Transcript Лекция 4.
Slide 1
ИДЕНТИФИКАЦИЯ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ,
ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ
Slide 2
ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
Образование Филадельфийской хромосомы
при хроническом миелоидном лейкозе
Slide 3
ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
Детекция Филадельфийской хромосомы
с помощью цитогенетического анализа
Slide 4
FISH АНАЛИЗ
Детекция Филадельфийской хромосомы
с помощью FISH анализа
Slide 5
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 6
ПОЛИМОРФИЗМ ДЛИН РЕСТРИЦИРОВАННЫХ
ФРАГМЕНТОВ
Схема
Стандартный ДНК
гель-электрофорез
Slide 7
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 8
ПОЛИМОРФИЗМ ДЛИН АМПЛИФИЦИРОВАННЫХ
ФРАГМЕНТОВ
Стандартный ПААГЭ
Схема
Капиллярный
гель-электрофорез
Кластерный анализ
Slide 9
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 10
ЛИГАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ
Slide 11
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 12
ИНВАЗИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
Аллель-специфическое расщепление в Invader®-реакции
с помощью FLAP-эндонуклеазы
Slide 13
ИНВАЗИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
Усиление сигнала в Invader®-реакции
Slide 14
ИНВАЗИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
Более подробно – в работе Michael Olivier
Slide 15
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 16
СЛУЧАЙНАЯ АМПЛИФИКАЦИЯ ПОЛИМОРФНОЙ ДНК
Slide 17
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 18
АЛЛЕЛЬ-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ ПЦР
Slide 19
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 20
АНАЛИЗ КОНФОРМАЦИИ ОДНОЦЕПОЧЕЧНЫХ
ФРАГМЕНТОВ
Схема
Детекция
результата
Slide 21
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 22
ГЕТЕРОДУПЛЕКСНЫЙ АНАЛИЗ
Схема
Slide 23
ГЕТЕРОДУПЛЕКСНЫЙ АНАЛИЗ
Более подробно – в работе Eladia Velasco и соавт.
Slide 24
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 25
СИКВЕНИРОВАНИЕ ДНК
Детекция гетерозигот с помощью сиквенирования
Slide 26
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 27
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Базовая схема микроэррея при анализе экспрессии генов
Slide 28
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
GeneChip® компании Affymetrix
Slide 29
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
GeneChip® компании Affymetrix
Slide 30
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Slide 31
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Genome-Wide Human SNP Array 6.0 компании Affymetrix
Slide 32
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Платформа
Количество полиморфных маркеров
Охват, %
Illumina HumanHap300
317511
75
Affymetrix SNP Array 5.0
500568
65
Illumina HumanHap550
555352
87
Illumina Human610
620901
89
Illumina HumanHap650Y
660917
87
Affymetrix SNP Array 6.0
более 800000
83
1199187
93
Illumina Human1M
Коммерчески доступные платформы генотипирования
на микрочипах высокой плотности
ИДЕНТИФИКАЦИЯ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ,
ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ
Slide 2
ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
Образование Филадельфийской хромосомы
при хроническом миелоидном лейкозе
Slide 3
ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
Детекция Филадельфийской хромосомы
с помощью цитогенетического анализа
Slide 4
FISH АНАЛИЗ
Детекция Филадельфийской хромосомы
с помощью FISH анализа
Slide 5
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 6
ПОЛИМОРФИЗМ ДЛИН РЕСТРИЦИРОВАННЫХ
ФРАГМЕНТОВ
Схема
Стандартный ДНК
гель-электрофорез
Slide 7
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 8
ПОЛИМОРФИЗМ ДЛИН АМПЛИФИЦИРОВАННЫХ
ФРАГМЕНТОВ
Стандартный ПААГЭ
Схема
Капиллярный
гель-электрофорез
Кластерный анализ
Slide 9
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 10
ЛИГАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ
Slide 11
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 12
ИНВАЗИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
Аллель-специфическое расщепление в Invader®-реакции
с помощью FLAP-эндонуклеазы
Slide 13
ИНВАЗИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
Усиление сигнала в Invader®-реакции
Slide 14
ИНВАЗИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
Более подробно – в работе Michael Olivier
Slide 15
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 16
СЛУЧАЙНАЯ АМПЛИФИКАЦИЯ ПОЛИМОРФНОЙ ДНК
Slide 17
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 18
АЛЛЕЛЬ-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ ПЦР
Slide 19
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 20
АНАЛИЗ КОНФОРМАЦИИ ОДНОЦЕПОЧЕЧНЫХ
ФРАГМЕНТОВ
Схема
Детекция
результата
Slide 21
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 22
ГЕТЕРОДУПЛЕКСНЫЙ АНАЛИЗ
Схема
Slide 23
ГЕТЕРОДУПЛЕКСНЫЙ АНАЛИЗ
Более подробно – в работе Eladia Velasco и соавт.
Slide 24
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 25
СИКВЕНИРОВАНИЕ ДНК
Детекция гетерозигот с помощью сиквенирования
Slide 26
ПОДХОДЫ И МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ МУТАЦИЙ В
ГЕНАХ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИРОДЫ: ОБЩИЙ ОБЗОР
Метод
Группа подходов
Ферментативные подходы
Химические подходы
Электрофоретические подходы
Полиморфизм длин рестрицированных фрагментов (RFLP)
Полиморфизм длин аплифицированных фрагментов (AFLP)
Лигазная цепная реакция (LCR)
Инвазивное расщепление олигонуклеотидов (Invader® assay)
Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)
Аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR)
Химическое расщепление гетеродуплексов
Химическое лигирование
Анализ конформации одноцепочечных фрагментов (SSCP)
Гетеродуплексный анализ
Сиквенирование ДНК
Твердофазные подходы
Гибридизация на олигонуклеотидных матрицах
Физические подходы
Масс-спектрометрия
In silico подходы
Сравнение имеющихся в базах данных геномных и EST
последовательностей
Slide 27
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Базовая схема микроэррея при анализе экспрессии генов
Slide 28
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
GeneChip® компании Affymetrix
Slide 29
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
GeneChip® компании Affymetrix
Slide 30
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Slide 31
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Genome-Wide Human SNP Array 6.0 компании Affymetrix
Slide 32
ГИБРИДИЗАЦИЯ НА ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МАТРИЦАХ
Платформа
Количество полиморфных маркеров
Охват, %
Illumina HumanHap300
317511
75
Affymetrix SNP Array 5.0
500568
65
Illumina HumanHap550
555352
87
Illumina Human610
620901
89
Illumina HumanHap650Y
660917
87
Affymetrix SNP Array 6.0
более 800000
83
1199187
93
Illumina Human1M
Коммерчески доступные платформы генотипирования
на микрочипах высокой плотности