בנויים מאטומי פחמן ( ; )C מימן ( ; )H חמצן ( )O ובנוסף לכך גם מאטומי חנקן ( )N כל מולקולת חלבון בנויה מיחידות קטנות המכונות.
Download
Report
Transcript בנויים מאטומי פחמן ( ; )C מימן ( ; )H חמצן ( )O ובנוסף לכך גם מאטומי חנקן ( )N כל מולקולת חלבון בנויה מיחידות קטנות המכונות.
בנויים מאטומי פחמן ( ; )Cמימן ( ; )Hחמצן
( )Oובנוסף לכך גם מאטומי חנקן ()N
כל מולקולת חלבון בנויה מיחידות קטנות
המכונות חומצות אמינו (חומצות אמיניות)
ישנן 20חומצות אמינו שונות!
מספר חומצות האמינו בחלבון נע מכמה
עשרות ועד מאות אלפים!!!
דיפפטיד -שתי חומצות אמינו קשורות זו
בזו
פפטיד -שרשרת קצרה של חומצות אמינו
פוליפפטיד -שרשרת ארוכה של חומצות
אמינו
רק חומצות אמינו בודדות יכולות
לעבור דרך קרומי התאים!
קבוצה
קרבוקסילי
ת
קבוצה
אמינית
H H O
H N C C
HO
R
קבוצה
צדדית
בכל חומצה אמינית מצויה
קבוצה אמינית וקבוצה קרבוקסילית.
Hגליצין
CHאלאנין
3
H H O
H N C C
HO
CHOH
טראונין
CH3
HO
HO
HO
C
CH3 CH3
ואלין
HO
H H O
H N C C
H H O
H N C C
H H O
H N C C
H H O
H N C C
CH2
ציסטאין
SH
מהו ההבדל בין חומצות
האמינו?
הקבוצה הצדדית!
בין כל שתי חומצות אמינו מצוי קשר כימי
המכונה קשר פפטידי
איך נוצר קשר פפטידי?
יציאת
מולקולת מים
HO
HO
H H O
N C C
C H3
H H O
H N C C
H
H H O
+H N C C
C H3
H H O
H N C C
H
HO
קשר פפטידי
די פפטיד
קשר פפטידי נוצר ע"י אנזים ,תוך יציאת
מולקולת מים.
פירוק קשר כימי מתבצע ע"י אנזים תוך כניסת מולקולת
מים
או
חיובי()+
או
HO
לקבוצה הצדדית של כל חומצת
אמינו יכול להיות מטען חשמלי
שלילי()-
H H O
H N C C
Rקבוצה
צדדית
נייטרלי
לכן המטען של חלבון הוא תוצאה של
כלל המטענים החשמליים שלו
לדוגמה :בחלבון ישנן 1000חומצות אמינו200 :
חיוביות 500 ,נייטרליות ו 300שליליות.
מה המטען של החלבון?
כמובן ששלילי
המבנה המפותל של החלבון הוא תוצאה של כוחות
משיכה ודחייה בין מטענים חיוביים
ושליליים בחלבון!
רוב החלבונים מאורגנים בשלוש רמות:
מבנה ראשוני :רצף חומצות האמינו
ראשוני
מבנה שניוני :סליל
נוצר עקב כוחות משיכה בין:
לאורך שרשרת החלבון
H
N
O
C
שניוני
+
+
-
ראשוני
מבנה שלישוני :פיתולים היוצרים מבנה של פקעת
המבנה השלישוני הוא תוצאה של כוחות משיכה ודחייה
בין קבוצות צדדיות שונות של חומצות אמינו!
שלישוני
בחלק קטן מהחלבונים קיים מבנה רביעוני:
מספר שרשרות פוליפפטידיות קשורות זו בזו כמו
במולקולת ההמוגלובין 4( .שרשרות)
רביעוני
הרס המבנה המרחבי של החלבון הגורם בדרך כלל לאובדן פעילותו
מבנה טבעי של חלבון
חלבון שעבר דנטורציה
דנטורציה נגרמת ע"י טמפרטורה גבוהה ו pHקיצוני!
האם בחלבון שעבר דנטורציה נשמר המבנה הראשוני?
כן!!!
עור שיער
צפרניים
קרומי
התאים
קרישה
נוגדנים
הורמונים
שריר
אנזימים
אנזימים -מבנה ותפקוד
אנזימים -סוג של חלבונים המזרזים את כל
תהליכי הפירוק וההרכבה המתבצעים
בתאים ומחוצה להם
לכן הם מכונים ביוקטליזטורים (זרזים ביולוגים)
בכל תא מצויים אלפי סוגים שונים של אנזימים
ישנם שני סוגי אנזימים
.1אנזים
פשוט
מחלבון בלבד
בנוי
חלבון
.2אנזים מורכב
בנוי מחלבון המכונה
אפואנזים
ומתוספת המכונה
קופקטור (קואנזים)
החיונית לפעולת
האנזים
קופקטורים הם
ויטמינים ויוני מתכות
קופקטור
חלבון
החומר שעליו פועל האנזים
מכונה סובסטראט (מצע )
אנזים מזרז את הפיכת הסובסטראט (מצע) לתוצר
תוצר
אנזים
סובסטראט
כל אנזים פועל בד"כ על סובסטראט אחד
דוגמאות לאנזימים ולסובסטראטים
שלהם
עמילזה סוכרזה ליפאזה קטלזה
אנזים
סובסטראט
עמילן
סוכרוזה ליפידים מי חמצן
החלק של האנזים הנקשר אל
הסובסטראט מכונה אתר פעיל
האתר הפעיל הוא שקע
קטן במולקולת האנזים
המתאים בצורתו המרחבית
למבנה הסובסטראט
קיימת התאמה כימית ומרחבית
בין הסובסטראט לבין האתר
הפעיל של האנזים
?
אתר
פעיל
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
ג
ג
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
+
+
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
+
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
ג
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
א.ח
ג
א.ח
ג
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
ג
א.ח
א.ח
+
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
א.ח
ג
ג
+
א.ח
א.ח
+
א.ח
א.ח
א -האנזים והסובסטראט נמשכים זה לזה ונקשרים באתר
הפעיל של האנזים
S
E
ב -נוצר תצמיד (קומפלקס) אנזים סובסטראט
S
E
ג -האנזים פועל על הסובסטראט (פירוק או בנייה)
S
E
ד -התצמיד מתפרק לאנזים חופשי ולתוצרים
P
P
E
בתגובה כימית מגיבים הופכים לתוצרים
עקב שבירת קשרים כימיים ובנייתם
תוצרים
מגיבים
לשבירת קשרים כימיים דרושה אנרגיה
בבניית קשרים כימיים משתחררת אנרגיה
O
C
O
H H
בניית קשרים
O
O
H H
O O
O O
דוגמה :מים +פד"ח
CO2 + 2H2O
חמצן +מתאן
CH4 + 2O2
H
H C H
H
שבירת קשרים
האנרגיה הדרושה לשבירת קשרים כימיים
מכונה אנרגיית שפעול.
בתהליך אקסרוגני (משחרר אנרגיה):
כמות האנרגיה המשתחררת גדולה
מהאנרגיה המושקעת
בתהליך אנדרוגני (צורך אנרגיה):
כמות האנרגיה המשתחררת קטנה
מהאנרגיה המושקעת
דוגמה לתהליך אקסרוגני -חמצון גלוקוז למים ולפד"ח
שחרור אנרגיה
מים ופד"ח
אנרגיית שפעול
גלוקוז
נוכחות חמצן
גלוקוז
רמת
אנרגיה
שחרור אנרגיה
מים ופד"ח
אנזים מוריד את אנרגיית השפעול!!!
דגם קשיח של מנעול ומפתח
דגם גמיש של יד וכפפה -מוצלח יותר
תוצר
אנזים
סובסטראט
כמות הסובסטראט הולכת ופוחתת!
כמות התוצר הולכת ועולה!
כמות האנזים אינה משתנה!
כמות
אנזים
זמן
ספציפיות -אנזים פועל על סובסטראט אחד!
חוסר שינוי -האנזים אינו משתנה במהלך
התגובה האנזימטית!
מהירות -אנזים פועל במהירות עצומה!
פועל על מיליוני מולקולות סובסטארט בשנייה!
ריכוז -אנזימים פועלים בריכוזים זעירים ביותר!
מעכב ( - )Inhibitorחומר הנקשר לאתר הפעיל וחוסם אותו.
לכן הסובסטראט אינו יכול להקשר לאנזים.
S
I
E
תרופות אנטיביוטיות רבות מעכבות אנזימים
בחיידקים וע"י כך מונעות את התרבותן!
ריכוז הסובסטראט
תיאור העקום (מה קורה)
עם עלייה בריכוז הסובסטראט עולה קצב
התהליך האנזימטי עד גבול מסוים!
קצב התהליך
האנזימטי
ריכוז הסובסטראט
הסבר העקום (למה זה קורה)
מריכוז סובסטארט מסוים ומעלה ,אין
עלייה בקצב ,כיוון שכל מולקולות האנזים
תפוסות ע"י מולקולות הסובסטראט!
מיהו הגורם המגביל? (גורם מגביל -נמצא במינימום.
העלתו מגדילה את קצב התהליך)
2
קצב התהליך
-1הסובסטראט
-2האנזים
(כיוון שיש עודף
סובסטראט)
ריכוז הסובסטראט
1
ריכוז האנזים
תיאור העקום
עם עלייה בריכוז האנזים עולה קצב
התהליך האנזימטי עד גבול מסוים!
קצב התהליך
ריכוז האנזים
הסבר העקום
מריכוז אנזים מסוים ומעלה ,אין עלייה
בקצב ,כיוון שכל מולקולות הסובסטראט
תפושות ע"י מולקולות האנזים!
מיהו הגורם המגביל ?
-1האנזים
-2הסובסטראט
2
(כיוון שיש
עודף אנזים)
ריכוז האנזים
קצב התהליך
1
טמפרטורה
אופטימלית
טמפ' ((oc
60
40
פעילות
האנזים
20
0
הטמפרטורה האופטימלית עבור פעילות
האנזימים בגוף האדם היא כ37 OC :
וברוב הצמחים היא כ25 OC :
- pH רמת חומציות
מבוא :חומצות ובסיסים
מהו ?pH
בסיס -חומר המסוגל לקלוט יון מימן ( )H+מחומר אחר
דוגמה לבסיס :אמוניה
OH
+
NH4 +
יון
הידרוכסי
+
H
NH3 + H2O
אמוניה
חומצה -חומר המסוגל למסור יון מימן לחומר אחר
דוגמה לחומצה :חומצה כלורית
+
H
+
O
H3
יון
הידרוניום
Cl +
HCl + H2O
חומצה כלורית
האם מים מתנהגים
כחומצה או כבסיס?
+
H3O + OH
יון
יון
הידרוכסי הידרוניום
+
H
H2O + H2O
חלק קטן ממולקולות המים מקיימות ביניהן
תגובת בסיס חומצה:
יש המתנהגות כבסיס:
קולטות יוני מימן והופכות ליון הידרוניום ()H3O+
יש המתנהגות כחומצה:
מוסרות יוני מימן והופכות ליון הידרוכסי ()OH-
במים טהורים ריכוז יוני ההידרוניום
שווה לריכוז יוני ההידרוכסי
OH
+
O
יון הידרוכסי
H3
יון הידרוניום
מבחינים ב 3 -סוגי תמיסות:
OH-
OH
=
+
> H3O
>
נייטרלית
חומצית
בסיסית
OH-
+
O
H3
H3O+
תמיסות בעלות ריכוזים שונים של יוני
הידרוניום והידרוכסי (מ"ג /ליטר)
H3O+
100
100
500
800
700
OH-
1000
500
500
600
100
בסיסית
ניטרלית
חומצית
חומצית
תמיסה בסיסית
- pHמדד מספרי המבטא את
ריכוז יוני ההידרוניום בתמיסה!
pHהוא מדד מספרי המבטא את
ריכוז יוני ההידרוניום בתמיסה!
pH
9 10 11 12 13 14
8
pHעולה -חומציות יורדת
10-14
10-12
10-10
10-8
7
6
5
4
3
2
0 1
pHיורד -חומציות עולה
10-6
10-4
10-2
100
ריכוז יוני ההידרוניום ()M
עלייה ביחידה אחת ברמת ה pH -
מייצגת ירידה פי 10בריכוז יוני ההידרוניום
עם ירידת ה pH-ריכוז יוני ההידרוניום יורד/עולה
קיים יחס הפוך בין רמת החומציות לבסיסיות
9 10 11 12 13 14
8
pHעולה -חומציות יורדת
OH
7
6
5
4
3
2
0 1
pHיורד -חומציות עולה
+
O
H3
ה pH -משפיע על פעילות אנזימים
מדוע?
+
לכל אנזים יש
מטענים חשמליים
חיובים ושליליים
+
+
E
+
-
-
+
ב pH -ניטרלי לאנזים יש מבנה
+
מסוים
מרחבי
+
+
-
+
-
E
+
+
+ +
+
+- +
אם התמיסה תהיה חומצית יותר
מה יהיה המטען שלה?+ - + +
+
+
-
+
!
חיובי
יותר
+
מי יושפע מכך? -
+
+
E
המבנה
+ - E +
+
המרחבי של
- +
+
ישתנה
האנזים
+
+
+ + +
לסיכום:
שינויי pHגורמים
לשינוי במבנה המרחבי
של האנזים ולכן
פעילותו משתנה!
לכל אנזים יש pHאופטימלי!
השפעת ה pH -על שני סוגי אנזימים
עמילאז
pH
פפסין
פעילות
האנזים
0
2
6 8 10 12
4
פפסין -אנזים הפועל בקיבה ב pH -חומצי
עמילאז -אנזים הפועל בפה ב pH -בסיסי במקצת
דוגמה :בקרה על יצירת נוראדרנלין במוח
-
אנזים א'
טירוזין
אנזים ב'
דופה
דופאמין
אנזים ג'
נוראדרנלין
התוצר הסופי
דרך בקרה נפוצה היא ע"י התוצר הסופי
בקרה ע"י התוצר הסופי מכונה משוב ()Feedback
במשוב שלילי :התוצר מעכב את התהליך
במשוב חיובי :התוצר מזרז את התהליך
דוגמה להבהרת נושא הגורם המגביל
מתכון להכנת עוגת שוקולד
הרכיב
כמות כמות
רצויה מצויה
מספר עוגות שניתן להכין
לפי הכמות של כל רכיב
1
5
8
4
ביצים
2כוסות
קמח
1
אבקת אפייה
7
10
8
סוכר
3כוסות
30
10
קקאו
2כוסות
50
25
כמה עוגות ניתן להכין? אחת
מהו הגורם המגביל? ביצים
הרכיב
כמות כמות מספר עוגות שניתן
להכין לפי הכמות
רצויה מצויה
של כל רכיב
ביצים
4
30
סוכר
3כוסות
30
10
קקאו
2כוסות
50
25
7
נוסיף רק
2כעת
10
כוסות
קמח
אבקת אפייה 1עוד 8ביצים
5
8
כמה עוגות ניתן להכין כעת? חמש
מהו הגורם המגביל כעת? קמח
כדי להמחיש את התהליך
האנזימטי נעזר בדוגמה הבאה:
סופרמרקט עם 6קופאיות
כל לקוח משלם ₪ 100
בדקה בממוצע!