Transcript Pubmed - 北京大学医学图书馆

PubMed生物医学数据库检索方法与技巧
刘春艳
北京大学医学图书馆信息咨询部
[email protected]
主要内容







PubMed概况
PubMed数据来源
PubMed检索机制
PubMed检索运算符
PubMed检索方法
结果的显示、打印、保存
其他辅助功能
1. PubMed概况

创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国
生物技术信息中心(NCBI)


1997年6月开始向全球开放
特色：具有收录范围广、内容全、检索途径
多、检索体系完备等特点，部分文献还可在
网上直接免费获得全文。
2. PubMed数据来源



MEDLINE：
[pubmed-indexed for medline]
In Process Citations：每天收录，尚
未经规范处理的数据。[pubmed-in
process]
Publisher-Supplied Citations：由出
版商提供的电子文献，每条记录标有
[PubMed-as supplied by Publisher]。
3. PubMed检索机制

自动转换匹配功能


(Automatic Term Mapping)
短语检索

(Phrase Searching)
3.1 自动转换匹配功能

对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序
进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转
换顺序是：


MeSH表
期刊刊名表
短语表
作者索引
如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed
将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的
过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍
找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，
各个词之间也是AND逻辑关系。
3.2 短语检索


也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语
作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”
将其引起来。
如：“drug therapy”作为词组进行检索的
词，系统不进行自动转换匹配，也不进行
MeSH词的扩检。
4. PubMed检索运算符

逻辑运算符
逻辑运算符



①逻辑“与”运算AND：
检索式写成A and B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B
的文献才是命中文献。
AIDS and therapy
②逻辑“或”运算OR：
检索式写成A or B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词
B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。
AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome
③逻辑“非”运算NOT：
检索式写成A not B，表示包含检索词A同时不包含检索词B
的文献为命中文献。
Hepatitis not Animal
PubMed 网址

IP地址：http://pubmed.gov
限制检索
高级检索
基本检索
主题检索
临床咨询
5. PubMed检索方法





5.1
5.2
5.3
5.4
5.5
基本检索
高级检索
限制检索
主题检索
临床咨询
5.1 基本检索
默认检索字段
为主题、作者、
期刊
5.1 基本检索
关键词、词(词组)或短语：

⑴ 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；
⑵ 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；
⑶ 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。

限制检索字段：如liver cancer[ti]

作者：Smith J 、

仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smith[au]

2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索

如：Joshua Lederberg
5.1 基本检索

期刊刊名：
⑴可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；
⑵ 可 用 期 刊 简 称 ： JAMA[TA] ； (The Journal of the
American Medical Association)

复杂表达式：liver cancer AND therapy

带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract
基本检索举例：肝癌的治疗


分析该检索课题，包含两个方面：
 肝癌：liver cancer；
 治疗：therapy
两个主题之间的逻辑关系是AND，即

liver cancer AND therapy
基本检索举例：肝癌的治疗
输入：liver
cancer AND
therapy
“肝癌的治疗”的基本检索结果
高级检索
5.2 高级检索
5.2 高级检索
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献

分析该检索课题，包含两个方面：
 作者为：马大龙（ma dl）；
 作者单位为：
北京大学（peking university）。
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
第一步：输入作者姓名
输入：ma dl
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
第二步：输入作者单位
输入：
peking university
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
5.3 限制检索
限制检索
5.3 限制检索

限制检索或条件检索：Limit
(1)文献类型：日期：
(2)语种：
(3)动物/人类：
(4)性别：
(5)数据库子集的限定：
(6)年龄组：
(7)是否带有摘要或全文：
(8)字段：
限制日期
限制文献
类型
限制研究
对象
限制子集
限制是否带有
全文、摘要
限制语种
限制性别
限制年龄
限制字段
限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献

分析该课题，可知：


主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapy
限制条件有两个：


语种为英文（English）；
文献类型为综述（Review）
限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献
第3步：限制
文献类型为综
述（Review）
第1步：输入
liver cancer
and therapy
第2步：限制
语种为英文
（English）
限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献
主题为： liver
cancer and
therapy
限制条件：英文；
综述
5.3 主题检索

点击MeSH
Database打开主
题检索界面
根据medline数据主题标引的
规范性，利用主题词进行的研
究，对提高查全率、查准率会
有相当的帮助。
限制检索
高级检索
基本检索
主题检索
临床咨询
5.3 主题检索
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献


分析该检索课题，有两个概念：长春新碱
（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：
 对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应
组配副主题词“治疗应用（therapeutic
use）”；
 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组
配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。
同时这两个概念之间是AND的关系。
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
副主题词
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献

我们通过两个主题检索分别得到了：



“长春新碱/治疗应用” 的检索结果
“白血病/药物疗法” 的检索结果
下面我们要把这两个检索结果用AND组
合起来，就需要用到检索史
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
5.5 临床咨询和系统评价


可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临
床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；
也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，
如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导
以及有关遗传学方面的问题等。
5.5 临床咨询和系统评价
临床咨询
5.5 临床咨询和系统评价
系统评价
5.5 临床咨询和系统评价
检索医学遗传
学研究方面的
文献
6. 结果的显示、打印、保存


显示
保存、打印
6.1 结果的显示

显示格式：系统提供的显示格式很多，
一般较常用的有以下4种：
 （1）Summary：为默认显示格式。显
示的信息包括文献的标题、著者、出
处、PMID、综述出版类型、非英文文
献的原文语种等。
 （2）Abstract：显示信息除了文献标
题、著者、出处等基本信息外，还包
括摘要信息，以便用户了解文献详细
内容。
6.1 结果的显示

（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格
式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、
题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版
类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。
6.1 结果的显示
6.2 检索结果的保存

保存记录
 在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完
成将记录保存为文件。
 选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。
 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部
记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面
可用于保存一次或多次检索的结果记录。
6.2 检索结果的保存
7 其他辅助功能



7.1 检索策略的存储和调用
7.2 全文链接
7.3 相关文献链接
7.1 检索策略的存储和调用




使用My NCBI(Cubby)
首先要登记注册
保存检索策略
定期浏览新的检索结果
7.2 全文链接
7.2 全文链接
7.3 相关文献链接
7.3 相关文献链接
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