Transcript GENETICA 2010

GENETICA
2012
PARTE II: HERENCIA
Teorica 3
Tamaño del genoma
• El contenido de ADN es designado con la letra C
• El numero de cromosomas es designado con n
VARIACION DEL TAMANO DEL GENOMA DENTRO DE
GRUPOS de ESPECIES
VARIACION DE Tamaño DEL GENOMA ENTRE
ESPECIES CON FENOTIPOS SEMEJANTES
Valor C, n y mitosis
Valor C, n y meiosis
Del Tamaño del genoma pasamos a MARKERS especificos que
permiten IDENTIFICAR a un genoma
Regiones repetitivas en el ADN
Nomenclatura:
MINISATELITES: VNTR
MICROSATELITES: STR
DISPERSOS: LINES y SINES
VNTR EN HUMANOS: la huella genética
Problema: si individuo 2 es la madre e individuo 5 es el hijo:
Cuales pueden ser los padres?
VNTR: QUIEN ES EL ASESINO?
STR: QUIEN ES EL PADRE/QUIEN ES EL HIJO?
PARA IDENTIFICAR LAS DIFERENTES SECUENCIAS
SATELITE A NIVEL CROMOSOMICO, SE UTILIZAN
DISTINTAS TECNICAS DE TINCION :
BANDEO G, BANDEO C, FISH
BANDEO C
FISH Y CHROMOSOME PAINTING
Marker no repetitivos : SNPs: la forma mas comun
de variacion en el genoma (> 1%)
•1:1000 pb es un SNP
•Sinonimos o no-sinonimos
WHOLE GENOME WIDE ASSOCIATION STUDIES: GWAS
Comparan el ADN de 2 grupos: individuos con una enfermedad (casos) e individuos
smiliares sin la enfermedad (controles). En una muestra de ADN de cada individuo,
millones de variantes genicas (SNPs) son analizadas. Si una de las variantes esta
presente con mayor frecuencia en el grupo de individuos con la enfermedad, el
SNP se considera “asociado” con el rasgo patologico.
A partir de aca el SNP se considera que “marca” una region del genoma humano
con influencia sobre el riesgo a padecer esa enfermedad.
El llamado “effect size” es la fuerza de asociacion entre el SNP y el rasgo fenotipico.
En contraste con estudios que analizan especificamente un numero acotado de
regiones genomicas, los estudios GWAS analizan el genoma entero. El estudio se
considera por ende “non-candidate-driven” en contraste con los estudios “genespecific-candidate driven”
ASSOCIATION STUDIES
Para estudiar la herencia (como se transmite
el material genetico de una generacion a la
siguiente), los marcadores repetitivos (VNTR,
STR, Alu, ) y los marcadores no repetitivos
(SNPs) son utiles.
Por que estos estudios parecieran haber
resultados menos informativos de lo
esperado?
Que paso con la HEREDABILIDAD
esperada?
Algunos posibles errores de diseno de los
estudios de asociacion
Tamano de la muestra
Cantidad de SNPs incluidos
Eleccion de la poblacion “control”
Eleccion de poblaciones europeas
Algunos error conceptuales
Sobrestimar la simplicidad del genoma
Subestimar el rol de la interaccion genoma-medio
Subestimar la seleccion natural
Subestimar la interaccion genica
Subestimar otras alteraciones: CNV!