Transcript Gene Microarray Clustering System 基因微陣列分群系統 成員介紹 •指導： 張玉盈 教授 •主講人：丁 顥 •組員： B943040014 陳廷修 B943040016 郭泓誠 B943040040 丁 顥 B943040043 衛彤軒.

Gene Microarray Clustering System
基因微陣列分群系統
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成員介紹
•指導： 張玉盈 教授
•主講人：丁 顥
•組員： B943040014 陳廷修
B943040016 郭泓誠
B943040040 丁 顥
B943040043 衛彤軒
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摘要
•緒論
•系統架構
–簡介
–原理與演算法
–流程
•結語
–圖形化介面成果
–未來展望與心得
•DEMO TIME、Q&A
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緒論
近年來基因資訊科技的迅速發展讓生命科
學衍生的相關產業成為最具發展潛力的明
日之星，它廣泛的應用潛力，對醫藥、農
pCluster+
業、食品、能源、環保等許多產業皆產生
巨大的影響與衝擊。
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系統簡介
•基因微陣列分群系統？
–貢獻：幫助生物學家統整出生物遺傳基因以利分析
•專題系統核心
–
〔H. Wang, W. Wang, J. Yang, and P. Yu,Clustering by Pattern Similarity in Large
Data Sets. In ACM SIGMOD, 2002.〕
– 〔李建億,黃乙展,吳崢榕,New pCluster+ & Incrememtal pCluster〕
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– Java：Write once, run everywhere!
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•MicroArray(微陣列)?
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•Clustering(分群)？
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– 歐幾里德距離、餘弦距離 6
– pCluster+、Complete link、Group
average
4
2
0
a
b
c
d
e
G
1
G
2
G
3
G
4
G
5
G
6
G
7
5G
pCluster+分群技術
原理：相似起伏區塊的集合
6
原理與演算法
Step1: 建立MDSc
MicroArray
C2
O1
3
6
O2
4
7
O3
3
9
O4
5
10
O5
4
O6
O7
O1
-3
O2
-3
O3
-6
O4
-5
2
O5
2
8
5
O6
3
5
8
O7
-3
計
算
差
值
Sort
依
差
值
大
小
來
排
序
Clustering
O3
-6
O4
-5
O1
-3
O2
-3
O7
-3
O5
O6
O3
-6
誤
差
值
O4
-5
O1
-3
1
O2
-3
O7
-3
2
O5
2
3
O6
3
<=
C1
Difference
來
分
群
7
原理與演算法
Step 2: 刪去不符合條件的MDS (MDS Pruning)
firstValue secondValue
C0
C1
O0
O1
O2
O3
O5
0
1
1
1
1
1
1
MDS_num = 1
Object’s count
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原理與演算法
Step 3:判斷是否繼續產生MDSo & 合併MDSo
(O0 O1) -> (C0 C1 C2)
(O0 (O
O10 O
21) O
->2)->(
(C0 C
C01 C
C12)C2) }
pCluster{
O
(O0 O2) -> (C0 C1 C2)
(O1 O2) -> (C0 C1 C2)
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專題流程
瞭解並熟練基因微陣
列分群系統的演算法
利用AWT與Swing
創造圖形化介面
設計pCluster+架構
Test＆Debug
利用Java
撰寫其演算法
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圖形化介面前後
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心得與未來展望
• 組織策劃能力
• 科技始終來自於人性
• 提升效率、準確性、實用性
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DEMO 、
Q& A
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