Transcript 2-D DIGE: Decyder v6.5 software analysis

2-D DIGE: Decyder v6.5 software analysis
Architecture de Decyder v6.5
Co-détection des spots
Un gel, 3
images
Extrait 1
Extrait 2
Standard
co-analyse des données issus des 3
images
détection des spots sur
l’image fusion
Transfert des découpes de spot sur
les 3 images indépendantes
Quantification précise:
soustraction du bruit de fond
et quantification des spots
Cy3
Cy5
Cy2
Standard interne et quantification des spots
avec standard interne:
mesure de l’abondance par
paire de gel pour une
même aire
Gel 1
extrait 1 (Cy3)
extrait 2 (Cy5)
Standard (Cy2)
sans standard interne:
mesure de l’abondance
dans chacune des images
avec standard interne
Gel 2
extrait 3 (Cy3)
extrait 4 (Cy5)
Standard (Cy2)
: Differential In-gel Analysis
Co-détection Intra-gel + Quantification Intra-gel
Cy3
Cy5
Cy2
extrait 1
extrait 2
Standard
Cy3
Cy5
Cy2
Gel 1
Internal standard and 2 samples per gel
Gel 2
extrait 3
extrait 4
Standard
Cy3
Cy5
Cy2
extrait 5
extrait 6
Standard
Gel 3
Standard interne:
matching inter-gel et normalisation de l’abondance des spots
sans standard interne
Gel 1
extrait 1 (Cy3)
extrait 2 (Cy5)
Standard (Cy2)
- Matching des spots
- Normalisation de
l’abondance par rapport
à chaque spot du
standard
avec standard interne
Gel 2
extrait 3 (Cy3)
extrait 4 (Cy5)
Standard (Cy2)
:
Cy3
Cy5
Biological Variation Analysis
Cy2
Master
Inter-gel matching
Gel 1
extrait 1
extrait 2
Standard
Cy3
Cy5
Cy2
Internal standard and 2 samples per gel
Gel 2
extrait 3
extrait 4
Standard
Protein difference ratios
Cy3
Cy5
Cy2
extrait 5
extrait 6
Standard
Gel 3