Transcript PubMed - 北京大学医学图书馆

PubMed生物医学数据库检索方法与技巧
刘春艳
北京大学医学图书馆信息咨询部
[email protected]
主要内容







PubMed概况
PubMed数据来源
PubMed检索机制
PubMed检索运算符
PubMed检索方法
结果的显示、打印、保存
其他辅助功能
1. PubMed概况

创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国
生物技术信息中心(NCBI)


1997年6月开始向全球开放
特色：具有收录范围广、内容全、检索途径
多、检索体系完备等特点，部分文献还可在
网上直接免费获得全文。
2. PubMed数据来源



MEDLINE：
[pubmed-indexed for medline]
In Process Citations：每天收录，尚
未经规范处理的数据。[pubmed-in
process]
Publisher-Supplied Citations：由出
版商提供的电子文献，每条记录标有
[PubMed-as supplied by Publisher]。
3. PubMed检索机制

自动转换匹配功能

(Automatic Term Mapping)
3.1 自动转换匹配功能

对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序
进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转
换顺序是：


MeSH表
期刊刊名表
短语表
作者索引
如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed
将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的
过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍
找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，
各个词之间也是AND逻辑关系。
人重组三叶因子（human recombinant trefoil factor）

("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All
Fields] OR "human"[All Fields])
AND recombinant[All Fields]
AND ("trefoil factor"[Supplementary Concept]
OR "trefoil factor"[All Fields])
4. PubMed检索运算符

逻辑运算符
逻辑运算符



①逻辑“与”运算AND：
检索式写成A and B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B
的文献才是命中文献。
AIDS and therapy
②逻辑“或”运算OR：
检索式写成A or B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词
B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。
AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome
③逻辑“非”运算NOT：
检索式写成A not B，表示包含检索词A同时不包含检索词B
的文献为命中文献。
Hepatitis not Animal
PubMed 网址



IP地址：http://pubmed.gov
Leukemia
"leukaemia"[All Fields] OR
"leukemia"[MeSH Terms] OR
"leukemia"[All Fields]
基本检索
高级检索
主题检索
临床咨询
5. PubMed检索方法




5.1
5.2
5.3
5.4
基本检索
高级检索
主题检索
临床咨询
5.1 基本检索
默认检索字段
为主题、作者、
期刊
5.1 基本检索
关键词、词(词组)或短语：

⑴ 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；
⑵ 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；
⑶ 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。

限制检索字段：如liver cancer[ti]

作者：Smith J 、

仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smith[au]

2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索

如：Joshua Lederberg
5.1 基本检索

期刊刊名：
⑴可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；
⑵ 可 用 期 刊 简 称 ： JAMA[TA] ； (The Journal of the
American Medical Association)

复杂表达式：liver cancer AND aflatoxin

带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract
基本检索举例：肝癌和酒精的关系


分析该检索课题，包含两个方面：
 肝癌：liver cancer；
 酒精：alcohol
两个主题之间的逻辑关系是AND，即

liver cancer AND alcohol
基本检索举例：肝癌和酒精的关系
输入：liver
cancer AND
alcohol
“肝癌和酒精的关系”的基本检索结果
高级检索
5.2 高级检索
5.2 高级检索
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献

分析该检索课题，包含两个方面：
 作者为：马大龙（ma dl）；
 作者单位为：
北京大学（peking university）。
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
输入：ma dl
Peking
university
高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
5.3 主题检索

点击MeSH
Database打开主
题检索界面
根据medline数据主题标引的
规范性，利用主题词进行的研
究，对提高查全率、查准率会
有相当的帮助。
基本检索
高级检索
主题检索
5.3 主题检索
主题词(headings)：

直接、准确表达主题概念的词或词组。
每个概念只能用一个主题词表达如：肿
瘤





cancer
Carcinoma
Tumor
Neoplasm
……
Neoplasm
副主题词(subheadings)：







副主题词：用于对主题词的某一特定方面加以限定，强调主题概
念的某些专指方面。
如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、
代谢（metabolism）、 诊断（diagnosis）
主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，
是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准
确性。
如：白血病的药物治疗
leukemia/drug therapy
但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副
主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类
目。























TI - [Bisoprolol: opportunities in the treatment of hypertension].
AB - Bisoprolol (bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possess
intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. The main indications
for bisoprolol are arterial hypertension (AH) and heart failure. This article
provides an overview of the literature on the potential uses of bisoprolol in the
treatment of hypertension. The features of the pharmacokinetics of the drug. The
data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability in
patients with concomitant disorders……….
AU - Minushkina LO
SO - Kardiologiia. 2012;52(6):80-5.
MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse
effects/pharmacokinetics
MH - Biological Availability
MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics
MH - Comorbidity
MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology
MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics
MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology
MH - Humans
MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology
MH - Perioperative Care/methods
MH - Therapeutic Equivalency
MH - Treatment Outcome













MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse
effects/pharmacokinetics
MH - Biological Availability
MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics
MH - Comorbidity
MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology
MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics
MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology
MH - Humans
MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology
MH - Perioperative Care/methods
MH - Therapeutic Equivalency
MH - Treatment Outcome
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献


分析该检索课题，有2个概念：长春新碱
（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：
 对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应
组配副主题词“治疗应用（therapeutic
use）”；
 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组
配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。
同时这两个概念之间是AND的关系。
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
副主题词
主要主题词
不扩展下位树
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法
主题检索举例：
长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
5.4 临床咨询和系统评价


可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临
床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；
也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，
如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导
以及有关遗传学方面的问题等。
5.4 临床咨询和系统评价
临床咨询
系统评价
检索医学遗传
学研究方面的
文献
6. 结果的显示、打印、保存


显示
保存、打印
6.1 结果的显示

显示格式：系统提供的显示格式很多，
一般较常用的有以下4种：
 （1）Summary：为默认显示格式。显
示的信息包括文献的标题、著者、出
处、PMID、综述出版类型、非英文文
献的原文语种等。
 （2）Abstract：显示信息除了文献标
题、著者、出处等基本信息外，还包
括摘要信息，以便用户了解文献详细
内容。
6.1 结果的显示

（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格
式来显示检索结果。字段内容主要包括
PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语
种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版
状态等。
6.1 结果的显示
6.2 检索结果的保存

保存记录
 在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完
成将记录保存为文件。
 选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。
 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部
记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面
可用于保存一次或多次检索的结果记录。
6.2 检索结果的保存
7 其他辅助功能



7.1 检索策略的存储和调用
7.2 全文链接
7.3 相关文献链接
7.1 检索策略的存储和调用




使用My NCBI(Cubby)
首先要登记注册
保存检索策略
定期浏览新的检索结果
7.2 全文链接-摘要格式显示
7.2 全文链接-打开单篇详细页面
7.3 相关文献链接
7.3 相关文献链接
综合检索实例



腹痛的并发症
检索课题中包含两个主要概念：腹痛、
并发症
采用主题词途径和基本途径相结合方法
进行检索。
第一步，输入相应的主题词 “Abdominal Pain”为了不遗漏
文献，主题检索有关设置为：主题词扩展、不加权 ，组配相
应的副主题词“Complications” ；
第二步，在基本检索框中输入（abdominal pain OR
bellyache OR celiodynia OR celialgia OR
coeliodynia）AND complication进行基本检索；
第三步，点击“advanced”，根据尽量不遗漏文献的需
要， 在检索框中输入 #7 OR #9或者点选相应检索式前
的方框，再点击“OR”按钮，进行检索。
检索练习

（1）检索雌激素受体基因多态性与心血管疾病关系的文献




（2）眼结核引起失明的文献



ocular tuberculosis
Blindness
（3）检索有关“医院水净化（Water Purification）管理”
方面的综述文献



Estrogen receptors
gene polymorphism
cardiovascular diseases
Review
Water Purification
（4）叶酸预防神经管畸形


folic acid
neural tube defects


（5）题目中有青霉素G的原文为英文的综述文献
 penicillin G
 Review
(6)检索2008年以前关于青少年（13-17岁）横纹肌溶解症
（rhabdomyolysis）诊断方面的文章。
 Adolescent: 13-17岁
 2008年之前
 Rhabdomyolysis
 diagnosis