Transcript Stratégies de recherche de littérature sur PubMed Stratégies de recherche sur PubMed Comment optimiser sa recherche avec PubMed, le moteur de recherche de données biomédicales, en.

Stratégies de recherche
de littérature sur
PubMed
Stratégies de recherche sur PubMed
Comment optimiser sa recherche avec PubMed,
le moteur de recherche de données
biomédicales, en utilisant les diverses fonctions
offertes par le site, notamment

la banque de terminologie biomédicale
MeSH,

My NCBI
MeSH
MeSH

Vocabulaire standardisé

Sert à indexer les articles dans PubMed

À quoi vous servira la base de données
MeSH ? Parmi plusieurs synonymes,
déterminer quel terme a été choisi pour
l’indexage dans PubMed, et donc quel
terme utiliser pour vos recherches
MeSH

Sous forme de hiérarchie. Si on fait une
recherche avec un terme MeSH, tous les termes
situés plus bas dans la hiérarchie sont inclus.
Les sous-catégories ne
sont pas exclusives. Ex.:
« HIV-1 » apparaît dans
« vertebrate viruses » et
« RNA viruses »
PubMed fournit des tutoriels pour
apprendre à utiliser la base de
données MeSH
Stratégie de recherche, exemple

On veut faire une recherche de littérature dans
PubMed limitée aux virus enveloppés

Problème: le terme « enveloped virus »
n’apparaît pas nécessairement dans les articles,
mais plutôt le nom des espèces, genres, etc.
Exemple
Liste des virus
enveloppés
(obtenue dans
un manuel)
Stratégie de recherche, exemple

Utiliser MeSH pour déterminer s’il faut chercher
« retrovirus » ou « retroviridae »,
« flavivirus » ou « flaviviridae », etc.

On obtient la liste suivante:

flaviviridae, togaviridae, coronaviridae, retroviridae,
bunyaviridae, orthomyxoviridae, arenaviridae,
mononegavirales, hepadnaviridae, herpesviridae,
poxviridae.
Stratégie de recherche, exemple

Envoyer un à un les termes retenus pour
notre recherche dans la « Search Box »
Opérateurs
logiques
Stratégie de recherche, exemple
Search
Box
Quand tous les termes
y sont, lancer la
recherche dans
PubMed
Sauvegarde d’une combinaison de mots clés
On peut sauvegarder sa
stratégie de recherche
dans « My NCBI »
(Il faut s’inscrire)
My NCBI

Sert, entre autres, à
sauvegarder des
combinaisons de mots
clés pour effectuer des
recherches dans les
bases de données de
NCBI
My NCBI : sauvegarder une stratégie de
recherche
Nommer sa combinaison
de mots-clé
My NCBI : sauvegarder une stratégie de
recherche
On peut se faire envoyer
automatiquement par courriel les
nouveaux articles correspondant à
cette combinaison de mots-clé
My NCBI : sauvegarder une stratégie de
recherche
Cliquer sur la
stratégie sauvegardée
permet de refaire la
même recherche dans
PubMed
Cliquer sur « What’s new »
pour voir les articles publiés
depuis la dernière recherche
My NCBI

Comment combiner une stratégie sauvegardée
dans My NCBI avec d’autres mots clés dans
PubMed?

Exemple: combiner « virus_enveloppés » et le
terme « adhesion molecules »

Lancer d’abord la recherche dans PubMed avec la
combinaison de mots-clés sauvegardée, ici
virus_enveloppés
My NCBI : sauvegarder une stratégie de
recherche

"adhesion molecule" AND
("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH]
OR "Coronaviridae"[MeSH] OR
"Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH]
OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR
"Arenaviridae"[MeSH] OR
"Mononegavirales"[MeSH] OR
"Hepadnaviridae"[MeSH] OR
"Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH])

Modifier ensuite la stratégie en utilisant les
opérateurs logiques appropriés
My NCBI : sauvegarder une stratégie de
recherche

"adhesion molecule" AND
("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH]
OR "Coronaviridae"[MeSH] OR
"Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH]
OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR
"Arenaviridae"[MeSH] OR
"Mononegavirales"[MeSH] OR
"Hepadnaviridae"[MeSH] OR
"Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH])

On peut ensuite sauvegarder cette
nouvelle recherche dans My NCBI