jsp（汉化）
PubMed简介——是什么？
新版PubMed首页
特色：
简洁、清新
检索速度较快
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PubMed数据范围
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
数据类型：期刊论文、综述以及与其他数
据资源链接。
特点：




免费提供题录和文摘
提供与原文的网址链接(部分免费获取）
提供检索词自动转换匹配
操作简便、快捷
PubMed简介——是什么？
MEDLINE：[pubmed-indexed for
medline]
数据来源
Publisher-Supplied Citations：出
版商提供的电子文献 [PubMed-as
supplied by Publisher]。
In Process Citations：每天收录，
尚未经规范处理的数据。
[pubmed-in process]
PubMed简介——是什么？
PubMed数据范围

MEDLINE



4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理
、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等
学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国
家和地区。
文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年
。
记录中用[PubMed-indexed for MEDLINE]标记
表示
[注] 截止2006年3月15日PubMed公布的数据
PubMed简介——是什么？
PubMed数据范围

OldMedline



1950-1965年间发表的200多万篇文献
没有MeSH字段和摘要
记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]
标记表示。
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PubMed数据范围

In process citation



提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。
获MeSH词后，再加入MEDLINE。
记录中用[PubMed-in process]标记表示。
PubMed简介——是什么？
PubMed数据范围

Publisher Supplied Citations



出版商直接向PubMed提供电子记录
包括MEDLINE未收录的部分记录
记录中用[PubMed-as supplied by publisher]标
记表示。
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PubMed数据范围

PubMed not Medline


PubMed收录Medline不收录的文献。
记录中用[PubMed]标记表示。
PubMed简介——是什么？
数据来源
主要内容
PubMed简介——是什么？
PubMed特色服务——能干什么？
PubMed检索方法——怎么用？
其他辅助功能
PubMed特色服务——能干什么？
1. 查文献：查找目的文献的文摘题录信息—
—书目文摘条目2千万余条，每年约增加50
万条（2011年数据）
2. 找全文：
①
获得部分文献的全文——PMC（Pubmed
Center）可提供部分文献的全文
②
提供可以获得全文的网站和数据库链接—
—Linkout
3. 扩展阅读：提供相关文献链接——
Related citations
PubMed特色服务——能干什么？

Pubmed小工具
①
跟踪某一领域的最新进展——Cubby（My
NCBI)
主要内容
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PubMed特色服务——能干什么？
PubMed检索方法——怎么用？
其他辅助功能
PubMed检索方法——怎么用？
1. 检索机制
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
如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有
自动转换匹配功能(Automatic
Term Mapping)
一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者
对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序
索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组分开并重复
包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例
如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，
上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组
进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺
如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，
PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中
的每个单词用`AND’组配并在所有字段中查找。
序是：
PubMed将按“N Engl J Med［ta］”查询。
多次出现的常用词组表，
MeSH表 期刊刊名注释表
短语表
作者索引
MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参
短语检索(Phrase
Searching)
照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果
 要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”
输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被
将其引起来。
作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，
 如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系
如果我们输入Vitamin
h,PubMed会这样检索：(“Biotin
统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。
［MeSH］OR
vitamin h［tw］)——vitamin h是MeSH词
Biotin的款目词。
PubMed检索方法——怎么用？
2. 布尔逻辑运算符
逻辑与（AND） --检出记录中同时含有检索词A和检索词B.
如：A AND B （AIDS and therapy）
A
布尔逻辑组合
检索，常用的
逻辑关系词有
AND，OR，
NOT等
B
逻辑或（OR） --检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。
如：A OR B （ AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome）
A
B
逻辑非（NOT） --在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。
如：A NOT B（ Hepatitis not Animal）
A
B
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PubMed检索方法——怎么用？
3. 检索方法
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基本检索
高级检索
限制检索
主题检索
临床咨询
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
检索词输入框
Welcome to PubMed
使用帮助
常用工具
更多服务
PubMed检索方法——怎么用？
限制检索
高级检索
基本检索
主题检索
临床咨询
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索
默认检索字段
为主题、作者、
期刊
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索
关键词、词(词组)或短语：

⑴ 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；
⑵ 带有双引号“ ”作为短语检索：“cancer therapy”；
⑶ 带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。

限制检索字段：如liver cancer[ti]

作者：Smith J 、

仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smith[au]

2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索

如：Joshua Lederberg
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索
作者姓名检索
按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：
smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名
第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一
般用缩写。
考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功
能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja, smith
jc,smith jr 等。
精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者
字段限定[AU]，如："smith j"[au]，这样可避免PubMed自动转换，
实现精确查找。
PubMed检索方法——怎么用？
smith j
作者姓名检索
按照姓(全写)
+名(缩写)，
之间不用标点
键入作者姓名
"smith j"[au]
精确检索避免
PubMed自动
词汇转换，实
现精确查找
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索

期刊刊名：
⑴可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；
⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(The Journal of the
American Medical Association)
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索
期刊检索
在检索框中键入期刊名，如：molecular biology
of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转
换成mol biol cell[journal]进行检索。
也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：
mol biol cell，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版
物代码）进行检索，如：1059-1524。
如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：
cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转
换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检
索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加[TA]。如：
"cell"[ta]
Eur J Immunol
期刊的一般检
索，是在检索
输入框中键入
期刊名或期刊
的ISSN号
"cell"[ta]
期刊的标准检
索，是在期刊
名后面加字段
限定[TA]. 比
如:"cell"[ta]
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索

复杂表达式：liver cancer AND therapy

带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND has
abstract
PubMed检索方法——怎么用？
一.基本检索
截词检索
截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。
截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后
可以表示对所有以该词开头的词进行检索。
如：bacter*，可以检出bacter，bacteria，
bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。
bacter*[TI]
截词检索可以
扩大检索范围
提高查全率。
PubMed检索方法——怎么用？
1.基本检索
字段限制检索
采用字段限制方式进行检索，其规则是：
检索词1[字段标识] 逻辑运算符 检索词2[字段标识]
如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的
文献.
检索式：
DNA[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]
INTERNET
常用字段组成
标识符
TI
AU
AD
AB
DP
EDAT
SO
TA
MH
PT
字段名称
Title
Author
Affiliation
Abstract
Publication Date
Entrez Date
Source
Journal Title Abbreviation
MeSH Terms
Publication Type
字段限制检索
其规则是：检
索词+[字段
标识]
DNA[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]
PubMed检索方法——怎么用？
1.基本检索——举例：肝癌的治疗


分析该检索课题，包含两个方面：
 肝癌：liver cancer；
 治疗：therapy
两个主题之间的逻辑关系是AND，即
 liver cancer AND therapy
PubMed检索方法——怎么用？
基本检索——举例：肝癌的治疗
所得结果数
文献标题
文献著者
文献出处
Pubmed编号，文献类型
输入：liver
cancer AND
therapy
英文文献
非英文的文献
篇名上有中括
号[ ]且注明
有语种
[ 篇名 ]
土耳其语
英文文献
PubMed检索方法——怎么用？
2.高级检索
高级检索
检索框
检索式生成框
检索史
PubMed检索方法——怎么用？
2.高级检索——举例：北京大学马大
龙的文章

分析该检索课题，包含两个方面：
 作者为：马大龙（ma dl）；
 作者单位为：
北京大学（peking university）
第一步：输入作者姓名
输入：ma dl
第二步：输入作者单位
输入：
peking university
PubMed检索方法——怎么用？
3.限制检索
限制检索
限制日期
限制文献
类型
限制研究
对象
限制子集
限制是否带有
全文、摘要
限制语种
限制性别
限制年龄
限制字段
PubMed检索方法——怎么用？
3.限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗
方面的综述文献

分析该课题，可知：
 主题为肝癌治疗，即liver cancer and
therapy
 限制条件有两个：
 语种为英文（English）；
 文献类型为综述（Review）
3.限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗
方面的综述文献
第3步：限制
文献类型为综
述（Review）
第1步：输入
liver cancer
and therapy
第2步：限制
语种为英文
（English）
3.限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面
的综述文献
主题为： liver
cancer and
therapy
限制条件：英文；
综述
PubMed检索方法——怎么用？
4.主题检索

点击MeSH
Database打开主
题检索界面
根据medline数据主题标引的
规范性，利用主题词进行的研
究，对提高查全率、查准率会
有相当的帮助。
查找主题词
PubMed检索方法——怎么用？
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献


分析该检索课题，有两个概念：长春新碱
（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：
 对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组
配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；
 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配
副主题词“药物疗法（drug therapy）”。
同时这两个概念之间是AND的关系。
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
副主题词
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献

我们通过两个主题检索分别得到了：



“长春新碱/治疗应用” 的检索结果
“白血病/药物疗法” 的检索结果
下面我们要把这两个检索结果用AND组合起
来，就需要用到检索史
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治
疗白血病（leukemia）的文献
PubMed检索方法——怎么用？
5.临床咨询和系统评价


可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临
床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；
也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，
如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导
以及有关遗传学方面的问题等。
PubMed检索方法——怎么用？
5.临床咨询和系统评价
检索医学遗
传学研究方
面的文献
临床研究
系统评价
PubMed检索方法——怎么用？
5.临床咨询和系统评价
PubMed检索方法——怎么用？
5.临床咨询和系统评价
主要内容
PubMed简介——是什么？
PubMed功能——能干什么？
PubMed检索方法——怎么用？
其他辅助功能
其他辅助功能

结果的显示、打印、保存
 显示
 保存、打印
其他辅助功能
结果显示

显示格式：系统提供的显示格式很多，一般
较常用的有以下3种：
 （1）Summary：为默认显示格式。显示
的信息包括文献的标题、著者、出处、
PMID、综述出版类型、非英文文献的原
文语种等。
 （2）Abstract：显示信息除了文献标题、
著者、出处等基本信息外，还包括摘要
信息，以便用户了解文献详细内容。
 （3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记
录格式来显示检索结果。字段内容主要
包括PMID、题目、摘要、作者、作者地
址、语种、出版类型、出处、MeSH、文
献ID、出版状态等。
其他辅助功能
结果保存

保存记录
 在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完
成将记录保存为文件。
 选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。
 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记
录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用
于保存一次或多次检索的结果记录。
剪贴板或文件夹。用于用户将
检索选中记录的暂时保存，方
便用户集中打印、下载或索取
原文。剪贴板中可存的最多记
录为500条，如果一小时内无
作何操作，记录将自动消失
练习题


检索有关“甘露醇（Mannitol）治疗青光眼
（Glaucoma）”方面的英文综述（review
）文献
检索有关“微量元素（trace elements）缺
乏与皮肤病（skin diseases）关系”的文献
Questions?
Thanks!
电话：82801292-604
[email protected]