PLAN DE COURS Hiver 2015

BIF-1001 11722 - Introduction à la bio-informatique

Informations générales

Crédits :

3

Temps consacré :

3-0-6

Mode d'enseignement :

Présentiel

Site Web :

http://cours.bcm.ulaval.ca/2015h/BIF-1001_11722/

Intranet Pixel :

https://pixel.fsg.ulaval.ca

Enseignant(s) :

Lemieux, Claude [email protected]

Responsable : à déterminer

Date d'abandon sans échec avec remboursement :

26 Janvier 2015 à 23h59

Date d'abandon sans échec sans remboursement :

23 Mars 2015 à 23h59

Description sommaire

Introduction aux principaux outils de bio-informatique : banque de données de séquences, alignement de séquences, modélisation de la structure des protéines à partir de leur séquence,simulation des biomolécules, analyse phylogénétique. Introduction à des langages de programmation utilisés en bio-informatique. Un ordinateur portatif, qui est utilisé régulièrement en classe, est requis pour suivre ce cours.

Ce cours est réservé exclusivement aux étudiants du programme de baccalauréat en bio-informatique.

Horaire et disponibilités

Cours en classe :

Mercredi 12h30 à 15h20 VCH-2820

Objectifs

Le cours d'Introduction à la Bio-informatique vise à initier les étudiant(e)s aux différentes facettes de la discipline, et ainsi orienter ses choix de cours pour le reste de son programme d'études. Durant le cours, les étudiant(e)s auront l'opportunité d'intégrer les connaissances acquises ou en cours d'acquisition en sciences biologiques, en informatique, en mathématique et en statistique. Au terme de 1/7

ce cours les étudiant(e)s auront une formation de base leur permettant d'effectuer un stage (prévu au programme d'études) ou de décrocher un emploi d'été ou à temps partiel dans le domaine.

Objectifs spécifiques

• Initier les étudiant(e)s au différentes facettes de la bio-informatique • Familiariser les étudiant(e)s avec les différents outils utilisés pour résoudre des problèmes bio-informatiques • Orienter les choix de cours pour le reste du programme d'études • Fournir une base solide en bio-informatique permettant de suivre un stage ou de décrocher un emploi d'été dans le domaine

Contenu

Cette matière multidisciplinaire implique la participation de plusieurs professeurs provenant de différentes spécialités. Chacun des professeurs donnera une section de cours reliée à son champs de spécialité.

CALENDRIER DES ACTIVITÉS

14 janvier, Claude Lemieux et Antony Vincent Présentation du plan de cours Introduction à linux Planification de l'installation linux Ubuntu 21 janvier, Antony Vincent et Claude Lemieux Installation de linux Ubuntu 28 janvier, Antony Vincent et Claude Lemieux Compilation et installation de logiciels Commandes UNIX et introduction à la programmation shell 2/7

4 et 11 février, Stéphane Gagné Bases de données et analyse de séquences 18 et 25 février, Claude Lemieux Analyse phylogénétique : principes, outils et applications 11 et 18 mars, Stéphane Gagné Structure des protéines : analyse et prédiction 25 mars, et 1er avril, Patrick Lagüe Modélisation moléculaire 8 et 15 avril, Simon Hardy Biologie intégrative et des systèmes 22 avril, EXAMEN FINAL

Consignes sur les travaux

Les travaux doivent être faits individuellement (à moins d'indications contraires), et l'accès à un ordinateur et au réseau internet sont nécessaires. En cas de besoin, un arrangement peut être pris avec l'enseignant. Dans la limite du possible, quelques séquences d'ADN ou de protéines seront assignées à chacun des étudiants, et ces séquences seront utilisées pour plusieurs devoirs. Les travaux doivent être remis en format électronique, dans la section appropriée du site web du cours, en respectant l'heure et la date limites. Les formats électroniques acceptés sont les suivants: • Portable Document Format (.pdf) • Fichiers compressés au format zip ou tgz Chaque professeur est responsable du devoir correspondant à sa portion de cours, il se peut donc que les consignes sur les travaux changent durant la session.

La qualité du français sera évaluée à la discrétion de chacun des correcteurs, et un maximum de 10% 3/7

de la note de chacun des travaux pourra être retranchée suite à la présence de fautes d'orthographe.

Note: Suite à un incident hors de contrôle (exemples: tempête de neige, absence imprévue d'un professeur) ou pour des raisons pédagogiques, les modalités relatives à la date de remise ou à la pondération de travaux pourront être modifiées pendant la session, à la condition d'obtenir un vote unanime des personnes présentes sur la question.

Modalités d'évaluation

Examen Examen final Date Heure

Mercredi 22 avril 2015 12h30 à 15h20

Pondération de la note finale

40.00%

Document(s) autorisé(s)

Aucun

Travail Équipes Date d'échéance Heure Initiation à Linux Analyse de séquences Modélisation moléculaire Biologie intégrative et des systèmes

Individuel Mercredi 4 février 2015 Individuel Mercredi 18 février 2015 00h00 00h00

Phylogénétique

Individuel Mercredi 11 mars 2015 00h00

Structure des protéines

Individuel Mercredi 1 avril 2015 00h00 Individuel Mercredi 15 avril 2015 00h00 Individuel Mercredi 22 avril 2015 00h00

Date d'activité

n/a

Heure Pondération de la note finale

n/a 10.00% n/a n/a n/a n/a n/a n/a n/a n/a n/a n/a 10.00% 10.00% 10.00% 10.00% 10.00%

Détails sur les modalités d'évaluation

FORMATION


 Il y aura 3 heures de cours magistraux et 6 heures de travail à la maison par semaine. Durant les cours magistraux, les étudiant(e)s seront initiés à l'utilisation de plusieurs outils de la bioinformatique. Il est donc nécessaire d'avoir en sa possession un ordinateur portable ainsi qu'un câble réseau durant les période de cours.

ÉVALUATION


 L'évaluation se fera à l'aide de travaux pratiques et par un examen final récapitulatif.

4/7

Échelle des cotes (cycle 1)

A+

[ 90.00 - 100 ]

B+

[ 77.00 - 79.99 ]

C+

[ 67.00 - 69.99 ]

D+

[ 57.00 - 59.99 ]

E

[ 0.00 - 49.99 ]

Échelle des cotes A

[ 85.00 - 89.99 ]

B

[ 74.00 - 76.99 ]

C

[ 64.00 - 66.99 ]

D

[ 50.00 - 56.99 ]

A B C-

[ 80.00 - 84.99 ] [ 70.00 - 73.99 ] [ 60.00 - 63.99 ]

X Réussite Réussite Réussite Réussite Échec Abandon sans échec (dans les délais prévus)

Bibliographie

Manuel de cours obligatoire

Essential Bioinformatics, Jin Xiong, Cambridge (2006). (disponible chez Zone) Ce volume est aussi disponible en format ebook à la bibliothèque de l'université Laval : https://ezproxy.bibl.ulaval.ca/login?url=http://ebooks.cambridge.org/ebook.jsf?bid=CBO9780511806087 (Vous devrez inscrire votre IDUL et votre NIP pour y accéder. Le branchement au VPN n'est pas requis).

Manuel de cours suggéré


Linux pour tous, M. Atroun et S. Gill, Les Presses de l'Université Laval (2007) (disponible chez Zone)

Logiciels

Les différents logiciels nécessaires aux apprentissages de la matière enseignée au cours sont principalement composés d'outils gratuits disponibles sur internet. Les consignes pour obtenir et installer ces logiciels seront données aux moments propices.

Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques pendant une séance d'évaluation

5/7

L'utilisation d'appareils électroniques (cellulaire ou autre appareil téléphonique sans fil, pagette, baladeur, agenda électronique, etc.) est interdite au cours d'une séance d'évaluation et de toute autre activité durant laquelle l'enseignant l'interdit.

De plus, seuls certains modèles de calculatrices sont autorisés durant les séances d'évaluation.

Les modèles suivants sont autorisés : Hewlett Packard HP 20S, HP 30S, HP 32S2, HP 33S, HP 35S Texas Instrument TI-30Xa, TI-30XIIB, TI-30XIIS, TI-36X, BA35 Sharp EL-531*, EL-535-W535, EL-546*, EL-510 R, EL-520* Casio FX-260, FX-300 MS, FX-350 MS, FX-300W Plus, FX-991MS, FX-991ES * Calculatrices Sharp: sans considération pour les lettres qui suivent le numéro Dans tous ces cas, la calculatrice doit être validée par une vignette autocollante émise par la COOP étudiante ZONE.

Information spécifique aux étudiants de l'École d'actuariat

Les calculatrices autorisées lors des examens sont uniquement les modèles répondant aux normes de la Society of Actuaries et de la Casualty Actuarial Society pour leurs examens, soit les modèles Texas Instruments suivants : • BA-35 (solaire ou à pile) • BA II Plus • BA II Plus Professional • TI-30Xa • TI-30X II (IIS ou IIB) • TI-30X MultiView (XS ou XB)

Politique sur le plagiat et la fraude académique

Règles disciplinaires

Tout étudiant qui commet une infraction au Règlement disciplinaire à l'intention des étudiants de l'Université Laval dans le cadre du présent cours, notamment en matière de plagiat, est passible des sanctions qui sont prévues dans ce règlement. Il est très important pour tout étudiant de prendre connaissance des articles 28 à 32 du Règlement disciplinaire. Celui-ci peut être consulté à l'adresse suivante: http://www.ulaval.ca/sg/reg/Reglements/Reglement_disciplinaire.pdf

Plagiat

Tout étudiant est tenu de respecter les règles relatives au plagiat. Constitue notamment du plagiat le fait de: 1. copier textuellement un ou plusieurs passages provenant d'un ouvrage sous format papier ou électronique sans mettre ces passages entre guillemets et sans en mentionner la source; 2. résumer l'idée originale d'un auteur en l'exprimant dans ses propres mots (paraphraser) sans en mentionner la source; 6/7

3. traduire partiellement ou totalement un texte sans en mentionner la provenance; 4. remettre un travail copié d'un autre étudiant (avec ou sans l'accord de cet autre étudiant); 5. remettre un travail téléchargé d'un site d'achat ou d'échange de travaux scolaires.

L'Université Laval étant abonnée à un service de détection de plagiat, il est possible que l'enseignant soumette vos travaux pour analyse.

Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental

Les étudiants qui ont une lettre d'Attestation d'accommodations scolaires obtenue auprès d'un conseiller du secteur Accueil et soutien aux étudiants en situation de handicap (ACSESH) doivent impérativement se conformer à la politique d'Accommodations scolaires aux examens de la Faculté des sciences et de génie qui peut être consultée à l'adresse : http://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg/documents/PDF/Politique-Facultaire-Accommodements.pdf

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