Transcript PARSÝMONÝ ÝLKESÝ

PARSİMONİ İLKESİ
( SİBEL MUTLU – 200920102029 )
SOY AĞACI OLUŞTURMADA KULLANILAN BAZI
METODLAR
•
•
•
•
•
Dış grup yöntemi
Ontogenetik kriter
Parsimoni
Maksimum olasılık
Bayezyen yöntemi
KLADİSTİK METOTLAR
• Paylaşılan türemiş karakterler temelinde monofiletik gruplar
tanımlayan tekniklere kladistik metotlar adı verilir.
Sinapomorfi
• Ortak bir atadan değiştikleri için paylaşılan özellikler
• Örneğin memeliler ortak atalarından türemiş özellikler olarak kürk
ve süt bezlerini paylaşırlar.
Sinapomorfi evrimsel dal noktalarını tanımlar.
• Kladistik metotlar ile ağaç inşaasının köşe taşı, bu paylaşılan
türemiş karakterlerin doğru biçimde tanımlanmasıdır.
• Özelliğin hangi durumunun atasal, hangisinin türemiş olduğunu
belirlemenin birkaç yolu vardır.
→En basit ve güvenilir yollardan bir dış grup analizi.
• Kladistik metotlardan ikincisi;
→Parsimoni
Olası birçokları arasından hangi dallanma modelinin evrimsel
tarihi en doğru biçimde yansıttığını tanımlamada bir yaklaşım
sağlar.
Parsimoniye göre tercih edilen ağaç, açığa çıkmış olan evrimsel
değişmenin toplam miktarını en aza indirgeyen ağaçtır.
Parsimoni, homoloji sayısını arttıran, homoplasi sayısını düşüren
bir yöntemle çalıştığından olasılık yöntemi parsinomi yöntemini
savunmada bir yol olabilir.
Ancak bu durum, evrimsel değişmelerin az olarak açığa çıktığı
tahmin edilen verilerde geçerlidir.
Parsimoni, farklı filogenetik ağaçlar olduğunda en az basamaklı ya
da değişmenin en az olduğu ağaçların tercih edilmesidir.
Evrimsel süreçte neler olduğuna ilişkin sonuca varılırken,
araştırmacının karmaşık yerine basit açıklamaları yeğlemesi
demektir.
Başka bir deyişle, araştırmacı açığa çıkan evrimsel değişmenin
miktarını azaltan veri yorumlarını tercih eder.
Bir grubun filogenisini en iyi tahmin eden ağaç en az evrimsel
değişme gösteren ağaçtır.
Çünkü, iki grupta bulunan benzer bir karakterin ayrı ayrı açığa
çıkmış olma olasılığı, bir kez ortaya çıkmış olma olasılığından daha
düşüktür.
• Karakter seçimi ; Moleküler ve Morfoloji
• Her filogenetik analizin ilk işi veri olarak hangi karakterleri
kullanacağını seçmektir.
 Morfolojik özellikler : Sadece müze koleksiyonlarında bulunan
soyu tükenmiş türler yada fosiller durumunda elzemdir.
 Moleküler özellikler : Nükleotitler farklı genlerde hızlı bir biçimde
neredeyse sonsuz sayıda kodlanabilirler.
• Moleküler biyologlar dizilerin zamanla nasıl değiştiğini öngören
sofistike modeller geliştirmişlerdir.
• Ancak moleküler benzerliklerdeki homoplasileri saptamak zor
olabildiği gibi , DNA dizilerindeki karakterler sadece 4 karakter
durumuyla (A, T, G, C) sınırlıdır.
• Verilerin bu farklı nitelikleri, çoğunlukla filogenetikçileri , evrimsel
ilişkileri analiz ederlerken , mümkün olduğunca morfolojik ve
moleküler karakterleri birlikte kullanmaya yöneltmektedir.
TEK BİR MORFOLOJİK KARAKTERLE PARSİMONİ
• Toynaklılar iki monofiletik taksona bölünmüştür.
• Artiodactyla
Perissodactyla
• Su aygırları
Atlar
• Sığırlar
• Geyikler
• Domuzlar
• Zürafalar
• Antiloplar
• Develer
Gergedanlar
• Artiodactyla hipotezi
• Balina ve yunuslar toynaklılar
ile akraba olup , muhtemelen
çift toynaklılar (sığır, geyik,
suaygırı, domuz, yabandomuzu
ve develerin temsil ettiği) ile
kardeş grupturlar.
• Bu
türlerin
dış
Perssodactyla
(at
gergadanlar)
toynaklılardandır.
grubu
ve
adlı
• Balina + su aygırı hipotezini
göstermektedir.
• Bir istisna dışında (a) ile
aynıdır: balinalara giden
dal , balinaları su aygırları
ile kardeş grup yapacak
şekilde yer değiştirmiştir.
Astragalus kemiği çifttoynaklı memelileri bir takson olarak tanımlar.
•
Eğer su aygırı ve diğer çift
toynaklılar monofiletik bir
grup oluşturuyorsa, şekilde
görüldüğü gibi makara şekilli
astragalus,
sonradan
bir
değişim olmaksızın sadece bir
kez değişime uğramıştır.
• Eğer balinalar ve su aygırları
kardeş grupsa , bu durumda
şekildeki gibi makara şekilli
astragalusun oluşması ve
balinaya giden soy hattında bu
sinapomorfinin kaybı söz
konusudur.
Bu karakter temelinde balina+su aygırı hipotezi çift toynaklı
hipotezinden daha az parsimoniktir.
ÇOKLU MOLEKÜLER KARAKTERLERLE PARSİMONİ
Parsimoni metodunun
avantajları ;
 Basittirler, sezgi yolu ve
yaratıcılıkla
çıkarılabilirler
(kağıt-ve-kalem
ile
yapılabilirler).
 Moleküler ve morfolojik
datalarda kullanılabilirler.
 Benzerlik çeşitlerini ayırt
edebiliriz
(sinapomorfik,
plesiomorfik, homoplasi) .
 Karakter
ve
orantı
analizlerinde kullanılabilirler.
Parsimoni metodunun
dezavantajları ;
 Yüksek
seviye
homoplasilerde
yanılabilirler.
 İncelenen diziler ya da
genetik uzaklıklar ile uyumlu
bir ağaç elde etmek için
gerekli en az mutasyonların
saptanmasına dayanan bir
yöntemdir.
 Kesin yaklaşımda olası tüm
ağaçlar gözden geçirilir ve
kullanılan
optimalite
ölçütüne en uygun ağaç
belirlenir.
• Kaynaklar
• www.evrimianlamak.org.
• Evrimsel Analiz kitabı
• www.dbbm.fiocruz.br/james/lectures.html
• www.molecularevolution.org
• http://m.sakiroğlu.wordpress.com/filogenetik-nedir/
• http://tr.wikipedia.org/wiki/Bayes_teoremi
• Biyoloji Kitabı
• Yazarları:Neil A.Cambell-Jane B.Reece California
Üniversitesi,Riverside
TEŞEKKÜR EDERİM 