LES FLORES

L’environnement est loin d’être stérile : Évolution des germes en fonction de l’atmosphère Flores dépendent du type d’organe et de sa situation par rapport à l’extérieur (flores digestives, oropharyngées, vaginale…) Il existe des flores de l’environnement : air – terre - eau

IMPORTANCE DE LA CONNAISSANCE DES FLORES

Concerne médecin, biologiste, infirmière :  Lors des prélèvements : ne pas contaminer le malade ni le prélèvement  choix de l’antiseptique, hémoculture, ECBU  Si pénétration de cette flore (plaie, perforation d’organe…) : antibiothérapie probabiliste adaptée à la flore résiduelle  Intérêt en chirurgie : prophylaxie Ex organisation eu bloc opératoire : Changer de vêtements : flore extérieure (air, eau, hôpital…) Surchaussure : flore du sol Lavage des mains : flore cutanée, avec de l’eau filtrée : flore de l’eau Air purifié : flore aérienne Masque : flore oropharyngée  Adapter au mieux les règles d’hygiène

 Digestion  Villosités intestinales  Stimulation du système immunitaire  Effet barrière ROLE DES FLORES

FLORES HUMAINES

FLORE DIGESTIVE

Salive Streptocoques alpha (salivarius, mitis…) – lactobacilles – pneumocoque Neisseiria Anaérobies : x10 aérobies Levures : Candida albicans Protozoaires : Trichomonax tenas, Endolimax gingivalis….

 10 8 germes/ml Flore rhinopharyngée

1 gouttelette de salive = 1 mm 3

Idem + : staphylocoques 

100.000 germes

Staphylocoque aureus : portage 30 %) Pneumocoque : 15 à 30 % Haemophilus : 20 % Streptocoque A : 15 %

Estomac Duodéno-jejunum pH acide : bactéricidie (sauf BAAR) Augmentation des anaérobies Problème si achlorydrie : comme la salive  10 à 100 germes/ml  10 2 à 10 4 germes /ml Ileon Anaérobies +++ : Bacteroïdes Sterptocoque, entérobactéries  10 5 à 10 8 germes/ml Contenu de l’intestin grêle : 1 litre  Soit 10 8 germes Colon Bactéries : 40 % du poids des selles Environ 400 espèces différentes (99 % anaérobies) Rapport ana/aérobies : duodénum : 1/1 iléon : 10/1 colon : 10 à 10 000/1 Aérobies sont les pathogènes  10 9 à 10 11 germes/ g de selles

FLORE RESPIRATOIRE

Stérile à partir de la trachée

FLORE CUTANÉE

Zones sèches : 10 2 à 10 4 /cm 2 Zones humides : 10 5 à 10 6 /cm 2 Surface corporelle 2m 2 10 8 germes sur tout le corps Résidents : corynébactéries – staphylocoque epidermidis – propionibacterium acnes… Candida (autres que albicans) Acariens Transitoire : hospitalière – pathogènes – résistance aux antibiotiques

FLORE VAGINALE

pH acide : bactéricidie Lactobacilles (flore de Döderlein) Staphylocoques coagulase négative, corynébactéries Entérobactéries – streptocoques… Levures : candida Portage streptocoque B : 20 à 30 %

FLORES DE L ’ENVIRONNEMENT

• • • Eau : potable :< 100 germes/ml égouts : 10 5 à 10 7 /ml Aliments : < 100 germes /g Air : pur (Chamonix) : < 5 UFC/m 3 /hôpital : 200 à 500 UFC /m 3 vestaires : 10 3 à 10 5 /m 3 • • Surfaces : propres : 5 à 50 /25 cm 2 sales : 1000 à 2000/cm 2 Terre : 10 6 à 10 9 /g (putréfaction)

HOMO CONTAMINUS

10 fois plus de bactéries que de cellules Rhinopharynx : ½ litres rejetés par jour

MALADE AIR PERSONNEL SUPPORT INERTE SUJET PREDISPOSE

FLORES ET INFECTIONS

3 grandes classes pathogènes : intrinsèque contagion réservoir : homme malade ex : tuberculose - lèpre - syphilis - choléra - peste - fièvre typhoïde méningocoque - gonocoque commensaux : réservoir : homme sain gradient de potentiel pathogène non spécifiques saprophytes : pathogènes possibles tétanos - gangrène gazeuse - légionellose - aspergillose

Donc infection quand

: • le bon germe • au bon endroit • en quantité suffisante Malade Virulence

MECANISME DE L ’INFECTION

RESERVOIR

Modes de transmission

Direct : Respiratoire Fécal oral Sexuel Vecteurs Indirect : eau, aliments, matériels souillés…..

Horizontale ou verticale

INVASION

• adhésion – adhésines (pili, fimbriae)  récepteurs cellulaires (muqueuses et biomatériaux) • ubiquitaires : mannose, collagène, fibronectine, ganglioside M • spécifiques d ’un tissu ou d ’un organe : – duodénum et jéjunum pour E coli et choléra – iléon pour salmonelle • multiplication :   colonisation formation d’un biofilm (biomatériaux)

pénétration du tissu : est alors une porte d’entrée une invasine bactérienne entre en contact avec son récepteur, une intégrine cellulaire ex : shigella au niveau de la zone de contact, modification du cytosquelette==> pseudopodes ==> ingestion de la bactérie doit se déplacer : nécessité de flagelles enzymes détruisant le tissu pour progresser : protéases - collagénases fibrinolysines - hyaluronidases formation de galeries : par production de gaz (C perfringens) dissémination : gagnent le sang, la lymphe, les ganglions  tous les organes fixation là où existent des récepteurs  l’hôte) lésions tissulaires (toxines, enzymes, réponse de

• PRODUCTION DE TOXINES

exotoxines

multiplication locale du germe, sécrétion d’une substance (protéique) diffusant dans l’organisme, et responsable de la maladie action à faible dose sont thermolabiles ex : tétanos - choléra - diphtérie - scarlatine - TIAC (

Staphylocoque aureus

botulisme)     action sur une cible : ex AMPc activité endopeptidase (empêche sortie neuromédiateur) : botulisme, tétanos désorganise la membrane cytoplasmique (cytolysine) : pneumolysine, shiga like, listérioysine O signal transmembranaire (superantigène): interaction sur macrophages et lymphocytes T ==> production de cytokines +++ (fièvre, choc toxique, vomissements… •

endotoxines

proviennent de la dégradation de la membrane externe du germe (BGN surtout ) : LPS thermostable activation du système immunitaire (activation du complément, production de cytokines+++, activation de la coagulation)

MECANISMES DE DEFENSES

Non spécifiques - Innés Barrière cutanéo-muqueuse

effet barrière des flores : empêche la multiplication physique : est quasi imperméable chimique : destruction des germes (acidité, lysozyme, bile...)

Elimination des germes

évacuation du bol alimentaire (selles) flux des urines tapis muco ciliaire de l’arbre respiratoire hygiène (lavage régulier) desquamation

Réponse inflammatoire

Action : vasodilatation chimiotactisme  phagocytose

Induction de la production de protéines de l’inflammation

(hépatique) : CRP – fibrinogène – haptoglobine….

Action directe sur les germes Formation d’une coque fibrineuse Interféron : résistance aux virus

Activation du complément

: activation en cascade de plusieurs enzymes, pour former une macromolécule 

Conséquences cliniques et biologiques

: - 4 signes cardinaux locaux de l’inflammation : rougeur – oedème – chaleur – douleur -- NFS : hyperleucocytose - Augmentation de la vitesse de sédimentation - augmentation des protéines de l’inflammation (CRP : bactéries ; interféron : virus)

Fièvre

Déclenchée par les substances liées au germe, ou par les mécanismes de défense Inhibe la croissance bactérienne, diminue le métabolisme

si pénétration

: gagne le tissu lymphoïde

Spécifiques : immunité humorale et cellulaire

•

DONC INFECTION SI :

– – – –

perte de substance cutanée (brûlés - escarres - plaies...) injection (KT - SAD - piqûres d’insectes...) destruction de la flore (antibiothérapie) diminution des défenses (déficits acquis ou congénitaux)

Sources Endogènes

: surtout si SAD, KT…

Exogènes

- manuportage : fréquent, peu médiatisé endémique (respect des règles d’hygiène..) « indicateurs » : BMR - environnement : très médiatisé, rare air (aspergillus) – eau (légionelles) matériel mal décontaminé aliments (TIAC) contamination des antiseptiques, produits sanguins …

Acquisition (transmission croisée) portage colonisation infection

Flore endogène HOSPITALISATION Flore exogène Flore hospitalière

?

Infection nosocomiale