Transcript MIDI System 구성 1. 가스 크로마토그래프(Agilent GC)

MIDI System 구성
1. 가스 크로마토그래프(Agilent GC):
- 분리용 컬럼: 25m X 0.20mm X 0.33 um
Ultra-2 capillary column
- 검출기 : FID
2. 자동시료 주입장치(Autosampler)
3. Chemstation software
4. Computer & Printer
5. MIDI System Software
MIDI System diagram
실험 진행 순서
실험방법(1)
1. 미생물을 표준화된 배지에 배양
Package
Aerobe
Library Name
TSBA40
Aerobes,28℃,24hr, on Trypticase soy broth agar. MRSA.
CLIN40
Clinical Aerobes,35℃,24hr, on Blood agar, Chocolate, etc.
MI7H10
Anaerobe
Yeast
Growth Medium
Mycobacteria,35℃,5-10%CO2,on Middlebrook 7H10
BHIBLA
Anaerobes,35℃,48hr,on BHIBLA
MOORE
VPI Broth-grown Anaerobe Library
YST28
YSTCLN
FUNGI
ACTIN1
Yeasts,28℃,24hr,SAB Dextrose agar
Yeasts,28℃, 24hr,SAB Dextrose agar
Fungi,28℃, 2-5days, in SAB Dextrose broth
Actinomycetes,28℃,3-10days in Tripticase soy broth
실험방법(2)
2. 시료 전처리 과정
Harvesting : 표준배지에서 배양된 균체 채취
Saponification: 세포막의 지질로부터 균체 지방산 분리
Methylation: 지방산에 methyl esters 형성
Extraction: 지방산을 수용층에서 유기층으로 전이
Base wash : GC로 분리 전 추출된 유기층 정제
정제된 지방산을 GC vial로 옮김
실험방법(3)
3. 시료 전처리 후 과정
Sherlock sequence sample table 작성
“Start sequence” 클릭하면 이때 부터 안정화된 GC에
채취한 시료 자동 주입, 결과 분석 및 프린트가 자동으로
실행됨
- Running 후 20.75분 후, 하나의 시료분석 결과출력됨
- 자동 calibration 실행과 자동 데이터 저장기능
-
Sherlock Sequence Table
Composition Report
MIDI System의 기능
1) 기본적 기능 : MIDI system software Library에
있는 데이터와 비교하여 미지 미생물의 속, 종
및 아종을 동정함
(결과값은 Similarity Index로 나타남)
2) 선택 기능 : Library Generation Software 이용
 2-D plots(subgrouping)
 Dendrogram(subgrouping)
 사용자 스스로 library 형성
(data library에 포함가능)
2-D plot & Dendrogram
 목적
- 시료들간의 관련도 분석
- 시료가 오염되었는지 Subgroup이 존재하는지를
알 수 있음
(품질관리, 임상 보건 분야에서 유용하게 사용되고 있음)
1) 2-D 데이터 해석 ; 사용단위 ED2 (X축*Y축간 차이)
- 110 미만 : 같은 종
- 60 미만 : 같은 아종 또는 biotype
- 30 미만 : 같은 strain 을 따로 running한 것
2) Dendrogram 해석 ; 사용단위 ED(Euclidian Distance)
- 10 미만 : 같은 종
- 6 미만 : 같은 아종
- 2.5 미만 : 같은 strain 을 따로 running한 것
예1) 2-D plot
예2) Dendrogram
MIDI system기능의 단계별 응용
1단계 : 기존에 존재하는 data library를 이용한
미생물의 분류 동정(아종까지)
2단계: LGS를 이용한 Dendro-gram과 2-D plot
(종사이의 유연관계 조사)
3단계: LGS를 이용한 library구축. 미생물 뿐만 아니라
지방산을 함유 물질의 library 구축 및 기존 data
library에 새롭게 entry시킴
4단계: 지방산 뿐 만 아니라 GC를 이용해 수행할 수
있는 모든 분석을 기준으로 물질 구분