Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT) Funcional: una función de una función F  f  g   f  g.

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Transcript Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT) Funcional: una función de una función F  f  g   f  g.

Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT)
Funcional:
una función de una función
F  f  g   f  g  r 
g  f r 
F  g   número
Densidad electrónica:
número de e- por unidad de volúmen en un estado dado
N
   i  r 
2
i 1
  r  d r   N
r   x, y,z 
Los métodos DFT se basan en la premisa de que la energía de una molécula
puede determinarse a partir de la densidad electrónica en lugar de usar la función
de onda
E  f 
 La E es un funcional de la 
Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT)
P. Hohenberg, W. Kong, Phys. Rev. 1964, 864, B136.
Demostraron que la E y otras propiedades de cualquier sistema químico
están univocamente definidos por la densidad electrónica
No dan idea de la forma matemática
Teoremas de Hohenberg y Kohn:
1. El potencial electrónico externo, u (ri ), de un sistema con N e- está
determinado unívocamente por su (r) + una constante
Za
u  ri   
a ria
Potencial debido a los núcleos de
carga Z, que actúan sobre el electrón i
2. Para toda densidad de prueba, tal que ρ r  ≥ 0
Se cumple que
E0  E υ  ρ  r  
y
 ρ r  dr = N
Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT)
W. Kong, L. J. Sham, Phys. Rev. 1965, 1133, A140.
Mostraron como se puede obtener la  a partir de la solución de un
conjunto de ecuaciones tipo HF y presentaron la relación matemática
entre E y 
Sistema de referencia (s) con
e- que no interactuan:
ˆ    1 2  u  r 
H

s
i
s
i 


i 1  2
n
hˆiKS
Sistema real con
e- que sí interactuan:
n
ˆ  Tˆ  u  r   Vˆ
H
   i  ee

i 1
Hamiltoniano Kohn-Sham unielectrónico
1
electrónica
ETotal
 Te s   Vne  VeeCoulombica  Exc
2
Exc  
Vxc   

Exc     T     Vee   
T  T  T  s 





1   r1    r2 

V

V

dr
dr
ee
1 2
 ee
2 
r12


La calidad de los resultados DFT depende de cómo se defina el término Vxc
Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT)
EXC  F  r 
EXC  EX  EC
Local Density Approximation (LDA)
La densidad se modela como la de un gas electrónico homogéneo con
densidad electrónica 
(subestima 10%)
Funciona bien para sólidos pero no para moléculas
E
LDA
X
1/ 3
3 3 
cX    
2  4 
 c X   r  dr
4/3
Generalized Gradient Approximation (GGA)
Toma en cuenta la densidad electrónica  y su gradiente (variación de
la densidad con la posición.
Funciona bien para sólidos y para moléculas
E
GGA
X
   r 
4/3
g  x dr
1/ 3
Si:
3 3 
g x       
2  4 
E XGGA  EXLDA
x    4 / 3
Funcionales de Intercambio, Ex:
1/ 3
LDA
E
-Slater (LSDA): coeficiente teórico, Local, (< 10%) X
3 3 
  
2  4 
4/3



r
dr

-Xa: coeficiente empírico, se usa cuando no se incluye Ec , Local
1/ 3
EXX
9 3 
4/3
    b  r  dr
8  4 
-Becke88: Local + correcciones que incluyen gradiente
g
Becke88
bx2
x    
1  6bx sinh1 x 
   bx  6b x  ...
2
2
4

sinh1 x  ln x  1 x2

x    4 / 3
-Perdew-Wang 91: incluye gradiente, mejora a Becke88 para límites de
pequeñas y grandes x
bx  b   x e
 106 x 4
2
4
x    




x

0
.
00375
x
 ....
1
6 4
1  6bx sinh x   10 x / 
2
g
PW 91
2 1.6455 x 2
-Barone: Modificación de PW91, gradiente (diferentes valores de los parámetros)
G 96
3/ 2


g
x



bx
-Gill96: Incluye gradiente
Funcionales de Correlación, Ec:
Contiene la parte no coulómbica de Vee + la diferencia entre T y T(s)
EC  ECOp  EC  EC
-VWN: Vosko, Wilk, and Nusair, Local Spin Density (LSD) Correlation
-LYP: Lee, Yang, and Parr, Local y Gradiente
-Perdew81: Local
-Perdew86: Local + correcciones de gradiente
-PW91: Perdew-Wang, incluye correcciones de gradiente
-Becke96: incluye correcciones de gradiente

2

bx0   x  x0  2  b  2 x0  1 Q  
x2
2b 1 Q


 tan


tan
ln

    A ln
X  x Q
2 x  b X  x0  
X  x
Q
2 x  b  



2
2 1/ 2
1/ 2
x
x0 ,b,c son parámetros X  x   x  bx  c Q   4c  b 
VWN
C
  
4
1  d  1 / 3 
2


2
2
 47 7 
5 1 
ab        211 / 3 CF  8 / 3   8 / 3                
 18 18 
 2 18 



2 
2
  11  
2 2
2
2
2
2

2







     2  2       2   2   


  
9  

3

3


 3
ECLYP  a 


1 / 3
a, b, c, d parámetros
e c

 11/ 3
1  d  1 / 3
  c 1 / 3 
d  1 / 3
1  d  1 / 3
CF 
2/ 3
3
3 2 

10
Funcionales más comunes:
B3LYP: Funcional Híbrido
AEXSlater  1  AEXHF  BEXBecke88  CECLYP  1  C ECVWN
A, B y C son parámetros obtenidos empíricamente de modo que los
resultados ajusten 56 energies de atomización, 42 potenciales de ionización,
8 afinidades protónicas, y 10 energías atómicas correspondientes a
elementos de la 1ra fila
A=0.80, B=0.72 y C=0.81
B3P86: Funcional Híbrido
Slater
X
AE
HF
Becke88
VWN
P86


 1  A EX  BEX
 EC  CEC
A, B y C = B3LYP, la Ec no-local correspondiente a Perdew86
B3PW91: Funcional Híbrido
Slater
X
AE
HF
Becke88
VWN
PW 91


 1  A EX  BEX
 EC  CEC
A, B y C = B3LYP, la Ec no-local correspondiente a Perdew-Wang 91
Funcionales más comunes:
B1B96: Funcional Híbrido, de un solo parámetro
cop= 0.0031
c= c= 0.038
BHandHLYP: Funcional Híbrido,
0.5EXHF  0.5EXLSDA  ECLYP
0.5EXHF  0.5EXLSDA  0.5EXBecke88  ECLYP
Funcionales definidos por el usuario:
P2 E XHF  P1  P4 E XSlater  P3 E Xno local   P6 ECLocal  P5 ECno local
Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT)
Ventajas con respecto a cálculos ab-initio
La función de onda de un sistema de N electrones tiene 3N variables
La densidad electrónica tiene 3 variables (x,y,z) para cualquier sistema sin importar
su tamaño  DFT reduce considerablemente el costo computacional
(N3 máx, MP2: N4, CI: N6 ó N7).
Se obtienen propiedades de significado químico como electronegatividad (potencial
químico), dureza (blandura), funciones de Fukui, etc
Desventajas con respecto a cálculos ab-initio
No existe una forma universal conocida para expresar la E como funcional de la
densidad. La estrategia a seguir es emplear aproximaciones, pero no hay un modo
sistemático de mejorar los resultados obtenidos ( a diferencia de ab-initio).
DFT está formulada para sistemas en su estado base, por lo que su extensión a
estados excitados no es obvia.
Métodos Semiempíricos
-Usan Hamiltoniano (Ĥ) y funciones de onda ()
-Base mínima (STO)
-OM-CLOA
-No se incluyen los electrones internos
-Parte de la data necesaria para describir adecuadamente el sistema se omite o
se aproxima
-Se usan parámetros para suplir esta información
-Los parámetros se obtienen ajustando para reproducir valores experimentales
o ab-initio de un conjunto de moléculas
•Geometrías
•Calores de formación
•Momentos dipolares
•Potenciales de ionización
•Propiedades espectrales (algunos)
Ventajas:
Mucho más rápidos que ab-initio
Desventajas:
Valores aproximados
Si el sistema difiere mucho del conjunto de moléculas usado en el
proceso de parametrización, los resultados pueden ser malos
Métodos Semiempíricos
Hückel: -Es el más simple de todos
-sólo modela los e- π de valencia de sistemas conjugados planos
-OMπ -CLOA
-usa un parámetro para describir los enlaces
-refleja la simetría orbital y predice coeficientes orbitales
-se puede calcular E deslocalización, densidad electrónica π,
Carga π efectiva, orden de enlace, índice de valenca libre
-actualmente no se usa
Hückel extendido: tight binding calculation
-Modela todos los orbitales de valencia basado en el solapamiento y
en potenciales de ionización y afinidades electrónicas experimentales
-se pueden modelar todos los elementos de la TP
-se obtienen resultados cualitativos
-se usa para describir sistemas muy grandes o con elementos no
incluidos en otros métodos
-para obtener estructura de bandas
-extremadamente rápido
-geometrías pobres
Métodos Semiempíricos
PPP (Pariser-Parr-Pople): mejora al método de Hückel
-incluye algunas repulsiones electrónicas, distingue singlete de triplete



-Las integrales correspondientes a e- internos se calculan a partir de
fórmulas empíricas aproximadas
-Las integrales correspondientes a repulsiones electrónicas de 2 centros se
evalúan a partir de fórmulas semiempíricas
-Las integrales bielectrónicas de 1 centro se calculan como la diferencia
entre potencial de ionización y afinidad electrónicas atómicas, obtenidas de
data espectroscópica
-Permite incluir CI de los electrones π
-permite obtener espectros electrónicos de buena calidad para
hidrocarburos arómaticos
-practicamente no se usa en la actualidad
-sus aproximaciones son usadas para evaluar integrales en los métodos
semiempíricos actuales
Métodos Semiempíricos
CNDO (Complete Neglect of Differencial Overlap)
-Usa base mínima de OA de valencia STO con exponentes orbitales fijos
-Desprecia las integrales de solapamiento (Todas)
-Retiene solamente las integrales de repulsión bielectrónicas de 1 y 2 centros
-Considera que las integrales de repulsión electrónicas sólo dependen de en qué átomos
están centrados los orbitales
Todas las  de un centro sobre el mismo átomo A tiene = valor
Todas las  de 2 centros sobre los mismos átomos A y B tienen = valor
-Las interacciones de atracción entre e- en el átomo A y el núcleo B, este se modela
como una carga puntual de carga = coreB
(sobreestima interacciones de 2 fragmentos )
CNDO/1: Parametrización original
CNDO/2: Mejora de la parametrización original
CNDO/S: Reparametrización para reproducir mejor los espectros
electrónicos,
peores geometrías
INDO (Intermediate Neglect of Differencial Overlap)
-Similar al CNDO pero considera algunas integrales más
-Desprecia los términos de solapamiento de 1 centros en las  de 2 ó más
centros pero los retiene en las de 1 centro
-resulatdos cualitativos, actualmente en desuso
INDO
INDO/S
MINDO/2
MINDO/S
Métodos Semiempíricos
Teorías tipo Dewar
-Tratan las moléculas como un conjunto de electrones de valencia y cores atómicos
(core = núcleo + e- internos)
-Las integrales de repulsión electrónica de 1 centro (ERI) se toman como parámetros
cuyos valores se escogen de forma que ajusten a los datos de niveles de energía
atómicos experimentales
-Las ERI de 2 centros se calculan a partir de las de 1 centro y las distancias
internucleares a través de una fórmula aproximada que puede incluir parámetros
-Las integrales restantes se evalúan a partir de fórmulas aproximadas que contienen
parámetros
-Las teorías tipo Dewar se parametrizan de modo que den buenos valores de entalpías
de formación estándar en fase gaseosa H 0f ,298
N

    H  M   
H 0f ,298   H 0f ,298 Ai
i 1

g
0
f ,298
g
Para determinar los valores de los parámetros se eligen una serie de elementos y unas
pocas docenas de moléculas que los contienen, para las cuales se conoce su geometría y
momento dipolar y se varían los parámetros de modo que se minimicen las sumas
ponderadas de los cuadrados de los errores en calores de formación, geometrías y
momentos dipolares:
 W Y
i
i
i ,calc
 Yi ,exp 
2
donde Wi son los factores de peso que determinan la
importancia relativa de las propiedades Yi
Métodos Semiempíricos
MINDO/3 (Primera teoría tipo Dewar de utilidad)
Basada en la aproximación INDO
Parametrizada para C, H, O, N, B, F, Cl, Si, P y S usando compuestos
formados por C, H, O, N
Se obtienen errores promedio de:
11 kcal/mol en calores de formación
0.022 Å en longitudes de enlace
5.6o en ángulos de enlace
0.49 D en momentos dipolares
0.7 eV en energías de ionización
Grandes errores en:
calores de formación de compuestos con anillos pequeños
compuestos con triple enlace, aromáticos, compuestos de Boro
y moléculas con átomos con pares libres
No cumplió las expectativas
Métodos Semiempíricos
MNDO (Modified Neglected Diatomic Overlap)
Basado en NDDO (Neglected Diatomic Diferential Overlap)
NDDO desprecia solamente el solapamiento entre orbitales atómicos
centrados en diferentes átomos
MNDO parametrizado para C, H, O, N, B, F, Cl, Si, P, S (MINDO/3)
Li, Be, Al, Ge, Sn, Pb, Br, I, Zn, Hg
Para la misma muestra de compuestos formados por C, H, O, N
Da mejores resultados que MINDO/3:
Métodos Semiempíricos
Más usados
AM1 (Austin Model 1)
-Parametrizado para los mismos elementos que el MNDO
-Los exponentes orbitales de valencia ζs y ζp (STO)
correspondientes al mismo átomo pueden ser diferentes
-Se modificó la expresión de repulsión core-core conteniendo 2, 3 ó
4 términos gausianos por átomo, dependiendo de átomo implicado
(y se reparametrizó)
-No describe bien piramidalización N  enlaces peptídicos
PM3 (Parametric Method 3)
Se diferencia de AM1 en:
-Las  de repulsión electrónicas monocéntricas se toman como
parámetros a optimizar (en lugar de obtenerlas a partir de datos
espectrales atómicos)
-La función de repulsión core-core contiene 2 términos gausianos
por átomo para todos los átomos
MNDO parametrizado para:
C, H, O, N, B, F, Cl, Si, P, S, Li, Be, Al, Ge, Sn, Pb, Br, I, Zn, Hg
As, Sb, Bi, Se, Te, Ga, In, Tl, Mg, Cd
-Tiende a describir N siempre piramidal  NO2
Métodos Semiempíricos
Comparación de Errores (por elemento)
Mecánica Molecular (MM):
No es un método mecánico cuántico !
No trata con Ĥ, funciones de onda ni densidades electrónicas
-Modela los sistemas moleculares como compuestos por átomos que se mantienen unidos
por enlaces caracterizados por parámetros como tensión de enlace y flexión de enlace
-Permite interacciones entre átomos no enlazados
-Trabaja con una expresión de E potencial que depende de las posiciones atómicas
-Minimizando esta energía para varios confórmeros moleculares predice geometrías de
equilibrio y energías relativas
-Son mucho más rápidos que los métodos MC, por lo que se pueden modelar compuestos
de hasta 1000 átomos
Los cambios de energía de las moléculas se asocian con:
-estiramientos de enlace (Vten)
-flexiones de ángulos de enlace (Vflex)
-flexiones fuera del plano (Vffp)
-torsiones en torno a los enlaces, rotac. Internas, (Vtor)
-interacciones entre estos movimientos que provocan términos cruzados (Vcruz)
-atracciones y repulsiones de van der Waals, entre átomos no enlazados (VvdW)
-interacciones electrostáticas entre átomos (Vel)
Energía Estérica (V) = la suma de estas contribuciones:
V  Vten  Vflex  Vffp  Vtor  Vcruz  VvdW  Vel
Mecánica Molecular (MM):
En MM además de las cordenadas de c/ átomo hay que especificar qué átomos
están enlazados entre sí
Las expresiones utilizadas para c/u de los términos en:
V  Vten  Vflex  Vffp  Vtor  Vcruz  VvdW  Vel
definen lo que se conoce como campo de fuerzas (CF) en MM
Un campo de fuerzas contiene expresiones analíticas para c/ término
+ los valores de todos los parámetros que intervengan en ellas
AMBER
CHARMm
MM2
Un CF asigna a c/átomo un número de posibles tipos de átomo
dependiendo del # atómico y el entorno molecular
Ejemplos (Carbono) : - C sp3
- C sp2
- C sp
- C carbonilo
- C aromático
Terminología:
(Hidrógeno) : - H unido a C
- H unido a O
- H unido a N
1,2 átomos enlazados
1,4 át sep. por 3 enlaces
1,3 át separados por 2 enlaces
1,n át separados por (n-1) enlaces
Mecánica Molecular (MM):
Tensión (Vten)
Se calcula como la suma de las
Vten asociadas a cada par de
átomos enlazados en el sistema
molecular:
Vten  Vten,ij
1,2
Cada término de la puede calcularse
según dif. Aprox.
La más simple es el Oscilador Armónico:
Vten ,ij 
2
1
kij  lij  lij0  AMBER, CHARMm
2
Pero también puede modelarse como:
potencial cúbico:
Vten ,ij 
2
1
kij  lij  lij0  1  2  lij  lij0 
2
MM2
O potencial de Morse:

Vten, ij  De 1  e

 lij lij0

2
Mecánica Molecular (MM):
Flexión (Vflex)
Se calcula como la suma de las Vflex asociadas a cada trio de átomos formando angulos
de enlace
V flex  V flex,ijk
La más simple, potencial armónico
V flex ,ijk 
2
1
kijk ijk   ijk0 
2
AMBER and CHARMm
Potencial de 6to orden:
V flex ,ijk
1
0 2 
8
0 4
 kijk ijk  ijk  1  7  10 ijk  ijk  


2
MM2
Mecánica Molecular (MM):
Torsión (Vtor)
Se calcula como la suma de las Vtor asociadas a cada par de átomos 1,4
Ej. En H3C-CH3 c/u de los átomos de H enlazados al C de la
izquierda tiene una relación 1,4 con c/ H de la derecha, dando 9
términos de torsión
Vtor  Vtor ,ijkl
1,4


1
0

Vtor, ijkl  Vn 1  cos nijkl  ijkl
2
AMBER
donde n = # de mín. en 360o
0 determina las posiciones de los mín
Vn, V1, V2 y V3 = parámetros que dependen de los tipos
de átomos
Vtor , ijkl 
Vtor, ijkl 
1
V1  V2 cos  nijkl 

2
CHARMm
1
V1 1  cos    V2 1  cos 2   V3 1  cos 3 
2
MM2
Mecánica Molecular (MM):
Flexión fuera del plano (Vffp)
Involucra cuartetos de átomos ijkl, de modo que forman 3 angulos: ijk, ijl y jkl
Es una medida de la energía necesaria para mover al átomo j con respecto al
plano ikl
Vffp  V ffp,ijkl
La más simple, potencial armónico
V ffp ,ijkl
2
1
0
 kijkl  ijkl  ijkl 
2
Serie de Fourier, generalmente de orden 2:
2
1
V ffp   Vn 1  cosn  n 
n 1 2
n se escoge de modo que para
valores positivos de Vn, la función
tenga mínimo en 180o
Mecánica Molecular (MM):
Términos cruzados (Vcruz)
Incluyen interacciones entre los movimientos de tensión, flexión y torsión
Ejemplo: tensión-flexión
Vcruz 
1
k12  l1  l2  
2
l1 = variación de longitud del enlace 1
l2 = variación de longitud del enlace 2
 = variación del ángulo 
MM2, MMFF94:
solamente incluyen interacciones tensión –flexión
AMBER, CHARMm, DREIDING, UFF y TRIPOS:
No incluyen términos cruzados
MM3 y MM4:
Incluyen tensión-flexión, flexión-flexión y tensión-torsión
Mecánica Molecular (MM):
Interacciones electrostáticas (Vel)
En general se toma como la suma de las interacciones electrostáticas de todos los pares
de átomos, excepto pares 1,2 y 1,3
Vel  Vel ,ij
1, 4
Y para calcular cada Vel, ij se asignan cargas atómicas parciales (Q) a los átomos y
luego se emplea la expresión de Coulomb:
Vel ,ij 
Qi Q j
 r Rij
 = cte. dieléctrica
Para obtener las Q se usan diferentes métodos:
Ejemplo,
MMFF94:
Qi  Qi, formal   wki
Qi, formal = se obtienen de las estructuras de Lewis
(diviendo los e- de cada enlace por igual entre los átomos enlazados)
wki = parámetro que representa la contribución de la carga al átomo i procedente
del enlace entre los átomos i y k
Sus valores se obtienen por ajuste de mínimos cuadrados de modo que se
reproduzcan los momentos dipolares (HF/6-31G*) de varios cientos de móléculas
Mecánica Molecular (MM):
Interacciones de van der Waals (VvdW)
Conocidas también como interacciones no enlazantes
El término VvdW se toma como la suma de las interacciones entre todos los pares de
átomos 1,4; 1,5; 1,6 ….
Cada término VvdW, ij incluye las atracciones debidas a las fuerzas
VvdW  VvdW ,ij dispersivas de London
y las repulsiones de Pauli principalmente

1, 4
VvdW ,ij 
Aij
12
ij
r

Bij
6
ij
CHARMm
r
Lennard-Jones
VvdW ,ij
 R
 vdW
 kij 
 rij

VvdW ,ij
6
rij




12.5
R
5
R
 kij  2.9 10 e
 2.25   
r  

 ij  


  RvdW
  2 

 rij
12



6

 AMBER


MM2
Mecánica Molecular (MM):
Términos de Campos de Fuerza más comunes:
Mecánica Molecular (MM):
¿Qué propiedades se pueden modelar con MM?
Geometrías
Diferencias de energías (Confórmeros)
Interacciones intermoleculares e intramoleculares
¿Qué NO se puede modelar con MM?
Reacciones químicas !
¿Qué tal funciona la MM?
MUY RAPIDO
Si se aplican campos de fuerza bien parametrizados a compuestos
similares a los usados en la parametrización!
MM1, MM2, MMF, TRIPOS: moléculas organicas
AMBER, CHARMm, GROMOS: proteínas y ácidos nucleicos
UFF: sistemas inorgánicos (sin modificación de parámetros)
UFF, DREIDING: toda la TP
Métodos QM/MM:
Métodos mecánico cuánticos (QM)
Métodos de mecánica molecular (MM)
-Pueden tratar reacciones químicas
-No pueden tratar sistemas muy grandes
-No pueden tratar reacciones químicas
-Pueden tratar sistemas muy grandes
QM/MM
Parte del sitema más
involucrada en la
reacción
Ejemplos:
Solventes
Sitios activos en sistemas biológicos
Resto del sistema
Parte más alejada del
sitio de reacción
IMOMM
IMOMO
ONIOM
Reglas de partición:
-Cualquier enlace que se esté formando o rompiendo tiene que estar en la región QM
-Cualquier región que sufra cambios de hibridación tiene que estar en la región QM
-Las regiones aaromáticas del sistema deben quedar completas en una región
-Cuando hay efectos importantes 1,2; 1,3; 1,4; … los átomos involucrados deben quedar en
una región
-Tener en cuenta que QM/MM no permite transferencias de cargas entre diferentes regiones
Dinámica Molecular :
Tiene en cuenta la evolución de los sistemas químicos en el tiempo.
Necesita expresiones de Energía (generalmente usa MM)
Pasos en una simulación con Dinámica Molecular:
1. Escoger las posiciones iniciales de los átomos. Se parte de geometrias no
necesariamente optimizadas. Ej: sistemas en solución, molécula de soluto en el
centro de un conjunto de moléculas de solvente (distribución solvente puro)
2. Escoger un conjunto de velocidades atómicas iniciales. Que en general
1
obedecen la ley de distribución de Boltzman con la T. Luego se f E 
 
normalizan de modo que el momento total del sistema sea =0
Ae E / kBT
3. Calcular el momento lineal de cada átomo, a partir de sus masas y
velocidades
p  mv
4. Calcular las fuerzas sobre cada átomo. Usando las expresiones de E (campos de
fuerza de MM)
5. Calcular nuevas posiciones para los átomos un corto tiempo después. Para lo
cual se utilizan las ecuaciones de movimiento de newton
•En la ausencia de fuerzas, todo cuerpo continúa en su estado de reposo o de movimiento
rectilíneo y uniforme respecto de un sistema de referencia
•La variación del momento lineal de un cuerpo es proporcional a la resultante total de las
fuerzas actuando sobre dicho cuerpo y se produce en la dirección en que actúan las fuerzas.
•Por cada fuerza que actúa sobre un cuerpo, éste realiza una fuerza igual pero de sentido
opuesto sobre el cuerpo que la produjo
6. Calcular nuevas velocidades y aceleraciones para los átomos
7. Repetir 3→6 hasta equilibrio (no significa configuración de < E, sino de E en mejor
concordancia con la del sistema a una T dada)
Dinámica Molecular :
8. Una vez alcanzado el equilibrio se comienzan a guardar las coordenadas atómicas
cada cierto número de iteraciones (Trayectoria)
9. Se analizan las trayectorias para obtener información sobre el sistema (funciones de
distribución, movimientos vibracionales, etc.)
Para que este esquema funcione es necesario que el campo de fuerzas haya sido
diseñado de modo que describa fuerzas moleculares y vibraciones fuera del equilibrio
Para estudios conformacionales suele utilizarse un campo de fuerzas diseñado para
optimizaciones de geometría
Algunas aplicaciones:
Estudios conformacionales de péptidos, proteínas y ADN
Estudios de solventes puros
Estudios de interacciones soluto solvente
etc
Simulaciones Monte Carlo :
Se basan en muestreos aleatorios, distribución estadística
Pasos en una simulación Monte Carlo:
1. Escoger conjunto de posiciones atómicas iniciales
2. Calcular la E correspondiente
3. Escoger al azar un movimiento de prueba
4. Calcular la E en la nueva configuración
5. Decidir si la nueva configuración es aceptable y consevarla o desecharla
6. Repetir de 3→5 hasta alcanzar el equilibrio
7. Continuar iterando y colectando datos para calcular la propiedad deseada
Requiere menos tiempo de cómputo que dinámica molecular para sistemas de igual tamaño
No proporciona información dependiente del tiempo, como viscosidad o coeficientes de
difusión
e x  e x
sinh x  
2
sinh1  arcsin h
y  sinhx 
Seno hiperbólico
x  arcsin h y   sinh1  y 

sinh1 x  ln x  1 x2

Serie Maclaurin
1
3 5
5 7
35
sinh 1 x   x  x 3 
x 
x 
 ...
6
40
112
1152


d sinh1 x 

dx
1
1  x 
Polinomio Legendre
2
sinh
1
x   ln 2  ln x   1 x 2 
4
3 4 5 6
x 
x  ...
32
96
Spin polarization is the degree by which the spin, i.e. the intrinsic angular
momentum of elementary particles, is aligned to a given direction
Fuerzas de London Son también llamadas fuerzas de dispersión. Existen en todas
las moléculas polares o no polares, debido a que se deben a las deformaciones
transitorias de las nubes electrónicas, que originan un dipolo inducido o transitorio.
Debido a que los electrones están en continuo movimiento, en algún momento
puede haber mayor densidad electrónica en una zona de la molécula que en otra,
con lo que se genera un polo negativo y un polo positivo transitorios, es decir un
dipolo inducido. Este dipolo induce, a su vez, la formación de dipolos en las
moléculas vecinas. La magnitud de las fuerzas de London depende del número de
electrones involucrados. Cuanto mayor es la nube electrónica, mayor será la
probabilidad de que se generen dipolos transitorios, porque aumenta la capacidad
de las moléculas de polarizarse.
http://portellen.phycmt.dur.ac.uk/sjc/thesis_dlc/node71.html#sec:ff_form
Maxwell-Boltzman (Clásica)
f E 
1
Ae
E / k BT
kB (Constante de Boltzman)
=1.38 x 10-23 J.grado-1
Momento lineal:
P=m.v (masa . Velocidad)