Transcript Journées Ac@DM Juin 2014

Programmation statistique au Centre de Recherche Epidémiologiques et Bio Statistiques de
Sorbonne Paris Cité. Introduction à la validation des données dans l’étude NutriNet Santé
Journées Ac@DM Juin 2014
Stephen Besseau U 1153 Inserm / U 1125 Inra / Cnam / Université Paris 13, Sorbonne-Paris-Cité
http://www.univ-paris13.fr/eren/
L’étude NutriNet-Santé en bref
Des enjeux majeurs de santé publique : cancers, maladies cardiovasculaires,
obésité, diabète, hypertension, polyarthrite rhumatoïde, migraines, vieillissement,
qualité de vie…
L’étude NutriNet-Santé en bref
Des enjeux majeurs de santé publique : cancers, maladies cardiovasculaires,
obésité, diabète, hypertension, polyarthrite rhumatoïde, migraines, vieillissement,
qualité de vie…
Des objectifs ambitieux : mieux comprendre les liens entre la nutrition et la santé
et les facteurs qui déterminent les choix alimentaires et l’état nutritionnel de la
population (rôle des facteurs sociaux, économiques, culturels, sensoriels…)
L’étude NutriNet-Santé en bref
Des enjeux majeurs de santé publique : cancers, maladies cardiovasculaires,
obésité, diabète, hypertension, polyarthrite rhumatoïde, migraines, vieillissement,
qualité de vie…
Des objectifs ambitieux : mieux comprendre les liens entre la nutrition et la santé
et les facteurs qui déterminent les choix alimentaires et l’état nutritionnel de la
population (rôle des facteurs sociaux, économiques, culturels, sensoriels,…)
Une recherche citoyenne, des Nutrinautes « acteurs de la recherche et de la santé
publique »
L’étude NutriNet-Santé en bref
Des enjeux majeurs de santé publique : cancers, maladies cardiovasculaires,
obésité, diabète, hypertension, polyarthrite rhumatoïde, migraines, vieillissement,
qualité de vie…
Des objectifs ambitieux : mieux comprendre les liens entre la nutrition et la santé
et les facteurs qui déterminent les choix alimentaires et l’état nutritionnel de la
population (rôle des facteurs sociaux, économiques, culturels, sensoriels,…)
Une recherche citoyenne, des Nutrinautes « acteurs de la recherche et de la santé
publique »
Une étude financée par les institutions publiques : Ministère de la Santé (DGS),
InVS, INPES, Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), Fondation Cœur et
Artères (FCA), Inserm, Inra, Cnam, Université Paris.
L’étude NutriNet-Santé en bref
Des enjeux majeurs de santé publique : cancers, maladies cardiovasculaires,
obésité, diabète, hypertension, polyarthrite rhumatoïde, migraines, vieillissement,
qualité de vie…
Des objectifs ambitieux : mieux comprendre les liens entre la nutrition et la santé
et les facteurs qui déterminent les choix alimentaires et l’état nutritionnel de la
population (rôle des facteurs sociaux, économiques, culturels, sensoriels,…)
Une recherche citoyenne, des Nutrinautes « acteurs de la recherche et de la santé
publique »
Une étude financée par les institutions publiques : Ministère de la Santé (DGS),
InVS, INPES, Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), Fondation Cœur et
Artères (FCA), Inserm, Inra, Cnam, Université Paris.
Un patrimoine scientifique national pour la recherche, la surveillance, l’expertise et
l’évaluation en santé publique
La possibilité de greffer des protocoles ancillaires
L’étude NutriNet-Santé en bref
Une cohorte de 500 000 internautes inscrits pour en suivre 300 000 pendant au
moins 10 ans
Des questionnaires simples, rapides et confidentiels (2 heures sur les 3 premières
semaines, puis 20 minutes maximum par mois)
Un bilan clinico-biologique sur un sous-échantillon permettant de conserver des
échantillons biologiques (Biobanque)
Etat d’avancement de l’étude
5 ans après son lancement
Inscription des « Nutrinautes »
A la date du 16 Juin 2014, soit 5 ans après le lancement de
l'étude,
266703 internautes se sont déjà inscrits sur le site de
l'étude NutriNet-Santé.
77 % des Nutrinautes sont des femmes
53,7 % des Nutrinautes ont plus de 45 ans, 47,3 %
ont moins de 45 ans
60,2 % occupent un emploi ; 16,2 % sont retraités
(ou en pré-retraite) ; 8,8 % sont étudiants ou
lycéens ; 6,5 % sont chômeurs ou allocataires du
RMI ; 4,1% sont au foyer
La répartition géographique des inscrits est très
proche de celle des régions françaises.
Redressement (données de référence de l'Insee) sur l’âge, le sexe, la CSP, et la zone
d'études et d'aménagement du territoire
DIJON
NANCY
LYON
Top 10 des communes
+ 100 000 hab
Commune
Dijon
Nancy
Lyon
Rennes
Caen
Nantes
Montpellier
Paris
Grenoble
Rouen
Code
21 231
54 395
69 389
35 238
14 118
44 109
34 172
75 109
38 185
76 540
N
1 263
855
3 602
1 590
823
1 983
1 755
14 924
1 048
710
Population_plus de 18
151 504
105 468
480 778
209 613
110 399
282 853
251 634
2 203 817
156 107
107 904
Rapport Nutrinaute/population_plus de 18
0,834%
0,811%
0,749%
0,759%
0,745%
0,701%
0,697%
0,677%
0,671%
0,658%
* Minimum 8 inscrits dans chaque commune
Participation à une autre cohorte
%
Etude E3N
966
15%
Etude 3 cites
47
1%
Etude Constances
133
2%
Etude Elfe
86
1%
35%
Etude Gazel
498
8%
30%
40%
1543
23%
15%
ACTIA
353
5%
Etude Paquid
41
1%
Etude Eden
6
0%
5%
Doctissimo
67
1%
0%
Renault
64
1%
Pharmacie
77
1%
UP13
7
0%
2266
34%
5%
3%
Etude IPC
Etude IRSA
3%
Etude Gazel
1%
Etude Elfe
1%
2%
Etude
Constances
8%
1%
Etude Sufolom3
6638
10%
Etude 3 cites
Autre étude
15%
1%
0%
1%
1%
1%
0%
Autre étude
Etude Suvimax
UP13
20%
Pharmacie
1%
Renault
65
Doctissimo
Etude Sufolom3
23%
25%
Etude Eden
3%
Etude Paquid
3%
192
ACTIA
227
Etude IPC
Etude Suvimax
Etude IRSA
34%
Etude E3N
N
Une banque de donnée informatisée
exploitée par les membres de l’EREN,
Banque de donnée,
Une banque de données est une application informatique qui sert à collecter et
permettre la publication d'un ensemble d'informations librement consultables et
relatives à un domaine de connaissances. Par exemple des renseignements de
bibliographie, de linguistique de justice, de chimie, d'architecture, de
cinématographie, de biologie, d'astronomie, de géographie, de médecine ou de
jeu. Les renseignements sont souvent stockés dans des bases de données et la
banque de données équipée d'un moteur de recherche.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Banque_de_donn%C3%A9es
Banque de donnée,
Les L4G sont des environnements de développement des applications de base de
données souvent utilisés en informatique de gestion. Ils sont composés d'un
système de gestion de base de données et d'un langage de programmation.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Banque_de_donn%C3%A9es
Questionaires Documentés
Validation des données documentée
Modèle de programmes
Modèle de sortie
Organisation des programmes
Une fonction d’appui la validation des
données
NutriNet-Santé : données clinico-biologiques
(Biobanque) lancé le 24 février 2011
90 centres ouverts.
A la date du 9 février 2014, 17 850 sujets ont
déjà réalisé leur bilan clinico-biologique et
leurs échantillons biologiques sont
conservés dans la Biobanque NutriNetSanté à l’Université Paris 13.
Données clinico-biologiques
Gestion des données clinico-biologiques
Validation des données clinico-biologiques
Gestion des données clinico-biologiques
Organisation des programmes
NutriNet-Santé : données d’exposition
www.etude-nutrinet-santé.fr
mode de vie/aspects socio-démographiques
alimentation
anthropométrie
activité physique
santé
NutriNet-Santé : données de santé
Déclaration des événements santé majeurs
autres pathologies
Documentation des événements santé
Validation des événements santé
NutriNet-Santé : questionnaires mensuels
Questionnaires glissants
Questionnaire à 1 mois : connaissance des repères nutritionnels
Questionnaire à 2 mois : consommation de compléments alimentaires
Questionnaire à 3 mois : survenue des événements santé
Questionnaire à 4 mois : qualité de vie
Questionnaire à 5 mois : modalités d’approvisionnement
Questionnaire à 6 mois : événements santé et mise à jour des données
Questionnaire à 8 mois : questionnaire de fréquences alimentaires
Questionnaire à 9 mois : événements santé
Questionnaire à 10 mois : consommation de produits Bio
Questionnaire à 11 mois : mesure du tour de hanches et de taille et tension artérielle
Questionnaire à 14 mois : attitudes alimentaires
Questionnaire à 15 mois : événements santé
Questionnaires à date fixe
Questionnaire à 17 mois : régimes amaigrissants
logos nutritionnels
Questionnaire à 18 mois : événements santé
perceptions nutritionnelles
Questionnaire à 21 mois : événements santé
santé orale
Questionnaire à 22 mois : préparation des repas
santé orale 2
Questionnaire à 26 mois : mémoire et humeur
perception taxe alimentaire
Questionnaire à 27 mois : événements santé
perception des sensations et émotions
Questionnaire à 30 mois : événements santé
polyarthrite rhumatoïde
Questionnaire à 31 mois : questionnaire alimentaire
troubles digestifs
Questionnaire à 33 mois : régimes amaigrissants
choix des plats et des recettes
Questionnaire à 31 mois : santé bucco-dentaire >, <
choix alimentaires
Questionnaire à 35 mois : exposition solaire
compétences Internet
Questionnaire à 36 mois : événements santé
facteurs personnels et comportements alimentaires
Questionnaire à 39 mois : perception des aliments
Questionnaire à 42 mois : activités physique et mobilité
Questionnaire à 46 mois : maladies inflammatoires rhumatologiques
Questionnaire à 47 mois : allaitement
Questionnaire à 48 mois : événements santé
Questionnaire à 53 mois : Dépression et plainte mnésique
Questionnaire à 55 mois : Migraine, maux de tête et nutrition
Gestion des données Déclarées
Validation longitudinale des tailles
déclarées dans Nutrinet
Commande effectuée par la direction de l’EREN
-Définir et programmer un Algorithme qui
- à partir des tables Anthropo_n1_, Anthropo_n2_, …,
Anthropo_nx_ permet une extraction des données de la taille en
effectuant une validation on-line
-Conseiller et mettre en place un outil permettant sa
documentation, la tracabilité de sa validation, sa maintenance et
le suivit des demandes.
Versioning des réalisations stockés à
l’adresse
http://svn/svn/stephen_besseau/trunk/
• Organisation du livrable
http://svn/svn/stephen_besseau/trunk/PROGRAMMES_VALIDATION_POIDS_TAIL
LES_NUTRINET/PARTAGE_VALIDATION_POIDS_TAILLES_DECLA/
• Programmation des algorithmes présentés
http://svn/svn/stephen_besseau/trunk/PROGRAMMES_VALIDATIO
N_POIDS_TAILLES_NUTRINET/PARTAGE_VALIDATION_POIDS_TAILL
ES_DECLA/1_Correction_TAILLE_POIDS_NUTRINET.sas
http://svn/svn/stephen_besseau/trunk/PROGRAMMES_VALIDATION
_POIDS_TAILLES_NUTRINET/PARTAGE_VALIDATION_POIDS_TAILLES_
DECLA/2_BIS_Correction_TAILLE_LIST_FINALE_20131130.sas
• Réunion de validation
http://svn/svn/stephen_besseau/trunk/REUNION1_2014010/
Travaux récents liant l’épidémiologie
Nutritionnelle et le cancer
Questions, remarques
[email protected]