Transcript IT Applications of EBM Principles

Projekt EU na Lékařské fakultě UP v Olomouci
„Zavádění principů medicíny založené na důkazu do
výuky na vysokých školách“
Řešitelské pracoviště: Lékařská fakulta UP v Olomouci
Garant: Prof. MUDr. Vladimír Mihál, CSc.
URL: http://ebm.upol.cz
TENTO PROJEKT JE SPOLUFINANCOVÁN
EVROPSKÝM SOCIÁLNÍM FONDEM A STÁTNÍM
ROZPOČTEM ČESKÉ REPUBLIKY
1
Získávání informací
pro obor zubní lékařství
Zdroje & Postupy
Mgr. Jarmila Potomková
Lékařská knihovna & Ústav lékařské biofyziky LF UP v Olomouci
[email protected]
Odborná spolupráce:
Doc. MUDr. Dagmar Koukalová, CSc.
Ústav mikrobiologie LF UP v Olomouci
Technická spolupráce:
RNDr. Dana Šubová
Lékařská knihovna UP v Olomouci
2
Získávání informací
Co potřebujeme vědět:
 Kde vyhledávat (multizdrojový přístup)

Jak vyhledávat



Rešeršní strategie (terminologie)
Logické vazby mezi termíny (Booleovské
operátory – AND, OR, NOT)
Jak hodnotit kvalitu vyhledaných informací
3
Kde vyhledávat ?
Vyhledávací služby „search engines“
Google
 Vyhledávací
 Pokročilé
vyhledávání
 Klasifikace
informací
postupy
a hodnocení
 www.google.com
Informace z různých zdrojů
 www.scholar.google.com
Informace z časopiseckých článků
4
Google zvyšuje kvalitu obsahu
Tang H., Hwee Kwoo Ng, J. Googling for
diagnosis – use of Google as a
diagnostic aid: internet based study.
BMJ 2006, published online 10 November.
Giustini D., How Google is changing
medicine. BMJ 2005, 331:1487-8.
5
Odborné téma pro vyhledávání:
Autorka: Doc. MUDr. D. Koukalová, CSc
Zubní plak jako faktor
vzniku zubního kazu
6
* Google
www.google.com

Pokročilé vyhledávání


Výběr terminologie
Jazykové vymezení





V jakémkoliv jazyce
Se všemi slovy: plaque caries
S přesnou frází:
Alespoň s jedním ze slov:
dental tooth teeth
Výskyt: v názvu stránky
Možné kombinace: dental plaque, plaque on teeth, dental
caries, tooth caries, caries of (primary) teeth
7
*Google
www.google.com

Pokročilé vyhledávání


Výběr terminologie
Jazykové vymezení





čeština
Se všemi slovy: zubní kaz plak
S přesnou frází:
Alespoň s jedním ze slov:
Výskyt: kdekoliv na stránce
8
Google
Výsledky vyhledávání

Články z odborných časopisů



Citace
Abstrakta
Plné texty


Přímo od nakladatelů nebo prostřednictvím poskytovatelů
(ScienceDirect, Blackwell Publishing, Ovid Technologies,
EBSCO, HighWirePress, Proquest aj.)
Odkazy na jiné databáze / katalogy/ vyhledávací
služby




PubMed (Medline) – „zlatý standard“ pro medicínu
včetně zubního lékařství
LookSmart Find Articles
Journal Watch
INIST
9
Google
Výsledky vyhledávání

Webové stránky










Institucí
Univerzit
Odborných společností
Zdravotnických zařízení
Farmaceutických firem
Médií
Obchodních společností
Soukromých osob
Aj.
Ostatní dokumenty






Pacientské informace
Obrazová dokumentace
Prezentace v powerpointu
Bibliografické soupisy
Patenty
A mnoho dalších…….
10
Hodnocení kvality vyhledaných
informací

eEurope 2002: Quality Criteria for
Health related Websites
Communication from the Commission to
the Council, the European Parliament,
the Economic and Social Committee
and the Committee of the Regions
11
eEurope 2002: Kvalitativní kritéria pro webové
stránky se zdravotnických obsahem
Transparentnost obsahu, důvody pro
zveřejnění, příp. zdroje financování;
 Autorství obsahu včetně citací použitých
informačních zdrojů;
 Ochrana pacientských dat;
 Aktualizace obsahu;
 Zajištění validity a spolehlivosti
pacientských informací;
 Technická podpora přístupu k informacím s
ohledem na cílovou skupinu.

12
*Odborné časopisy pro zubní lékařství
„Dentistry Journals“

Ulrich´s Periodicals Directory

www.ulrichsweb.com

Browse by Subject
 Medicine ---MEDICAL SCIENCE-DENTISTRY

Celkový počet časopisů z oboru = 1213

Odborné (scholarly) = 424

Recenzované (peer-reviewed, refereed) = 165

ČR=69/LF=10
 S impakt faktorem = 49
 ČR=37/LF=7

Elektronická verze = 167

Recenzované = 100
13
*Odborné časopisy pro zubní lékařství
Dostupnost v ČR

Síť lékařských a zdravotnických knihoven

Souborný katalog Národní lékařské
knihovny v Praze

www.nlk.cz/Katalogy,Databáze/Medvik
 Roky odběru v souborném katalogu (kód knihovny =
„sigla“)
 LFUP (OLD002) VKOL (OLA001)
 Registrace pro vzdálený přístup (200,- Kč/rok)

Lékařská knihovna UP v Olomouci


www.upol.cz/Lékařská fakulta/Pracoviště/IS/Časopisy
Vědecká knihovna v Olomouci

www.vkol.cz
 Např. DENTAL ABSTRACTS
 Registrace pro prezenční studium (100,- Kč/rok)
14
DENTAL ABSTRACTS
Vychází 6x ročně od r. 1955
 Stručné informace o obsahu kolem
klíčových článků ze světových
stomatologických časopisů



Rozsah: ca. 50 článků
Záběr: ca. 100 časopisů
Šetří čas nutný pro vyhledávání, získání a
studium původní literatury.
 Vědecká knihovna v Olomouci


Prezenčně ve studovně časopisů
15
Odborné časopisy:
Které jsou ty dobré?
Recenzování („peer-review“)
 Měření kvality časopisů podle
citačního ohlasu



„impakt faktor“ (IF)
Bibliometrie


60. léta 20. st.
…..aplikace matematických a statistických
metod pro hodnocení vědeckého dopadu
psané literatury a ostatních
komunikačních médií“
16
*Institute for Scientific Information
Ústav pro vědecké informace

Philadelphia, Penn., USA

Zakladatel Eugene Garfield


www.garfield.library.upenn.edu/
1960




ISI
Citační analýza (Science Citation Index)
Impakt faktor časopisů (Journal Citation Reports)
Databáze WEB OF KNOWLEDGE

URL: isiknowledge.com
Špála M. Impakt faktor – Dobrý sluha, ale špatný pán. Ikaros
[online]. 2006, roč. 10, č. 4 [cit. 2007-01-24]. Dostupný na World
Wide Web: http://www.ikaros.cz
17
Impakt faktor
Způsob výpočtu
Citovanost v průběhu 3 let
 IF pro rok 2005 se zjistí takto:




A = kolikrát byly články z daného časopisu
publikované v letech 2003 + 2004 citovány
jinými sledovanými časpisy v průběhu r.
2005
B = kolik vyšlo v daném časopise za roky
2003 + 2004 článků celkem
IF daného časopisu pro rok 2005 = A : B
18
*Impakt faktor : příklad výpočtu
„JOURNAL OF DENTAL RESEARCH“

A = kolikrát byly články z daného časopisu publikované
v letech 2003 + 2004 citovány jinými sledovanými
časopisy v průběhu r. 2005




B = kolik vyšlo v daném časopise za roky 2003 + 2004
článků celkem




2003: 176
2004: 163
03+04=339
2003:
666
2004:
416
03+04=1082
IF daného časopisu pro rok 2005 = A : B

1082 : 339 = 3,192
19
Dostupnost časopisů v ČR

Caries Research
20
*Časopisy pro zubní lékařství
podle IF: srovnání s jinými obory
 WEB
OF KNOWLEDGE
http://isiknowledge.com
 Journal Citation Reports

 View
a group of journals by Subject
Category – Dentistry, Oral Surgery
 Abecední řazení změnit podle IF
 Sorted by: Impact Factor --- Sort again
 View

all journals
Sorted by: Impact Factor --- Sort again
21
*Kde vyhledávat ?
Databáze

MEDLINE

via PubMed
URL:www.pubmed.com
22
DATABÁZE MEDLINE
„Zlatý standard“ pro biomedicínu
Charakteristika


National Library of Medicine /Bethesda, USA
Bibliografické citace a autorské souhrny


4,600 časopisů publikovaných v USA a 70 dalších zemích
více než 14 mil. záznamů od r. 1966



Většina záznamů z anglicky psaných zdrojů (nebo s anglickým
abstraktem)
MEDLINE na platformě PubMed (www.pubmed.com)




OldMedline od r. 1950
originálním obsahem je citace + abstrakt
plné texty dokumentů jsou poskytovány hypertextově od nakladatelů
(LinkOut)
Přístup k citacím + abstraktům zdarma
Plné texty


zdarma
licence
23
Odborné téma pro vyhledávání:
Autorka: Doc. MUDr. D. Koukalová, CSc
Zubní plak jako faktor
vzniku zubního kazu
24
Příprava rešeršní strategie
Plán pro vyhledání požadovaných informací
 Jak na to:







Rozdělte rešeršní dotaz na logické celky
Specifikujte hlavní termíny (klíčová slova, víceslovné pojmy)
Určete alternativní termíny (synonyma, hierarchii pojmů)
Použijte logické operátory pro kombinaci termínů
Upřesněte dotaz
 Výskyt hledaných termínů v různých částech
dokumentu (název, název + abstrakt, text…)
 Věkové skupiny
 Typologie dokumentů (pyramida důkazu)
 Stáří dokumentu
Praktické zkušenosti, intuice ……
25
Booleovská logika


Symbolicky vyjadřuje vztahy mezi pojmy
Booleovské operátory:

AND

Dokumenty obsahují oba (nebo více) hledaných
terminů
 dental plaque AND dental caries

OR

Dokumenty obsahují jeden (nebo všechny) hledané
termíny.
 Synonyma
 dental caries OR tooth decay

NOT

Vylučuje daný termín.
dental caries NOT fluoride
26
Praktické vyhledávání
MEDLINE
via
PUBMED
27
*MEDLINE (PubMed)
www.pubmed.com
Search PubMed for:
KROK 1
(caries OR decay*) AND plaque
Limits: Title
28
Pravostranné rozšíření
Truncation, Wildcard
 PubMed
vyhledá všechny termíny od
slovního základu, za nímž je znak *
 Příklad:
 decay*
 PubMed vyhledá:decay,decays,
decayed,,,,,,,,
29
*MEDLINE (PubMed)
www.pubmed.com
Search PubMed for:
KROK 2
tooth OR teeth OR dent*
Limits: Title
30
*MEDLINE (PubMed)
www.pubmed.com
Search PubMed for:
KROK 3
Combine searches - kombinace
(AND operator)



#1 AND #2
Limits – další možnosti omezení dotazu


Age – věkové kategorie
Type of articles – typy publikací





Review – přehledové články
Clinical trials – klinické studie
aj.
Publication date – kdy článek vyšel
Languages – v jakém jazyce byl publikován
31
*Jak PubMed zobrazuje výsledky?

Formáty





Summary
AbstractPlus
MEDLINE
Aj.
Zpracování výsledků

Send to



Clipboard (vytvoření podmnožiny vybraných
záznamů)
Text (převedení do textové podoby)
File (uložení do souboru)
32
Přehledové články (review)
Klasické review
subjektivní a nekvantitativní souhrn dvou
a více vědeckých studií.
 Systematické review
kvantitativní kombinace dvou nebo více
souvisejících studií, která umožní získat
souhrnnou odpověď na studovanou otázku.
 Meta-analýza
systematické review, které používá statistické
metody pro hodnocení studií

Potomková J., Význam systematických přehledů pro
medicínu založenou na důkazu. Pediatrie pro Praxi 2004(2):
33
105-106. www.solen.cz
Pyramida důkazů
Systematické
přehledy, meta-analýza
Randomizované
kontrolované pokusy
Kohortové studie
Studie případů a kontrol
Kazuistiky
Odborné posudky, konzultace
Laboratorní výzkum
Hierarchické uspořádání
vědeckých důkazů v
biomedicíně zahrnuje
kromě výsledků
primárního výzkumu
i formy sekundárního
výzkumu
(systematické přehledy
a meta-analýzu).
34
Zubní lékařství
založené na důkazu
Vyhledávání a kritická
analýza poznatků
35
Archibald L. Cochrane
(1909-1988)
Effectiveness and Efficiency.
Random Reflexions on Health
Services. London, 1972.
„Naše povolání bychom měli
nepochybně podrobit velké kritice.
Nebyli jsme zatím schopni
nabídnout kritický přehled
(průběžně AKTUALIZOVANÝ)
všech významných randomizovaných
kontrolovaných studií.“
Cochrane Collaboration
Cochrane Library
URL: www.cochrane.org/
36
Randomizovaná kontrolovaná studie
Co to je?

Klinické studie


Observační (žádným způsobem se nezasahuje do
„chodu událostí“, zaznamenávají se zjištění)
Intervenční (výzkumníci určují kdo a jaké léčbě bude
podroben)

Randomizované kontrolované
Porovnání dvou skupin osob, z nichž jedna je např.
léčena klasickým (kontrolním způsobem) a druhá
postupem novým (testovaným).
Zařazení do skupin může být prováděno náhodně
nebo nenáhodně.
Náhodné přiřazení (randomizace) omezuje možnost
vzniku interpretačních chyb.
37
Pyramida důkazů
Systematické
přehledy, meta-analýza
Randomizované
kontrolované pokusy
Kohortové studie
Studie případů a kontrol
Kazuistiky
Odborné posudky, konzultace
Laboratorní výzkum
Hierarchické uspořádání
vědeckých důkazů v
biomedicíně zahrnuje
kromě výsledků
primárního výzkumu
i formy sekundárního
výzkumu
(systematické přehledy
a meta-analýzu).
38
Pyramida důkazů : Komentáře

Systematické přehledy a meta-analýzy.

Randomizované kontrolované studie (RCT).


RCT s validními výsledky (tj. intervaly spolehlivosti, jež
se nepřekrývají s prahem klinicky významného účinku,
méně než 20% ztrát probandů).
RCT s méně validními výsledky (tj. výstup ze studie
naznačuje klinicky významný účinek, ale intervaly
spolehlivosti se překrývají s prahem pro tento účinek).

Kohortové studie.

Studie případů a kontrol.

Kazuistiky.

Odborné posudky, úvodníky, názory…..
39
Pro další vzdělávání

http://ucebnice.euromise.cz

Statistické metody v epidemiologii
40
Téma pro vyhledání důkazů
Autor: Prof. MUDr. V.Mihál, CSc
Význam fluoridů v
prevenci zubního kazu
u dětí a adolescentů
z pohledu medicíny
založené na důkazu
41
*MEDLINE (PubMed)
www.pubmed.com
Search PubMed for:
KROK 1
(caries OR decay*) AND fluori*
Limits: Title
42
*MEDLINE (PubMed)
www.pubmed.com
Search PubMed for:
KROK 2
tooth OR teeth OR dent*
Limits: Title
43
*MEDLINE (PubMed)
www.pubmed.com
Search PubMed for:
KROK 3
Combine searches - kombinace
(AND operator)



#1 AND #2
Limits – další možnosti omezení dotazu

Age – věkové kategorie


Child: 6-12 years, Adolescent: 13-18 years
Type of articles – typy publikací

Randomized Controlled Trials – randomizované
kontrolované studie
NEBO
 Subsets

Systematic reviews – systematické přehledy
44
Randomizovaná kontrolovaná studie
Příklad
Truin GJ, van't Hof MA.
 Caries prevention by professional
fluoride gel application on enamel and
dentinal lesions in low-caries
children.
 Caries Res. 2005;39(3):236-40.

45
Subsets : Systematic reviews
Příklady přehledových článků

Časopisecký přehled
Marinho VC, Higgins JP, Logan S, Sheiham A.
Systematic review of controlled trials on the
effectiveness of fluoride gels for the
prevention of dental caries in children.
J Dent Educ. 2003;67(4):448-58. Review.

„Cochrane“ review
Marinho VC et al. Fluoride gels for preventing
dental caries in children and adolescents.
Cochrane Database Syst Rev. 2002, Issue 2.
46
1993 – 50 skupin

Zaměření činnosti



„Cochrane Database of Systematic
Reviews „
http://www.cochrane.org
Access Cochrane Library/Advanced

Přístup do plných verzí systematických přehledů je
47
za poplatek
COCHRANE LIBRARY
ADVANCED SEARCH
fluori*
Record Title
AND
 "dental caries" OR "dental decay*„
Record Title

Restrict Search by Product:
The Cochrane Database of Systematic Reviews
(Cochrane Reviews - CDSR)
48
Systematický přehled
Příklad (CDSR)
Fluoride gels for preventing dental caries
in children and adolescents


The record should be cited as: …………..
Datum poslední aktualizace CDSR: ……….
Strukturovaný abstrakt
Background(úvod)-Objectives(cíl)–Search strategy
(vyhledávání)–Selection criteria(kritéria výběru studií)Data collection & analysis(sběr a analýza dat)-Main
results(hlavní výsledky)-Authors´conclusions(závěry
autorů)-Plain language summary(závěr pro laiky).
49
Systematický přehled
Příklad: rozbor (CDSR)

Výběr studií


Výsledky





Randomizované studie
25 zařazených studií /7747 dětí
Meta-analýza
Jednoznačný důkaz inhibičního účinku
fluoridového gelu na tvorbu zubního kazu
2 studie popisovaly negativní účinky
Závěry autorů

Nutnost dalších klinických studií
50
COCHRANE REVIEWS
Přístup k dokumentu v síti LF UP
 Marinho
VCC et al.
Fluoride gels for preventing dental
caries in children and adolescents.
 Cochrane Database of Systematic
Reviews 2002, Issue 1.

 http://www.upol.cz/Lékařská
fakulta/Pracoviště/Knihovna
LF/Databáze
51
Syntetická databáze DynaMed
Kriticky hodnocené poznatky
http://search.epnet.com
52
Standardní struktura témat
v databázi DynaMed
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Popis nemoci (včetně kódu MKN-9)
Příčiny a rizikové faktory
Komplikace
Anamnéza
Fyzikální nález
Diagnóza
Prognóza
Terapie
Prevence & Screening
Použitá literatura (včetně přehledových článků a
praktických postupů - guidelines)
Pacientské informace
53
Klinická otázka pro dnešní den
P = zubní kaz u dětí
I = fluoridy
C = bez fluoridů
O = prevence zubního kazu
54
Vyhledání tématu v databázi
DynaMed

Find


dental caries fluorides
Dental caries (MKN)
 Prevention and Screening
Text
Kvalitativní hodnocení

„Levels of evidence“ – úrovně důkazu
55
Pro další vzdělávání

http://ucebnice.euromise.cz


Statistické metody v epidemiologii
http://isiknowledge.com WEB OF
KNOWLEDGE
56
Zubní lékařství
založené na důkazu
Multizdrojové
vyhledávání informací
& bibliometrie
57
Přehled online zdrojů
SCHOLAR GOOGLE
http://www.scholar.google.com


Jen časopisecké články + citační ohlasy (pokud
existují)
MEDLINE (PubMed)
http://www.pubmed.com

COCHRANE LIBRARY
http://www.cochrane.org

58
Přehled online zdrojů
WEB OF SCIENCE
http://isiknowledge.com




General Search (multidisciplinární DB)
Cited Reference Search (citační ohlasy)
Journal Citation Reports (impakt faktor)
NÁRODNÍ LÉKAŘSKÁ KNIHOVNA
http://www.nlk.cz




Katalogy a databáze (Souborný katalog zahr.časopisů)
Bibliographia Medica Čechoslovaca (české články)
Česko-anglický tezaurus termínů z lékařství a
zdravotnictví MeSH CZ
59
Klinická otázka pro dnešní den
Minimálně invazivní léčba
v parodontologii
Návrh terminologie:
 [periodontal disease, periodontitis]

periodont*
nonsurg* OR noninvasive
 therap* OR treat* OR manag*

60
SCHOLAR GOOGLE

http://www.scholar.google.com
With all the words: periodontal nonsurgical
At least one of the words: treatment therapy
management
Where my words occur: in the title of the article
Articles published between: 2002
2007
61
MEDLINE - PubMed
http://www.pubmed.com
Krok 1
periodont*/Title

Krok 2
(nonsurg* OR noninvasive) AND (therap* OR treat* OR
manag*)/Title
Krok 3
1 AND 2
Krok 4
Randomized controlled trial
62
Kritická analýza
Randomizovaná kontrolovaná studie
1:Loesche WJ, Giordano JR, Soehren S,
Kaciroti N.
The nonsurgical treatment of patients with
periodontal disease: results after five
years.
J Am Dent Assoc. 2002 Mar;133(3):311-20.
Kvalita studie: 90/ztráta 46
63
Kritická analýza
Randomizovaná kontrolovaná studie
2. Kasaj A, Willershausen B, Berakdar M,
Tekyatan H, Sculean A.
Effect of an oily calcium hydroxide
suspension on early wound healing after
nonsurgical periodontal therapy.
Clin Oral Investig. 2006 Mar;10(1):72-6.
Kvalita studie: jednoduše zaslepená,
19/ ztráta 0, trvání 3 týdny
64
Kritická analýza
Systematický přehled
Labriola A, Needleman I, Moles DR.
Systematic review of the effect of smoking
on nonsurgical periodontal therapy.
Periodontol 2000. 2005;37:124-137.
Comment in:
Evid. Based Dent. 2005; 6(2):37-8.
65
COCHRANE LIBRARY
http://www.cochrane.org
Search for:
periodont*/Record Title
AND
non-surg* OR noninvasive/
Title,Abstract,Keywords

Restrict Search by Product: CD Systematic
Reviews
66
WEB OF SCIENCE

http://isiknowledge.com

Cited Reference Search (citační ohlasy)
RCT č.1: Loesche WJ /JADA/ 2002

Times cited: 10x

Journal Citation Reports (impakt faktor)
RCT č.1: Journal of the American Dental
Association

Impact Factor: 0,935
67
WEB OF SCIENCE

http://isiknowledge.com


General Search (multidisciplinární DB)
Postup vyhledávání stejný jako v
PubMed
68
Výsledky
Srovnání PubMed x Web of Science

Počty záznamů:
PubMed……..…………………..68
Web of Science ………………59
z toho unikáty……………31
69
NÁRODNÍ LÉKAŘSKÁ KNIHOVNA
http://www.nlk.cz
Katalogy a databáze
MEDVIK
Vyhledávání časopisů
Ověřit dostupnost časopisu:

Loesche WJ, Giordano JR, Soehren S, Kaciroti N.
The nonsurgical treatment of patients with periodontal
disease: results after 6.4 years.
Gen Dent 2005 Jul-Aug;53(4):298-306
70
NÁRODNÍ LÉKAŘSKÁ KNIHOVNA
http://www.nlk.cz
Katalogy a databáze
Tezaurus MeSH (řízený slovník)
Bibliographia Medica Čechoslovaca
(články v českých časopisech)
Medical Subject Headings

71
NÁRODNÍ LÉKAŘSKÁ KNIHOVNA
Tezaurus MeSH

Vyhledávání
 parodont
 Vyhledá
výraz tezauru: periodont
72
NÁRODNÍ LÉKAŘSKÁ KNIHOVNA
Báze BMC
 Vyhledávání:

Rejstřík: Název
 parodont?
and ter?
 Výsledek: 16 záznamů

Rejstřík: Deskr MeSH
 periodont
and terapie
 Výsledek: 50 záznamů

Rejstřík: Všechny
 parodont?
and ter?
 Výsledek:127 záznamů
73