Transcript 生物多様性情報が - サイエンスミュージアムネット

自然史標本の情報発信に関する研究会
自然史情報の
デジタル化
～最近のトレンド～
2014.6.2.
日本ノードマネージャー
国立科学博物館
細矢 剛
メニュー
1）GBIF（地球規模生物多様性情報機構）の
活動・最近の情報など
2）日本での活動
3）サイエンスミュージアムネットのデータ活用に
向けて
生物多様性情報
• 生物多様性情報は基礎科学ばかりでな
く、保全や応用上も重要です。
• 特に、地理的情報（分布情報）や、分布
時期についての情報を伴っていれば、
利用価値が上がります。
ススキの分布情報
アメリカにとっては移入種であるススキは、北
米東部に広く帰化していることがわかります。
生物多様性情報
生物多様性情報がどこかに蓄積されてい
て、いつでも、どこからでも、だれにでも利
用できたら素晴らしいですね。
・・・そこで
地球規模生物多様性情報機構
Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
地球規模生物多様性情報機構
Global Biodiversity Information Facility
• インターネットを介して、世界の生物多様性情報を誰でも
自由に見られるようにするための仕組みを作る国際機構
• 地域に分かれて活動＞ノード：国・研究機関
ビジョン:生物多様性情報が、科
学・社会・継続維持できる未来
のために無償で普遍的に利用
できる。
使命: 生物多様性情報の全地球
的なリソースとして最重要であり、
人類と環境のための、スマート
な問題解決を引き出すしくみ。
GBIF参加国
正規参加国（資金供出国）
準正規参加国（団体） （資金非供出）
2012年以前の参加国
GBIFがやっていること
1. 各参加国（機関）から提供されたデータ
をホームページから公開しています。
2. 生物多様性情報の活用の推進を後押
ししています。
3. データの共有・公開を推進するための
“スタンダード”やツールを提供していま
す。
現在利用できるデータ数は
約４億２千万！
ダウンロードできます
GBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/)
Numbers of records
millions)
(in millions)
of records
Number(in
どんなデータが使えるでしょう
鳥の観察データが多い
140
120
100
80
60
40
Observation
観察
Observation
20
Specimens
標本
Specimen
0
Animalia
Animals
動物
Others
Other data types
Plants
植物
Plantae
Others
その他
その他
Other kingdoms
Annual Report 2011
地域ごとのデータ提供数
High sea Asia
4%
Africa5%
3%
Antarctica
0%
S. & C. America
5%
Oceania
8%
Europe
42%
North America
33%
アジアからはまだデータが不足しています。
データ提供の多いベスト４国
データ数（単位：百万）
160
140
120
100
80
60
40
20
0
ベスト５以下は・・・
Indexed occurrence records (millions)
データ数（単位：百万）
18
16
indexed by
end 2012
14
12
10
8
6
4
2
0
日本は現在14位（アジアではトップ）
がんばれニッポン！
カントリーレポートが見られます
http://analytics.gbif-uat.org/
http://analytics.gbif-uat.org/
http://analytics.gbif-uat.org/
Japan
全レコード
Japan
標本データ
Japan
データの提供国
他国
日本
GBIFがやっていること
1. 各参加国（機関）から提供されたデータ
をホームページから公開しています。
2. 生物多様性情報の活用の推進を後押
ししています。
3. データの共有・公開を推進するための
“スタンダード”やツールを提供していま
す。
サイエンスレビュー2012
• 年報とともに出版された文書
• 生物多様性情報学の主要な分野での重要論文のハイライ
ト・重要論文のリスト
• http://www.gbif.org/resources/2261 翻訳中coming soon!
侵略的外来種
気候変動の影響
種の保全と保護地区
開発による影響
生物多様性と人類の健康
食料・農業・バイオ燃料
生物多様性科学の発展
データペーパー
GBIFについての議論
生物多様性情報概況
Global Biodiversity Informatics Outlook
翻訳版 coming soon!
cf.“生物多様性概況”
（生物多様性条約事務局）
http://www.biodiversityinformatics.org/
応用・活用
ニーズにあった
データのまとめ
デジタル
データの創出
共有を指向
した文化
GBIFが提供するスタンダード
データフォーマット：Darwin core
データ出版ソフト：IPT2
各種テキスト（翻訳中）
各種ツール
Backbone Taxonomy
データとデータベース
データ：ある事項についての説明
データベース：一定の目的でデータを集積したもの
住所
東京都世田谷区北沢12-2-3
茨城県つくば市中谷410-11
新潟県南魚沼市山中654
名前
熱海 太郎
湯沢 花子
箱根 一郎
電話番号
+81-3-5555-4444
+81-29-853-5555
+81-25-333-8888
同じ内容なのに統合できない！
県
茨城
新潟
市
つくば
南魚沼
詳細1
中谷
山中
詳細2
330-230
654
姓
湯沢
箱根
名
花子
一郎
電話番号
029-853-5555
025-333-8888
データ形式が同じでないと統合できない
Darwin Core
ダーウィン・コアDarwin Core (DwC)
生物多様性データ（標本・観察）のためのデータ書式
の国際的スタンダード
標本や観察情報データを記述するための項目集
GBIFで採用されているデータの形式
いつ、どこで、何が、だれによって、どこに保管、etc.
エクセルの表のイメージ
いつから 年 月 日
いつまで 年 月 日
地名 国 地名 緯度 経度
生物名 属 種小名 種内分類 著者名
100以上の項目
メニュー
1）GBIF（地球規模生物多様性情報機構）の
活動・最近の情報など
2）日本での活動
3）サイエンスミュージアムネットのデータ活用に
向けて
日本では
GBIF日本ノード“JBIF”が
活動しています。
日本ノードの体制と活動
1.意思決定に関わる運営委員会と実際の活動を行な
う作業部会（ワーキンググループ）の2層構造。メン
バーは一部重複。
2.作業部会の委員長は日本ノードマネージャー。
3.日本ノードマネージャーはＧＢＩＦと日本ノードの間
の連絡をとりもつ。
4.国内の活動は文科省からの補助金（NBRP）により
サポート。国立科学博物館からもサポート。
5.データ収集活動・普及活動・インフラ整備活動な
ど。
GBIF 日本ノードポータル
www.gbif.jp/v2/
日本ノードからのデータ出版の流れ
文献
研究報告書
など
東大
遺伝研
国立科学博物館
65 研究機関・自然史博物館
活動助成：NBRP
日本語
S-Net
英語
G
B
I
F
菌類
メニュー
1）GBIF（地球規模生物多様性情報機構）の
活動・最近の情報など
2）日本での活動
3）サイエンスミュージアムネットのデータ活用に
向けて
日本語で様々な検索ができます。
学名でも和名でも検索可能
イヌブナ
分布地点を知ることができます。
データを提供している機関
1
●
●2
S-Netは全国65の博物
館・研究所・大学からの
データによって支えられ
ています。
1●
4●
●3
●
5
●30
●
8 9
10
●
●
●
●
●
7●
●
●
13
●
43
●14 ●16 11
35
19 ● 17 12
31 2018●
● ●15
●
36
21
●
●
●
●
●
51
●
40
●●
●
46
27
●
●
●41 ●37
●
45●
32●
22
●●●●
24
●
52
26
29
●
●
●
●
53
47●●●
38
28 25
44 42● 39
48
23
●
57
54● 49
●
34
60
●
●
●
●
61
●●
5655
62
63
●
●64
58
●
●
50
●
59
●65
66 ●
●
33
●
●
●
遺伝研経由
国立科学博物館経由
国立環境研究所経由
Data published from Japan 4.27
日本から出版されているデータ数
：4.27百万
mil.
2500000
2000000
1500000
1000000
500000
0
Animalia
動物
Plantae
植物
Fungi
菌類
その他
Ohters
標本
Specimen
Observation
観察情報
Living
生株
博物館ネットワークの意義
自館のデータ以外のデータを共有できる
ある地域（県）のデータ
自館がもつデータ
他館がもつデータ
共通データベース
地域Xの生物群Yのリスト
自分の館に何が足らないか
共通の形式
何を集めるべきか：戦略
が必要
レッドリスト・保全政策・教育・普及
S-Net
国内他館保有
データ
国立Ｋ博物館
自館保有データ
○○県立自然史博物館
国外他館保有
データ
（GBIFデータ）
ＸＸ大学
○×国自然史博物館
データを最大化できる
生物多様性情報の利用・提供
S-Net/ GBIFからどのように取り出せば（ダウ
ンロードすれば）よいか
たとえばどんな使い方があるか
どうやってデータを提供すればよいか
どんな形式で提供すればよいか
提供することによるメリット、インセンティブは