Transcript Microbiologie Clinique

Microbiologie Clinique
LE DIAGNOSTIC
1
Buts
• Établir et confirmer l’étiologie (les
caractéristiques) de l’agent infectieux par son
l’isolation et son identification
• Faire des tests de susceptibilité aux agents
antimicrobiens
• Faire des tests sérologiques pour faire un suivi
de la progression de l’agent infectieux chez le
patient
– Ex. Suivi de la réponse immune
2
1. Le Prélèvement
• Prélèvement doit représenter la zone malade
• Quantité prélevée doit permettre un examen
complet
• Doit éviter la contamination
– Flore naturelle
• Doit être acheminé rapidement au laboratoire
– Maintenir la représentation
• Si possible, faire avant l’antibiothérapie
– Déterminer la susceptibilité avant de prescrire
l’antibiothérapie
3
2. Identification Préliminaire
• Microscopie
– Coloration de Gram
– Coloration alcoolo acido-résistante
• Culture
– Milieu sélectif et/ou enrichissant
– Milieux différentiels
• Ex. Patrons d’hémolyses
4
3. Suivi
• Méthodes
– Microbiologiques
– Sérologique/immunologique
• ELISA
• Agglutination
• Fixation du complément
5
Méthodes Sérologiques/Immunologiques
• Déterminer la présence d’un antigène :
•
•
•
•
Un organisme
Une protéine
Une toxine
Un anticorps
– Réaction au latex (agglutination)
– Dosage par la méthode d’ELISA
– Fixation du complément
6
Agglutination au Latex
Test d’antigène
+
Latex enrobé
d’anticorps
Spécimen qui
contient l’antigène
Test d’anticorps
+
Latex enrobé
d’antigène
Spécimen qui
contient des anticorps
•7
Fixation du Complément
• Méthode
Ajout d’Ac contre Ag à être décelé
Ajout d’une concentration limite du complément
Ajout de globules rouges sensibilisés avec IgG
Avec Ag
Pas d’Ag
Sérum du
patient
Ag
Ag
Lyse
Ag
8
Fixation du Complément (Suite)
• Essai qui détermine si le complément est utilisé
par la liaison d’AC spécifique à un antigène
– Complément utilisé – Pas de lyse de globules rouges
• Fixation du complément
• Antigène présent
– Complément inutilisé-lyse de globules rouges
• Aucune fixation du complément
• Antigène absent
• Essai peut être fait de façon quantitative
• Sensibilité moyenne
9
Dosage par la Méthode ELISA
• Utilisé pour déceler la présence d’anticorps ou
d’antigènes
– Très sensible
– Quantitatif
– Rapide
10
ELISA – Détection d’Antigène
Sérum (source d’Ag) est ajouté à puits de plastic
Agent bloquant est ajouté
Ac (anticorps primaire) contre Ag est ajouté
Lavage
Ac (secondaire) complexé à une enzyme est dirigé contre
l’anticorps primaire. Cela va permettre la détection
Lavage
Substrat est ajouté
Antigène Présent
ENZ
ENZ
ENZ
Antigène Absent
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
11
ELISA – Détection d’Anticorps
Ag cible pour Ac à déceler ajouté aux puits
Agent bloquant est ajouté
Sérum à tester est ajouté
Lavage
Ac (anticorps primaire) contre Ag est ajouté, ensuite on fait un lavage
Ac (secondaire) complexé à une enzyme est dirigé contre
l’anticorps primaire. Cela va permettre la détection
On fait un lavage, puis le substrat est ajouté
Ac Présent
Ac Absent
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
ENZ
12
Interprétation des Résultats
• Sérums de patients testés pour le VIH
– Ac 1o anti-VIH de souris
– Ac 2o anti-Ac de souris
Dilutions des sérums
Sérum 1
Sérum 2
Sérum 3
Témoin négatif
•
Conclusions
– Patients 1 & 3 sont positif pour le VIH
– Patient 3 possède un titre plus élevé
– Patient 2 est négatif pour le VIH
13
Suivi du Microorganisme
• Méthodes
– Microbiologiques
• Comptes viables
• Comptes directs
– Sérologique/immunologique
• ELISA
• Agglutination
14
ÉPIDÉMIOLOGIE
15
Définitions
• Épidémiologie: Branche de la médecine qui
décrit l’occurrence, la distribution et les types
de maladies dans des populations pendant
des périodes de temps distinctes
• L’épidémiologie est l’étude du qui, quoi,
quand, où et comment des poussées de
maladies infectieuses
16
Définitions (Suite)
• Maladie infectieuse
– Maladie causée par un agent infectieux
• Ex. le tetanos
• Maladie subclinique
– État dans lequel l'infection a causé une atteinte tissulaire,
mais avec absence de signes ou symptômes cliniques
• Maladie contagieuse
– Transmission directe ou indirecte à partir d’une personne
infectée
• Ex. L’influenza – La grippe
• Maladie transmissible
– Transmission par des voies non naturelles à partir d’une
personne infectée
• Ex. le SIDA, la rage
17
Mesures de l’Apparition de la Maladie
• Incidence cumulative
– Proportion de personne dans une population qui
est tombée malade au cours d’une période de
temps spécifiée
IC=
No de nouveaux cas de la maladie durant
la période de temps spécifiée
No totale de personnes à risque dans la
population au début de la période de
l’étude
18
Incidence Cumulative: Exemple 1
• L'incidence quotidienne de la varicelle chez les
enfants de 1ère année à l’école primaire Booral
pendant l'épidémie de 1998 était de 10
nouveaux cas pour 100 enfants
– S'il y avait 200 enfants en première année,
combien de nouveaux cas y avait-il chaque jour?
• 10 nouveaux cas
• X nouveaux cas
• X = 20, donc 20 enfants
100 enfants
200 enfants
Incidence Cumulative: Exemple 2
• En 2000, 818 femmes avaient une fécondation
in vitro à Ottawa. 80 d’entre elles ont
développé une grossesse clinique dans le mois
qui a suivi
– Le IC de la grossesse était?
• IC= 80/818 = 0.098
• 0.098 x 100 = 9.8 %; donc 9,8 cas par centaines de
femmes
Morbidité: Taux d’Attaque
• Taux de propagation d’une maladie d’un individu à
un autre dans une fraction de la population qui est
observée pendant une période limitée de temps
– Mesure du risque de développer la maladie durant une
période de temps précise
– Mesure de la transmissibilité
No de nouveau cas de la maladie durant la
période de temps spécifiée
Taux d’attaque=
Population totale à risque durant la
période de temps
21
Taux d’Attaque: Exemple
• Pendant la première semaine d‘avril 2002, l‘unité de la santé
publique a été appelée pour mener une enquête sur plus de 20
rapports de personnes souffrant de gastro-entérite après avoir
mangé au restaurant le Parramatta. Une enquête a été menée
et tous les clients qui ont mangé au restaurant durant cette
semaine ont été interviewés. Ils ont trouvé 2000 clients qui ont
mangé au restaurant, dont 400 qui sont tombés malades
– Quel était le taux d'attaque?
Taux d'attaque = 400/2000 = 0.2
= 0.2 x 100 =20% donc 20
personnes par 100 clients
22