Transcript 第五章_STR自动分型
第六章 STR自动分型 Tel:0373-3831716(O) 监督电话：0373-3029945 法医物证学教研室 2011.10.20 STR自动分型 特点：自动化程度高 快速、灵敏、准确、稳定 重复性好 核心：建立多基因复合扩增体系时采用3-4种荧光染料分别标记不同 的STR基因座引物，同一种荧光染料标记的STR基因座扩增产物 大小不重复。复合扩增产物的片段分离识别及各个等位基因命名 由自动化设备完成。 荧光标记STR复合扩增 实质：采用四、五种荧光染料，其中一种用于染料与复合扩增产物混 合后同步电泳的分子量内标DNA片段，余下的3或4种染料颜色标 记STR基因座。 荧光染料标记在引物的5′端，扩增后使相应PCR产物的一条链均携 带标记引物的荧光染料。使扩增产物在检测设备上易识别。 注意事项: 同一荧光标记的不同STR的等位基因片段范围不能重叠， 前一个STR最大的等位基因与后一个STR最小的等位基因相距最 少10bp。 在一个荧光复合扩增体系中，组合荧光染料的发射波长相差越大越 好。 荧光标记的分析方法 荧光法：亦称荧光PCR技术（fluoresence PCR, F-PCR），是1995 年由美国PE公司首先研制成功。 在荧光染料与引物保持完整时，荧光报告基团的荧光被荧光抑制 基团淬灭，而在荧光染料与引物分离后，荧光报告基团才发出报 告荧光，且荧光的强度与PCR产物的数量呈正比。荧光检测仪器 透过PCR管壁能直接检测到荧光信号的波长和长度变化。 荧光法融汇了PCR的灵敏性、DNA的特异性和光谱技术精确定量 的优点，电脑同步跟踪，数据自动化处理，直接探测PCR过程中 的变化以获得定量的结果，不需要做PCR后处理或检测，完全闭 管操作。 荧光标记方法示意图 8 repeats Locus 1 10 repeats 8 repeats Locus 2 9 repeats 毛细管电泳图谱 步骤 步骤：1 多色荧光标记STR复合扩增。 2 扩增产物电泳前进行处理。 3 毛细管电泳分离STR片段，激光诱导的荧光检测，由设备检 测并数据化存储。 4 自动数据采集并分型。荧光颜色分离，计算片段大小，确定 各个等位座的基因分型。 毛细管电泳 毛细管电泳仪的基本结构包括高压直流电源，荧光激发光源，荧 光检测器，自动样品盘和控制进样、电泳、检测与记录的计算 机。 适用范围：能够检测100～500bp范围，长度相差1bp的两个DNA 片段。 分离DNA片段的机制 毛细管中的聚合物溶液在一定的浓度下形成筛 网状结构。DNA片段在溶液中泳动时，不同片 段DNA受到的阻力不同，小片段较大片段受到 阻力小，易通过。变性的DNA片段电泳迁移率 与片段的大小表现为线性关系。 过程 荧光标记STR基因分析技术是利用荧光标记的引 物在PCR扩增STR基因座时，使PCR产物的一条链带上 荧光标记。这种带有荧光分子的DNA 片段在凝胶中从阴 极向阳极迁移，按片段长度大小排列，当迁移到阳极端 的激光扫描仪的扫描窗口，荧光染料受到激发，发出一 定波长的光，按荧光强度记录下来，每一个带荧光染料 的DNA片段电泳轨迹按各自通过激光扫描窗口的实际时 间被记录下来，以荧光吸收峰来表示每一个片段。峰值 越高，表示该片段量越多；峰出现的时间与片段大小有 直接关系，片段越小，峰越早出现。计算机保存所有片 段通过扫描窗口的实际时间及其荧光特征。 ABI 310 的检测路径图 ABI310遗传分析仪 （310 Genetic Analyzer） 毛细管 聚合胶注射器 电极 缓冲液 自动取样盘 缓冲液 毛细管电泳原理 电泳上样前样品处理 变性对检验结果的影响 对近百份血液(斑)、精斑、烟头及组织等生物样 品分型结果进行比较发现，使用310电泳时，样品变 性与否不影响检验结果,可简化了检验方法。310上样 样品组成为12ul去离子甲酰胺、0.3ul～0.5ul ROX及 lul PCR扩增产物，混匀后即可上样电泳。电泳前未变 性而得到与变性一样检验结果的原因可能为：第一去 离子甲酰胺(中性或弱酸性)本身有变性作用；第二于 7M尿素变性聚丙烯酰胺凝胶毛细管电泳中60℃ 电泳 时本身可使样品变性；第三上述一、二的联合作用。 DNA 分型 电泳对荧光颜色不同的DNA片段的峰进 行长度检测，并对应不同的颜色。DNA 片断与内标比较后确定长度。 最后与以同样方式确定的等位基因 Ladder比较，得到未知样本的PCR产物 片断分型。 310分析原始图谱 （Raw data） STR等位基因分型流程 数据收集 确定结果 确定峰 分析者浏览数据 Genotyper 标记峰 GeneScan 颜色分离 Genotype读取等 位基因 与Ladder对比 光谱分离前的现象 荧光检测器对多色荧光信号进行检测时， 荧光染料间的发射波长差值越小，不同的荧光 染料间存在明显的光谱交叉重叠,光谱交叉重 叠形成的干扰信号就越强。当干扰信号达到和 超过数据分析设定的阈值时，就被误判为一个 片段峰，一个荧光标记在不同荧光在相同的位 置上显示大小不同的伪峰、无法识别片段。 光谱分离 概念：每种荧光染料标记的特殊颜色的一系列片段峰单独区分出来， 同时消除不同颜色间的干扰峰，这个处理过程就叫光谱分离。 步骤：1 设定一个判断信号峰的信号强度阈值。 根据一个峰信号最强的颜色，将该峰归到相对应的颜色组中， 就可以把峰信号归到不同的颜色组中。 2 消除一种颜色峰中的存在的其他的干扰信号。 重点：建立matrix文件 根据Matrix数值表，消除干扰信号，只保留单一、最强的颜色 峰。该峰的峰高和面积在处理前后无变化。 matrix文件 Matrix数值表：用来定量表现荧光片段峰中各种颜色信号强度相 对的比例关系的数值表，在STR荧光标记检测分析技术中称为 Matrix数值表。 matrix文件：由此数值表构成的相应计算机文件称为matrix文件。 matrix文件是在电泳matrix标准品时，计算各种颜色峰之间的平均 干扰强度值而获得。 注意事项：当更换缓冲液、毛细管、激光管、荧光检测器等物时， 需重新建立matrix文件。 矩阵处理 (Matix) Matrix及Ladder对结果分析的影响 1 对于使用仪器，国外实验室通常做法是一般每隔3～6个月做一次 Matrix，以有利于得到准确的分析结果。 2 每次电泳时都应同时电泳Ladder，如果采用以前做的Ladder分析 Profiler plus9个STR位点时，大部分检材大片段STR位点D18S51、 D7S820在3l0上均能自动标上等位基因名称时，仍可采用该 Ladder分析电泳结果。如果多数等位基因表现为OL Allele(off— ladder allele)则应考虑重新电泳Ladder。 毛细管的更换 ABI公司早先推荐检验STR的毛细管电泳次数为 100次，以后又提高到200～300次。大量使用后认为， 一般情况下，每根毛细管电泳可超过千次。更换毛细 管的条件为：首先电泳时引物峰出现后吸收值基线高 于2048RFU以上；其次TH01 9.3、10等位基因无法区 分；其三在其它条件均不改变的条件下，分析已知血 斑结果时，杂峰多。其中第二点最为重要。 DNA片段分子量计算 分子量内标：含有一系列已知碱基数的标记DNA片段。 内标片段的电泳相对时间数据，描述了各个已知碱基数的内标 DNA片段电泳迁移速度与片段大小的关系。 利用已知碱基数的内标DNA片段与电泳获得的相对时间值，可建 立一个直线回归方程。 已知一个未知片段电泳获得的相对时间值，就可通过方程式得知 未知片段大小。 注意事项：未知片段不能超出内标长度的范围。 红色峰的片 段大小 内标 等位基因分型 Ladder:包含扩增体系中每个基因座的全部的已知等位基因。 Ladder中每个基因座等位基因的荧光标记与未知样本扩增产物的标记 种类相同。 Ladder经颜色分离和计算分子量大小后，程序对Ladder中的等位基 因命名。 未知样本数据中的各种颜色及每种颜色各片段与Ladder中的相应的颜 色和等位基因范围相比较，通过比较样本中的片段与Ladder中等 位基因相同，如相同，就用该等位基因命名，不同，就识别为offladder。 D8S1179 D21S11 (12 alleles) (24 alleles) D3S1358 (8 alleles) D19S433 (15 alleles) D7S820 CSF1PO (10 alleles) (10 alleles) TH01 D13S317 D16S539 (10 alleles) (8 alleles) (9 alleles) VWA TPOX (14 alleles) (8 alleles) AMEL D5S818 FGA low (2 alleles) (10 alleles) (19 alleles) 100 bp 150 bp 139bp 160 bp 200 bp 250 bp* D2S1338 Blue panel Green panel (14 alleles) Yellow panel D18S51 (23 alleles) Red panel FGA high (9 alleles) 300 bp Orange panel 340 bp 350 bp LIZ-labeled GS500 DNA sizing standard Figure 5.6, J.M. Butler (2005) Forensic DNA Typing, 2nd Edition © 2005 Elsevier Academic Press 通过与等位基因标准比对来进行STR分型 （STR genotyping is performed by comparison of sample data to allelic ladders ） Microvariant allele DNA分型图谱 分析浏览数据 分型标准品等位基因命名错误 在ladder中，每个基因座的各个等位基因 的量不是完全相等，电泳检测时，其相应的信 号强度也不同。若某个基因座的某个等位基因 片段相对较少，电泳时上样量又偏少，峰的阈 值设置过高， ladder中该等位基因未能被正确 识别。在对ladder进行等位基因命名时，相应 基因座的等位基因全部或部分命名不能被命名 或错误命名。 D8S1179 D21S11 (12 alleles) (24 alleles) D3S1358 (8 alleles) D19S433 (15 alleles) D7S820 CSF1PO (10 alleles) (10 alleles) TH01 D13S317 D16S539 (10 alleles) (8 alleles) (9 alleles) VWA TPOX (14 alleles) (8 alleles) AMEL D5S818 FGA low (2 alleles) (10 alleles) (19 alleles) 100 bp 150 bp 139bp 160 bp 200 bp 250 bp* D2S1338 Blue panel Green panel (14 alleles) Yellow panel D18S51 (23 alleles) Red panel FGA high (9 alleles) 300 bp Orange panel 340 bp 350 bp LIZ-labeled GS500 DNA sizing standard Figure 5.6, J.M. Butler (2005) Forensic DNA Typing, 2nd Edition © 2005 Elsevier Academic Press 如果这个未识别的等位基因是ladder中某个基因座的 第一个等位基因，计算机系统就会把第2个等位基因 错误的命名为等位基因1.，该基因座的样本的等位基 因也必然减少1个等位基因命名。 如果在某一个基因座的第1个等位基因前出现伪峰， 这峰是由于PCR扩增滑脱造成的。当上样量过大或峰 阈值设置过低的，这伪峰就误认为是该基因座的等位 基因1.该基因座的样本的等位基因也必然增加1个等 位基因命名。 处理方法 为防止这种错误出现，要求STR分析中，每次 检测电泳时需要同时分析一个已知对照DNA样 本。 内标识别错误 现象：内标信号太低，标准品峰信号太低，电泳 系统不能有效分辩相邻的两个等位基因的情况 下，自动分型系统将不能完成对分型标准品的 数字化命名。 原因：信号太低，分析范围设置错误和电泳数据 不全。 处理方法 1 信号低 通过调整阈值可正确识别内标，或 重新电泳。 2 分析范围设置错误 通过调整分析范围纠正。 3 电泳数据不全 通过修改分子量内标参数可 以正确识别内标。 基线跳跃或摇动 现象：基线跳跃或摇动可使基线太高，超过阈值 峰，程序将把这些超过阈值的基线识别为无数 个峰片段，在图谱上标为off-ladder. 原因：分析调用的matrix文件错误或者不适合。尤其 是信号过强时。 处理方法：避免盲目增加电泳上样量，信号过强，应降 少上样量或稀释产物。。 理想的峰值在1000-3000之间。 Stutter带 概念：在STR分型图谱中，常常在一个目标STR等位基因峰前少一个 重复单位的位置出现一个信号较弱的峰，这种额外的峰就是由于 PCR过程中的复制滑脱形成的扩增片段，称为阴影峰。 Stutter带形成原因是PCR扩增时有时Taq酶滑脱，导致某些PCR产物 比正常PCR产物少一个重复序列 。Stutter带峰高一般是正常PCR 峰高的15%以下，对于非混合样品，Stutter带很易区分，Stutter 带总是位于阴极侧，量少(峰低）且少于主峰一个重复单位。在同 一位点，Stutter带的出现机率随着等位基因片段的增大或者扩增 体系中DNA量的增加而增加 。对于混台样品，尤其是随机混合的 现场检材，则判断混合等位基因时应慎重。 处理方法：减少样本DNA模板，或者减少电泳 的上样量以降低峰信号强度。提高峰阈值或采 取锋信号过滤，就可以消除Stutter带。 非模板依赖加A 现象：在DNA聚合酶能够在扩增产物的3ˊ末端非特异性地连接一个腺 苷酸。 Profiler Plus及Cofiler试剂盒28个循环后需延长60℃45min，其 目的是使3’末端未加A PCR产物加A ，如果省略60℃45min，则在 扩增时同一等位基因部分会未加A，表现为双峰。 双尖峰：同一个等位基因形成加A PCR产物片段与未加A PCR产物片 段，在电泳分析时被识别为2个峰， 2个峰基部融合为一个峰，这 种尖部分分叉形成两个峰尖，称为双尖峰。 形成原因：模板过多、含有PCR抑制剂、酶过少或酶活性减低。 一般小片段的等位基因内多见。如果大片段出现双尖峰，可能是 该基因座出现等位基因变异。 比较同一样品是否省略60℃45min的检验结果，分型无差异(见图 1)，但FGA23.2、23.3、24及D21S11 30.2、30.3、31及TH01 9.3、 10等位基因分型时应慎重。模板DNA太多时也会使PCR扩增产物 部分等位基因未加A，电泳结果也可表现为双峰 用Profiler Plus试剂盒PCR扩增是否省略 60℃ 45min对检验结果的影响 其他伪峰 现象：当设备电流输出出现短暂跳动时。在数据 峰图上会出现信号基线的突然跳动。表现为图 峰突然抬高的断层式图峰，可能识别为片段峰。 特点：左侧近似直线抬高，达到峰尖后稍慢回落。 呈现楔形。每种颜色在相同的位置都会类似的 峰。 当电极缓冲液中有带负电固体颗粒，信号峰上 出现棒状图形。（直线上升，直线下降） 处理方法：过滤电极缓冲液。 性别识别图谱异常 Amelogenin基因座常用于鉴定样本性别。偶尔 会存在Amelogenin基因座区域的基因变异或 缺失。出现错误结果。男性样本只检出X或Y。 处理：加做Y-STR. 峰的均衡性 一般情况下,纯合子的峰高和面积比杂合子的高， 但相差不会超过 30％ 。两个杂合子的峰高和面积相当。 实际上，在两个杂合子等位基因中，小片段的峰高大于大片段的。 原因是扩增不平衡。 有些检材9个STR位点等位基因均与对照样品一致，但检材中每个 位点内等位基因之间峰高相差远远大于30 ％ 。这主要是因为DNA 模板量太少，等位基因不平衡扩增所致，这时应重新或加大模板 量后再进行PCR扩增，或者用有机法重新提取DNA后再扩增，一 般可以解决上述问题。 若出现两等位基因的峰高相差超过70%，就要考虑混合样本。 杂合性丢失或3等位基因 杂合性丢失：在杂合子中，只出现了一个等位基因，但它的峰高 和面积与其他的杂合子的等位基因相似。 判断杂合性丢失：同一基因座重新设计引物，或与亲缘鉴定出现 矛盾。 3等位基因：一个基因座出现3个等位基因。 分析：如果有多个基因座出现3个或4个等位基因，说明样本污染。 如果一个基因座出现3等位基因。说明基因突变。 某三甲医院委托鉴定是否存在交叉污染现象，采用16个基因座系统检测。 结果显示：该细胞在4个基因座出现三等位基因现象，说明有其他人类细胞交叉污染。 3等位基因（二） 分析3l0电泳结果，有时一个样品Profiler Plus系统的7～8个STR位 点均为单纯检材，仅1～2个STR位点表现为混合检材，即一个位 点出现3个等位基因。遇到这种情况，可将该检材4色荧光图谱置 于一个窗口内，使4色荧光图谱纵轴线同一位置上均含有一吸收峰。 非特异性杂峰(spike)形成的原因一般认为是，排掉毛细管电泳后 的废胶时，前次电泳样品荧光标记物未从毛细管上剥离 发现非特 异性杂峰，样品必须重新电泳，以达到消除杂峰的目的。 一个位点出现3个等位基因的另一个常见原因为基因突变 部分或全部STR位点扩增失败 在吸收值较高时，小片段STR位点等位基因结果明确，而大片段 STR位点比如D18S51、D7S820则未检见PCR产物。 显然主要原因不是因为模板量太少，如果排除了DNA降解因素， 则可能为模板内存在PCR抑制剂， 此时在扩增体系中调整模板DNA用量或者用有机法重新抽提DNA， 减少或者去除PCR抑制剂，以使9个STR位点均能检出。 有条件的实验室最好在PCR扩增前进行DNA纯化。由于Chelexl00 法在提取DNA时不容易把杂质去除干净，所以如果未检见谱带或 者谱带不全，应用有机法重新提取。 抑制剂的作用浓度 SDS PCR抑制剂类型 离子去污剂 ，蛋白变性，0.01%即可完全抑制PCR 反应，0.005%可显著降低产量 苯酚 蛋白变性，0.5%即可完全抑制PCR反应，0.2%可显 著降低产量 乙醇 大于1%的浓度可抑制PCR反应，但在某些系统中可 增加产量。 异丙醇 抑制作用比乙醇稍强 乙酸钠 大于5mM时抑制PCR反应 氯化钠 大于25mM时抑制PCR反应 EDTA 0.5mM可使PCR产物减少，1mM完全没有PCR产物。 血色素 1mg/ml 肝素 0.15I.U./ml 尿素 20mM（相当于10μl PCR体系中含0.6μl尿液） 氯高铁血红素 0.1ng/μl 丹宁酸 0.1ng/μl PCR 增强剂 PCR增强剂可以增加所需PCR产物的产量或减少非特异性产物。有许 多的PCR增强剂，原理各不相同，这些试剂不可能对所有的PCR反 应都起作用。 根据其作用和原理，可以大致分为三类： 1.用于扩增高GC含量或形成复杂二级结构的模板（共溶剂）（甜菜碱 （betaine），二甲基亚枫（DMSO）和甲酰胺（formamide），甘 油） 2.用于保护DNA聚合酶的活性和稳定性（ 0.1mg/ml的BSA、0.1-10％ 的明胶） 3.用于优化引物和模板的结合（ 10-20mM的硫酸铵、氯化四甲胺） 4.其它增强剂（ PEG、亚精胺、单链DNA结合蛋白） off-ladder峰 在STR分型图谱中，常会遇到部分样本的少量片段峰未被程序化 数字命名，在分型图谱中被识别为off-ladder峰。 产生原因：大多数由于扩增产物在电泳过程中发生漂移，远离了 原来的位置，系统无法识别。 处理方法：通过分析已判定的等位基因分别于各自等位基因漂移 的情况，对off-ladder峰漂移进行校正。人工命名该等位基因。 室温不同，电泳的速度不同。在一定范围内温 度越低，电泳结果越好。 电泳缓冲液和毛细管使用的次数越多，毛细管 质量问题，将使电泳分辩率下降。电泳缓冲液 和毛细管质量问题及两者超期使用，是形成分 辩率下降和严重飘移的重要原因。 产生原因2:少数是由于出现稀有等位基因（标准物未包含的等位基 因）。 两种情况： 稀有等位基因出现在一个基因座的大小等位基因范围中，多由于 在基因突变中数个碱基插入或缺失引起。 稀有等位基因出现在一个基因座的大小等位基因范围外，多由于 基因座滑脱引起。 第五节 影响因素 分为三个因素 1 降解检材 2 PCR抑制物 3样本污染 4 微量检材 模板 对于大多数PCR反应，确定样本中DNA的量是必要的， 因为PCR反应的最佳模板浓度范围是较窄的。ABI公 司的试剂盒要求最佳的模板量是1-2.5 ng，会得到最优的 结果。 采用5ul反应体系的理由是，其一ABI公司推荐的9600 型PCR扩增仪最低扩增量为5ul；其二310每次上样量 为1ul PCR产物，每次实验均必须保证重复一次，故 总扩增体积量至少应为2ul，将粘壁、扩增时挥发等消 耗因素考虑进去，5ul体系为最小体系，这样便极大节 约了成本。 生物检材可提取DNA的量 样本类型 DNA含量 血液 20000-40000ng/ml 血痕 250-500ng/cm2 性交后的阴道擦拭物 10-3000ng/ 拔出的毛发（带毛根） 1-750ng/毛根 脱落的毛发（带毛根） 1-10ng/毛根 唾液 1000-10000ng/ml 口腔拭子 100-1500ng/棉签 尿液 1-20ng/ml 精液 150000-300000ng/ml 骨 3-10ng/mg 组织 50-500ng/mg DNA模板量影响 DNA模板量太少可表现为：等位基因的丢失，因 PCR反应没能扩增到DNA片段。 模板量太多则表现为： 分析中分裂峰行或者峰超 出分析范围。 要想得到满意DNA检验图谱，加人模板DNA应严 格定量。 降解检材 为法医DNA分型提取生物检材时，防止DNA模 板的降解和去除PCR反应的抑制物都重要。抑制 物或降解DNA的存在会导致PCR反应的彻底失败 或对大片段PCR产物检材的灵敏度减低。 STR分型成功需要样本DNA分子中包括引物 结合区和其下游的完整DNA分子。对于降解样本， STR基因座等位基因片段越短越容易分型。在复 合扩增体系中，随着等位基因片段由小到大复合 扩增产物在电泳峰图上的信号逐渐衰弱，当降解 严重时部分小片段基因座检出，甚至全部基因座 分型失败。 降解检材的机制 DNA通过很多机制降解，包括酶解和化学反应，在细胞死后， 其中的DNA分子面临细胞核酸酶，以及周围环境中的细菌、真菌 和昆虫的猛烈攻击。 水解作用和氧自由基的破坏作用可限制DNA的成功修复和扩 增。水解作用的主要目的是糖骨架的寡糖基。这里的裂解会导致 核酸的丢失，然后单链终止。，如果有一条足够长的DNA链在引 物退火时或者在正反引物之间断裂，PCR扩增的效率就会下降或 目的片段扩增失败。所以高温和潮湿这些能加速水解的因素。是 破坏DNA分子完整的最大的因素。 紫外线照射可使DNA分子发生胸腺嘧啶交联，抑制PCR反应 中酶的活性。 解决方法 基因座重新设计引物，减少扩增产物的片段长度。基因座选用 与数据库兼容的基因座（选用试剂盒涉及的STR）。 PCR抑制物 在扩增现场提取的DNA时面临的一个难题是样本中含有抑制剂干 扰PCR扩增过程。 抑制剂抑制扩增的方式：1 干扰DNA提取中的细胞溶解过程。2 通 过降解和结合核酸发挥抑制作用。3 抑制聚合酶活性。 在法医检案中，通常有两种PCR抑制物：血色素和棉布的靛青染 料。在进行线粒体DNA扩增时毛发的黑色素也是PCR的抑制剂。 这些抑制剂在PCR扩增时可结合于Taq酶的活性位点上，抑制酶的 扩增功能。 抑制剂来源 抑制剂 来源 胆酸盐 粪便 复杂多糖 粪便，植物材料 胶原质 组织 血红素（heme） 血液 腐植酸 土壤，植物材料，自然界 水 黑色素 头发，皮肤 尿素 尿 血色素hemoglobin 血液 靛青染料 粗斜纹棉布 聚苯乙烯，聚丙烯 紫外线照射塑料管 蛋白酶 牛奶 钙离子 牛奶，骨头 解决方法 1 稀释基因组DNA模板，同时PCR抑制也会被稀释。 2 在PCR反应体系中增加Taq酶的量， 部分Taq酶中和抑制物，避免 抑制剂参加反应。 3 更换ＤＮＡ聚合酶。 ４在PCR反应体系中添加牛血清白蛋白或甜菜碱等物质可以防止或减 少ＰＣＲ抑制物的作用。 ５用氢氧化钠处理模板，可以消除ＰＣＲ抑制物的作用。 ６在ＰＣＲ扩增前进行纯化，提取出的DNA从抑制剂中分离开。 样本污染 PCR具有高灵敏性，可扩增小量ＤＮＡ，但是如果不采取正确的 防护措施，它的灵敏性同时就会带来麻烦，尤其是微量检材。 我们一定要严格遵守实验认可的操作程序，才能避免高浓度ＤＮ Ａ的污染。例如来自实验室人员的ＤＮＡ的污染。 一旦发生污染，可能导致“排除” 或“不确定” 的结论。 污染的来源剂处理方法 污染是在试验的过程中偶尔发生的ＤＮＡ转移。 ＰＣＲ过程存在三个可能的污染源： 环境中基因组DNA造成的样本污染； ＤＮＡ提取时造成的污染； 前一次扩增产物的污染。 第一种污染来源取决于现场样本的采集和证据采集人员的防护措施， 只能在一定程度应载体对照的方法进行监控。 后两者可以通过遵守规范的实验操作程序和划分工作区域来控制。 微量检材 根据生产厂家的推荐, 标准STR 分型方法使用最低的模板 DNA 量应在250pg 左右, 通常获得最佳效果的DNA 量应为1ng , PCR 循环数应在28～30 以下。 当模板DNA 的量极少时, PCR 扩增就会发生随机效应，即 当DNA 模板量低于100pg 时, 在PCR 中的前几个循环会对姊妹染 色体上DNA 分子的一个等位基因随机选择进行扩增, 随机扩增的 分子在以后会被优先扩增, 对杂合子样品的检验结果会造成明显不 对称扩增, 甚至造成等位基因丢失。 所以, 在PCR 中要规定使用最小的DNA 模板量, 以避免随机 扩增的发生。 “证据链”重要性举例 经典案例回顾 －“世纪审判” 1994年6月12日深夜11点50分，在洛杉矶市西区，一条日本狼狗狂 吠不已，爪子上沾满血迹，使一对散步的美国夫妇心生疑惑，尾 随这条狼狗。 来到一座公寓楼前，结果发现了两具鲜血淋漓的尸体。他们立刻 狂敲隔壁住家大门，想借电话报警。但是，却把宅主吓得半死， 以为来了劫匪，便立刻打911电话报警。 洛杉矶市警署两位警官接警后，火速赶到现场，发现是一宗恶性 人命案后，他们便呼叫重案处的刑警前来增援。 被害白人女性，35岁，名叫妮可，是黑人橄榄 球明星辛普森的前妻；被害的白人男子25岁， 名叫戈德曼（Ronald Goldman），是附近一家 意大利餐馆的侍者。两人皆因利刃割喉大出血 致死。 辛普森与妮可的两个孩子尚在二楼熟睡，没有 目睹这可怕的场面。 辛普森涉嫌杀人案 1. 嫌疑人－辛普森 全名为欧•杰•辛普森(O. J. Sympson)，出身黑人贫困家庭， 获全美大学橄榄球联赛最高荣 誉奖海斯曼奖，进入国家橄榄 球联盟，成为职业橄榄球的优 秀选手。退役后，成为美国广 播公司（ABC）和国家广播公 司（NBC）聘为体育节目主持 人。令爱好体育的美国人倾倒， 更成为家喻户晓的人物。 美国辛普森涉嫌杀人案 死者 妮可·布朗（Nicole Brown） 是辛普森的第二任妻子 ，在同 居8年之后，辛普森与妮可结 婚，婚后育有 一子一女。但 是，从1989年开始，妮可多次 打报警电话称辛普森对她殴打。 戈德曼 是妮可现任男朋友 ，白人， 在附近一家意大利餐馆的当侍 者。 妮可家大门半敞开 美国辛普森涉嫌杀人案 妮可·布朗倒在门前的阶梯下 门前走廊可见多量 血迹和血鞋印 在辛普森住宅围墙后门的路上停着 一辆白色福特野马型越野车。在驾驶 员位置的车门把手上发现了微小血 迹 。 工作人员正用棉签提取驾驶 员车门把手上的微量血迹 现场发现的一只占有 血迹的黑色皮手套 可是辛普森在法庭上称现场的那只手套比 他的尺寸小，不能作为他作案的工具 在辛普森住所发现一双 沾有血迹的袜子 另一只沾有血迹的右手黑色皮手 套（地点？）。这只手套与在凶 杀案现场发现的另一只手套看似 很相配。 现场的血鞋印 “辛普森杀妻案”中的重要物证： 全球仅有299双的布诺马利鞋 案件中的法医物证检验 在妮可住宅外发现的一只左手血手套和在辛普森住宅内发现 的另一只右手血手套为一副。根据 DNA检验，上面有两位受 害人的血、毛发和衣物纤维以及辛普森的福特车内毯子的纤维； 现场发现一处不清晰的带血鞋底印。经调查，鞋底印是由一双 12号的意大利产布鲁诺•马格利牌男鞋所留。与辛普森使用的 鞋吻合； 在妮可住宅后门发现的血迹经检验为辛普森的血。 在辛普森的汽车车门和方向盘上发现的血迹经检验为混合血， 同时有辛普森和妮可的血，还有第三个人的血； 在辛普森卧室的床下找到带血袜子，检测认为袜子上的血有被 害人的血； 检方呈庭的重要证据之一是血迹化验和DNA检验结果。刑事专家 一致同意，血迹化验和DNA检验的结果不会撒谎，但是，如果血 迹受到污染、不当处理、草率采集或有人故意栽赃，那么它的可 信度则大打折扣。在辛普森案中，这些毛病全都存在。 辛普森的辩方证词 警方涉嫌非法搜查 1. 警察在搜查辛普森家时没有持搜查证，并且没有其他警察在场， 这不仅说明他的搜查是非法的，所提取的物证不可信，而且不能 排除借机栽赃陷害的可能。 2. 据调查，有些警员甚至还将证据放在自己的车上带回家，忘了 送到化验室去。 3. 警方在辛普森家中找到的袜子，在现场勘查笔录中没有提到在袜 子上发现血迹，现场勘查录像上也未有血袜。警方有多张辛普森 卧室的照片，部分照片并没有拍到地毯上的带血的袜子，有的照 片上却有。这些照片的顺序也有出入，血袜是后来放上去的还是 原来就有，一直都没有合理的解释。 检验结果表明，所有疑点都聚集在辛普森一人身上。辛普森涉 嫌杀人似乎已是无法低赖的事实。 但是，辩方阵营认为这些“血证”疑点极多，破绽百出。 最终,最后在证据“充分”的情况下辛普森逃脱法律制裁，在 用刀杀前妻及其男友两项一级谋杀罪的指控中以无罪获释，仅 被民事判定为对两人的死亡负有责任。本案也成为美国历史上 无罪推定的最大漏洞案件。 法医DNA实验室在进行DNA证据收集和检测时提高了警惕， 以便再被怀疑。 总 结 法医DNA分型可以应用于各种情况的鉴定。 DNA分型技术已经成为越来越多的法医实验 室日常采用的支柱技术。 DNA检测技术已发展成为一项灵敏而有效的 协助工具，给罪犯以严惩，还无辜者以清白。