Transcript Виж - CredoWeb

Предикция на фамилен
риск и генетични маркери
за овариален карцином
Проф. Драга Тончева, д-р Радослава Въжарова,
МУ - София, СБАЛГАР „Д-р Малинов“
Наследствен карцином на гърда и
яйчник (HBOC)
Mary-Claire King – професор в University of
Washington
Наследствени карциноми
•
•
•
•
5-10% при всеки тип карцином;
Наследена герминативна мутация;
Ген с висока пенетрантност;
Висок относителен риск за предразположеност
към определен тип рак;
• Описани са повече от 45 различни наследствени
ракови синдроми.
Toncheva et al.
Tumori 2011 97(1), 86-94
Pathologie-Biologie 2011, 59 (5), 286-291
Biomarkers in Cancer 2010, 2, 57-63 (IF= 0,861)
Eur J Cardio-Thor Surg 2010, 37 (1), 44-50
Риск за развитие на BRCA1/BRCA2-асоциирани ОК
Мутационен риск
Риск за
карцином
Риск за общата
популация
BRCA1
BRCA2
Гърда
12%
50%-80%
40%-70%
Яйчник
1%-2%
24%-40%
11%-18%
Гърда при
мъже
0.1%
1%-2%
5%-10%
Простата
15% (Евр. произход)
<30%
18% (Афро-Американци)
<39%
Панкреас
0.50%
2%-7%
1%-3%
Toncheva et al.
Mol Med Rep 2009, 2(3), 365-384
Tumori 2009, 95 (3), 357-366
Onkologie, 2009, 32 (7), 405-410
J Cancer Mol 2008, 4 (3), 67-77
Oncol Reports 2008, 20(1), 105-121
Int J Gynecol Cancer 2006, 16 (1), 145-151
Eur J Cancer 2006, 42(5), 674-679
Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 2005,118(1), 81-85
Гени за предразположеност към HBOC
Най-малко 16 гени създават предразположеност към HBOC
AJHG, 2013: COGS (Collaborative Oncological Geneenvironment Study) GWAS изследване: фамилен риск за а)BC,
b) OC, c) простатен карцином.
Нови Общo FRR
49
76
15%
Нови Общo FRR
8
12
4%
Нови Общo FRR
26
78
31%
Топ 20 болести, свързани с наследствен ОК
Анемия на Фанкони (16 гени): FANCA, FANCB, FANCC, FANCD1 (BRCA2), FANCD2,
FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCJ, FANCL, FANCM, FANCN (PALB2), FANCP, RAD51C,
and XPF
FA–BRCA пътища: BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, BRIP1, BARD1, CHEK2,
MRE11A, NBN, PALB2, RAD50; Mismatch repair гени: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2;
Други гени: TP53
Li-Fraumeni синдром: CHEK2 и TP53
Cowden синдром: PTEN, SDHB, SDHD и KLLN
Peutz-Jeghers синдром: STK11
Анемия на Фанкони
Наследствен не-полипозен рак на дебелото
черво (HNPCC, синдром на Lynch)
Toncheva et al.
Clin Bioch 2008, 41(14-15), 1224-1236
J Cancer Res Clin Oncol 2008, 134, 317–322
Onkologie 2007, 30, 559–563
Onkologie 2006, 29, 198-200
BRCA1 - 600 патогенни мутации
1863 амино кисели
BRCA2 - 300 патогенни мутации
3418 амино киселини
Етапи на генетично изследване на BRCA
Насочване
на пациенти
GP-та;
Гинеколози;
Онколози;
Сами;
Други.
МГК
Информация за:
• генетичните причини на
болестта;
• риска за генетична
предразположеност;
• методика на изследване
и време за предаване
на резултата;
• полза/риск от генетично
изследване;
• риск за родствениците.
Генетично
изследване
МГК
Патологични
мутации,
Интерпретация
на резултата;
Варианти с
неизвестно
кл. значение
Препоръки за
превенция;
Полиморфиз
ми
Значение за
клиниката и
терапията
Препоръка за
изследване на
родственици
Генетични изследвания на 130 жени от българска
популация за мутации в BRCA1/2
Nonsense
Frameshift
Големи делеции
GT/AG splice
Патологични мутации
Дупликации
Промотор
Missense
Мутации
UV
Синонимни
кодони
Интрони
Polymorphism
Toncheva et al.
Mol Clin Oncol 2014;2(3):435-439
Патологични мутации:
• 32890665G>A (при РМЖ):
– BRCA2
• - BRCA1
Секвениране от ново поколение (NGS)
SNP микрочипова технология
Toncheva et al.
PLoS Comput Biol. 2012;8(7):e1002587
Prilozy 2014, XXXV(1), 25-350
TruSight Cancer панел, Illumina
AIP
CDH1
EPCAM
FANCE
KIT
PALB2
RET
SUFU
ALK
CDK4
ERCC2
FANCF
MAX
PHOX2B
RHBDF2
TMEM127
APC
CDKN1C
ERCC3
FANCG
MEN1
PMS1
RUNX1
TP53
ATM
CDKN2A
ERCC4
FANCI
MET
PMS2
SBDS
TSC1
BAP1
CEBPA
ERCC5
FANCL
MLH1
PRF1
SDHAF2
TSC2
BLM
CEP57
EXT1
FANCM
MSH2
PRKAR1A
SDHB
VHL
BMPR1A
CHEK2
EXT2
FH
MSH6
PTCH1
SDHC
WRN
BRCA1
CYLD
EZH2
FLCN
MUTYH
PTEN
SDHD
WT1
BRCA2
DDB2
FANCA
GATA2
NBN
RAD51C
SLX4
XPA
BRIP1
DICER1
FANCB
GPC3
NF1
RAD51D
SMAD4
XPC
BUB1B
DIS3L2
FANCC
HNF1A
NF2
RB1
SMARCB1
CDC73
EGFR
FANCD2
HRAS
NSD1
RECQL4
STK11
Мутация в BRCA1: p.Val1234GlnfsTer8
Мутация в BRCA2: p.Lys1590SerfsTer27
BRCA2: p.Thr3033AsnfsTer11
FANCA: p.Ser858Arg и p.Ser1088Phe
Лазерна микродисекция (LMM)
Събирателна
епруветка
LMM стъкло
Събиране на
таргетни клетки
Тъканен срез
UV лазерен лъч
Остатъчни
клетки
Маркиране на
клетки на монитора
Преди LMM
Събрани
клетки
Схема на процеса на микрочипов анализ
Affymetrix ®
GCOS
ОВАРИАЛЕН КАРЦИНОМ
38,500 гени (47,400
транскрипти)
сигнификантно повишени
гени при повече от 50% от
случаите
1,836 транскрипти
с повече от 5 пъти
повишена експресия
спрямо нормата
273 транскрипти
сигнификантно понижени
гени при повече от 50% от
случаите
3,602 транскрипти
с повече от 5 пъти
понижена експресия
спрямо нормата
387 транскрипти
Топ-20 гени с понижена експресия
при овариалeн карцином
0,00
-1,00
-2,00
-3,00
-4,00
-5,00
-6,00
-7,00
-8,00
LOC387763
PEG3
LUM
SPARCL1
EFEMP1
CDH11
C4orf18
COL1A2
IGFBP5
COL6A3
SPARC
COL3A1
HTRA1
DKK3
RBMS3
FAM150B
CLEC2B
BAMBI
PRKAR2B
GAS1
Топ-20 гени с повишена експресия
при овариален карцином
HMMR
DLG7
BCL11A
ABHD7
TSPAN12
NUF2
GPM6B
EPB41L5
GPR39
SLC6A12
OVOL2
METTL7B
MDS1
PI3
SLC26A7
CD24
FOXA2
HOXB8
YDD19
RCAN3
7,00
6,00
5,00
4,00
3,00
2,00
1,00
0,00
Асоциация на копийни
варианти на 20q13.2, cmyc, EGFR, erbB2,
ZNF217, CCND1 с ОК.
Molecular Medicine Reports 2009, 2(3),
365-384
Йераричният клъстерен
анализ разграничава
хистологичните типове
ОК в самостоятелни
йерархични клонове.
J Cancer Mol 2008, 4 (3), 67-77
Acta Oncologica 2004, 43(7), 675-679
Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol.
2005,118(1), 81-85
European Journal of Cancer 2006, 42(5),
674-679
Int J Gynecol Cancer 2006, 16 (1), 145-151
Onkologie 2009, 32 (7), 405-410
Tumori 2009, 95 (3), 357-366
Модел „BRCAPRO“
Оценка на генетичен риск и определяне на здрави лица,
подходящи за изследване на BRCA1/2
BRCAPRO
Определя риска
за носителство
на BRCA1 или
BRCA2 мутация
Жени с
фамилна
история на
КГ или ОК
Включва
родственици от I и
II ст., начало на
болестта и история
на КГ или ОК
Ограничено
приложение
при някои
етнически
групи
Модел „BOADICEA“
Модел „BOADICEA“
Модел „BOADICEA“
Изводи
• Нараства броят на изследванията на BRCA гени за
диагностични и превантивни цели;
• Лабораториите бързо преминават към NGS секвениране;
• NGS изследвания повишават капацитета, намаляват
цената и времето за анализи;
• Интерпретацията на BRCA VUS изисква провеждане на
мащабни изследвания;
• Скрининг на туморни DNA проби за соматични мутации в
BRCA е предизвикателство.
Нови предизвикателства за изследване на BRCA:
изглед от диагностична лаборатория „Геномика“