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Quels examens de biologie
moléculaire prescrire et obtenir en
2011?
I Rouquette
Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers
Elles ont pour vocation de réaliser les tests moléculaires innovants pour l’ensemble des patients de la
région, quel que soit l’établissement où ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou établissement privé.
Plateforme de génétique
moléculaire des cancers
• Directeur de plateforme: E Delabesse
• Trois sites:
 Rangueil I Rouquette: poumon
EGFR/ALK/BRAF/HER2
ICR G Favre PI3K poumon
Purpan J Selves Lamant: colon mélanome
E Delabesse: BCR ABL/KIT
• A Rangueil
 2005 projet ligue: séquençage de 100 patients acquisition
d’une expertise formation technicien Tenon
 2007 demande d’activité nouvelle: acquisition d’équipements
et budget fonctionnement sur 2 ans pour commande réactifs
 2009 : intégration plateforme biologie moléculaire des
cancers du CHU (E Delabesse)
 2009 ORPAMIP: Structuration de la biologie moléculaire.(Kras,
EGFR, MSI, 1p19q).
 2010: Subvention EGFR INCa: pas de facturation clinicien
patient, remboursement déstockage
 2011: subvention INCa biomarqueurs émergents
AUJOURD’HUI
• Une AMM première ligne: gefitinib
• Une ATU: Crizotinib
• Des essais cliniques plus ou moins avancés
Un seul examen aujourd’hui indispensable pour guider
la conduite thérapeutique: recherche des mutations
activatrices d’EGFR
GEFITINIB (IRESSA®) is indicated for the treatment of adult patients with locally
advanced or metastatic non small cell lung cancer (NSCLC) with activating mutations of
EGFR.
3% 5% 3%
48%
2142 adénocarcinomes exon 19 et L858R
Incidence of EGFR Exon 19 Deletions and L858R in
Tumor Specimens From Men and Cigarette Smokers
With Lung Adenocarcinomas
Sandra P. D’Angelo et al J Clin Oncol 2011
Indications
•Financement INCa: Tous les patients atteints d’un adénocarcinome du poumon
devraient pouvoir avoir accès au test EGFR pour déterminer le statut mutationnel de
leur tumeur.
•Non acceptés par la plateforme: épidermoïdes du fumeur, NEGC
•Acceptés après discussion: épidermoïdes du non fumeur, adéno-squameux, CNPC.
Circuit des examens de biologie moléculaire
Pathologiste de
la plateforme
Pathologiste
détenteur du
matériel
CHG, CHU,
Secteur Privé
Contrôle morphologique
Extraction d’ADN
PCR
Criblage
Séquençage des variants
BILAN EGFR 2010
Trimestre 1
Trimestre 2
Trimestre 3 Trimestre 4
Nb patients 464 88
115
115
147
Nb examens
522
89
149
127
157
% mutations
Délai de rendu
17,05
15 jours
12,17
15 jours
9,57
11 jours
11,56
9 jours
% Prescriptions
secteur privé
% Non
interprétables
37,5
26,96
45,22
51,02
2,27
13,91
6,96
4,08
2009
2010
2011
PATIENTS TESTES
55
422
600 Trois premiers
trimestres
% MUTES
23%
9,5 à 17%
7 à 11%
une altération moléculaire peut être identifiée chez environ 40 % des patients atteints d’un
cancer du poumon non à petites cellules.
20-30%
12-14%
5%
16
81
Translocation EML4-ALK
Activité de l’inhibiteur oral de ALK, le PF-02341066, dans une population
de CBNPC positifs pour ALK (n = 82)
Variation maximale de la taille tumorale (%)
60
Progression
Stabilité
40
Réponse partielle confirmée
20
Réponse complète confirmée
0
-20
-30 %
-40
-60
-80
-100
Taux de réponse = 57%
Contrôle à 8 semaines : 87 %
SSP à 6 mois : 72 %
Kwak, NEJM 2010
Protéine de fusion EML4-ALK:
inversion du bras court du chromosome 2
[Inv(2)(p21p23)] qui fait joindre exons 1–13 de
EML4 aux exons 20–29 de ALK.
partie N-term. EML4
(echinoderm michrotubule associated protein
like 4)
+
portion intracellulaire du récepteur tyrosinekinase ALK (anaplastic lymphoma kinase)
20
Split signal en FISH
FISH: examen de biologie
moléculaire:
Problèmes:
Fixateur
Echantillonnage
Eosine
Equipement spécifique
Aide à la lecture
On n’identifie que la cassure d’ALK
Clin Cancer Res 2010 D5F3 or
D9E4 antibodies
J Clin Pathol 2010 ALK 5A4
Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ système de révélation
Bilan ALK 2011
Trimestre 1
Trimestre 2
Trimestre 3 Trimestre 4
(Octobre)
Nb patients 180 30
64
58
27
Nb examens
30
62
56
24
%
Translocations
Délai de rendu
20%
6,4%
1,8%
4,2%
% Prescriptions
secteur privé
% Non
interprétables
20%
20,3%
24,1%
14,8%
0%
16,1%
1,8%
4,2%
15 jours
12 jours
11 jours
11 jours
Mutations de K-Ras
Exon 1
GGT
GGC
Codon 12
Glycin
Codon 13
TGT Cystin
GTT Valine
GAT Aspartate
GCA
Codon 59
CCA
Codon 61
CGT Arginine
AGT Serine
GCT Alanine
Mutations activatrices en position 12,13 or 61
Mutuellement exclusives avec celles d’ EGFR
Associées au tabac (transv. G en T ou C)
22% des ADC ( très rares ds malpighiens)
Mais chez 15% des non fumeurs (transition G en A)
BRAF
Marchetti et al J Clin
Oncol 2011
1,046 NSCLCs
BRAF mutations were
present in 36 ADCs
(4.9%) and one SCC
(0.3%).
Twenty-one of the
mutations (56.8%) were
V600E, and 16 (43.2%)
were non-V600E.
Paik et al J Clin Oncol 2011
BRAF mutations occur in 3%
of patients with lung
adenocarcinoma and occur
more commonly in current
and former smokers
BRAF mutations occur in approximately
5% of pulmonary adenocarcinomas, often
with a papillary architecture, but in the
micropapillary subgroup, the incidence
rises to approximately 20%, similar to that
seen in thyroid and ovarian papillary
adenocarcinoma.
Yousem et al The histopathology of BRAF-V600Emutated lung adenocarcinoma. Am J Surg Pathol.
2008
Rosane De Oliveira et al Micropapillary Lung
AdenocarcinomaEGFR, K-ras, and BRAF Mutational
Profile Am J Clin Pathol 2009
Shigematsu Cancer Res 2005;
HER2 mutations were present in 1.6% (11 of 671) of NSCLC
Pao Lancet Oncol 2011
HER2 mutations are present in 2% of NSCLC
PIK3CA
PIK3CA Mutations and Copy Number Gains in Human Lung Cancer
Cancer Res 2008;68(17):6913–21] 1,6% de mutations. PIK3CA copy number gains
occur at much higher frequencies in lung cancers than do activating mutations
and the gains target squamous cell carcinomas.
IGR Essai précoce: GDC-0941, inhibiteur de la protéine PI3 kinase
Autres biomarqueurs
TECHNIQUE
NB TOTAL + %
MUT 2010
NB TOTAL + %
MUT 2011
KRAS
HRM/SEQ
BRAF
PCR-ASO
HER2
HRM/SEQ
PI3K (ICR)
SEQ
201
20%
-
558
22,9%
316
1,7%
68
1,5%
9
0%
Améliorations Techniques
• EGFR:
Passage techniques plus rapides et sensibles,
redesign des amorces, sensibilisation fixateur:
moins de prélèvements non interprétables, délais
raccourcis
• FISH ALK:
criblage IHC systématique
corrections éosine acidité, contrôle externalisé des
cas litigieux
EXON 19
EXON 21
EXON 18
EXON 20
Mutation
recherchée
DELETIONS
MUTATIONS
PONCTUELLES
MUTATIONS
PONCTUELLES
T790M
INSERTIONS
Techniques
utilisées
HRM/ ANALYSE
DE FRAGMENT
PCR-ASO
HRM/
SEQUENCAGE
PCRASO/
SEQUENCAGE
Améliorations gestion
Interface cliniciens/plateforme: Mélanie
Boussard
Fiche modifiée téléchargeable
Développements informatiques pour recueil
de données et rendu résultats (fiches
complémentaires)
PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 à 21
Tumeurs pulmonaires
Service d'Anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. Delisle
CHU Rangueil, Bt L2 - 1 avenue Jean Poulhès - TSA 50032 - 31059 Toulouse Cedex 9
Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tél Accueil 05 61 32 28 42 --- Fax 05 61 32 21 27
Identification PATIENT
Nom : ………………………….
Nom de jeune fille : …………………
Prénom : ………………………..
Date de naissance : ……./……./…….
Adresse : …………………………………………………………………………………………….
PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE
Numéro INSC :
Numéro ONCOMIP :
A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE L’EXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
(Nom et coordonnées dont tel et fax)
Identification A. PATHOLOGISTE
REFERENT détenteur du matériel tumoral
(Nom et coordonnées dont tel et fax)
Identification du Patient
NOM :
NOM DE JEUNE FILLE :
PRENOM :
DATE DE NAISSANCE :
Homme
Femme
Date de demande du test :
Type de test :
EGFR KRAS
BRAF
ALK
HER2
PI3K
Matériel Tumoral à analyser
Type de prélèvement
Biopsie
Résection chirurgicale
Autre :
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
Site de prélèvement :
Bronche
Poumon
NOM :
ADRESSE :
Autre :
Date de prélèvement :
Date de la demande de génotypage EGFR :
/
/ 20…..
Matériel tumoral à analyser :
Tabagisme :
Biopsie bronchique
Biopsie pulmonaire sous scanner
Pièce opératoire (lobectomie, pneumonectomie)
Site métastatique, préciser : ………………………………………
Date du prélèvement :
/
/ 20…..
Fumeur
Non fumeur
Indication : …………………………
Stade de la maladie : …………….
Statut tabagique :
Fumeur Non fumeur
Nombre paquets/année :
Tel :
Fax :
E-mail :
Ancien fumeur (stop en .....)
Autre :………...
Stade TNM : IIIB IV
Indications (si autre) :
CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE :
1. Du prélèvement tumoral (1 fragment de tumeur fixée et incluse en paraffine ou congelée/ choisir un bloc riche en cellules
tumorales).
2. Du compte-rendu anapath.
ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A l’ADRESSE SUIVANTE :
Service d’Anatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhès TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9
Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Mélanie Boussard tel Secrétariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27
Remarques :
PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur à base d’acide picrique. Eviter AFA.
Matériel tumoral transmis:
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
FICHE à compléter par le médecin prescripteur de l’examen et à envoyer au
médecin pathologiste en possession du prélèvement tumoral du patient.
NOM :
ADRESSE :
Nombre de blocs:
Tumeur primitive
Histologie :
Cette fiche sera secondairement envoyée au laboratoire de génotypage par le pathologiste avec le
Tel :
Fax :
E-mail :
N° bloc:
Métastases
Adénocarcinome
Autre :
Tissu congelé :
Tumorothèque
Emplacement
Fixateur (indispensable):
Cérébrales
Ganglionnaires
Autres :
Epidermoïde/malpighien
oui
non
ONCOMIP
Formol
Rangueil
Glyoxal
RCL2
Purpan
Autre
Date de réception au service d’Anatomie Pathologique de Rangueil : …….../…….../……….. Heure :……… Visa :………..
Le résultat du génotypage sera renvoyé au médecin prescripteur et au médecin anatomo-pathologiste.
Version 23/11/2011
BILAN EGFR 2011
Trimestre 1
Trimestre 2
Trimestre 3 Trimestre 4
(Octobre)
Nb patients 609 168
200
173
68
Nb examens
578
168
186
162
62
% mutations
Délai de rendu
5,9%
8 jours
9,7%
5 jours
13,6%
5 jours
6,45%
5 jours
% Prescriptions
secteur privé
% Non
interprétables
44%
37,5%
35,3%
44,1%
4,2%
1,6%
2,5%
0%
TRIM 1
TRIM 2
TRIM 3
TRIM 4
TOTAL
102
113
154
174
FUMEUR
14
58
54
64
NON FUMEUR
14
36
37
45
ANCIEN FUMEUR
9
17
20
18
NON RENSEIGNE
65
2
43
47
HOMME
53
96
83
102
FEMME
50
76
63
75
NON RENSEIGNE
3
5
10
0
TRIM 1
TRIM 2
TRIM 3
TRIM 4
TOTAL
162
157
174
FUMEUR
90
95
99
NON FUMEUR
38
32
34
ANCIEN FUMEUR
26
23
33
NON RENSEIGNE
8
7
8
HOMME
93
102
111
FEMME
68
55
58
NON RENSEIGNE
0
0
0
ANNEE 2010
ANNEE 2011
Evolution du tabagisme et du nombre de femme/homme (en %)
Aujourd’hui
•
•
•
•
Un dossier enregistré le vendredi
Résultats exon 19/21/20 IHC ALK le mercredi
Résultats KRAS BRAF HER2 le vendredi
Si demande PI3K transfert ICR si matériel restant
Délais
Délai de rendu des résultats (en jours)
TRIM 1
TRIM 2
TRIM 3
TRIM 4
2010
15
15
11
9
2011
8
5
5
5
Délai d’acheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de
biologie moléculaire (en jours)
TRIM 1
TRIM 2
TRIM 3
TRIM 4
2010
-
11
11
6
2011
5
6
7
6
Augmentation du nombre de dossiers pour les différentes analyses
depuis le début de l’activité
Les non conformités les plus retrouvées
 Fiches de prescription directement envoyée au laboratoire de biologie
moléculaire sans prélèvement
 Le stade TNM de la maladie n’est pas indiqué ou ne correspond pas aux
indications précisées pour la prescription de l’analyse
 Le statut tabagique n’est pas renseigné
 La date de prélèvement n’est pas renseignée
 Le fixateur n’est pas renseigné
 Le numéro du prélèvement inscrit sur la fiche de prescription est absent
ou ne correspond pas au numéro du bloc
 La congélation du prélèvement n’est pas indiquée
1 dossier de prescription sur 3 n’est pas conforme…
Ce qui entraine:
-Un retard de traitement et donc un retard de rendu des résultats
-Une perte de temps pour l’ingénieur qui doit rappeler les
prescripteurs/anatomopathologiste
-Un défaut dans les statistiques rendus à l’INCA
Reste à améliorer
•
•
•
•
•
Délai d ’acheminement
Délai de réponse (protéinase K, DCC)
Évolution continue des techniques
Renseignements cliniques
Projet IFCT de recueil des données
Le futur sur la plateforme
• Prescrire via le DCC ONCOMIP (Suivi, rendu des
résultats)
• Améliorer la détection des anomalies les plus utiles
(plateforme aide lecture FISH, MAD pyroséquenceur)
• Participer aux études nationales et aux STIC
• Développer l’IHC
• Développer la détection de nouveaux biomarqueurs
(amplification c-met, FGFR…)
• Exploitation des données recueillies projet IFCT
Le futur
• ALK: algorithme IHC/FISH
• EGFR: place des anticorps?
• Marqueurs prédictifs de réponse (TS..): IHC
Etudes multicentriques de validation,
STIC