Transcript 课件下载 - 南方医科大学图书馆

Pubmed检索及检出文献的
分析
主讲人：许四洋
图书馆参考咨询部
Outline:
• 如何检索
•
基本检索功能
•
利用MeSH字段，提高检索效率
•
针对临床
•
clinical query
•
topic-specific query
• 检出结果的分析
•
www.gopubmed.com
•
ISI Web of Knowledge
•
www.scirus.com
Pubmed简介
•
National Library of Medicine管理
下的 National Center for
Biotechnology Information(NCBI)建
立的生物医学文献数据库，使用NCBI的
Entrez检索平台。
NCBI 数据库系统
Pubmed简介(cont’d)
• 检索全世界生物医学期刊论文的重要工具；
• 收录文献的时间范围：
 1951 Update everyday (Tuesday - Saturday)
PubMed都有些什么数据内容呢
？
MEDLINE
OLDMEDLINE
PubMed
PreMedline
PubMed not
Medline
Publisher
Supplied
Citations
MEDLINE-记录中用[indexed for MEDLINE]
数据来源于1966年始美国和其他70多个国家(包括
中国在内)出版的4800余种生物医学期刊，内容涉
及医学、护理、健康保健等学科，目前已达1 500
万余条，并以年30余万条递增。
OLDMEDLINE-记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for
Pre1966]
以早期印刷版《美国医学索引》（CIM）为主要收集
对象，目前收录约200万条1951一1965年间生物医学
文献，无文摘、未经主题词标引。
 PreMedline-记录中用[PubMed－in Process]
未及加工、标引(尚未规范化处理）的新收文献，这部
分文献每日更新一次。
Publisher Supplied Citations-记录中用[PubMed-as
supplied by publisher] 。
由出版商直接传输的电子型文献，每日都有新加入文献。
PubMed not Medline- 记录中用[PubMed]
部分Medline期刊(如一些科学通论期刊和化学期刊)未收
录的文献,全文电子期刊PMC ( PubMed Central)上发表的文献。
Pubmed简介(cont’d)
• 摘要型(Abstract)的数据库, 提供文献的线索
• 免费检索，部分文献（约5%）提供免费全文；
•
提供Link， Linkout 指向Free source on the
Net 或者自己的图书馆已经购买的电子期刊全
文数据库中的全文
Pubmed简介(cont’d)
• 来源期刊 5376
•
English 4806 （约占85%)
•
•
•
•
Chinese 69
French
Japanese
Italy
• Germany
期刊论文发表时所用的
语言
……
Pubmed检索
• 基本检索功能
•
辅助检索的功能键
• 特定字段检索
•
MeSH检索
Pubmed检索(1)：基本检索功能
• Automatic Term Mapping
•
•
对于用户在检索框中输入的检索词，系统
将依次到MeSH词转换表、短语表
（Phrase list）、作者索引、期刊名称索
引中进行词语匹配查找。
Pubmed检索(1)：基本检索功能
•
•
•
有关高频心电图的自动分析的文献
(high frequency electrocardiography)
(automatic analysis)
• (Automatic[All Fields] AND ("analysis"[Subheading]
OR Analysis[Text Word])) AND (High[All Fields]
AND ("epidemiology"[Subheading] OR
("epidemiology"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR
"epidemiology"[MeSH Terms] OR Frequency[Text
Word]) AND (("electrocardiography"[TIAB] NOT
Medline[SB]) OR "electrocardiography"[MeSH
Terms] OR Electrocardiogram[Text Word]))
提高检索的效率：
•
•
•
如
何
实
现
词
组
• 检
索
在词组的首尾加“ ”
在词组最后一个词的末尾加*
在两个词之间加-
在词组后限定检索字段
Kidney allograft
Kidney allograft
" Kidney allograft “
Kidney allograft [All Fields]
Kidney-allograft
Kidney allograft *
Kidney allograft*
Kidney allograft［TI］
Pubmed检索(2)：特定字段检索功能
• 检索拉赫散·依尔玛兹(Rahsan Yilmaz)的文献
•
姓在前，全拼；名在后，缩写
•
利用auther index 查全
•
Yilmaz, R
•
zhong sz
•
• 检索<American Journal of Pathology>上的关于
mad cow disease的文献
Pubmed 常用字段
tag
Field name
Tag
field name
AB
Abstract摘要
TI
AD
Affiliation 单位
MH MeSH Terms主题词
AU
Author
PT
Publication Type
DP
Publication Date
SO
Source
TW
Text Word
TA
Journal Title
TIAB
Title/abstract
LA
Language
IS
ISSN
CP
Title
Publication Country
案例：
脐带间充质干细胞研究
• 间充质干细胞（mesenchymal stem cells,MSC）
是干细胞家族的重要成员，在体内或体外特定的
诱导条件下，可分化为脂肪、骨、软骨、肌肉、
肌腱、韧带、神经、肝、心肌、内皮等多种组织
细胞，连续传代培养和冷冻保存后仍具有多向分
化潜能，可作为理想的种子细胞用于衰老和病变
引起的组织器官损伤修复。
高级检索
Pubmed检索(1)：辅助检索的功能键
•
•
•
•
•
•
Limits 各种检索条件的增、减
Preview 预检索
History 检索历史
Index
索引
Detail
系统实际执行的检索式
Clipboard 暂时保存检出的记录
Pubmed检索(1)：辅助检索的功能键
• 请利用PubMed检索2000年以来有关65岁
以上老人阿尔茨海默病（Alzheimer
Disease）死亡率（mortality）的多元分析
(meta analysis)文献。
Pubmed检索(2)：MeSH检索
文献太多，如何保证查全和查准？
Mesh(Medical Subject Headings) 词表！
美国国立医学图书馆编制的权威性主题
词表。 MeSH在文献检索中的重要作用主要
表现在两个方面：准确性（准确标识文献内
容的主题）和唯一性。
主题词
关键词
流感, 禽
禽流感、鸟流感、家禽瘟症、鸡瘟
Neoplasms
Neoplasm、Tumors、Tumor、Cancer·····
Aspirin
Aspirin、Acetylsalicylic Acid、Micristin、Solprin·····
为什么要用MeSH主题词检索？
• 减肥药
•
•
•
slimming, diet, weight-loss, anti-obesity
drug, drugs, medication
capsules, pills, tablets
Anti-Obesity
Agents
Pubmed检索(2)：MeSH检索
• 减肥药的副作用方面的最新英文文献？
•
（要求涉及的研究对象为19-24岁的年轻女
性。）
• "Anti-Obesity Agents/adverse effects"[Mesh]
• Limits: 时间、语言、实验对象、性别
Pubmed检索(2)：MeSH检索
• 检索有关疯牛病(mad cow disease)流行病
学(epidemiology)的文献.
• "encephalopathy, bovine
spongiform/epidemiology”[ Mesh
Terms]
Pubmed检出结果的显示
• 检出结果的显示格式
•
summary
•
填写参考文献的基本信息
•
abstract
•
提供全文链接
•
medline
•
可以帮助查看MeSH字段
Display: summary
Display: abstract
Display: medline
PubMed中的非英文文献
Outline:
• 如何检索
•
基本检索功能
•
利用MeSH字段，提高检索效率
•
针对临床
•
clinical query
•
topic-specific query
• 检出结果的分析
•
gopubmed
•
ISI Web of Knowledge
•
www.scirus.com
http://www.gopubmed.com/
http://www.scirus.com/
GoPubmed—GO+MeSH
知识挖掘工具
•
GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德
累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识
开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索
、分析的工具。
http://www.gopubmed.com/
Gene Ontology (GO)
•
Controlled vocabulary for the annotation
of gene products
http://www.geneontology.org/
19,468 terms. 95.3% with definitions
10391 biological_process
1681 cellular_component
7396 molecular_function
利用GoPubMed了解四个“W”
W
W
W
W
What Who Where When
http://www.scirus.com/
Text Mining in biomedicine
• Why biomedicine?
– Consider just MEDLINE: 16,000,000
references, 40,000 added per month
– Dynamic nature of the domain: new terms
(genes, proteins, chemical compounds, drugs)
constantly created
– Impossible to manage such an information
overload
From Text to Knowledge:
tackling the data deluge through text mining
Unstructured Text
(implicit knowledge)
Structured content
(explicit knowledge)
CONTACT detail :
• 办公室：图书馆六楼 参考咨询部
•电
话: 020-61648053
• E-mail: [email protected]
•
QQ: 852832875