Transcript Problemas en Terminología Médica

ESCUELA DE INGENIERÍA Y ARQUITECTURA
DE LA UNIVERSIDAD DE ZARAGOZA
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MÁSTER UNIVERSITARIO DE INGENIERíA BIOMÉDICA
ONTOLOGÍA Y TERMINOLOGÍA MÉDICA:
POR QUÉ LA LÓGICA DESCRIPTIVA NO ES SUFICIENTE
Sistemas de la Información en Biomedicina
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AUTOR
Violeta Rioseras Aurensanz
FECHA
Marzo 2014
Índice

Introducción

Problemas en Terminología Médica

Teoría de Particiones Granulares

Ingeniería Ontológica de LINKBASE®

Conclusiones
Introducción
Actualidad
 Ontología: representación del conocimiento
Percibida actualmente como la solución de primera instancia para todos los
problemas relacionados con la terminología biomédica

Lógica descriptiva: lenguaje de representación del conocimiento
Actualmente vista como un requisito mínimo en los sistemas basados en ontologías

Ingeniería ontológica: conjunto de actividades que engloban el
proceso de desarrollo de una ontología: su ciclo de vida,
metodologías, herramientas y lenguajes necesarios para la
construcción de una ontología
Sin teoría ontológica puede ser suficiente para desarrollar terminologías para la
entrada de datos en sistemas, dónde los usuarios necesitan sólo seleccionar términos
a través de una jerarquía
Introducción
Actualidad (continuación)
 Enfoque que da la ingeniería ontológica está lejos de
cumplir los requisitos de los sistemas de información en
biomedicina:
HACER FRENTE GRAMATICALMENTE A
COMPLEJOS REGISTROS DE LOS
PACIENTES Y OTROS DOCUMENTOS
EN MÚLTIPLES LENGUAS NATURALES
Introducción
SOLUCIÓN: Principios de ontología biomédica (tesis)
 Conocimiento de los términos y la forma en que se
utilizan en las construcciones; términos válidos dentro del lenguaje
natural.


Conocimiento sobre el mundo; cómo los referentes denotados por
los términos se relacionan entre sí en la realidad y en los tipos de contexto.
Un algoritmo capaz no sólo de calcular la representación de un usuario
de la lengua (de esa parte del mundo), sino también el seguimiento de
las formas en que la gente expresa lo que no funciona
Índice

Introducción

Problemas en Terminología Médica

Teoría de Particiones Granulares

Ingeniería Ontológica de LINKBASE®

Conclusiones
Problemas en Terminología Médica
1. Caso de SNOMED RT

SNOMED RT: una terminología de referencia para la
atención de la salud.

Diseñado para complementar la amplia cobertura de los conceptos
médicos, con un conjunto de funciones avanzadas

Terminología de referencia para la representación de los datos clínicos

Representa múltiples jerarquías e incorpora la descripción lógica; a
un amplio conjunto de conceptos en varios niveles de granularidad
Problemas en Terminología Médica
1. Caso de SNOMED RT
Problemas en Terminología Médica
2. Problemas lingüísticos
 Significados confusos en términos que no permiten
ambigüedades
• Ejemplo:
- “IMPLANTATION OF MAMMARY ARTERY INTO VENTRICLE
(PROCEDURE)” with code 55230008/P1-31884
- “OPERATION TO ESTABLISH DRAINAGE OF VENTRICLE
(PROCEDURE)” with code 34947000/P1-91050
•
Solución: un algoritmo de NLU debería apelar a las
descripciones de conceptos formales exigidos por
SNOMED RT
Problemas en Terminología Médica
2. Problemas lingüísticos
 Construcciones agramaticales en términos.
• Ejemplo:
-
•
SNOMED RT: “MODIFIED RADICAL MASTECTOMY, BILATERAL”.
CIRUJANO: ‘’BILATERAL MODIFIED RADICAL MASTECTOMY’’
Solución: que la totalidad de los términos
proporcionados por SNOMED T fueran usados como un
léxico flexible por una máquina en la aplicación de
algoritmos en cadena para procesar textos.
Problemas en Terminología Médica
2. Problemas lingüísticos
 Discrepancia entre el concepto de etiqueta y el
significado formal.
• Ejemplo:
SNOMED-RT’s concept 108034003/P1-743F9: “URINARY BLADDER
EXCISION(PROCEDURE)” does not mean “excision of the urinary
bladder”, but rather “excision from”, or “excision topographically related
to” the urinary bladder. This can only be discovered by examining the
various subsumed concepts among which one can find 53938006/P174340: “URINARY CYSTECTOMY (PROCEDURE)”.
Problemas en Terminología Médica
2. Problemas lingüísticos
 Discrepancia entre el concepto de etiqueta y el
significado formal (continuación)
El verdadero significado de un concepto SNOMED RT se determina
por las relaciones formales que tiene con otros conceptos.
Solución: para que el usuario entienda términos
individuales de SNOMED RT, debe entender primero el
significado de las distintas relaciones empleadas en
dicha terminología.
Problemas en Terminología Médica
3. Problemas ontológicos
 Error se introduce manualmente por uno de los
sistemas constructores que incorrectamente asignan un
enlace directo a ISA (Instruction Set Architecture).
 Error como resultado del cálculo realizado por la
descripción del clasificador lógico usada en el proceso
de desarrollo de SNOMED RT

Solución: analizar la teoría ontológica de particiones
granulares.
Índice

Introducción

Problemas en Terminología Médica

Teoría de Particiones Granulares

Ingeniería Ontológica de LINKBASE®

Conclusiones
Teoría de particiones granulares
Teoría de particiones granulares
 Una
partición granular es una rejilla de células
marcadas. Es decir, un objeto que existe y que puede
ser reconocido como:
Algo Individual
Parte de un individuo
Una clase se individuos (una especie biológica)
Una enfermedad…
•
Ejemplo de partición. fronteras entre el bulbo raquídeo y
la médula espinal… etc (las particiones son más que
sistemas de células).
Teoría de particiones granulares
Teoría de particiones granulares (principios básicos)
 Una partición es el dibujo de un límite sobre un
determinado dominio.
 Viene normalmente con etiquetas y/o sistema de
direcciones.
 Debe ser verídica.
 Varias particiones pueden permitir la incorporación de
nueva información y nuevas divisiones celulares
(reflejando el crecimiento en el conocimiento sobre el
dominio correspondiente).
 …etc.
Índice

Introducción

Problemas en Terminología Médica

Teoría de Particiones Granulares

Ingeniería Ontológica de LINKBASE®

Conclusiones
Ingeniería Ontológica LINKBASE®
LINKBASE®
 Ontología
médica a gran escala desarrollada y
mantenida por el equipo de ‘Lenguaje y Computación
NV’, utilizando el sistema de creación de la ontología
LINKFACTORY®.
 Contiene
más de 1.5 millones de lenguajes
independientes , todos vinculados al lenguaje natural de
varios idiomas.
 Estructura de tipo red semántica, mucho más rica que
los sistemas terminológicos.
 Los datos se cambian a diario. Entre 2000 y 4000
modificaciones diaras
Ingeniería Ontológica LINKBASE®
Particiones en LINKBASE®
 Se
describe la realidad
representación:
•
•
•
•
en
cuatro
dispositivos
de
‘Domainentity’: representa un aspecto específico del domino de
entidades que determinan una partición o perspectiva (ej: meningitis;
capturada por la partición de la inflamación).
‘Meta entidad’: entidades que han sido en primer plano por las células
de particiones preparadas por terceros
Entidad de enlace de dominio: relaciona un dominio de entidad a otros
dominios. (ej: corazón en la hipertrofia cardiaca; meninges en la
meningitis)
Criterio: combinación de un dominio de entidad de enlace con el
dominio de la entidad hacia el que se señala el enlace (ej: dolor de
cabeza)
Ingeniería Ontológica LINKBASE®
Particiones en LINKBASE®
Ingeniería Ontológica LINKBASE®
Declaraciones en LINKBASE® corresponden a la realidad


Para uso correcto de LINKFACTORY® , si una entidad
del mundo real es declarada como una instancia de una
entidad de dominio, todo lo que se dice sobre el dominio
de la entidad se aplica a la instancia.
LINKFACTORY® está diseñada para ayudar a crear
particiones a los autores de ontologías. Permite
particiones que serán utilizadas como dispositivos de
obtención de conocimientos
Índice

Introducción

Problemas en Terminología Médica

Teoría de Particiones Granulares

Ingeniería Ontológica de LINKBASE®

Conclusiones
Conclusiones
Conclusiones




Los sistemas diseñados sin trasfondo ontológico tienen
problemas que dificultan su uso en aplicaciones de
comprensión del lenguaje natural.
La implementación actual de SNOMED RT no tiene
profundidad semántica.
Tipos diferentes de especialización necesitan ser
incorporados en la ontología.
En definitiva, un buen enfoque es tener sistemas que
mantienen el lenguaje y la ontología de manera
equilibrada. No es suficiente contar con herramientas
formales que no se basan un una teoría ontológica.
MUCHAS GRACIAS POR SU ATENCIÓN