Transcript Uso actual de SNOMED-CT en los Servicios de Anatomía Patológica en España y Europa Marcial García Rojo Coordinador de Sistemas de Información Hospital General de.

Uso actual de SNOMED-CT en los
Servicios de Anatomía Patológica
en España y Europa
Marcial García Rojo
Coordinador de Sistemas de Información
Hospital General de Ciudad Real
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha (SESCAM)
Junta Directiva de la SEIS
http://serendipia.hgcr.sescam.jccm.es/
Objetivos de la presentación
1. Contexto actual: Estándares SI en Patología
2. Introducción a SNOMED: Evolución de
codificación a terminología clínica
3. Principios básicos de SNOMED: Contenido y
estructura. Ejemplos
4. SNOMED y Europa: Del NHS del Reino Unido, a
la International Health Terminology Standards
Development Organisation (IHTSDO).
5. SNOMED en España
6. Mantenimiento y mejora del contenido
7. Subconjuntos, referencias cruzadas (“mapeos”)
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
2
Interoperability in the Hospital
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
3
Situación actual
Mambrino /
Mambrino XXI
Cartelería digital
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
Laboratorio
(SigloWeb)
Interoperabilidad: Hay estándares
para Anatomía Patológica?
Aún no se ha conseguido integración en los sistemas de información
implicados en Anatomía Patológica.
Los esfuerzos de estandarización se los sistemas de información
(proyecto Serendipia) se basan en:
CEN TC 251 (pr EN13606): Historia Clínica Electrónica
HL7: Mensajes entre aplicaciones informáticas
DICOM: imagen médica
IHE iniciativa (http://www.ihe.net/): Cómo utilizar estándares.
Noticia reciente: Se ha publicado para fase de implementación el
Marco Técnico para Patología que identifica los flujos de trabajo,
los actores (unidades funcionales y roles, p.ej: El S.I. de Anatomía
Patológica es un “actor”) y las transacciones entre ellos.
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5
Necesidad de interoperabilidad de
contenidos
•
•
•
•
•
•
•
Ámbito europeo: iniciativa i2010: Espacio Europeo
de la Información, Innovación y Servicios Públicos
(eHealth)
Ámbito nacional: Historia Clínica del SNS. Plan
Avanza (Red.es: “Sanidad en línea”)
Intercambiar informes de Anatomía Patológica
entre diferentes hospitales
Consensuar tipos de muestras, diagnósticos
Uso científico eficiente de registros de tumores
Elaborar guías o procedimientos normalizados a
nivel regional o nacional
Búsquedas de información (entre hospitales)
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6
Flujo de trabajo: IHE
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
7
Normalización de términos
“Specimen” is the physical
object that is subjected to
technical process(es) and/or
imaging procedure(s) which
results in an image(s).
Part: removed during a
harvesting or surgical
procedure (usually put in a
Box)
Tissue dice(s) created
after a fixation process
(embedded in a Block,
contained in a Cassette)
A Tissue item (section or
smear) (on a Slide).
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8
IHE. Actores y Transacciones
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9
HL7: Lenguaje para máquinas
Mensaje entre aplicaciones:
MSH|^~\&|APA||||20050714150127||ORM^O01|11407200515012714|R|2.3|PID||1|1||MOD_NOMB^MOD_APE1^MOD_APE2||19410907000000|F|
||^^^^||||||||||||||||||||PV1|||^|||^|||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||ORC|XO|1|05B0000003||CM||||||||||||
MSH|^~\&|APA||||20050714150134||ORU^R01|11407200515013414|R|2.3|PID||1|1||MOD_NOMB^MOD_APE1^MOD_APE2||1941090700
0000|F|||^^^^||||||||||||||||||||PV1|||^|||^|||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||ORC|XO
|-1|05C0000001||CM|||||0^DESCONOCIDO||10009^GOMEZ , ALICIA|||||OBR|1|1|05C0000001|^^^^|||20050714145607||0|^^^|F|||20050714000000|^^^^^|10009^
GOMEZ ,
ALICIA^^|||GI^GINECOLOGIA|||20050714145607|||F||0^^^^^^^^^|||||10002^GARCI
A^F.^H.^^||||20050714145607|0||^^^^|OBX|1||73^MUESTRA^L^A^|0|CERVIX
CT1|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|2||^MATERIAL
REMITIDO^L^^|1|CITOLOGIAS/ RASPAT CV/ A) CERVIX
CT1|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|3||^DATOS
CLINICOS^L^^|2||^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|4||^MACRO^L^^|2||^^^^||
|0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|5||^MICRO^L^^|2|A )
celulas vaginales
normales|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|6||^MICRO^L^^|3|
|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|7||^DIAGNOSTICO^L^^|4|A ) CITOLOGIA
NORMAL|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|8||^DIAGNOSTICO^L^^|5|
|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|9||T83000^SNOMED^L^^|6|CERVIX|^^^^|||0
||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|10||M00120^SNOMED^L^^|7|CITOLOGIA
NORMAL|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
10
Intercambio de información
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
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Evolución de SNOMED-CT
Nomenclatura Sistematizada de Patología  Medicina
SNOMED nació como un sistema de codificación, es decir, asignar
un código (SNOP, 1965). Aún utilizado en su versión SNOMED II
(1979) y 3.0 (1993).
En 2000 pasó a ser una terminología clínica de referencia:
SNOMED Reference Terminology (SNOMED RT)
En 2002, acuerdo con Reino Unido  SNOMED Clinical Terms
(SNOMED CT). Es año, nace la versión en Español.
LOINC (laboratorios) y NDF-RT son vocabularios controlados.
Terminología clínica: Diseñada para registrar datos clínicos
en historia clínica electrónica. Orientada a registrar aspectos
relevantes de la atención médica en forma normalizada.
SNOMED se considera una “terminología de referencia”
(incluye relaciones entre los conceptos que definen su
significado) y una “terminología de interfase”.
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Terminología de interfase
 Facilita el ingreso de datos utilizando términos
familiares para el usuario
 Facilita la búsqueda eficiente de conceptos
 Búsqueda de texto
 Navegación de conceptos
 Posibilidad de agregar calificadores
 Permite representar los conceptos utilizando los
términos preferidos por el usuario
 Permite entender el significado del concepto al
proveer una descripción completa (FullySpecifiedName)
 Permite “filtrar” los conceptos en base al contexto de
la aplicación, mediante el mecanismo de definición de
subconjuntos de la terminología
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Terminología de Referencia
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Ventajas de SNOMED CT
Amplitud del contenido
Compatibilidad con versiones previas
Adaptabilidad para su uso en diferentes escenarios
Desarrollo basado en las necesidades e
implementaciones de los usuarios
Posibilidad de pre y post coordinación
Extendible
Posibilidad de mapeos
Posibilidad de definición de subconjuntos
Múltiples lenguajes y dialectos
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Escasa implantación SNOMED CT
Es poco frecuente ver sistemas de información con una
integración de SNOMED CT. Podría ser debido a:
Desconocimiento sobre sus beneficios o
Desconocimiento en la forma de integrar SNOMED
Problemas con la conversión de sistemas anteriores
Los usuarios creen que SNOMED puede que no cubra
sus necesidades
Dificultades para la representación de conocimiento
de determinados dominios
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Contenidos de SNOMED CT
Hallazgos/conclusiones/evaluaciones
trastornos
Hallazgos clínicos (por lugar, método, función)
Procedimientos
planes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías
Estructuras anatómicas
Estructuras normales (anatomía/ topografía)
Estructuras anormales (patología/ morfología)
Función (incluso habilidades y propiedades)
Organismos Vivos
Sustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos)
Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión)
Ocupaciones
Contexto social y demográfico (raza, grupo étnico, religión, estado civil,
nivel de la educación, hábitos, relaciones familiares, etc.)
Concepts
General (contexto, 311,000
modificadores,
localización, certeza, severidad, curso,
períodos de tiempo, estadificación, estado, características)
794,000 Descriptions
Otro (especímenes, relaciones espaciales, unidades)
January 2008
920,000 Relationships
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Content Summary: January 2008
Body structure: 31,836
Organism: 27,951
10%
8%
Substance: 23,455
7%
Procedure: 53,853
17%
Pharmaceutical / biologic
product: 19,083
6%
Clinical finding: 109,310
35%
Clinical finding: 109,310
Procedure: 53,853
Body structure: 31,836
Organism: 27,951
Substance: 23,455
Pharmaceutical / biologic product: 19,083
Qualifier value: 8,903
Event: 8,446
Observable entity: 7,833
Social context: 5,251
Situation w ith explicit context: 4,911
Physical object: 4,514
Environment or geographical location: 1,740
Linkage concept: 1,135
Staging and scales: 1,112
Specimen: 1,054
Record artifact: 201
Physical force: 171
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Hallazgos clínicos
También pueden llamarse “observaciones”
Incluye signos, síntomas, trastornos,
enfermedades, resultados de laboratorio,
observaciones de imágenes, etc.
– Ejemplos:
 Dolor
 Descenso del sodio sérico
 Capaz de caminar
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Trastornos
Incluye enfermedades, o alteraciones que puedan
ser listadas como diagnósticos. Desde enero de
2005 son considerados hallazgos, pues suele
haber superposición.
– Ejemplos:
 Leucemia aguda promielocítica
 Gingivitis aguda ulcerativa y necrotizante
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20
Diagnósticos
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Entidades observables
Incluye entidades que son el sujeto de una
observación
Una vez realizada la observación
– Hallazgo= observable + valor
Ejemplos
 Frecuencia cardiaca
 Temperatura
 Viscosidad del líquido sinovial
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Procedimientos
Incluye acciones en el contexto de la
administración, tratamiento y provisión de
cuidados de la salud
Incluye intervenciones quirúrgicas y
procedimientos diagnósticos
Ejemplos
 Examen físico
 Cambio de vendaje
 Apendicectomía
 Rehabilitación poslaringectomía
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23
Ejemplos: procedimientos
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
24
Ejemplos: Procedimientos
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25
Anatomía y morfología
Estructuras anatómicas
– Hígado
Estructura del hígado
Hígado como un todo
Estructuras anormales
– Anomalías morfológicas
Quiste
Neoplasia
Fractura
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Organismos
Bacterias, hongos, parásitos
Animales, plantas
Criterio de inclusión
– De interés para la medicina humana y
veterinaria
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Sustancias y productos
farmacéuticos
Separados en dos jerarquías
 Substancias
 Ingredientes genéricos
 Productos
 Drogas clínicas
* Nombre, potencia, forma farmacéutica
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Uso de SNOMED: Tinciones
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Cómo se organizan los conceptos
Trastorno = Sitio del hallazgo +
Morfología asociada
Carcinoma papilar de tiroides
Sitio del hallazgo:
Estructura de la glándula tiroides
Morfología asociada: Adenocarcinoma papilar
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30
Sinónimos
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31
Relaciones ente términos
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Estadificaciones
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concepto de
SNOMED CT
hallazgo
clínico
hallazgo por
localización
hallazgo
relacionado
con las
regiones
corporales
hallazgo en la
estructura del
tronco
enfermedad
trastorno,
clasificado por
sitio
anatómico
hallazgo
relacionado
con estructura
pélvica
trastorno del
tronco
masa de una
estructura
corporal
neoplasia y/o
hamartoma
masa de una
región del
cuerpo
trastorno del
aparato
genitourinario
enfermedad
neoplásica
neoplasia
clasificada
según el sitio
anatómico
l
neoplasia del
tronco
trastorno del
aparato
reproductor
hallazgo
genital
trastorno del
aparato
reproductor
femenino
masa pélvica
de
neoplasia
maligna
tumor maligno
de la pelvis
trastorno del
abdomen
trastorno de
sistema
corporal
trastorno de la
pelvis
hallazgo
abdominal
trastorno de
los órganos
genitales
femeninos
trastorno de
cavidad
corporal
neoplasia
maligna
primaria
trastorno del
útero
neoplasia de
los órganos
genitales
femeninos
neoplasia del
útero
trastorno del
cuello del
útero
tumor maligno
de abdomen
neoplasia
maligna
primaria de la
pelvis
neoplasia del
cuello uterino
carcinoma de
órgano
genitourinario
tumor maligno
del cuello
uterino
carcinoma de
órgano genital
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
neoplasia
maligna
primaria del
cuello uterino
hallazgo
relacionado
con una
estructura
visceral
trastorno del
aparato
genital
femenino
mas
abdom
neoplasia del
abdomen
tumor maligno
de los
órganos
genitales
femeninos
neoplasia
maligna del
útero
neoplasia
maligna
primaria de
órgano genital
femenino
34
El Identificador de concepto
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
35
Las tablas principales
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
36
Sinónimos
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
37
Licencias de SNOMED
En abril de 2007 la gestión de SNOMED CT fue transferida a la
Organización para el Desarrollo de Estándares Internacionales de
Terminología de Salud / International Health Terminology Standards
Development Organisation (IHTSDO)
IHTSDO asume la responsabilidad de: mantenimiento, desarrollo,
garantía de calidad y distribución
El Colegio Americano de Patólogos (CAP) da apoyo inicial a IHTSDO
durante 3 años y de forma separada ofrece productos y servicios
relacionados con SNOMED, como consultoría, o formación.
Cada país que participa en IHTSDO tiene su propia entidad gestora: En
Reino Unido antes NHS  ahora UK Terminology Centre (UKTC), con las
funciones de:
 Oficina de gestión, distribución, soporte y control del uso de
SNOMED-CT y productos relacionados
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38
Qué incluye SNOMED-CT
–Las “tablas” de los conceptos, descripciones y
relaciones
–Referencias cruzadas a CIE-9-MC -con fines
epidemiológicos y/o estadísticos.
–Guía de Referencia Técnica de SNOMED CT.
–Un browser que permite navegar la terminología.
–2 actualizaciones: abril y octubre (Ed. Español) o
enero y julio (Ed. Inglés EEUU)
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SNOMED CT en Europa
International Health Terminology Standards Development
Organisation (IHTSDO), con sede en Dinamarca
SNOMED CT es un producto propiedad intelectual
registrada por el IHTSDO
9 países son miembros del IHTSDO
5 de 9 miembros son países europeos:
Dinamarca
Lituania
Los Países Bajos
Reino Unido
Suecia
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SNOMED CT en Europa
5 países europeos tienen derechos nacionales
para el uso de SNOMED CT
23 organizaciones dentro de Europa tienen
licencias
Unas organizaciones:
Hospital Geral Santo Antonio (Portugal)
C2C Consultoria TSIS (España)
Hospital de Fuenlabrada (España)
Hospital General de Ciudad Real (España)
Sociedad Española de Informatica y Salud (SEIS) (un acuerdo de
colaboración con SNOMED Terminology Solutions)
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41
SNOMED en Europa
Qué recibe el Servicio de Salud Británico (NHS) de SNOMED
Productos/Servicios
 El núcleo de SNOMED CT (inglés británico), mapeos
(ICD-10 y OPCS-4), documentación
Aplicacion(es)
Mercado(s)
 Hospitales, clínicos y otros lugares de atención dentro
del NHS
Cómo entrega los productos/servicios al mercado
 A través del NHS y SNOMED (ahora IHTSDO)
Mantenimiento
 Actualizaciones: enero, julio
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42
SNOMED en Europa
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
43
European COST Action IC0604
Scientific programme
Automation procedures in Pathology. Best
technology available and under research.
Scanning solutions for Pathology microscopic
slides.
Technological solutions for compression and
storage problems with large image files.
Virtual slide standard viewer specifications
which allow efficient reviewing of pathology
images.
International standards (DICOM, HL7,
SNOMED, CEN) and IHE initiative.
Model for pathology and other hospital
information systems
An European-scope telepathology
network
Collection of interesting and typical
samples, and clinico-pathological
sessions
http://www.conganat.org/eurotelepath
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44
EURO-TELEPATH
Current research groups
Action kick-off
Finland: Tampere University & University of
Helsinki
France: INSERM & Tribvn
Germany: University of Regensburg & Charité
Universitätsmedizin Berlin
Italy: University of Udine
Lithuania: National Centre of Pathology &
Kaunas University of Technology
Poland: Institute of Tuberculosis and Lung
Diseases, Warsaw
Portugal: Hospital Espirito Santo
Serbia: University of Belgrade
Spain: University of Castilla-La Mancha,
Hospital General de
Ciudad Real & SESCAM
Switzerland: EPF Lausanne
United Kingdom: University of Nottingham
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SNOMED en España
Edición en español: Actualización de julio de 2007 (basada
en la edición en inglés de enero de 2007)
Conceptos activos: Más de 300.000
Descripciones: Más de 700.000
Relaciones: Más de 900.000
Usuarios:
 Institut Catalá d’Oncologia
 Servicio Gallego de Salud
 Consellería de Sanidad de la Generalitat Valenciana
 SESCAM
 Balidea
 WebSanitaria…
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46
10 componentes esenciales en
patología digital
1.
Sistema de información de Anatomía
Patológica (SIAP)
2. Gestión de imágenes
3. Automatización de laboratorio
4. Identificación de objetos
5. Estaciones de trabajo específicas
6. Entrada de datos (interfaz de usuario)
7. Visualización de imágenes y datos
8. Herramientas de comunicación
9. Búsqueda de información
10. Gestión del conocimiento
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47
Telepatología
HOSPITAL A
Remitente
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
HOSPITAL B
Segunda opinión
48
SESCAM Diseño de integración
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49
Aurora Viewer
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50
Identificación portas: Tinciones
Documents
Containers
Cassettes
Slides
Bar code
Direct print:
Leica/Sakura
(2D: datamatrix)
Label (resistant) with
bar code:
Radiofrequency
(RFID):
tissue blocks
and slides
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51
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
52
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
53
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
54
Mantenimiento y mejora del
contenido
Actualizaciones (2 /año)
Aportación de nuevas entidades (¿Desde España?)
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SNOMED CT en Patología
91 licencias por el mundo para el uso de SNOMED CT
en patología
Incluye vendedores de sistemas informáticos para el
laboratorio
Incluye el Centers for Disease Control and Prevention
(EEUU) para los checklists de cáncer
Incluye licencias para el uso del subconjunto de
patología, los checklists de cáncer y las versiones
previas de SNOMED que tiene un énfasis en patología
La mayoría de las organizaciones con licencias son
hospitales dentro de los EEUU
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56
Subconjunto Anatomía Patológica
Incluye más de 70.000 conceptos relacionados
con anatomía patológica que forman parte de
SNOMED CT. Corresponde a una extensión del
antiguo Surgical Pathology Microglossary
Contribución esencial del CAP
Principal expansión: Cancer checklists
(protocolos)
Colaboración con ICD-O para morfología (Mcodes) y topográficos (T-codes)
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57
Subconjuntos: Patología
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58
SNOMED en NHS
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59
Referencias cruzadas
Referencias cruzadas [CIE-03; LOINC®; CIE-9; CIE-10
(edición británica); OPCS-4 (edición británica); NIC;
NOC; NANDA; PNDS; HHCC; The Omaha System]
Vocabularios: Enfermería, lab LOINC, SNODENT
Clasificaciones y agrupaciones: ICD-9CM, ICD-10, ICDO, PNDS)
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60
Standardized Terminologies
Integrated within SNOMED CT
ICD-9 and
ICD-10 (UK)
CPT
SNOMED CT
LOINC
ICNP
NOC
Omaha
System
PNDS
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CCC
NANDA
NIC
61
Conclusiones
España tiene previsto participar en IHTSDO
Las empresas españolas de S.I. de Patología
tienen poca experiencia en la integración de
SNOMED (más allá de codificación).
En SESCAM: Patwin (iSoft)  Novopath Web
(Vitro)
Principales problemas:
 Códigos locales
 ¿Migrar histórico SNOMED II a SNOMED CT?
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62
Conclusiones.
Aplicaciones de SNOMED
Historia clínica
electrónica
Informes de laboratorio
Almacenamiento de
imágenes
Informes de anatomía
patológica
– protocolos
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
Base de datos para las
autopsias
Sistema de apoyo para
la toma de decisiones
Codificación de la noticia
sobre la salud en la
prensa
Banco de tejidos
63
Enlaces de interés
IHTSDO:
http://www.ihtsdo.org/
 CAP (SNOMED Terminology Solutions):
www.capsts.org
NHS:
http://www.connectingforhealth.nhs.uk
/systemsandservices/data/snomed
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
64
Agradecimientos
Guillermo Reynoso, MD
[email protected]
Joe Schramm, MA
[email protected]
[email protected]
www.capsts.org
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
65
9th European Congress on
Telepathology
http://www.seapcongresos.com/telepathology2008/
[email protected]
Servicio de Salud de Castilla-La Mancha
66