Transcript gbisModel_V_1_8 - WWW-Docs for TU

A Modules
Institutions
Institution
Geography
Cultivation
Site
Location
Publication
Taxonomy
Publication
ScientificName
Passport
Accession
Evaluation
Collection
ObservationAct
Specimen
Register
Register
Management
Sample
Transfer
Transaction
Picture
Picture
DOC
B Pattern Hierarchy part 1: ACC,
SPC, TR
Object
Transaction
Order
Accession
Delivery
regular
Accession
potential
Accession
Complete
Plant
Material
Transaction
Safety
Duplicate
Transaction
Information
Transaction
Specimen
other
Accession
Seedling I Seedling II
Specimen
Transaction
Herbarium
Specimen
Leafs
Seed/Fruit
Wet
Specimen Preparation
Florets
Cotyledon
Spike
Stand Of
Fruit
C Pattern Hierarchy part 2: SMP,
CLT, PIC, HARV, SIT
Object
Sample
Cultivation
Seed
Sample
Vegetative
Sample
Cryo
Sample
Root
Bulbil
Tuber
In vitro
Sample
Picture
Photo
Harvest
Site
Drawing
Colour Photo Digital Photo
Monochrome
Colour Slide
Monochrome
Slide
Scan
Continent
Country
Federal
State
Continental
Region
Region
County
Township
Cultivation
Site
Diversity
Area
Collecting
Site
D Pattern Hierarchy part 3: REG
Object
Register
List
Collecting
List
Sowing
List
Spring
List
SafetyDuplicate
SampleBox
Autumn
List
Scoring
Schema
Formal
Document
Phytosanitary
Certificate
Document
MTA
Request
Delivery
Request
Informal
Document
Worksheet
Book
Order
Request
Register Card
Cultivation Main
Register Register
Entry
Book
Field
Book
Group
Book
Botanical Cultivar
Register Register
Ancestry
Book
E Pattern Hierarchy part 4: PUB,
DCS, OBS, INST
Object
Publication
Journal
Paper
Monograph
Core
Collection
Book
Paper
International
Crop DB
Descriptor
Informal
Paper
Collecting
Expedition
Edited
Book
Specimen
Collection
ObservationAct
Project
Experiment
User
Gene
Bank
IPK Custodian Group
Institution
Person
NGO
Institution
s. str.
GOV
UserGroup
Research
Institute
IPK
Department
Breeder
Botanical
Garden
I Administration part 1
Error
errorId
errorNumber
error
errorName
cause
causeGerman
action
actionGerman
errorRemark
1
checkValueId
checkValue
CheckValue
1
isOf
with
*
DataType
*
MapType
*
isOf
1
Category
auditDataId
oldValue
newValue
AuditData
modelPartId
modelPart
ModelPart
1
*
for
has
*
*
*
1
*
isOf
Relationship
CHARACTER
NUMERIC
DATE
BOOLE
Cardinalities
1 = 0 .. 1
* = 0 .. ∞
noted as participation
in relationship
Keys
PrimaryKey
ForeignKey
*
modelElementId
modelElement
1
Data Types
to
mapTypeId
mapType
mapTypeGerman
mapTypeRemark
ModelElement
categoryNameId
categoryCode
categoryName
categoryNameGerman
categoryNameRemark
ENTITY
dataTypeId
mapType
dataTypeRemark
*
User
*
ModelName
modelNameId
modelName
modelNameGerman
modelNameRemark
*
with
*
*
*
for
*
Authorisation
authorisationId
authorisation
authorisationGerman
authorisationRemark
for
1
Criterion
Label
labelNameId
labelName
labelNameGerman
labelNameRemark
*
with
1
Experiment
I Administration part 2
messageId
re
message
important
noted
messageStatus
statusChanged
sent
1
Message
isOf
*
MessageType
1
*
sends
gets
*
*
messageTypeId
messageType
messageTypeGerman
guiStart
messageTypeRemark
Item
OriginalFormat
itemId
copyAmount
referencedId
Unit
1
prints
Institution
1
isAn
1
*
User
AccountStatus
*
accountStatusId
accountStatus
accountStatusGerman
accountStatusRemark
sends
1
PrintJob
1
uses
*
*
with
*
isOf
uses
1
1
DocumentFormat
1
objectId
userAccount
userPassword
userRemark
printJobId
printJob
medium
printer
printRequest
documentFormatId
documentFormat
documentFormatGerman
documentLayout
documentFormatRemark
Label
*
ModelElement
has
*
*
*
*
Authorisation
*
has
1
UserOptions
userOptionId
userOptionKey
userOptionValue
userOptionDescription
userOptionRemark
II Objects part 1
Accession
Sample
Institution
Site
Descriptor
Publication
Picture
1
1
1
1
1
1
1
isAn
isAn
isAn
isAn
isAn
isAn
isAn
1
1
1
1
1
1
1
Object
1
1
1
1
1
1
isAn
isAn
isAn
isAn
isAn
isAn
1
1
1
1
1
1
Transaction
Register
Harvest
Cultivation
ObservationAct
Specimen
1
II Objects part 2
DataFormat
*
isOf
1
File
Unit
*
*
isOf
with
uses
*
has
1
Object
Pattern
*
isOf
patternId
pattern
patternGerman
patternRemark
Crop
NoticeType
noticeTypeId
noticeType
noticeTypeGerman
noticeTypeRemark
*
isOf
1
noticeId
notice
1
isOf
*
ContactType
contactTypeId
contactType
contactTypeGerman
contactTypeRemark
1
in
*
Site
storedAt
*
*
1
has
has
1
*
objectId
objectName
objectNameGerman
lifeStart
lifeEnd
Notice
Contact
isOf
1
Storage
1
*
*
1
contactId
contact
cityState
zipCode
isPrivate
lastChecked
validity
contactRemark
1
purposeId
purpose
purposeGerman
purposeRemark
Purpose
*
1
uses
*
*
fileId
host
path
fileName
datasets
size
fileNameOriginal
fileRemark
dataFormatId
dataFormatCode
dataFormat
dataFormatGerman
dataFormatRemark
unitId
unitCode
unit
unitGerman
unitRemark
*
isOf
*
1
to
*
*
Acronym
object_object_id
rank
validityStart
validityEnd
validityRemark
Role
roleId
roleName
roleNameGerman
roleRemark
isOf
*
AcronymType
acronymTypeId
acronymType
acronymTypeGerman
acronymTypeRemark
acronymId
acronym
III Passport
Method
acquisitionSourceId
acquisitionSourceCode
acquisitionSource
acquisitionSourceGerman
acquisitionSourceRemark
bioStatusId
bioStatusCode
bioStatus
bioStatusGerman
bioStatusRemark
cultivationFormId
cultivationForm
cultivationFormGerman
cultivationFormRemark
availabilityId
availability
availabilityGerman
availabilityRemark
activityId
activity
activityGerman
activityRemark
numberTypeId
numberType
numberTypeGerman
numberTypeRemark
*
managedBy
*
AcquisitionSource
from
*
BioStatus
has
1
*
isA
*
*
isOf
*
Crop
1
*
1
*
1
cropId
crop
cropGeman
cropRemark
Availability
has
1
Activity
has
*
NumberType
isOf
1
for
1
Pattern
ScoringSchema
canBeId
canBeValue
DataType
isAn
1
Object
Accession
*
has
*
*
*
GrowthStage
Purpose
*
1
uses
1
*
1
*
for
canBe
*
CultivationForm
*
1
AccessionNumber
named
*
AccessionName
objectId
firstRegeneration
activityChange
activityChangeReason
controlled
splittingStatus
1
accessionNumberId
numberPrefix
numberNumeric
numberSuffix
numberSource
numberValidFrom
numberValidTo
created
*
Institution
IV Cultivation
objectId
planned
plannedMove
1
Cultivation
isAn
1
1
Object
isAn
1
Harvest
*
objectId
harvest
1
*
cultivatedAtId
cultivatedAtStart
cultivatedAtEnd
cultivatedAtRemark
locationId
locationOrder
isolated
status
xLocation
yLocation
xDistance
yDistance
at
*
Location
by
cultivationStatusId
cultivationStatus
cultivationStatusGerman
cultivationStatusRemark
*
farmedWith
*
*
Method
farmingId
farmingStart
farmingEnd
farmingRemark
1
isIn
*
gridId
grid
xDistance
yDistance
xLength
yLength
CultivationStatus
*
within
1
Site
GreenhouseProperty
Grid
1
1
1
with
isA
isOf
1
1
*
1
gridDesignId
gridDesign
xLotAmount
yLotAmount
xLotLength
yLotLength
GridDesign
in
*
1
CultivationSite
objectId
referencePoint
referenceX
referenceY
isOf
greenhousePropertyId
withHeating
withAiring
withShadowing
withLight
withCooling
withIrrigation
withGassing
withDarkening
withHumidityControl
withTables
withRootHeating
*
LocationType
locationTypeId
locationType
locationTypeGerman
locationTypeRemark
V Samples
Cell
*
storageId
silicaDate
silicaMonths
1
Silica
with
1
in
Storage
*
CryoSample
storedAt
InVitroSample
*
*
1
*
storageId
rack
rackPart
rackFloor
layer
column
row
free
1
*
isA
isAn
from
1
1
1
objectId
firstStock
currentStock
rummage
currentStockDate
currentStockMethod
TestType
using
1
*
isOf
1
Test
1
Sample
buildingId
building
Method
Object
isOf
Building
cellId
cell
cellClimate
1
VegetativeSample
storageTypeId
storageTypeCode
storageTypeNumber
storageType
storageTypeGerman
storageTypeRemark
in
1
SeedSample
StorageType
1
1
*
to
has
*
1
testTypeId
testType
testType German
testType Remark
testId
testStart
testEnd
total
interesting
hard
dead
abnormal
rotten
roundness
stockTaking
testRemark
VI Seed Stock Management
SeedSample
objectId
harvestYear
moisture
1
isA
1
Sample
VII Cryo Sample Management
CryoSample
objectId
moveDate
capColour
1
isA
1
Sample
VIII In vitro Management
RegenerationCycle
regenerationCycleId
regenerationCycle
regenerationCycleGerman
regenerationCycleRemark
*
isIn
*
cycleId
cycleStart
cycleEnd
cycleRemark
InVitroSample
objectId
lineNumber
substrate
1
isA
1
Sample
IX Vegetative Sample Management
Sample
1
isA
1
VegetativeSample
objectId
X Collection
Object
1
isAn
1
Specimen
objectId
plantPart
clone
1
typed
*
Typus
typusId
typus
typusGerman
typusRemark
XI Scientific Names
Publication
Status
statusId
status
statusGerman
statusRemark
*
Object
ReferringType
*
refersTo
*
*
*
referringTypeId
referringType
referringTypeGerman
referringType Remark
to
validityId
validityAuthor
*
*
*
determinationId
determination
used
determinationRemark
determined
*
ScientificName
isOf
*
*
*
to
taxonNameRank
Institution
AccessionName
1
1
denominatedIn
HybridType
hybridTypeId
hybridType
hybridTypeGerman
hybridTypeRemark
scientificNameId
accessionPrefix
checked
*
*
Taxon
taxonId
taxonCode
taxonType
taxonTypeGerman
taxonTypeRemark
*
isOf
1
TaxonName
taxonNameId
taxonName
1
by
*
TaxonAuthor
taxonAuthorId
taxonAuthorCode
taxonAuthor
taxonAuthor Remark
XII Accession Names
Accession
*
named
1
denominatedIn
*
Taxon
*
Cultivar
accessionNameId
cultivarDescription
cultivarDescriptionGerman
cultivarRemark
1
isAn
1
1
AccessionName
1
accessionNameId
accessionName
ancest
language
created
isOf
*
registered
*
*
Institution
*
NameType
nameTypeId
nameType
nameTypeGerman
nameTypeRemark
registrationId
registrationStart
registrationEnd
registrationRemark
XIII Institutions
User
AccessionNumber
1
created
*
Object
1
1
isAn
isAn
1
1
Institution
objectId
positionTitle
personFirstName
institutionFullName
nonEU
*
created
1
AccessionName
*
registered
1
*
isAn
1
*
ScientificName
*
*
determined
*
Object
Publication
Experiment
XIV Register
Object
objectId
ScoringSchema
1
1
isAn
isA
1
1
Register
1
isA
1
isA
1
List
1
with
*
objectId
isValid
isSorted
isEditable
*
has
1
Request
Filter
*
ModelElement
*
for
1
Criterion
criterionId
operation
criterion
filterNameId
filterName
filterNameGerman
filterNameRemark
XV Picture
Object
1
isAn
1
OriginalFormat
*
isOf
1
Picture
originalFormatId
length
height
originalFormat
originalFormatGerman
originalFormatRemark
1
with
1
objectId
*
SingleValue
*
with
*
ValueRange
GrowthStage
XVI Publication
Object
1
isAn
1
*
refersTo
*
ScientificName
Method
*
1
references
Publication
objectId
publicationYear
title
source
*
*
*
determined
*
Object
Institution
XVII Geography
Object
1
isAn
1
Site
objectId
soil
climate
topography
*
has
1
Geography
geographyId
longitude
latitude
altitudeMin
altitudeMax
referenceType
XVIII Transfer
Object
1
isAn
1
Register
1
1
isAn
isA
1
1
Transaction
Request
objectId
authorised
payed
receiverChecked
mtaRequest
dataRequest
requestWay
objectId
awaited
processingStatus
XIX Evaluation part 1
Picture
growthStageId
macroStage
microStage
stageDescription
stageDescriptionGerman
Object
1
1
with
isAn
1
1
GrowthStage
1
for
*
Crop
*
in
1
ObservationAct
objectId
*
has
1
SingleObservation
singleObservationId
observationScore
plantId
portion
underReserve
singleObservationRemark
XIX Evaluation part 2
Institution
1
isAn
1
Environment
environmentId
environment
environmentGerman
dayLength
nightLength
dayTemperature
nightTemperature
lightColour
gassingAmount
airHumidity
soilHumidity
environmentRemark
*
in
validityId
validFrom
validTo
*
Experiment
objectId
restrictionEnd
1
with
*
Authorisation
XIX Evaluation part 3
1
Test
*
Location
*
1
*
references
Publication
using
*
farmedWith
*
*
*
Method
using
by
1
Descriptor
1
managedBy
Harvest
*
Crop
*
MethodType
methodTypeId
methodType
methodTypeGerman
methodTypeRemark
*
isOf
1
*
methodId
method
methodGerman
methodRemark
has
*
method_method_Id
rank
value
valueGerman
Unit
XIX Evaluation part 4
RangeType
*
isOf
Picture
1
*
Crop
*
singleValueId
singleValueCode
singleValue
singleValueGerman
singleValueRemark
isFor
SingleValue
*
with
*
*
in
*
1
ScoringSchema
has
valueRangeId
valueRange
valueRangeGerman
rangeDescription
rangeDescriptionGerman
valueRangeRemark
1
Descriptor
objectId
1
isA
ValueRange
*
GrowthStage
rangeTypeId
rangeType
rangeTypeGerman
rangeTypeRemark
1
Method
*
using
1
isAn
1
1
List
Object
objectId
isMainDescriptor
1 Conventions
Namens- und Darstellungskonventionen
Das logische Modell von GBIS ist in einer ER-Notation
dokumentiert, die einige Spezifika aufweist. Da es nach
Heuer & Saake (2000) insbesondere für die Angabe der
Kardinalitäten keinen Standard gibt, sind hier diese
Spezifika beschrieben.
•Entities (zur Begrifflichkeit „Entitäten“ vs. „Entities“ vgl.
Heuer & Saake 2000) sind als Rechtecke dargestellt.
•Relationen sind als Rauten dargestellt.
•Die Angabe der Kardinalitäten erfolgt als Angabe, wie oft
eine Instanz einer Entity an einer Relation teilnehmen
kann. Zur Verdeutlichung wird die Kardinalität auf der
Seite der Entity unmittelbar an der Relation notiert. Es
werden nur die Werte ‚1’ (= 0 ... 1) und ‚*’ (= 0 ... N)
verwendet. Optionalitäten sind damit nicht aus der
Dokumentation ersichtlich.
•Attribute sind als abgerundete Rechtecke dargestellt. Sie
enthalten einen (logischen) Attributnamen. Die
unterschiedlichen Datentypen werden durch
unterschiedliche Farben repräsentiert.
•Primärschlüsselattribute sind fett gedruckt.
Fremdschlüsselattribute sind nicht explizit aufgeführt,
wenn sie nicht gleichzeitig Primärschlüssel sind. Dann
sind sie fett und kursiv dargestellt. Fremdschlüssel sind
implizit aus der Relation ableitbar; bei 1:n-Relationen sind
sie auf der ‚1-Seite’ zu ergänzen; m:n(:o)-Relationen
enthalten die Primärschlüssel der teilnehmenden Entities
als Fremdschlüssel.
Naming and mark up conventions
For documenting the logical model of GBIS (Gene Bank
Information System), a specific layout has been chosen.
Following Heuer & Saake (2000) there are no layout
standards particularly with regard to writing down
cardinalities.
•Entities have been displayed as rectangles.
•Relationships have been displayed as diamonds.
•Cardinalities are written down as amount of instances of
entities joining a relationship. To make it clear, the
cardinality has been noted near the relationship’s diamond
in the right of the entity meant. Only the values ‘1’ (= 0 ...
1), and ‘*’ (= 0 ... N) respectively are used. Due to this, no
optionalities can be seen within the documentation.
•Attributes have been displayed as rounded rectangles. A
logical attribute name is presented. Several data types are
represented by several colours.
•Primary key attributes have been printed bold. Foreign
key attributes are not noted explicitly, excepting they are
primary key attributes in the same context. If this occurs,
they are noted with bold and italic letters. Foreign keys can
be identified implicitly from the relationship. Therefore, an
entity would contain a foreign key, if it would join a 1:nrelationship and if it is on the ‘1-side’. M:n(:o)relationships contain the primary keys of joining entities as
foreign keys.
2.1 Design patterns (part 1)
Um die Lesbarkeit zu erleichtern, wurde versucht, eine
Reihe von Entwurfsmustern konsequent umzusetzen.
Diese Entwurfsmuster sollen kurz erläutert werden:
Objekte und Relationen zwischen Objekten
Entities werden zu Objekten im Sinne des GBIS, wenn
Beziehungen zu anderen Entities dies rechtfertigen,
insbesondere wenn mehrere Beziehungen zwischen zwei
Entities bestehen können. Alle diese Beziehungen werden
zentral verwaltet. Die Beziehungen zwischen Objekten
werden durch Rollen charakterisiert. Die Rolle wird nach
dem Schema Elter_hatRolleInBezugAuf _Kind erzeugt.
Ein Beispiel: Akzessionen, Partien und Institutionen sind
Objekte, die in der Genbankarbeit eine Rolle spielen und
verwaltet werden müssen. Akzessionen sind Abstraktionen
(vgl. Dokumentation der Ist-Stand-Analyse, Knüpffer et al.
2002). Sie sind u. a. dadurch gekennzeichnet, dass es zu
allen Akzessionen mindestens eine Partie gibt („lebende“
Akzession) oder gegeben hat („gestrichene“ Akzession).
Zu einer Akzession kann eine Reihe von Institutionen (s.
3.13) in Beziehung treten:
•ein Donor(-Institut) (z. B. ein botanischer Garten), von
dem die Akzession (bzw. eine Original-Partie einer
Akzession) bezogen wurde
•eine Sortimentsgruppe des IPK, die für die Erhaltung der
Akzession verantwortlich ist
•ein Institut, das ein Sicherheitsduplikat der Akzession
aufbewahrt (z. B. eine andere Genbank)
Es wurde versucht, im Objektkonzept von GBIS
objektorientierte Ansätze von Datenbankmodellen
umzusetzen. Das bedeutet konkret, dass Akzessionen,
Partien, Institutionen, etc. Spezialisierungen von Objekten
sind und ihre Attribute erben, auch wenn die vererbten
Attribute nur den Identifier umfassen. In solchen Fällen
rechtfertigen ggf. spezielle Beziehungen, die nur von der
abgeleiteten Entity eingegangen werden kann, die
Vererbung.
We have tried to apply some design patterns consequently
for use easier. Here is an explanation of these patterns.
Objects and relationships between
Entities become objects in GBIS, if there are relationships
to other entities, in particular when a few of relationships
exist between the same entities. All these relationships will
be administered centrally. Relationships between objects
are characterised by roles. Creating a role uses the schema
parent_playsRoleTo_child.
An example: accessions, samples and institutions are
objects, which have to be administered in every day work
of IPK gene bank. Accessions are abstractions (see
Knüpffer et al. 2002). They are characterised by their
materialisation in samples and by other attributes. There
are “living” accessions (with at least one existing sample)
and “deleted” accessions (with no existing sample). A
number of institutions (compare 3.13) can be in
relationships with a single accession:
•A donor institution (e. g. a Botanical Garden), which sent
an accession (an original sample of an accession
respectively) to a gene bank
•A curator group of the gene bank, whose members are
responsible for maintenance and management of the
accession
•An institution storing the safety duplicate sample of the
accession (e. g. another gene bank)
We tried to apply object-oriented approaches of database
models in the concept of objects of GBIS. That means,
accessions, samples, institutions, etc. are specialisations of
objects, and the attributes are inherited from the parent
class (objects), even if the really inherited attribute is the
identifier only. In these cases special relationships may
exist only between the inherited entity and other entities.
2.2 Design patterns (part 2)
Dekodiertabellen
Attribute mit kleinem und gut definierten Wertebereich
werden in Dekodier- oder Dictionary-Tabellen separat
verwaltet. Alle Dekodiertabellen haben grundsätzlich die
gleiche Struktur:
•einen eindeutigen numerischen Identifier
•einen englischsprachigen Namen oder eine
Kurzbezeichnung
•einen deutschsprachigen Namen oder eine
Kurzbezeichnung
•ein Bemerkungs-Attribut, das vorzugsweise mit
deutschsprachigen Bemerkungen gefüllt wurde
Im Einzelfall kann von dieser Struktur abgewichen worden
sein, wenn z. B. eine Abkürzung allgemein verwendet wird
(z. B. im Fall des Taxons bei botanischen Namen, wo die
Abkürzung „ssp.“ für Subspezies (Unterart) allgemein
gebräuchlich ist. Gleiches gilt für andere Taxa
entsprechend). In der folgenden Dokumentation wird auf
Dekodiertabellen bzw. die sie repräsentierenden Entities
und deren Attribute nicht immer explizit eingegangen.
Decoding Tables
Attributes with a small and well-defined range are
administered separately in decoding or dictionary tables.
All these tables are of the same structure:
•a unique numeric identifier
•an English name or short description
•a German name or short description
•a remark attribute, preferably with remarks in German
In particular cases we deviated from this principle, e.g. if
an abbreviation is commonly used (see the example of taxa
in botanical names, where “ssp.” as abbreviation of
“Subspecies” is in common use as well as other
abbreviations for other taxa). Because of these guidelines
of using dictionary tables, a discussion of them or the
representing entities and their attributes will mostly be
ignored in the following documentation.
2.3 Design patterns (part 3)
Hierarchien
Die Abbildung von Hierarchien wird durch Selbstbezüge
realisiert. Die resultierenden Fremdschlüssel enthalten
immer die Elter-Instanz, so dass Wurzeln von Hierarchien
durch ihre Elterlosigkeit charakterisiert sind. Zum Beispiel
hat ein Sortimentsgruppe des IPK die Abteilung Genbank
des IPK, diese wiederum das IPK als Elter, während
letzteres elterlos dargestellt wird. Hierarchien werden
vorzugsweise durch 1:n-Relationen abgebildet. Wenn es
sich um ternäre Relationen handelt oder diese
Selbstbezüge selbst noch Attribute enthalten, sind auch
m:n(:o)-Relationen notiert.
Hierarchies
The mapping of hierarchies has been implemented by
recursive relationships. The resulting foreign keys refer
permanently to the parent instance. Thus, parentless
instances are marked as roots of hierarchies (e. g. the
parent of an IPK curator group is the IPK gene bank,
which parent is the IPK itself, which is parentless).
Hierarchies are implemented preferably as 1:nrelationships. If there are ternary or attribute containing
relationships, also m:n(:o)-relationships are noted.
3 Modules
Der Entwurf von GBIS kann Anwendungsebenen
entsprechend in Modulen dargestellt werden. Jedes dieser
Module kommuniziert mit einem oder mehreren anderen.
Dargestellt sind die Modulnamen und die zentralen
Entities. In der Regel enthält eine Abbildung den
Überblick über ein Modul und die Anknüpfungspunkte zu
anderen Modulen bzw. zu anderen zentralen Entities.
The schema of GBIS can be partitioned into modules
corresponding to use case complexes. Each module is
communicating to one or more other. The module names
and their central entities are presented. Most of the figures
give an overview over one module and the communication
pathways to the other modules or to their central entities
respectively.
3.1 Administration (part 1)
Die Entities zu administrativen Zwecken stehen teilweise
losgelöst von den übrigen Modulen, da sie v. a. Informationen
speichern, die für die Anwendungen von Belang sind. Deshalb
sind Fehlermeldungen explizit in der GBIS-Datenbank
gespeichert (Error). Fehler sind kategorisiert
(Error_isOf_Category), um Ausnahmebehandlungen
verallgemeinern zu können.
Es ist wünschenswert, einzelne Elemente (ModelElement) für
Nutzern bzw. Nutzergruppen zugänglich, d. h. sichtbar, oder
bearbeitbar zu machen
(User_enters_ModelElement_with_Authorisation_and_Label).
Attribute und GUI-Elemente gehören zu (Teil-)modellen
(ModelPart; ModelPart_has_ModelElement), welche
wiederum semantischen Modellen angehören
(ModelPart_isOf_ModelName). Attribute werden auch für die
Auditing-Funktionalitäten von GBIS genutzt. Durch ein
Auditing können alle Änderungen an Daten verfolgt werden
(AuditData.{oldValue | newValue}). Dadurch wird eine
Qualitätskontrolle auf der Datenebene in das System
eingeführt.
Die semantischen Modelle können mit spezifischen Rechten
verknüpft werden (Authorisation_for_ModelPart)
Die Verwaltung von Check-Constraints
(ModelElement_with_CheckValue) in Tabellen des Schemas
ermöglicht die Versorgung der Applikationsschicht mit den
Informationen darüber, ohne spezielle Dekodiertabellen
anlegen zu müssen, die nur sehr wenige aber hoch stabile
Werte enthalten würden. Die Daten der Check-Constraints sind
innerhalb der Datenbank als Zeichenketten abgelegt und
typisiert (CheckValue_isOf_DataType), um sie in den
Applikationen gut aufbereitet zu verarbeiten.
Die Spaltennamen verschiedener Schichten
(ModelPart.modelPart = {Datenbanktabellen |
Datenbankviews | Entity objects der Applikation | View objects
der Applikation | Gui-Elemente | GUI-Panels}) sind
aufeinander abbildbar, wobei die Abbildungen typisiert sind
(ModelElement_to_ModelElement_with_MapType).
The entities for administration are partly separated from other
modules, because they store information, which is associated
with GBIS applications. Therefore, errors are stored explicitly
in the database of GBIS. They are organised in categories to
support generalisations in exception handling.
It may be desirable for a user or a user group to enter a specific
ModelElement, which can be shown, or edited respectively
(User_enters_ModelElement_with_Authorisation_and_Label).
Attributes ans gui elements belong to (partial) models
(ModelPart_has_ModelElement), which may belong to
semantic models (ModelPart_isOf_ModelName).
ModelElements are used in the auditing function of GBIS, too.
By auditing, all changes in the data can be tracked
(AuditData.{oldValue | newValue}), and a quality control of
data management can be introduced into the system.
Semantic models can be related to specific grants
(Authorisation_for_ModelPart).
The administration of check constraints
(ModelElement_with_CheckValue) in schema tables dues to the
avoidance of decoding tables with few but highly stable values.
The data of the check constraints are stored as strings within
the database using types (CheckValue_isOf_DataType) to
compute them by applications very well.
The column names of the different application tiers
(ModelPart.modelPart = {database tables | database views |
entity objects of the application | view objects of the
application | GUI elements | GUI panels}) are mappable one to
the other by type of mapping
(ModelElement_to_ModelElement_with_MapType).
3.1 Administration (part 2)
Ein Nutzer ist im Sinne von GBIS eine Institution
(User_isAn_Institution). Zur Realisierung einer einfachen
Rechteverwaltung haben Nutzer einen Status
(User_has_AccountStatus). Nutzer sind in Nutzergruppen
mit den gleichen Systemrechten zusammengefasst. Da
auch diese wiederum Institutionen sind, wird die
Zugehörigkeit zu Nutzergruppen in der Object_to_ObjectRelation verwaltet.
So können Nutzer (User_isAn_Institution;
Institution_isAn_Object; Object_to_Object) systeminterne
Nachrichten erhalten (s. u.) die sie über anstehende
Arbeitsaufgaben oder Erledigungen informieren. Auf diese
Art und Wiese können auch Änderungen an den Daten
veranlasst werden, wenn ein Nutzer selbst nicht über die
erforderlichen Rechte dazu verfügt.
Druckaufträge (User_sends_PrintJob) sind solche
Aufgaben, die nicht von jedem Nutzer ausgeführt werden
können und in einer Schleife geparkt werden müssen, bis
ein berechtigter Nutzer den Druck (insbesondere von
Etiketten; PrintJob_prints_Item,
PrintJob_uses_DocumentFormat,
DocumentFormat_uses_Unit) vornimmt.
Nachrichten sind typisiert (Message_isOf_MessageType).
Solche Typen werden immer wieder bestimmten Nutzern
oder Nutzergruppen zugestellt (User_gets_MessageType).
A user is an institution in GBIS. Implementing a simple
administration of authorisations, all users have an account
status. User can be organised in user groups with the same
authorisations. Due to the property of user groups being
institutions as users, the membership of users will be
administered in the Object_to_Object relation.
Joining a user group (User_isAn_Institution;
Institution_isAn_Object; Object_to_Object) users get
system internal messages (see below) to be informed about
jobs to do, or jobs done, respectivly. Special jobs can be
ordered, unless a certain user has the authorisations to do it
himself.
Print jobs (User_sends_PrintJob), for example, must not
be done by every user. So these jobs will be parked in print
job stacks, until an authorised user will print (specially
labels; PrintJob_prints_Item,
PrintJob_uses_DocumentFormat,
DocumentFormat_uses_Unit).
There are types of messages, which will be usually sent to
certain users or user groups (User_gets_MessageType).
3.2 Objects (part 1)
Die zentrale Entity im GBIS-Modell sind Objekte (Object).
Akzessionen (Accession), Saatgut-/In-vitro-/Cryo-/vegetative
Partien ({Seed | InVitro | Cryo | Vegetative}Sample), Ernten
(Harvest), Aufwüchse (Cultivation), Beobachtungen
(ObservationAct), Belege (Specimen), Institutionen
(Institution), Fundorte und andere geografische Einheiten (Site),
Bilder (Picture), Publikationen (Publication), Transaktionen
(Transaction) und Karteikarten (Register) sind Objekte im
Sinne von GBIS. Objekte sind nur durch ihren numerischen
Identifier (Object.objectId) eindeutig gekennzeichnet. Dieser
Identifier ist global eindeutig. Objekte erhalten einen Namen
(Object.{objectName | objectNameGerman}) und eine
Lebensdauer (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Ein Objektname
erleichtert v. a. die Suche nach Akzessionen und Partien, da die
mehrteiligen Akzessionsnummern (Präfix – numerischer Teil –
Suffix) bzw. Partienummern (Präfix – numerischer Teil – Suffix
– Erntejahr) für Auswahllisten schnell zur Verfügung stehen
sollen.
Objekte sind typisiert (Object_isOf_Pattern). Die Typen
(Pattern.pattern) sind die oben aufgezählten (Akzessionen,
Partien, ...). Typen sind ggf. hierarchisch organisiert
(Pattern_isOf_Pattern): Schwarzweiß- oder Farbfotos sind
Fotos, diese sind Bilder (Picture), Herbarbelege von
Jungpflanzen oder von Blütenständen oder von Blättern sind
Belege (Specimen), ...
Es wird dokumentiert, welche Belege üblicherweise von einer
Fruchtart genommen werden (Crop_used_Pattern). Dadurch
kann eine Übersicht über die Vollständigkeit der
Belegsammlung erreicht werden.
Zu Objekten können beliebig viele Bemerkungen gespeichert
werden (Object_has_Notice). Diese Bemerkungen sind typisiert
(Notice_ isOf_NoticeType), um Informationen schnell auffinden
zu können, z. B. können Bemerkungen zu besonderen
Eigenschaften von Akzessionen (Verwendung, Geschmack ...)
festgehalten werden, die i. d. R. dünn mit Informationen besetzt
sind, d. h. nur für eine Minderheit der Akzessionen zur
Verfügung stehen, aber interssant für spezifische Nutzer sein
können.
Objects are the central entity in the GBIS model.
Accessions, {seed | in vitro | cryo| vegetative} samples,
harvest, cultivations, observation(Act)s, specimens,
institutions, collecting sites and other geographical units,
pictures, publications, transactions and register cards are
objects in the context of GBIS. All objects are to be
identified only by their numerical identifier
(Object.objectId). This identifier is globally unique.
Objects get a name (Object.{objectName |
objectNameGerman}) and and a life time period
(Object.{lifeStart | lifeEnd}). An object name is helpful to
support quick search of accessions and samples by
multipart accession (prefix – numeric part – suffix) or
sample number (prefix – numeric part – suffix – harvest
year) respectively.
Each object is of a type (Object_isOf_Pattern). These
types or patterns have been mentioned formerly
(accessions, samples, institutions, etc.). Where required,
types are hierarchically organised (Pattern_isOf_Pattern),
e.g. photographs in black and white are photographs,
which are pictures, specimens of seedlings or leafs are
specimens, etc.
A documentation about the usually created specimens will
be done for each crop (Crop_used_Pattern). Thus, an
overview over the completeness of specimen collection is
possible.
Each object can be supplemented arbitrarily by notices
(Object_has_Notice). These notices have been typed
(Notice_isOf_NoticeType) to support quick search for
information about specific properties of objects like
accessions (e. g. usage, flavour, cooking properties, etc.).
These notice types are usually rarely known but of any
specific interest for external users.
3.2 Objects (part 2)
Objekte haben eine Reihe von Namen
(Object_has_Acronym). Hier werden nicht nur echte
Akronyme festgehalten, sondern beliebige Bezeichnungen
für die jeweiligen Objekte. Die Akronyme sind deshalb
typisiert (Acronym_isOf_AcronymType):
•Ein Institutionen-Objekt hat neben seinem vollständigen
Namen auch diverse Abkürzungen: Das ‚Institut für
Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung
Gatersleben’ (Institution.institutionFullName) hat eine
Kurzbezeichnung (Acronym.acronym |
AcronymType.acronymType = institutionShortName) ‚IPK
Gatersleben’, einen bei der FAO geführten Code
(Acronym.acronym | AcronymType.acronymType =
faoCode) ‚DEU416’, ...
•Ein Site-Objekt hat neben seinem vollständigen Namen
diverse Abkürzungen und Bezeichnungen: Die
Bundesrepublik Deutschland (Site.siteGerman) hat neben
ihrem englischen Namen (Site.site) ‚Federal Republic of
Germany’ einen Code nach ISO 3166 (Acronym.acronym |
AcronymType.acronymType = iso3166Code) ‚DEU’, eine
Kurzbezeichnung (Acronym.acronym |
AcronymType.acronymType = countryShort) ‚BRD’, ...
Eine Reihe von Objekten wird gelagert (insbesondere
Partien, aber auch Belege, Bilder und Dokumente wie
Karteikarten; Object_storedAt_Storage).
Objects can have a number of names
(Object_has_Acronym). We do not store real acronyms
only but arbitrary names of objects. That’s why the
acronyms have been typed (Acronym_isOf_AcronymType):
•An institution object can be named not only by it’s full
name but by several acronyms or abbreviations, too: The
‘Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung
Gatersleben’ (Institution.institutionFullName) has a short
name (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType =
institutionShortName) ‘IPK Gatersleben’, a code given by
the United Nations Food and Agricultural Organisation
FAO (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType =
faoCode) ‘DEU416’, ...
•A site object has a full name and several abbreviations:
The ‘Bundesrepublik Deutschland’ (Site.siteGerman) has
an English name (Site.site) ‘Federal Republic of Germany’
as well as a code following ISO 3166 (Acronym.acronym |
AcronymType.acronymType = iso3166Code) ‘DEU’, a
short name (Acronym.acronym |
AcronymType.acronymType = countryShort) ‘BRD’, etc.
A number of objects will be stored, especially samples, but
also specimens, pictures, and register cards
(Object_storedAt_Storage).
3.2 Objects (part 3)
Eine der zentralen Beziehungen im GBIS ist der
Selbstbezug der Objekte untereinander
(Object_to_Object), der nur die relevanten
Zusammenhänge aller Objekten untereinander zentral
verwalten soll. Dazu ist es unerlässlich, diesen
Beziehungen Rollen zuzuordnen
(Object_to_Object_with_Role):
•Institution ‚A’ ist Donor (Role.roleName = ‚donated’) der
Akzession ‚TRI 30000’ (A_donated_[TRI 30000]).
•Herr Prof. Graner ist Angestellter des IPK (Role.roleName
= ‘subdivides into’: IPK_[subdivides into]_[Andreas
Graner]) , Leiter der Abteilung Genbank des IPK
(Role.roleName = ‘leads’: IPK_[subdivides into]_[gene
bank department] und [Andreas Graner]_leads_[gene bank
department]) , und Professor für Pflanzengenetische
Ressourcen an der MLU Halle-Wittenberg (Role.roleName
= ‘leads’: [MLU Halle]_[subdivides into]_[Lehrstuhl
Pflanzengenetische Ressourcen] and [Andreas
Graner]_leads_[Lehrstuhl Pflanzengenetische
Ressourcen]).
•Ein Foto ist die Digitalisierung eines bestimmten
Herbarbelegs (Role.roleName = ‘illustrates’:
Photo_[illustrates]_Specimen).
Solche Beziehungen zwischen Objekten können zeitlich
begrenzt sein. Deshalb werden Anfangs- (to.validityStart)
und Enddatum (to.validityEnd) der Gültigkeit der
Beziehung festgehalten:
•Wissenschaftler führen Beobachtungen über einen
Zeitraum hinweg an Aufwüchsen durch.
•Die Teilnehmer einer Sammelreise hielten sich nur eine
begrenzte Zeit an einem Fundort auf. Die Sammelreise als
solche hatte ein Anfangs- und ein Enddatum.
Viele Beziehungen haben zwar ein Anfangs- aber kein
Enddatum:
•Die Partie TRI 30000/2004 gehört ab ihrem
Einlagerungsdatum in 2004 zur Akzession TRI 30000.
Diese Zugehörigkeit endet nicht mehr, auch wenn die
Partie selbst nicht mehr existiert.
One of the most important relationships in GBIS is the
recursive relationship of objects (Object_to_Object). Only
relevant relationships of objects are administered centrally.
For this reason roles are added to characterise the
relationships exactly (Object_to_Object_with_Role):
•Institution ‘A’ is the donor (Role.roleName = ‘donated’)
of the accession ‘TRI 30000’ (A_donated_[TRI 30000]).
•Prof. Graner is an employee of IPK (Role.roleName =
‘subdivides into’: IPK_[subdivides into]_[Andreas
Graner]) as well as the leader of gene bank department of
IPK (Role.roleName = ‘leads’: IPK_[subdivides
into]_[gene bank department] and [Andreas
Graner]_leads_[gene bank department]) as well as chair
holder of ‘Pflanzengenetische Ressourcen’ at Martin
Luther University Halle-Wittenberg (Role.roleName =
‘leads’: [MLU Halle]_[subdivides into]_[Lehrstuhl
Pflanzengenetische Ressourcen] and [Andreas
Graner]_leads_[Lehrstuhl Pflanzengenetische
Ressourcen]).
•A photo is a digitalisation of a herbarium specimen
(Role.roleName = ‘illustrates’:
Photo_[illustrates]_Specimen).
Relationships between objects can be time-limited. That’s
why the begin (to.validityStart) and the end date
(to.validityEnd) of the validity of a relationship are noted:
•Scientists are observing cultivated plants within time
periods.
•The participants of a collecting expedition collected
plants for limited time at a site. The collecting expedition
started and ended.
Many relationships start but will not end:
•The sample ‘TRI 30000/2004’ is a sample of accession
‘TRI 30000’ from storage date in 2004. This will not end,
even if the sample will be lost or extinct.
3.2 Objects (part 4)
•Die Karteikarte mit der objectId 167375 gehört ab dem
Anlage- oder dem Erfassungsdatum zur Akzession ALL
530. Auch diese Zugehörigkeit endet nicht.
Die Beziehungen können mit Bemerkungen versehen sein
(to.validityRemark).
Eine Reihe von Objekten kann nur existieren, weil es einen
Grund dafür gibt (Object_isOf_Purpose; z. B.
Transaktionen, Experimente, Aufwüchse, Listen). Da
Zwecke auch in anderen Kontexten verwendet werden,
sind sie durch einen Selbstbezug klassifizierbar
(Purpose_isOf_Purpose).
Viele Objekte haben eine Beziehung zu einer Maßeinheit
(Object_uses_Unit), die etwaige Mengenangaben begleitet.
So wird die Lagermenge von Saatgutpartien i. d. R. in
Gramm geführt, wobei es insbesondere bei Wildkartoffeln
auch abgezählte Mengen gibt (Einheit: Stück). Gleiches
gilt für Ernten, wobei auch Knollen gezählt werden. Die
Formate von Bildern sind in mm, cm oder Pixeln messbar.
Weiter gehende Informationen über GBIS-Objekte können
in externen Dateien gespeichert werden
(Object_with_File). GBIS verwaltet dann nur den Verweis
auf diese Dateien. Es kann sich um Originalmessprotokolle
von Versuchen handeln. Auch die Bilder werden nicht als
Datenbankobjekte sondern über ein File-System
zugänglich gemacht. Jedes Objekt kann dabei zu beliebig
vielen Dateien in Beziehung gesetzt werden. Es werden
einige Metainformationen über die Datei (Originalname,
Datenformat) gespeichert.
•The register card identified by objectId 167375 is a
register card for the accession ALL 530 from creation or
documentation date. This will not end, too.
Remarks can be added to Object_to_Object relationships
(to.validityRemark).
A number of objects exist only by reason
(Object_isOf_Purpose; e. g. transactions, experiments,
cultivations, lists, etc.) Due to multiple use of purposes,
these are classified (Purpose_isOf_Purpose) using a
recursive relationship.
Many objects use units, which represent the measurement
unit of counts or weights, e. g. the storage amount of seeds
may preferably be kept as a weight in grams, but
exceptions like wild potatoes will be counted (unit:
pieces). Just the same procedure is used for harvests, but
potato tubers will be counted again. The format of pictures
are defined by mm, cm, or pixels, respectively.
Further information about GBIS objects are kept in files
(Object_with_File). GBIS will administer only a file link,
but not the information itself, e. g. for original experiment
protocols, or pictures about GBIS objects, respectively.
Every object can be joint with a lot of files. Some meta
information like the original file name, or the data format,
can be kept.
3.2 Objects (part 5)
Für Objekte gibt es weitergehende Kontakt-Informationen
(Object_has_Contact). Das kann eine Website über einen
Versuch an IPK-Akzessionen, die Adresse eines Donors
oder die e-Mail-Adresse eines Mitarbeiters einer Genbank
sein. Zu jedem Objekt werden beliebig viele
Kontaktinformationen gespeichert, so dass auch Listen von
e-Mail-Adressen von Ansprechpartnern einer Institution
hinterlegt werden können.
Verwaltet werden die eigentliche Kontaktinformation
(Contact.contact; z. B. der URL-String, für Adressen die
Straßen- bzw. Postfachangabe) und die nur für Adressen
verwendeten PLZ- (Contact.zipCode) und Orts-Angaben
(Contact.cityState). Die Kontaktinformationen sind
typisiert (Contact_isOf_ContactType; z. B. ‚Adresse‘,
‚URL‘) und ggf. als privat gekennzeichnet
(Contact.isPrivate).
Neben dem letzten Prüfdatum (Contact.lastChecked) wird
explizit ein Gültigkeitsvermerk (Contact.validity)
gespeichert.
Insbesondere für die statistische Auswertung von Abgaben
ist es erforderlich, einen Kontakt mit einem Land zu
verknüpfen. Dieses Land ist eine „site“ (Contact_in_Site).
Perhaps there is further contact information about objects
(Object_has_Contact). This may be a website about an
experiment on IPK accessions, or the address of a donor
institution as well as email addresses of a genebank’s
employee. Each object is linked to probably many contact
information. Due to this a list of email addresses of an
institution’s partner con be kept.
The contact information itself (e. g. the URL string, in case
of addresses the street, or the p. o. box number, etc.) is to
administer. For addresses only a zip code information and
a city name, which can be concatenated with the state’s
abbreviation, will be kept. These information are typed
(Contact_isOf_ContactType; e. g. ‘address’, ‘url’, etc.) or
flagged as private, if necessary.
The last date an information has been checked
(Contact.lastChecked) is explicitly stored as well as a
validity remark (Contact.validity).
Especially for statistical use in case of seed transfers a
contact is connected with a country. In GBIS a country is a
site (Contact_in_Site).
3.3 Passport data (part 1)
Das Modul Passportdaten enthält zentrale Attribute der
Akzessionen. Ein Akzessions-Objekt
(Accession_isAn_Object) ist gekennzeichnet durch die
Zugehörigkeit zu einer taxonomischen Einheit, die einen
oder mehrere botanische Namen (ScientificName) tragen
kann, und ihre Herkunft (Fundort bzw. Ursprungsland;
Site). Neben dem botanischen Namen können der
Akzession beliebig viele andere Namen (AccessionName)
zugeordnet werden, z. B. Sortennamen, Lokalnamen,
fremdsprachige Namen usw.
Darüber hinaus sind einer Akzession beliebig viele
Kurzbezeichnungen (‚Nummern’) zuordenbar
(AccessionNumber).
Eine typische Gaterslebener Akzession kann im Laufe
ihres Daseins als Akzession in der Genbank des IPK
folgende Typen von Nummern tragen. Deshalb werden alle
diese Nummern gespeichert:
•Eine Donor- oder/und eine Sammelnummer. Eine
Donornummer ist i. d. R. die Nummer, unter der der
Donor, z. B. eine andere Genbank, die Akzession in seiner
Organisation verwaltet. Eine Sammelnummer ist die auf
einer Sammelreise vergebene Nummer für ein beliebiges
gesammeltes Objekt, aus dem später eine oder mehrere
Genbankakzessionen werden können.
•Eine dritte (vierte, ...) Nummer. Da Akzessionen von
einem Donor bezogen worden sein können, der diese
wiederum von einem anderen Donor bezog, können auch
solche Nummern gespeichert werden. Ebenso ist es
möglich, dass Informationen darüber vorliegen, dass eine
bestimmte Akzession bei einer Institution eine weitere
Nummer trägt.
The passport data module manages important attributes of
accessions. An accession object (Accession_isAn_Object)
can be characterised by its taxonomic classification (one or
more botanical or scientific names for the same accession)
and its origin (a collecting site or an country of origin,
respectively; Site). As well as several scientific names, an
accession can be classified with other names, e.g. cultivar
names, local names, names in foreign languages, etc.
Furthermore, an accession can have any short names or
numbers (AccessionNumber). A typical IPK gene bank
accession can have several types of numbers while
existing. Due to this fact, all numbers of an accession have
to be stored:
•A donor or/and a collecting number. A donor number is a
number a donor (e. g. another gene bank) collects an
accession in its organisation. A collecting number has been
added during a collecting expedition to an object, which
may become one or more gene bank accessions later.
•A third (fourth, fifth, ...) number. Due to getting an
accession from a donor, which got the accession from
another donor, all these numbers can be stored. It is also
possible to get and store information about other numbers
of the same accession in other organisations.
3.3 Passport data (part 2)
•Eine definitive Sortimentsnummer. Das ist eine interne
Nummer zur Verwaltung der Akzessionen. Die Vergabe dieser
Nummern ist historisch bedingt, aber nicht unaktuell, da sie den
Umgang mit den großen Sortimenten erleichtert. Sie besteht i.
d. R. aus einem alphanumerischen Präfix, das eine Sortimentsund/oder botanische Kategorie kennzeichnet und einem
numerischen Teil. Temporär kann ein alphanumerisches Suffix
folgen, wenn noch nicht über eine Auftrennung der Akzession
in eine oder mehrere andere Akzessionen entschieden ist.
•Eine vorläufige Sortimentsnummer. Bei einigen
Bearbeitergruppen ist es nicht sinnvoll, im Zuge der Aufnahme
einer Akzession eine definitive Sortimentsnummer zu verleihen,
da die Sortiments- oder botanische Zugehörigkeit vorerst nur
grob festgelegt werden kann. Vorläufige Sortimentsnummern
können unterschiedliche Lebensdauern erreichen, innerhalb
derer auch Veröffentlichungen über sie erscheinen können.
•Früher war am IPK eine andere Numerierungspraxis üblich,
nach der Partien und Akzessionen als identische Konzepte
behandelt wurden. Eine Akzession wechselte daher ihre
Akzessionsnummer bei jedem Anbau.
Eine Dokumentation aller Nummern, die im Laufe des ‚Lebens’
einer Akzession dieses Objekt kennzeichneten, ist daher
notwendig.
Akzessionsnummern sind einem Typ (NumberType; z. B.
Sammelnummer, Donornummer, vorläufige/definitive
Akzessionsnummer) zuordenbar. Es wird gleichfalls
festgehalten, wer eine Nummer erzeugt hat
(Institution_created_AccessionNumber) und ggf. aus welcher
Quelle die Nummer stammt (z. B. aus einem bestimmten
Katalog oder einem Index Seminum;
AccessionNumber.numberSource). Akzessionsnummern haben
einen Gültigkeitszeitraum
(AccessionNumber.{numberValidFrom | numberValidTo}). Eine
aktuelle Akzessionsnummer ist eine ohne Ende der Gültigkeit.
•A definitive IPK crop number. This means numbers for
internal management of accessions. Adding these numbers
to accessions has a history in IPK. Nevertheless, there is an
actual requirement for using these numbers in gene bank
management of IPK. The handling of large collections may
become easier. The definitive IPK crop number is
characterised by a prefix of up to six characters, which
indicates the crop, followed by a numerical part, which is
unique inside the crop. Temporarily a character suffix can
be added for handling accession splitting.
•A preliminary IPK crop number. Some IPK curator groups
are not able to classify an accession correctly, when this
accession enters the gene bank collection. In these cases, a
reasonable definitive crop number cannot be added, due to a
lacking or doubtful botanical classification. The existence
of a preliminary crop number is of several times, when a
paper about the accession tested can be published.
•In the history of IPK, another numbering management
were usual. Due to merging sample and accession contexts,
only sample numbers of each accession were noted. That’s
why the number of an accession has been changed every
year of reproduction.
It is of essential interest to note all the numbers of an
accession.
Accession numbers have been typed (NumberType; e. g.
‘collecting number’, ‘donor number’, ‘preliminary IPK
number’, etc.). It is necessary to document the creator of a
number (Institution_created_AccessionNumber), and where
an accessionnumber comes from (e. g. a catalogue, an Index
Seminum, etc.; AccessionNumber.numberSource).
Accession numbers are valid in periods of time
(AccessionNumber.{numberValidFrom | numberValidTo}). A
recent accession number has no validity end.
3.3 Passport data (part 3)
Akzessionen können (Teil-)Sortimenten (Crops) zugeordnet
werden, um das Management zu erleichtern, Bonituren
vorzunehmen oder bestimmte statistische Auswertungen zu
ermöglichen. Diese Zuordnung ist zweckgerichtet
(Accession_canBe_Crop_by_Pupose_using_DataType). Jedem
Sortiment wird dann dem Zweck entsprechend ein Wert/ eine
Ausprägung zugeordnet (canBe.canBeValue).
Dazu werden innerhalb der Sortimente Gruppen gebildet
(Crop_isA_Crop).
•Eine Weizen-(Triticum-aestivum)-Akzession ist ein Weizen (wie
auch eine Triticum-durum-Akzession eine Weizen-Akzession ist).
•Alle Weizen(akzessionen) sind Getreide (wie alle
Roggen[akzessionen]).
Jede Hierarchie hat beliebige und beliebig viele Stufen.
Eine Akzession kann einem Lebensformtyp (CultivationForm)
zugeordnet werden. Bei Getreiden und Leguminosen werden z. B.
Sommer-, Winter- und intermediäre Formen unterschieden.
Bestimmte Leguminosen sind einjährig, während andere
zweijährig oder ausdauernd sind.
Eine Akzession hat in der Regel einen biologischen Status
(BioStatus). Der in internationalen Standards (MCPD des IPGRI,
EURISCO von EPGRIS) ‚sample status’ genannte Deskriptor
beschreibt, ob es sich z. B. um eine Wildpflanze, um
Zuchtmaterial oder eine Landrasse handelt. In welcher Form die
Akzession in die Genbank gelangte (Saatgut, Knolle, ...) wird über
das Pattern der Original-Partie dokumentiert
Akzessionen stammen aus einer Quelle (AcquisitionSource). Der
in internationalen Standards (MCPD des IPGRI, EURISCO von
EPGRIS) ‚collecting source’ oder ‚acqusition source’ genannte
Deskriptor beschreibt z. T. differenziert, ob die Akzession aus
einem natürlichen Habitat (Wald, Savanne, Wüste ...), von
Kulturland (Acker, Weide, Garten, ...), von anderen Institutionen
(Genbank, Forschungsstation), von Märkten, ... bezogen wurde.
Die Korrelation mit BioStatus ist gegeben aber nicht vollständig.
Accessions can be grouped by crops to support their
management, to score them in regeneration processes, or to
enable statistical analysis respectively. Thus, the
classification is of a purpose
(Accession_canBe_Crop_by_Purpose_using_DataType).
For each purpose a crop gets a value (canBe.canBeValue).
Due to all this crops have been grouped (Crop_isA_Crop).
A wheat accession from Triticum aestivum is a wheat, as
well as a wheat accession from Triticum durum.
All wheat accessions are cereals, as well as all rye
accessions.
The number and kind of levels in each hierarchy are userdefined.
An accession can be of a cultivation form; e.g. cereals and
legumes can be distinguished by summer, winter, and
intermediate forms. Some legumes are annual; others are
biennial or perennial respectively.
Most of accessions have a biological status (BioStatus).
This descriptor (in international standards as MCPD by
IPGRI, or EURISCO by EPGRIS called ‘sample status’)
classifies an accession as a wild plant, as breeding
material, as a land race, etc. The acquisition form (seeds,
tubers, etc.) of an accession will be documented by the
pattern of the original sample.
Accessions come from a source (AcquisitionSource). This
descriptor (in international standards as MCPD by IPGRI,
or EURISCO by EPGRIS called ‘collecting source’ or
‘acquisition source’) describes the provenience of an
accession in a sophisticated way: from a natural habitat (e.
g. forest, savannah, desert, etc.), from cultivated land (e. g.
field, pasture, orchards, etc.), from other institutions (e. g.
gene banks, research stations, etc.), from markets or other
places respectively. There is a correlation to biological
status, but it is not complete.
3.3 Passport data (part 4)
Akzessionen können gestrichen worden sein, wenn kein
lebensfähiges Material mehr vorhanden ist. Alle Partien
sind dann aufgebraucht oder abgestorben. Eine Akzession
kann auch stillgelegt werden, z. B. wenn vermutlich ein
Duplikat zu einer anderen Akzession vorliegt
(Accession_has_Activity). Das Datum solcher
Aktivitätswechsel wird dokumentiert
(Accession.activityChange), ebenso der Grund für den
Wechsel (Accession.ActivityChangeReason).
Akzessionen haben einen Status der Verfügbarkeit
(Availability). Nicht alle Akzessionen sind für jeden
jederzeit verfügbar. Die Verfügbarkeit kann eingeschränkt
werden durch die Menge vorhandenen Materials, wenn
erst eine neue Partie vermehrt werden muss, durch
Abkommen mit Herkunftsländern oder DonorInstitutionen, internationale Verträge, Sorten- oder
Patentrechte usw.
Akzessionen werden für das Management in Fruchtarten
klassifiziert, welche spezifisch gehandhabt werden
(‚gemanagt’; Crop_managedBy_Method). Auf diese Art
und Weise können geeignete Anbaumethoden oder
geeignete Keimfähigkeitstestmethoden dokumentiert
werden, da Partner und Kunden der Genbank an solchen
spezifischen Informationen interessiert sind. Es können
innerhalb der Klassifikation Ausnahmen auftreten, so dass
einzelne Akzessionen besonderer Behandlung bedürfen.
Da es sich bei Akzessionen um GBIS-Objekte handelt und
hier die Behandlung von Ausnahmen angedacht ist, wird
eine spezielle Bemerkung für Akzessionen-Objekte
eingeführt (Object_has_Notice).
Accessions can have been deleted, if all living material has
been run out. All samples of an accession, which will be
deleted, have been lost or died. An accession can be
suspended, too, e. g. when a duplication is suspected
(Accession_has_Activity). The date of activity change will
be noted as well as the reason for it.
Accessions have a status of availability. Not all accessions
are available at every time for every one. The availability
can be restricted by the amount of living material (In this
case, a new sample must be cultivated), by contracts with
the countries of origin or with donor institutions, by
international treaties, by cultivar or patent rights, etc.
Accessions will be classified for management in crops,
which will be managed specifically
(Crop_managedBy_Method). Applicable cultivation
methods or germination test methods can be documented.
Partners and customers of the gene bank could be
interested in these methods. Nevertheless, there may occur
exception in management at the accession level. That’s
why some accessions may be specially handled. As GBIS
objects accessions have their own notice entity, where
exceptions can be administered (Object_has_Notice).
3.3 Passport data (part 5)
Akzessionen haben ein Aufnahmedatum
(Accession_isAn_Object; Object.lifeStart), das nicht
immer dokumentiert ist. Eine Akzession ist eine
Akzession, wenn sie als solche in den Genbankbestand
aufgenommen worden ist bzw. wenn sie eine vorläufige
oder definitive Akzessionsnummer erhalten hat. Das lässt
die Möglichkeit offen, Objekte, die z. B. innerhalb von
Forschungsprojekten bearbeitet wurden, wie Akzessionen
zu handhaben, ohne sie als solche anzusehen (‚potenzielle
Akzessionen’; Pattern.pattern = ‚potential accession‘).
Solche Objekte können später durch Entscheidung zu einer
Genbankakzession werden. Sie erhalten dann ein
Aufnahmedatum und eine vorläufige oder definitive
Nummer.
Weiterhin wird das Jahr des Erstanbaus
(Accession.firstRegeneration) als Attribut der Akzessionen
geführt, das nicht immer aus dem Aufnahmedatum
abgeleitet werden kann.
Eine wichtige Zugangsform von Akzessionen ist die
Auftrennung inhomogener Akzessionen. Auf diese Art und
Weise entstehen neue Akzessionen. Der Prozess der
Auftrennung kann laufend beobachtet werden
(Accession.splittingStatus). Er kann sich auch als Irrtum
erweisen, wenn die Inhomogenität inherentes Merkmal der
Akzession ist, so dass eine (neu entstandene) Akzession
wieder stillgelegt wird.
An acquisition date (Accession_isAn_Object;
Object.lifeStart) exists for each accession, but it is not
documented in all cases. An accession becomes an
accession by an act of acceptance, which can be formal or
informal, or by adding a preliminary or definitive
accession number, respectively. Due to this, it is allowed to
handle all accession like objects like accessions
(Pattern.pattern = ‘potential accessions’), even if they are
not gene bank accessions in fact. These objects can
become an accession later by decision of the gene bank
leadership. An acceptance date or a preliminary or
definitive gene bank accession number would be added.
Another attribute of accessions is the date or year of first
regeneration. Sometimes this may be very different from
the acceptance date.
A quiet important form of accession is splitting
inhomogenous accessions. Due to this, new accessions
enter the genebank collection. The splitting process may
be watched continously. It can be identified as false, when
the inhomogenity is an inherent property of the accession.
In this case the new accession may be shut down.
3.4 Cultivation (part 1)
Ein Anbau (Cultivation) beginnt, wenn eine Saatgut-Partie
ausgesät, eine In-vitro-Kultur begonnen, ... wird. Da Anbauten
bzw. „Aufwüchse“ Objekte sind (Cultivation_isAn_Object),
werden die Anbaudaten als Object.lifeStart und Object.lifeEnd
festgehalten (s. u.). Die Ausgangspartie wird in der
Object_to_Object-Relation dokumentiert.
Um einen Planungsstand explizit von einem durchgeführten
Anbau zu unterscheiden, wird ein Flag (Cultivation.planned)
dokumentiert.
Ein Anbau erfolgt zu einem bestimmten Zweck
(Object_isOf_Purpose), i. d. R. zum Zweck der Reproduktion,
aber auch experimentelle Anbauten werden durchgeführt. Für
die Anbauplanung ist es wichtig, den Anbautyp zu kennen,
bevor der tatsächliche Anbauort festgelegt ist. Da Cultivation
ein GBIS-Objekt ist, kann dafür eine Bemerkung vom Typ
„Vermehrungsart“ genutzt werden (Object_has_Notice).
Ebenso wichtig ist es, einen Anbauzeitraum festzulegen, bevor
eine Aussaat/Auspflanzung statt gefunden hat. Dazu werden in
GBIS die geplanten und tatsächlich erfolgten Aufwüchse
separat verwaltet. Der Anbauzeitraum kann dann als
Object.lifeStart und Object.lifeEnd eines geplanten
Aufwuchses abgebildet werden.
Eine angebaute Partie hat eine oder mehrere Ernten
(Harvest_isAn_Object; Object_to_Object). Anfangs(Object.lifeStart) und Enddatum von Ernten (Object.lifeEnd)
werden dokumentiert. Bei Dauergartenkulturen wird in jeder
Vegetationsperiode eine Ernte erzeugt. Eine Ernte kann in
mehrere Partien aufgesplittet werden, welche jeweils
gemeinsam gelagert werden. Gelegentlich kommt es zu
Missernten oder anderen unvorhergesehenen Ereignissen, was
gesondert dokumentiert wird (Object_has_Notice). Bei
Kartoffeln u. a. Kulturen wird die Bestäubungsmethode
dokumentiert (Harvest_by_Method).
Bei mehrjährigen Anbauten muss das Ende des Anbaus nicht
identisch mit dem Ende der Ernte (eines Jahres) sein, weshalb
das Anbauende explizit dokumentiert wird
(at.cultivatedAtEnd).
A cultivation act begins with sowing a seed sample,
initialising an in vitro line, etc. Due to cultivations or
“growings” being objects (Cultivation_isAn_Object),
cultivation dates will be kept as Object.lifeStart, and
Object.lifeEnd, respectively. The sowed sample will be
documented in the Object_to_Object-relation.
To distinguish between planning and real cultivating a flag
(Cultivation.planned) will be noted.
Cultivations will be started due to a
purpose(Object_isOf_Purpose), mostly for reproduction,
but also for experiments as well. For planning it is
important to know the type of cultivation, before the
sowing begins or the location is predefined. Because a
cultivation is an object, a notice of notice type
“Regeneration type” can be used (Object_has_Notice). It
may be of the same importance to define the cultivation
period before sowing. That‘s why in GBIS a planned
cultivation will be distinguished strictly from a done. The
cultivation period can be documented as Object.lifeStart
and Object.lifeEnd of a planned cultivation.
A cultivated sample will be harvested once or more times
(Harvest_isAn_Object; Object_to_Object). Beginning
(Object.lifeStart) and end (Object.lifeEnd) of harvests will
be noted. In the case of permanent gardening, a harvest
will made in each vegetation period. A single harvests will
be split into one or more samples. These will be stored
separately each. Sometimes bad harvests or other
unexpected events occur. This will be documented as
Object_has_Notice. For potatoes, and other crops too, the
pollination method will be noted.
In the case of permanent gardening, the end of cultivation
may differ from the end of (a single) harvest. Due to this,
the cultivation end will be documented explicitly
(at.cultivatedAtEnd).
3.4 Cultivation (part 2)
Ein Anbau erfolgt an einem Anbauort zur Anzucht, zur
Überwinterung, zur Reproduktion usw. (Location;
Cultivation_at_Location_in_CultivationStatus). Dieser
Anbauort ist die jeweils kleinste dokumentierte Einheit
hierarchisch gegliederter Anbauorte, beim Feldanbau i. d.
R. Parzellen. Es kann vorkommen, dass auf einer Parzelle
mehrere Anbauten gleichzeitig stattfinden (z. B. im
Gewächshaus). Auch ein Anbauortwechsel (z. B. für
Überwinterungen) kann vorkommen, so dass eine m:nBeziehung zwischen Anbau und Anbauort besteht, die mit
einem Zeitraum attributiert werden kann
(Cultivation_at_Location.{cultivatedAtStart |
cultivatedAtEnd}). Die Planung für diesen
Anbauortwechsel wird im Attribut
Cultivation.plannedMove dokumentiert. Diese Daten sind
unabhängig von Aussaat- und Erntedaten, so dass ein
Anbauort solange belegt ist (Location.status = {frei |
gesperrt | belegt}), bis eine explizite Freigabe erfolgt.
Anbauorte (Parzellen) können isoliert sein
(Location.isolated). Für Bonituren ist eine Sortierung
erforderlich (Location.locationOrder).
Parzellen sind in größeren Anbaueinheiten (Blöcken;
Location_isIn_Grid) relativ verortet (Location.{xLocation
| yLocation}) und relativ zu deren Rändern positioniert
(Location.{xDistance | yDistance}). Ihre Länge und Breite
folgt aus dem Blockdesign (Grid_isOf_GridDesign;
GridDesign.{xLotLength | yLotLength}).
Anbauorte werden mit Methoden bearbeitet
(Location_farmedWith_Method). Dazu gibt es meist ein
Anfangs- und ein Enddatum (farmedWith.{farmingStart |
farmingEnd}).
A cultivation will take place at a location, e. g. for
upgrowing, for hibernation, for regeneration, etc.
(Cultivation_at_Location_in_CultivationStatus). This
location is the smallest unit of hierarchically ordered
cultivation locations. In field reproduction this will be
usually lots. It may occur, that more than one cultivations
will grow on the same lot (e. g. in greenhouses).
Nevertheless, a change of location can be planned (e. g. for
hibernations, etc.). Due to this, a m:n-relationship exists
between cultivation and location. There are attributes for
documenting the cultivation period
(Cultivation_at_Location.{cultivatedAtStart |
cultivatedAtEnd}). Planning a change of location can be
documented using Cultivation.plannedMove. These dates
will not be necessarily identical with sowing and harvest
dates. That‘s why a location is used ( Location.status =
{free | restricted| used}) until it is explicitly freed.
Locations may be isolated. Due to scoring, an ordering is
necessary.
Lots are situated in ‘super-lots’ (blocks of lots). A relative
positioning (Location.{xLocation | yLocation}) will be
noted as well as relative distances within the blocks. The
length and width of a lot is inherited by the grid design
(Grid_isOf_GridDesign; GridDesign.{xLotLength |
yLotLength}).
Locations will be farmed with methods
(Location_farmedWith_Method). A start date
(farmedWith.farmingStart) is noted as well as an end date
(farmedWith.farmingEnd).
3.4 Cultivation (part 3)
Die räumliche Lokalisation der Anbauorte, bei denen es
sich meist um Gaterslebener/Malchower/Groß Lüsewitzer
Anbauorte handeln wird, erfolgt auf dem Feld in größeren
Einheiten („Blöcke“) (Location_isIn_Grid), welche
wiederum zu „Reihen“ zusammengefasst werden können.
Blöcke sind innerhalb von Reihen relativ zu deren Rändern
positioniert.
Ein Block wird nach einem bestimmten Muster angelegt
(Grid_isOf_GridDesign). Er ist dann gekennzeichnet
durch Länge (GridDesign.xLength) und Breite
(GridDesign.yLength) gekennzeichnet. Blöcke vereinen
Parzellen gleicher Größe (GridDesign.{xLotLength |
yLotLength}). Die Anzahl der Parzellen entlang beider
Koordinatenachsen wird festgehalten
(GridDesign.{xLotAmount | yLotAmount}).
Blöcke bzw. Reihen wiederum befinden sich in Feldern
(Grid_in_CultivationSite), welche als geografische
Objekte (Sites) GBIS-Objekte sind
(CultivationSite_isA_Site, Site_isAn_Object). Felder oder
Anbauorte der höchsten Ebene sind von einem bestimmten
Typ (z. B. Feld, Gewächshaus, Isolationsgewächshaus)
(Site_isOf_LocationType). Sie sind durch einen
Referenzpunkt im Gelände des IPk verortet
(CultivationSite.referencePoint). Ihre referenzierenden
Längsseiten sind determiniert. Schließlich werden
besondere Befallssituationen mit bodenbürtigen
Pathogenen dokumentiert (CultivationSite_isAn_Object,
Object_has_Notice | NoticeType.noticeType =
„Erregerbefall“).
The spatial positioning of locations can be made by a
block design (Location_isIn_Grid). Most of the locations
will be situated in Gatersleben or in Malchow or Groß
Lüsewitz respectively. Each lot is positioned within a grid.
A couple of grids may be grouped to higher units, which
are called rows. Grids are positioned relatively to the row’s
borders within rows.
A grid is defined by a special grid design. It is
characterised by its length (GridDesign.xLength) and
width (GridDesign.yLength). Grids group lots of the same
size (GridDesign.{xLotLength | yLotLength}). The number
of lots in each coordinate axis’ right will be kept
(GridDesign.{xLotAmount | yLotAmount}).
Grids, and rows respectively, are situated within fields
(Grid_in_CultivationSite). Fields are as sites geographical
objects. Thus they are objects within GBIS
(CultivationSite_isA_Site, Site_isAn_Object).
All fields, or cultivation locations of the highest
hierarchical level, are of a discrete location type (e. g.
field, greenhouse, isolation greenhouse, etc.). They are
located within the IPK realties by a reference point. The
referring sides are determined. At least, special notices are
documented about pathogens rooted to the soil
(CultivationSite_isAn_Object, Object_has_Notice |
NoticeType.noticeType = „Infected by pest“).
3.5 Samples (part 1)
Alle Typen von Partien (Saatgut-, In-vitro-, Cryo-, vegetative Partie)
sind Materialisierungen von Akzessionen und werden als Objekte in
GBIS betrachtet (Sample_isAn_Object). Dabei gehört eine Partie zu
genau einer Akzession, während Akzessionen beliebig viele Saatgut/Cryo-/...Partien haben können. Es gibt zu jeder Akzession eine
Original-Partie. Diese besondere Beziehung wird als solche
gespeichert.
Mit der Einlagerung beginnt die „Existenz“ einer Partie
(Object.lifeStart). Die Ausgangsmenge (Sample.firstStock) wird als
Attribut hier geführt. Die aktuell vorhandene Menge
(SeedSample.currentStock) muss zusammen mit dem Datum ihrer
Ermittlung (SeedSample.currentStockDate) und der Methode
({errechnet | gewogen}; SeedSample.currentStockMethod)
dokumentiert werden. Durch unterschiedliches Management des
Saat- und Pflanzguts (z. B. Bohnen, Wildkartoffeln, Knoblauch) in
verschiedenen Fruchtarten ist die Einheit (Gramm, Anzahl
Samen/Knollen/Zwiebeln/...) explizit zu führen (Object_uses_Unit).
Saatgut- und Cryo-Partien werden regelmäßig Regenerationstests
unterzogen, während bei In-vitro-Partien ein Wechsel des
Kulturmediums stattfindet. Der erwartete Zeitraum zwischen
solchen Tests bzw. Medienwechseln wird gespeichert auf der Ebene
der Fruchtarten gespeichert
(Accession(Object)_to_(Sample)Object_with_Role | Role.roleName
= ‚materialised as‘; Accession_classifiedAs_Crop_by_Purpose |
Purpose.purpose = ‚inventory periods‘).
Eine Partie wird standardmäßig entweder als Aktiv- oder als Basisoder als Sicherheitsmuster (Sicherheitsduplikat) typisiert gelagert
(Sample_isOf_StorageType). Aktivmuster sind die Partien, aus
denen Abgaben bedient werden, während Basismuster das
Ausgangsmaterial für Vermehrungen bildet, sobald die Menge des
Aktivmusters einen Mindestbestand unterschreitet. Auch bei NichtSaatgut-Partien (z. B. Cryo-Partien) wird künftig zumindest die
Unterscheidung von Aktivmustern und Sicherheitsduplikaten
angestrebt. Neben dem Typnamen (StorageType.storageType) ist die
Verwendung einer Codierung (StorageType.storageTypeCode)
vorgesehen.
Partien können „Ramsche“ darstellen (Sample.rummage), die
definierte Mischungen (z. B. von Saatgut, Knollen usw.) von
Einzelpflanzen darstellen. Die Bezeichnung des Ramsches wird
codiert verwendet.
All kind of samples (seed/in vitro/cryo/vegetative) can be
considered as a materialisation of an accession. Due to
this, a sample is an object in GBIS (Sample_isAn_Object).
Thus a sample belongs to only one accession, but an
accession can be materialised in many samples (seed
samples, etc., see above). There is an original sample to
each accession. This special relation will be kept as it is.
The „life time period“ of a sample begins with storage
(Object.lifeStart). The amount of first stock is an attribute
of samples. The current stock has to be documented as
well as the date of stock weighting
(SeedSample.currentStockDate) or the method used
({calculated | weighted};
SeedSample.currentStockMethod). Due to several crop
management requirements (e. g. beans, wild potatoes,
garlic) the unit of the samples (grams, amount of
seeds/tubers/bulbs/...) must be held (Object_uses_Unit).
Seed samples as well as cryo samples will be tested
regularly in terms of vitality. The culture medium of in
vitro samples will changed on occasion. The expected time
period will be kept explicitely on the crop level
(Accession(Object)_to_(Sample)Object_with_Role |
Role.roleName = ‚materialised as‘;
Accession_classifiedAs_Crop_by_Purpose |
Purpose.purpose = ‚inventory periods‘).
A sample will be stored classified either as active or as
basic or as safety duplicate (SDS) sample by default
(Sample_isOf_StorageType). Active samples are samples,
transfers will be done from. In contrast, basic samples are
only used for regeneration activities, if an active sample
decreased in amount or mass. Furthermore, in case of nonseed samples (e. g. cryo samples) a distinction between
active and safety duplicate samples will be made. A code
for storage types is used as well as ist name
(StorageType.storageType).
Samples may be “rummages”, being well defined mixtures
of harvested single plants (e. g. seeds, tubers, etc.). Codes
of rummage names are in common use.
3.5 Samples (part 2)
Objekte (Sample, Register, Specimen) werden in einem
Lager (Storage) aufbewahrt. Im Falle von Saatgut handelt
es sich dabei um das Saatgutkühllager (SKL). Jedes Lager
befindet sich in einem Gebäude (Building) und ist ggf. in
zusammengehörende Räume (Zellen; Cell) aufgeteilt, die
jeweils spezifische klimatische Bedingungen aufweisen
(Cell.cellClimate). Vorrangig Temperaturbedingungen sind
dabei interessant.
Die Struktur der Entity Storage erlaubt es, bis zu sechs
Dimensionen (Storage.{rack | rackPart | rackFloor | layer |
column | row}) des Lagerortes abzubilden, was sie
grundsätzlich geeignet macht, andere Lager zu verwalten,
z. B. den Samensaal, das Herbarium oder die In-vitroKulturen. Je nach Anwendungsfall werden einige Attribute
nicht benötigt bzw. anders bezeichnet (vgl.
Administration).
Es wird explizit festgehalten, ob ein bestimmter (real
vorhandener) Lagerplatz frei oder belegt ist (Storage.free).
Im Falle des SKL ist die Dokumentation des
Trocknungsmittelwechsels (Silica) erwünscht. Jeder
Standort im SKL (ein Glas) kann zwar mit mehreren
Partien belegt werden (wenn es sich z. B. um kleinsamige
Sortimente handelt, kann so Platz gespart werden), aber er
muss nur einmal hinsichtlich des Trocknungsmittels
verwaltet werden. Es wird festgehalten, wann das
Trocknungsmittel letztmalig gewechselt wurde
(Silica.silicaDate) und welcher Zeitraum normalerweise
bis zum nächsten Wechsel nicht überschritten werden
sollte (Silica.silicaMonths).
An object (sample, register, specimen) will be stored in a
storage. Usually the seed stock cold storage (in German:
Saatgutkühllager - SKL) will be used. Each storage is
situated in a building, which can be partitioned into rooms
(cells). These cells can differ in climatic conditions.
Mainly the temperature is interesting in this context.
The structure of the entity storage allows to map up to six
dimensions of a storage place (Storage.{cell | rack |
rackPart | rackFloor | layer | column | row}). For this
reason it is possible to manage several kinds of storages, e.
g. the seed hall, the herbarium, or racks for in vitro
cultivation as well. Depending on special use cases some
attributes will be named differently, or will not be used at
all (see Administration).
It will be documented explicitly, if a real storage place is
free or not. Only for SKL, the documentation of drying
agent management (Silica) is desired. Each SKL storage
place (a single glass) can contain several samples (mostly
of small grains to save space), but it must be handled in
terms of drying agent management only one times. The
last change of silica will be noted (Silica.silicaDate) as
well as the amount of months between two changes
(Silica.silicaMonths).
3.5 Samples (part 3)
An Partien werden Tests vorgenommen
(Sample_has_Test). Die selbe Struktur wird für
Keimfähigkeitsprüfungen und TKM-Bestimmungen an
Saatgut-Partien, für Regenerationstests bei Cryo-Mustern
und In-vitro-Kulturen, sowie für Erregertests an In-vitroKulturen und vegetativen Partien verwendet.
Tests bedienen sich ggf. verschiedener Methoden
(Test_using_Method). Es werden der Beginn und das Ende
der Prüfung (Test.testStart, Test.testEnd), die Anzahl der
geprüften Objekte (Samen | Pflanzen | ...) (Test.total) sowie
ein weiterer wichtiger Wert (Test.interesting) (gekeimte |
erfolgreich regenerierte | ...) gespeichert. Für
Keimfähigkeitstests werden außerdem die verschiedenen
Zustände der (nicht gekeimten) Samen (hartschalig, taub,
anormal, gefault; Test.{hard | dead | abnormal | rotten})
dokumentiert. Die Keimfähigkeitsrate und andere
errechnete Größen werden nicht explizit gespeichert. Diese
Berechnungen werden über eine Sicht (View) verfügbar
gemacht. Für Keimfähigkeitsprüfungen ist es wichtig, zu
dokumentieren, ob der Test unmittelbar im
Zusammenhang mit der Einlagerung oder aus
Inventurgründen erfolgte (Test.stockTaking). Bemerkungen
für jede Prüfung werden festgehalten (Test.testRemark).
Da jeder Versuch aus einer Anzahl von Einzeltests
bestehen kann, werden jeweils über einen Selbstbezug
(Test_to_Test) Einzel- und Gesamtergebnis verknüpft,
wobei im Kind-Test der Elter-Test als Fremdschlüssel
geführt wird. Tests ohne Elter sind daher entweder Tests
ohne Einzelversuche oder die Elter-Tests selbst; Tests ohne
Kinder sind Tests ohne Einzelversuche, was für die
Interpretation der Ergebnisse bedeutend sein kann. Sind
Einzelversuche zusammengefasst worden, muss die
Berechnungsmethode in die Methodenbeschreibung
eingehen.
Im Ergebnis von Regenerationstests an Cryo-Partien
können neue (In-vitro-)Partien entstehen
(Sample_from_Test), an denen weitere Versuche
vorgenommen werden können.
Tests are made with samples (Sample_has_Test), due to use
of the same structure for germinability tetst of seed
samples and cryo samples, or for regeneration tetsts of
cryo and in vitro samples, or for pest tests of in vitro and
vegetative samples respectively.
Sometimes adapted methods for tests will be used
(Test_using_Method). The starting and ending dates
(Test.testStart, Test.testEnd), the count of tested objects
(Test.total) as well as a further important value
(Test.interesting) (germinated | successfully regenerated |
…) will be noted. Additionally, for germinating tests
counts of seeds in several stages (Test.{hard | dead |
abnormal | rotten}) will be documented. The germinability
rate will not be stored explicitely as well as other
calculated terms. These values will be made available by a
view. It is important to document, if a germinability test
has been made during storage or stock taking
(Test.stockTaking). Remarks on germinability tests are
available (Test.testRemark).
Every test can be of single tests. This will be implemented
by recursive relationships (Test_to_Test). Thus, particular
results are connected to complete results by parent tests
being foreign keys for child tests. For this reason tests
without a parent will be tests without particular tests or the
parent tests themselves. If no particular tests occur, this
could be important for interpreting the results. When
summarising results it must be noted as a special test
method.
After a successful regeneration test of cryo sample, new in
vitro samples may grow (Sample_from_Test), which can be
used in further experiments.
3.6 Seed Stock Management
Eine Saatgutpartie ist eine Akzession aus einem Erntejahr
(SeedSample.harvestYear) vom Muster (Pattern.pattern)
Saatgut-Partie. Die Einlagerungsmenge wird bei Saatgut
geringfügig von der Erntemenge abweichen, da
routinemäßig Proben für die Keimfähigkeitsprüfung und
ggf. für eine erneute Aussaat abgenommen werden, bevor
die Saatgutmenge kühl bzw. eingefroren gelagert wird.
Außerdem kann im Zeitraum zwischen Ernte und
Einlagerung durch (aktive) Trocknung eine
Gewichtsreduktion eintreten.
Es können Angaben zum Feuchtegehalt des Saatgutes
(SeedSample.moisture) sowie verschiedene Bemerkungen
zur Partie (SeedSample_isAn_Object, Object_has_Notice)
festgehalten werden.
Saatgutpartien werden gewöhnlich zwei Untersuchungen
unterzogen: der Kontrolle der Keimfähigkeit (Test) und der
Bestimmung der Tausendkornmasse (TKM; thousand grain
weight – TGW). Letztere ist eine wichtige Rechengröße,
die z. B. zusammen mit der Keimfähigkeit und der
vorhandenen Lagermasse Auskunft über die vorhandene
Anzahl keimfähiger Samen geben kann. Für sich ist sie ein
Maß für die Größe des Saatgutes. Sie kann nicht aus
anderen Größen abgeleitet werden als aus Samenzahl und
Masse der gezählten Samen. Für TKM-Bestimmungen ist
der „wichtige Wert“ von Tests die Masse der gezählten
Samen (Test.interesting). Die Wiederholung von TKMMessungen einer bestimmten Partie ist zwar prinzipiell
möglich, aber meist nicht sinnvoll, weil die
Testbedingungen unterschiedlich sein werden (v. a.
Feuchtegehalt).
A seed stock sample is an accession harvested in one year
(SeedSample.harvestYear). Its pattern (Pattern.pattern) is
seed stock sample. The seed stock amount will slightly
differ from the amount harvested, because samples for
germination test or for new cultivation will be extracted,
before a sample will be stored refrigerated or frozen.
Furthermore, the weight of sample could be reduced by
(active) drying between harvest and storage.
The percentage of moisture can be added as well as several
notices (SeedSample_isAn_Object, Object_has_Notice).
There are usually two tests for seed samples. The first one
is the control of germination capacity (Test); the second
one is the determination of weight of thousand grains
(TGW). The last one is an important term of calculation,
e.g. for determination of germinating seed stock using seed
stock weight and germination capacity to estimate the
amount of living seeds. The size of grains can be guessed
using thousand-grain weight. It cannot be derived from
other terms but from seed stock count and weight. The
“interesting” test value is the weight of counted seeds. A
repeat of thousand-grain weight measurement of a single
sample is principally possible, but mostly it makes no
sense because of high requirements in comparable test
conditions (e. g. moisture of seeds).
3.7 Cryo Sample Management
In flüssigem Stickstoff gelagerte Gewebeproben sind als
Partien GBIS-Objekte (CryoSample_isA_Sample;
Sample_isAn_Object). Sie werden wie Saatgutpartien
einem Regenerationstest unterzogen (Sample_has_Test, s.
dort). Wichtige zu verwaltende Attribute sind das
Umsetzungsdatum (CryoSample.moveDate) und die
Käppchenfarbe des Lagerungsröhrchens
(CryoSample.capColour).
Die in Regenerationstest herangezogenen Pflanzen können
weiter kultiviert werden (CryoSample_isA_Sample,
Sample_from_Test), um neue Gewebeproben zu gewinnen
oder um abgegeben zu werden. Die Regeneration erfolgt
mit definierten Methoden (Test_using_Method) und in
einem dokumentierten Zeitraum (Test.{start | end}).
Tissue probes stored in liquid nitrogen (CryoSamples) are
as samples objects in GBIS (CryoSample_isA_Sample,
Sample_isAn_Object). As well as seed stock samples they
will be tested for regeneration virility (Sample_has_Test,
for more information look there). Important attributes,
which will be administered, are the date of transfer into
another storage container (CryoSample.moveDate), and the
cap colour of storage unit.
When cultivating plants in regeneration test arrangements
(CryoSample_isA_Sample, Sample_from_Test), new tissue
probes as well as probes for transfer to other institutions
can be taken. A regeneration test will use methods
(Test_using_Method) within a documented time period
(Test.{start | end}).
3.8 In vitro management
In-vitro-Linien von Akzessionen sind als Partien Objekte
in GBIS (InVitroSample_isA_Sample;
Sample_isAn_Object). Einzelne Linien werden gesondert
identifiziert (InVitroSample.lineNumber). Die
Inkulturnahme (Object.lifeStart) wird gesondert
dokumentiert, da die Technologie der In-vitro-Kultur
wesentlich jünger ist, als das „Alter“ vieler Akzessionen,
zu denen In-vitro-Partien existieren. Die gewöhnlich
anzusetzende Zeit für einen Kulturmedien-Wechsel wird
in Monaten festgehalten (Sample.monthsTest). Das
Substrat selbst ist Attribut der In-vitro-Partie
(InvitroSample.substrate).
Wie bei Saatgutpartien und CryoPartien werden In-vitroPartien Vitalitätstests (Sample_has_Test) unterzogen, im
Unterschied zu jenen finden aber auch eine Reihe von
Tests statt, die das Vorhandensein oder Nicht-VorhandenSein bestimmter Krankheitserreger (z. B. Viren, Bakterien)
dokumentieren müssen. Dies trägt v. a. den speziellen
Anforderungen bei Kartoffeln Rechnung, die ein wohl
durchdachtes Quarantäne-Management erfordern. Für die
Erregertests ist der „wichtige“ Wert (Test.interesting) die
Anzahl der infizierten Pflanzen. Eine Infektionsrate wird
nicht gespeichert, da die In-vitro-Linien nur hinsichtlich
„infiziert/nicht infiziert“ unterschieden werden. Dessen
ungeachtet kann eine solche Rate errechnet werden.
In-vitro-Linien werden zyklisch regeneriert
(InVitroSample_isIn_RegenerationCycle). Diese Zyklen
sind hinsichtlich ihrer Abschnitte definiert
(RegenerationCycle.{regenerationCycle |
regenerationCycleGerman}). Die Zeiträume, in denen eine
In-vitro-Linie einen Abschnitt durchläuft, werden
dokumentiert (isIn.{cycleStart | cycleEnd}).
In vitro lines of accessions are objects in GBIS being
samples (InVitroSample_isA_Sample;
Sample_isAn_Object). Single lines are identified
seperately (InVitroSample.lineNumber). The cultivation
start (Object.lifeStart) will be documented explicitly, due
to the higher „age“ of some accessions, where in vitro
samples exist. Usually the technology of in vitro
cultivation is much more younger. A normally used
changing period for cultivation medium can be stored in
the system (Sample.monthsTest). The substrate itself is an
attribute of in vitro sample.
As in the cases of seed stock samples and cryo samples in
vitro samples can be tested for vitality as samples
(Sample_has_Test). However, other tests for presence or
absence of pests (e. g. viruses, bacteria, etc.) must be
documented. Especially in potatoes this is predicted by
law. A sophisticated quarantine management is necessary.
In pest tests the iteresting value is the amount of infected
probes. It is not neccessary to store a pest rate, because the
lines will only distinguished between infected or noninfected. However, a pest rate can be calculated.
In vitro lines will be regenerated cyclically
(InVitroSample_isIn_RegenerationCycle). These cycles are
well defined for their elements
(RegenerationCycle.{regenerationCycle |
regenerationCycleGerman}). The time ranges an in vitro
line is in the status of a specific cycle element will be
documented (isIn.{cycleStart | cycleEnd}).
3.9 Vegetative Sample Management
Vegetative Partien (z. B. Dauergartenkulturen, Klone wie
Kartoffeln) sind als Partien Objekte im Sinne von GBIS
(VegetativeSample_isA_Sample; Sample_isAn_Object).
Wie bei In-vitro-Partien können bei vegetativen Partien
Erregertests durchgeführt werden (Sample_has_Test). Der
„wichtige Wert“ (Test.interesting) ist wie bei In-vitroPartien die Anzahl der infizierten Objekte.
Der Anbau vegetativer Partien wird über das allgemeine
Anbau-Modul (Cultivation) verwaltet. Die
Zusammenhänge sind die gleichen wie bei Saatgutpartien
beschrieben, da es sich in jedem Fall um Objekte bzw.
Partien handelt.
Vegetative samples (e. g. permanent gardening, clones like
potatoes, etc.) are samples; and that‘s why they are objects
in GBIS (VegetativeSample_isA_Sample;
Sample_isAn_Object).
As in the case of in vitro samples pest tests
(Sample_has_Test) will be executed. The interesting value
is as in case of in vitro samples the amount of infected
objects.
The documentation of cultivation of vegetative samples
will be done in the general cultivation module. Vegetative
samples will be handled like seed stock samples, because
they are objects , or samples respectively, as well.
3.10 Collection (part 1)
Sowohl in der Genbankarbeit als auch in der Abteilung
Taxonomie fallen laufend Beleg-Objekte
(Specimen_isAn_Object) über Pflanzen oder Teile von Pflanzen
an. Das können komplett als Herbarbelege gesammelte
Pflanzen von einer Sammelreise sein oder Belege, die aus dem
Anbau stammen. Beliebige Erweiterungen der Aufzählung sind
denkbar. Die Belegtypen (Lagerarten) werden über die GBISObjekte beschrieben (Object_has_Pattern). Der
Aufbewahrungsort wird bei den Objekten verwaltet
(Object_storedAt_Storage).
Solche Belege sind zu einem Datum oder in einem definierten
Zeitraum von einer Institution (Person, Sammelreise,
Institution s. str.) genommen worden
(Object_to_Object_with_Role.{validityStart | validityEnd}). Sie
können in den Sammlungsbestand aufgenommen oder daraus
entfernt worden sein (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Ggf. handelt
es sich um Typusexemplare, d. h. die Erstbeschreibung einer
Art oder einer Unterart oder einer anderen infraspezifischen
Einheit beruht auf diesem Beleg-Objekt (International Code of
Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000). Es gibt
weitere „Sorten“ (Typus) von speziellen Belegen wie z. B.
Holotypus-/Lectotypus-/Neotypus-Exemplare (vgl.
International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis
Code), 2000). Wenn ein Beleg mehrfach bestimmt worden ist,
werden i. d. R. eine Reihe von Annotationen am Beleg
gemacht. Alle diese Beschreibungen können als Bemerkungen
von Objekten angesehen werden (Object_has_Notice).
In gene bank management as well as in the taxonomy
department of IPK, specimen objects
(Specimen_isAn_Object) of plants or plant parts are
produced permanently. The origin of specimen may be
cultivation, and collecting activity respectively. The
specimens types (storage forms) are described by GBIS
objects (Object_has_Pattern). The storage will be
administered for all objects centrally
(Object_storedAt_Storage).
These specimens have been collected at a date or in a time
period (Object_to_Object_with_Role.{validityStart |
validityEnd}) by an institution (a person, a collecting
expedition, or an institution s. str., respectively). The
specimen can have beent introduced into the collection or
deleted from it (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Sometimes
the specimen are types, i.e. “A nomenclatural type (typus)
is that element to which the name of a taxon is
permanently attached, whether as a correct name or as a
synonym.” (International Code of Botanical Nomenclature
(Saint Louis Code), 2000). There are other forms of types,
e.g., holotypes, lectotypes, or neotypes (comp.
International Code of Botanical Nomenclature (Saint
Louis Code), 2000). When a specimen has been
determined more then once, annotations may be made. All
these descriptions can be handled as notices to GBIS
objects (Object_has_Notice).
3.10 Collection (part 2)
Ein Beleg-Objekt stammt ggf. von einem bestimmten
Pflanzenteil (Specimen.plantPart), die im Herbar codiert
bezeichnet werden. Außerdem werden mehrere Einzelbelege
mitunter gruppiert verwaltet (Specimen.clone)
In der internationalen Zusammenarbeit des IPK werden Belege
in einen Leihverkehr für wissenschaftliche Auswertungen
einbezogen. Die Nachvollziehbarkeit solcher Leihvorgänge ist
möglich über die Object_to_Object-Relation, da Belege,
(ausleihende) Institutionen und Transaktionen GBIS-Objekte
sind, die eine (temporäre) Beziehung eingehen können.
Erwartungen über Rückgaben werden in den Bemerkungen von
Objekten vermerkt (s. o.).
A specimen object may be a defined part of a plant
(Specimen.plantPart). The names of plant parts have been
coded. Furthermore, a couple of single specimens are
grouped (Specimen.clone).
In IPK’s international collaboration specimens will be lent
for scientific purposes. To get information about this form
of cooperation, the Object_to_Object-relation will be used,
because specimens areGBIS objects as well as institutions,
and transactions, respectively. the objects may interact
temporarily. If a lent specimen will expected returned from
the borrowing institution, an object notice (see above) will
be used.
3.11 Scientific Names (part 1)
Ein Objekt (entweder eine Akzession oder ein Beleg) ist u. a.
gekennzeichnet durch die Zugehörigkeit zu einer
taxonomischen Einheit, die einen oder mehrere botanische
Namen (ScientificName) tragen kann
(Object_determined_as_ScientificName_by_Institution_
using_Publication). Es wird festgehalten, welches der in der
Genbank bzw. der Abteilung Taxonomie gebräuchliche
botanische Name ist (determined.used). Das muss nicht der
allgemein akzeptierte botanische Name sein. Außerdem sind
zu jedem Objekt die Original-Informationen aufzubewahren,
d. h. der botanische Name, unter dem das Objekt in die
Sammlung aufgenommen wurde (Object_has_Notice |
NoticeType = „original name“).
Schließlich wurde ein Objekt ggf. mehrfach zu einem jeweils
diskreten Zeitpunkt (determined.determination) von einer
oder mehreren verschiedenen natürlichen Personen bestimmt
(Institution_determined_Object) und unter Verwendung einer
Publikation (Object_determined(using)_Publication) mit
einem wissenschaftlichen Namen bezeichnet
(Object_determined(As)_ScientificName).
Auf der Ebene der botanischen Namen wird auch festgelegt,
welches Kürzel (Präfix) eine zugehörige Akzession
normalerweise zugewiesen bekommt. Das Attribut wird
explizit gespeichert (ScientificName.accessionPrefix). Ein
botanischer Name wird von autorisierten Nutzern überprüft
(ScientificName.checked).
Zu jedem botanischen Namen gibt es mehrere zugeordnete
Publikationen (Publication_refersTo_ScientificName). Die
Art der Zuordnung ist typisiert
(Publication_refersTo_ScientificName_as_ReferringType), z.
B. werden so die Erstpublikationen eines botanischen
Namens von Bestimmungswerken abgegrenzt, die gleichfalls
diesen Namen benutzen.
Among other, an object (an accession or a specimen only)
is defined by its membership to a taxonomic entity. One or
more scientific names can be attached to this entity
(Object_determined_as_ScientificName_by_Institution_
using_Publication). The relevant determinations for
genebank and taxonomy departments are marked by a flag
(determined.used).
It must not be the commonly accepted scientific name.
Furthermore, the original information, i. e. the scientific
name the object was connected to while entering the
collection (Object_has_Notice | NoticeType = „original
name“).
It may occur, that a specimen has been determined more
than one times (determined.determination) by one or
several persons (Institution_determined_Specimen) using a
publication (Object_determined(using)_Publication). This
person attached a scientific name to the specimen
(Specimen_determited(As)_ScientificName).
A genebank accession gets usually a number’s prefix,
which is derived from the scientific name. This attribute
will be kept explicitly (ScientificName.accessionPrefix).
A scientific name will be checked by authorised users.
Each scientific name is referred by one or more
publications (Publication_refersTo_ScientificName). The
kind of reference has been typed
(Publication_refersTo_ScientificName_as_ReferringType).
Due to this, a name‘s first publication can be distinguished
from a field guide using this name, too.
3.11 Scientific Names (part 2)
Die botanischen Namen stehen in zwei Typen von
Beziehungen miteinander in Verbindung. Einerseits
handelt es sich Synonyme
(ScientificName_to_ScientificName_with_Status |
Status.status = {homotypic | heterotypic | ...}SynonymTo;
z. B. NameA_istHomotypischesSynonymZu_NameB). Für
diese Beziehung ist es erforderlich, den Urheber zu
dokumentieren (to.validityAuthor). Andererseits handelt es
sich um eine hierarchische Beziehung im taxonomischen
System (ScientificName_to_ScientificName_with_Status |
Status.status = {genusOf | speciesOf | subspeciesOf | ...}).
Auch für diese hierarchische Beziehung ist eine Angabe
zum Urheber nötig, da ggf. mehrere parallele, sich nicht
gegenseitig anerkennende taxonomische Systeme
bestehen. Ein botanischer Name ist ggf. einem Hybridtyp
(z. B. Gattungshybrid, Arthybrid, ...;
HybridType.hybridType) zuzuordnen
(ScientificName_isOf_HybridType).
There are two relevant types of relationships between
scientific names. First is the relationship of synonymy
(ScientificName_to_ScientificName_with_Status |
Status.status = {homotypic | heterotypic | ...}SynonymTo;
e. g. NameA_isHomotypicSynonymTo_NameB). In this
relationship, it is necessary to document the originator
(to.validityAuthor). On the other hand, there is a
hierarchical relationship within the taxonomic system
(ScientificName_to_ScientificName_with_Status |
Status.status = {genusOf | speciesOf | subspeciesOf | ...}).
Following divergent taxonomic systems, an originator of
this kind of relationship should be documented, too. A
scientific name can be assigned to a hybrid type (e. g.
hybrid of genus, hybrid of species, etc.;
ScientificName_isOf_HybridType).
3.11 Scientific Names (part 3)
Ein botanischer Name besteht aus dem Gattungsnamen
und ggf. mehreren Epitheta genannten auf diesen
folgenden genaueren Bezeichnungen inklusive der
Autoren, die diese Epitheta in Verbindung mit den
beschriebenen Objekten zuerst verwendet haben
(TaxonName_from_TaxonAuthor). Gattungsnamen und
Epitheta (ohne Autoren) werden als TaxonName
gespeichert. Diese stehen ggf. zu mehreren botanischen
Namen in Beziehung (TaxonName_to_ScientificName).
Um den botanischen Namen korrekt rekonstruieren zu
können, muss eine Applikation (z. B. eine gespeicherte
Prozedur – stored procedure) alle zu einem botanischen
Namen gehörenden Bestandteile auswählen. Dazu enthält
die Beziehung zwischen botanischem Namen und jedem
Bestandteil einen ordinalen Wert (to.taxonNameRank), der
die Reihenfolge der abhängigen Bestandteile des Namens
(TaxonName) festlegt. Die Ergebnisse der Rekonstruktion
der botanischen Namen sollten in einer materialisierten
Sicht (materialised view) gespeichert werden. Die Sicht
muss neu erzeugt werden, wenn Taxon- oder
Autorennamen aktualisiert wurden oder wenn neue
botanische Namen eingefügt worden sind.
Jeder TaxonName gehört zu einem Taxon (z. B. Gattung,
Art, Unterart, ...; TaxonName_isOf_Taxon). Diese Taxa
werden im botanischen Namen abgekürzt verwendet
(Taxon.taxonCode). Außerdem haben sie einen bzw.
mehrere gemeinsame Urheber
(TaxonName_from_TaxonAuthor). Auch die Autorennamen
können abgekürzt verwendet werden
(TaxonAuthor.TaxonAuthorCode).
A scientific name consists of a genus name and one or
more epithets. Authors, which used epithets first times, are
attached (TaxonName_from_TaxonAuthor).
Genus names and epithets (excluding authors) are stored as
TaxonName. They may be assigned to one or more
scientific names (TaxonName_to_ScientificName). Due to
correct reconstruction of the complete scientific name, an
application (e. g. a stored procedure) must select all taxon
names attached to the same scientific name. Due to this,
the relationship between scientific name and each of its
parts gets an ordinary value (to.taxonNameRank), which
determines the order of the parts of the scientific name
(TaxonName). The results of reconstructing scientific
names should be stored in a materialised view. The view
must be re-queried, when a taxon name or an author name
has been updated, or when a new scientific name has been
added respectively.
Each taxon name is attached to a taxon (e. g. genus,
species, subspecies, etc.; TaxonName_isOf_Taxon). In
scientific names, these taxa are usually abbreviated
(Taxon.taxonCode). A taxon name is associated with the
names of one or more authors
(TaxonName_from_TaxonAuthor). The author’s names are
abbreviated, too (TaxonAuthor.TaxonAuthorCode).
3.12 Accession Names
Neben dem botanischen Namen können der Akzession
beliebig viele andere Namen (AccessionName) zugeordnet
werden (Accession_named_AccessionName). Diese Namen
sind von einem Typ (z. B. Sortennamen, Lokalnamen;
AccessionName_isOf_NameType). Die Original-Sprache des
Akzessionsnamens wird explizit gespeichert
(AccessionName.language).
Ein Akzessionsname kann Bestandteil des botanischen
Namens nach dem Nomenklaturcode der Kulturpflanzen
(Trehane et al. 1995) werden. Die so genannte
„Denomination Class“ ist die taxonomische Ebene, auf der
der Name geführt wird
(AccessionName_denominatedIn_Taxon).
Für die Dokumentation von Sortenregistrierungen werden
die registrierenden Institutionen mit den registrierten
Sortennamen verknüpft
(Institution_registered_AccessionName). Da ein Sortenname
prinzipiell bei beliebig vielen Institutionen (z. B. in
verschiedenen Ländern) registriert sein kann, existiert eine
m:n-Relation. Prinzipiell kann ein Name (z. B. „Aurora“,
„Komet“, o. ä.) mehrfach vergeben worden sein. Der
Erzeuger des Namens sollte deshalb, wenn bekannt,
mitgeführt werden (Institution_created_AccessionName),
um solcherart „Duplikate“ als unecht zu identifizieren. Eine
Registrierung hat eine Gültigkeitsdauer, die durch Beginn
(registered.registrationStart) und Ende
(registered.registrationEnd) charakterisiert wird.
Einem Sortennamen kann eine ausführliche
Sortenbeschreibung zugeordnet sein
(AccessionName_isA_Cultivar). Die Information wird
separiert, da sie ausschließlich für Sorten Gültigkeit besitzt.
Für Landsorten und andere Namen haben diese
Beschreibungen keine Bedeutung. Dagegen sind
Abstammungsinformationen (AccessionName.ancest) nicht
nur für zugelassene Sorten verfügbar, sondern auch für
Landsorten, Zuchtlinien u. ä.
Additionally to the scientific names, any other names
(AccessionName) can be attached to an accession
(Accession_named_AccessionName). These names are
typed (e. g. cultivar names, local names, etc.;
AccessionName_isOf_NameType). The original language
of the accession name is kept explicitly.
Following the Trehane et al. (1995) an accession name
becomes a part of botanic nomenclature on the level of the
so called denomination class, which is a taxonomic level,
the name will be held
(AccessionName_denominatedIn_Taxon).
Documenting of cultivar registration registering
institutions will be associated with the registered cultivar
name (Institution_registered_AccessionName). Due to
multiple registrations of cultivar names (e.g. in different
countries), an m:n relationship has been implemented. Due
to synonyms and homonyms in cultivar names (e. g.
“Aurora”, “Komet”, etc.), the creator of a name should be
documented, when known
(Institution_created_AccessionName). Thus, these types of
duplicates may be identified as pseudo. A registration of a
cultivar is of a validity period with a begin
(registered.registrationStart) and an end
(registered.registrationEnd).
It may occur that a sophisticated description of advanced
cultivars is available (AccessionName_isA_Cultivar). The
information is seperated due to the validity to advanced
cultivars only. Nevertheless, ancestry information may be
available for registered cultivars as well as for land races,
for cultivar lines or other material.
3.13 Institutions
Institutionen-Objekte (Institution_isAn_Object) können
natürliche und juristische Personen, Projekte,
Sammelreisen u. a. denkbare Ansammlungen von
Menschen sein. Außer ihrem Namen
(Institution.{personFirstName | institutionFullName})
wird erfasst, ob es sich um eine Institution innerhalb oder
außerhalb der EU handelt (Institution.nonEU), um eine
Reihe von Versandbesonderheiten an diese Institution
(insbesondere das Erbringen von Gesundheitszeugnissen
bei Abgaben) beachten zu können.
Institutionen spielen auch als Beobachter in Experimenten
eine wichtige Rolle, um ggf. im Nachhinein die Qualität
bzw. die Vertrauenswürdigkeit erhobener
Evaluierungsdaten beurteilen zu können. Die Information
über diese besondere Beziehung wird in der
Object_to_Object-Relation gespeichert.
Institution objects (Institution_isAn_Object) can be natural
or legal persons, projects, collecting expeditions, etc.
Except for their name (Institution.{personFirstName |
institutionFullName}), it will be managed, whether an
institution is headquartered in or out EU
(Institution.nonEU) due to watching some special
requirements of material transfer to these institutions,
especially the attachment of quarantine certificates.
Furthermore, institutions are important applicants of data
within experiments. Thus, an assessment of quality, or of
reliability respectively, of evaluation data is possible if
necessary ex post. The information about this special
relationship is administered in the Object_to_Object
relation.
3.14 Register
Karteikarten- bzw. Listen-Objekte (Register_isAn_Object;
List_isA_Register) sind v. a. wichtig als Datenträger bzw.
als Zusammenfassungen anderer Objekte für die tägliche
Arbeit in der Genbank des IPK.
Bis zum Aufbau eines DV-gestützten Informationssystems
Mitte der 1980er Jahre wurden Passport-Informationen,
Daten über das Management und den Anbau ausschließlich
auf Karteikarten dokumentiert. Bis heute bilden sie für die
Sortimentsgruppenbearbeiter (außer Getreide) die
wichtigste Informationsquelle. GBIS soll Karteikarten für
die künftige Arbeit überflüssig machen. Da aber bei
weitem nicht alle verfügbaren Informationen innerhalb
vertretbarer Zeit in GBIS übertragen werden können,
werden sie für retrospektive Betrachtungen eine nicht zu
unterschätzende Rolle spielen.
Da Karteikarten zunehmend archiviert werden, sind v. a.
ihr Zusammenhang zu anderen in GBIS verwalteten
Objekten sowie ihr Aufbewahrungsort von Interesse.
Ersteres wird über die Objekt_to_Object-Relation
dokumentiert, letzteres durch die Relation
Object_storedAt_Storage. Informationen über die
Karteikarte selbst sind von geringerem Interesse.
Listen sind benannt (z. B. „Aussaatliste 2004“)
(List_isA_Register; Register_isAn_Object;
Object.{objectName | objectNameGerman}).
Bemerkungen können notiert werden (Object_has_Notice),
so dass auch spezielle (typisierte) Bemerkungen wie zum
Anbaujahr verwaltet werden können.
Eine Typisierung erfolgt wie bei allen Objekten im GBIS
in Form von Patterns.
Listen sind zweckorientiert (Object_isOf_Purpose). Sie
haben einen Gültigkeitsvermerk (List.isValid). Listen
verwenden ggf. wieder verwendbare Filter
(List_with_Filter), um die Objektbeziehungen
herzustellen. Sie setzen sich aus (gleichfalls wieder
verwendbaren) Kriterien zusammen
(Filter_has_Criterion).
Register card objects, or lists respectively,
(Register_isAn_Object; List_isA_Register) are essential
things of daily IPK gene bank management.
Up to the middle of 1980s, when a computer based
information system has been established, all passport and
cultivation management data have been stored exclusively
on register cards. Until now, they are the most important
information source for IPK curator groups (excepting
cereal group). The introduction of GBIS should supersede
the register card handling in the future. Due to lacking
capacities for transcribing information from register cards
to a computerised information system, the cards will
maintain as a relevant source of information.
While archiving register cards increasingly, their relations
to other GBIS objects as well as their storage location will
be interesting. The relations will be documented by the
Objekt_to_Object relation. The storage can be retrieved
from Object_storedAt_Storage relation. Information about
the register card itself is of minor priority. Only its
existence is relevant.
Lists have been named (e. g. “regeneration list 2004”)
(List_isA_Register; Register_isAn_Object;
Object.{objectName | objectNameGerman}). Notices can
be kept (Object_has_Notice) to administer special typed
remarks (e. g. about cultivation year), too.
A typing of register cards has been implemented as
patterns, as well as seen in other objects.
Lists are purpose oriented (Object_isOf_Purpose). They
my be valid or not. Lists may use recyclable filters
(List_with_Filter) to create interrelations of objects. They
contain criteria, which are recyclable, too
(Filter_has_Criterion).
3.15 Picture
Bild-Objekte (Fotos, Zeichnungen; Picture_isAn_Object)
können von diversen anderen GBIS-Objekten existieren
(Object_to_Object). Darüber hinaus existieren weitere
Attribute, die im Zusammenhang mit der Information über
die Existenz wichtig sein können: Angaben zum Inhalt
(Object.{objectName | objectNameGerman}), das
Entstehungsdatum (Object.lifeStart) und Angaben über die
Qualität der Abbildung (Picture_isAn_Object;
Object_has_Notice).
Bilder besitzen ein Originalformat
(Picture_isOf_OriginalFormat). Da (primäre) digitale
Fotos zunehmend an Bedeutung gewinnen, sind neben den
Dimensionen (OriginalFormat.length,
OriginalFormat.height) auch Angaben über die sich darauf
beziehenden Maßeinheiten (z. B. mm, Pixel, ...;
Object_uses_Unit) zu speichern.
Da von einem Foto beliebig viele Kopien erzeugt werden
können (v. a. nach dem Einscannen), ist es nicht sinnvoll,
den Verbleib aller dieser Kopien zu dokumentieren. Doch
ist das Ablegen des Speicherortes wenigstens einer
elektronischen Version eines analogen Fotos
wünschenswert (Object_with_File).
Nicht-digitale Fotos und Original-Zeichnungen werden in
Archiven aufbewahrt (Object_storedAt_Storage). Die
Information über die Farbtiefe enthält das Pattern des
Picture-Objekts.
Picture objects (drawings, photos; Picture_isAn_Object)
may have been made from several GBIS objects
(Object_to_Object). But there are additional attributes
giving information about pictures: designation of contents
(Object.{objectName | objectNameGerman}), date of
taking (Object.lifeStart) and notices about quality
(Picture_isAn_Object; Object_has_Notice).
Pictures are of an original format
(Picture_isOf_OriginalFormat). Because primary digital
photos become more important, the dimensions
(OriginalFormat.length, OriginalFormat.height) and the
related unit (e. g. mm, pixels, etc.; Object_isOf_Unit) have
to be stored.
Due to easy copying a photo (mainly by scanning), it is not
required to document the storage of each copy. Only at
least the storage of one digital version of a photo or
drawing should be noted (Object_with_File).
Non-digital photos and original drawings will be stored in
archives (Object_storedAt_Storage). Information about
colour depth is kept in the pattern of the picture object.
3.16 Publication
Publikations-Objekte (Publication_isAn_Object) sind
prototypisch modelliert worden. Es wird festgehalten,
welche Publikation (Publication.title) wo
(Publication.source) wann (Publication.publicationYear)
veröffentlicht wurde. Die Autoren von Publikationen sind
in GBIS Bemerkungen vom Bemerkungstyp „Autor“
(Object_has_Notice; Notice_isOf_NoticeType).
Der Typ einer Publikation (z. B. Zeitschriftenartikel, Buch
usw.) ist in der Relation Object_has_Pattern verfügbar.
Es ist zu prüfen, ob innerhalb von GBIS ein eigenes
Publikations-Verwaltungsmodul existieren soll, oder ob
kommerziell verfügbare Tools über Schnittstellen
angebunden werden. In jedem Fall kann über einen
numerischen Identifier (hier als Platzhalter) die Struktur
flexibel gehalten werden.
Publication objects (Publication_isAn_Object) have been
modelled prototypically. Titles, sources, and publication
years of a publication will be stored. In GBIS authors are
notices of notice type ‘author’ (Object_has_Notice;
Notice_isOf_NoticeType).
The type of publication (e. g. journal paper, book, etc.) is
available using the Object_has_Pattern relationship.
It will be proofed, whether a generic publication
management module in GBIS will be established. A
second option would be the use of a commercial tools
associated by an interface. However, the structure has been
maintained flexible using a numeric identifier and linking
only this to other entities.
3.17 Geography
Alle geografischen Objekte (Fundorte, Regionen, Staaten,
administrative Einheiten, ...) werden in einer Entity (Site;
Site_isAn_Object) zusammengefasst. Zu allen
geografischen Einheiten können Angaben über die
Topografie (Site.topography), das Klima (Site.climate) und
den Boden (Site.soil) festgehalten werden. Ob das
sinnvollerweise in GBIS selbst oder über ein GIS erfolgt,
ist zu prüfen.
Geografische Koordinaten (Site_has_Geography) werden
gesondert verwaltet. Ein geografisches Objekt kann
mehrere geografische Punkte besitzen (z. B. Polygone),
deren Bedeutung für das Objekt gespeichert wird
(Geography.referenceType; z. B. Grenzpunkt, Mittelpunkt
usw.) Unscharfe Angaben sind zulässig. Die Längen- und
Breitenangaben werden als String im Format
DDDMMSSR (D = degrees, M = minutes, S = seconds, R
= right) geführt, d. h. 51°14'12"N werden als 0511412N
gespeichert, 51°14'N als 05114--N. Die Höhenangaben
werden als diskrete Werte (Geography.altitudeMin allein)
oder als Bereich (Geography.altitudeMin und
Geography.altitudeMax) behandelt (vgl. EURISCO 2002).
Topografien werden eigentlich durch eine Reihe von
Attributen beschrieben (analoges gilt für Böden und
Klimaangaben) An dieser Stelle wäre es prinzipiell
möglich, diese Angaben entsprechend dem "Single
observation concept" der Charakterisierungs- und
Evaluierungsdaten zu verwalten.
All geographical objects (e. g. collecting sites, regions,
countries, administrative entities, etc.) have been
summarised in only one entity (Site; Site_isAn_Object).
Data about topography (Site.topography), climate
(Site.climate) or soil (Site.soil) can be associated to all
geographical entities. It will be proofed to handle this
complex within GBIS or in an external geographical
information system (GIS).
Geographical coordinates (Site_has_Geography) will be
administered separately. A geographical object can contain
one or more points (e. g. polygons). The meaning of a
point will be kept (Geography.referenceType; e. g.
borderline point, centre, etc.). Fuzzy data are allowed. For
this reason international standards are formatting data
about longitude and latitude as strings like DDDMMSSR
(D = degrees, M = minutes, S = seconds, R = right), i.e.
51°14'12"N will be stored as 0511412N, or 51°14'N as
05114--N respectively. The elevation or altitude can be
handled as a discrete specification (Geography.altitudeMin
only) as well as a range (Geography.altitudeMin and
Geography.altitudeMax) (see EURISCO 2002).
Topographies can be usually described by a range of
attributes as well as soils and climates. There is no closed
list for these attributes. It will be proofed to handle these
data according to the single observation concept of
characterisation and evaluation data.
3.18 Transfer (part 1)
Transaktionen (Transaction) sind in GBIS Objekte
(Transaction_isAn_Object). Sie sind Gruppen von
zwischen zwei Institutionen-Objekten (Sender:
(Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName =
„sends“; Empfänger:
(Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName =
„receives“) ausgetauschten Objekten. Wichtige Attribute
von Transaktionen sind
Anforderungs(Object_to_Object.validityStart)- und
Lieferdatum (Object_to_Object.validityEnd). Sie werden
in der Regel zu einem bestimmten Zweck erfolgen
(Object_isOf_Purpose). Der Original-Bestelltext
(Object_has_Notice | noticeType = „original Text“) wird
ebenso verwaltet wie ein Genehmigungsvermerk
(Transaction.authorised) und ein Prüfvermerk über den
Besteller (Transaction.receiverChecked). Der Empfänger
kann einen Ansprechpartner für die Bestellung benennen
(Object_has_Notice | noticeType = „receiver partner“).
Vom Empfänger kann als Gegenleistung für den
Materialtransfer ein Informationsrückfluss verlangt werden
(Transaction.dataRequest), der verschiedene Stati aufweist
({erforderlich | angefordert | [zugesichert] | erhalten}).
Materialabgaben erfolgen nur gegen Unterzeichnung eines
MTA (Material Transfer Agreement)
((Institution)Object_to_(Register)Object | roleName =
„signed“). Auch hier (Transaction.mtaRequest)kann ein
Status wie beim Informationsrückfluss gespeichert werden.
Transactions are objects iwithin GBIS
(Transaction_isAn_Object ). They are collections of
interexchanges of objects or information. One institution
object is declared as the sender
((Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName =
„sends“), another one as the receiver
((Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName =
„receives“). Important attributes of transactions are dates
of request (Object_to_Object.validityStart), and of
delivery (Object_to_Object.validityEnd) respectively.
Most of transactions will be done with a purpose
(Object_isOf_Purpose). The original transaction text
(Object_has_Notice | noticeType = „original Text“) will be
kept as well as an authorising, and a receiver check,
respectivly. The receiver may name a partner
(Object_has_Notice | noticeType = „receiver partner“),
who is a natural person. The IPK genebank can commit a
receiver to feed back information about the tranferred
material (Transaction.dataRequest). This request my be of
several statuses ({necessary | requested | [assured] | got}).
Material transfers will carried out only when a material
transfer agreement (MTA) is signed by the receiver
((Institution)Object_to_(Register)Object | roleName =
„signed“). A status of the agreement
(Transaction.mtaRequest) can be kept as in information
request cases.
3.18 Transfer (part 2)
Das Konzept der Transaktionen ist bewusst offen gehalten,
um bidirektional genutzt werden zu können. Daher ist der
Absender von Objekten (z. B. Saatgutproben) nicht
zwingend das IPK, das an einen Züchter, eine andere
Genbank usw. liefert, sondern genauso gut eine andere
Genbank, die eine Saatgutprobe an das IPK sendet, was sie
i. d. R. zum Donor macht. Die Beziehung
Institution_istDonorVon_Akzession ist redundant in den
Relationen (Transaction)Object_to_(Sample)Object
(roleName = „sends“) und
(Institution)Object_to_(Accession)Object (roleName =
„donated“) gespeichert, wo allerdings keine Information
über Menge und Datum der transferierten Objekte
enthalten sind. Darüber hinaus sind historische
Transaktionen nicht im Einzelfall nachvollziehbar.
Es wird zwischen Bestellungen und Lieferungen
unterschieden, die gleichwohl in Beziehung zueinander
stehen ((Transaction)Object_to_(Transaction)Object |
roleName = „delivered as“). Die Lieferungen sind dabei
immer die Kind-Objekte. Dadurch ist es möglich, mehrere
(Teil-)Lieferungen einer Bestellung zuzuordnen. Jeder
Bestellung oder Lieferung kann eine Adresse zugewiesen
werden ((Transaction)Object_{sent to | requested
from}_(Contact)Object).
The concept of transaction is open to be bi-directional. For
instance, the sender of objects (e. g. seed samples, etc.) is
not necessarily IPK but another gene bank as well. On the
other hand, the receiver can be a breeder as well as IPK.
If another gene bank plays the role of sender, and IPK
plays the role of receiver, the relationship
Institution_donated_Accession seems to be redundant in
both, (Transaction)Object_to_(Sample)Object (roleName
= “sends”) entity and
(Institution)Object_to_(Accession)Object (roleName =
“donated”) relationship. The reason for this redundancy is
lacking information, mostly about the transaction act in
history. Furthermore, there is no information about amount
or date of transfer in the Object_to_Object relationship.
We distinguish between requests and deliveries with a
relationship between
((Transaction)Object_to_(Transaction)Object | roleName
= „delivered as“). The supplies are everytime the cild
objects. Due to this one or more partial deliveries can be
added to a single request. Each transaction can be linked to
a contact ((Transaction)Object_{sent to | requested
from}_(Contact)Object).
3.18 Transfer (part 3)
Innerhalb von Transaktionen werden Einzelpositionen vom Sender
zum Empfänger bewegt. Die Positionen sind dabei ein spezieller
Typ (Pattern) von Dokumenten (Register). Es besteht eine
Beziehung zwischen Bestell- und Lieferpositionen
((Register)Object_to_(Register)Object | roleName = „delivered
as“). Im Einzelfall kann sich der Zweck des Transfers einer
Einzelposition vom Transferzweck der gesamten Transaktion
unterscheiden, weshalb hier auch eine Relation
Object_isOf_Purpose möglich ist. Die Einzelposition wird in der
Regel eine Saatgutprobe sein, die zu einer Akzession oder Partie
gehören kann ((Register)Object_to_({accession | sample})Object).
Lieferungen sind dann auch selbst wieder (Saatgut-)Partien. Auf
diese Weise sind gezählte oder gewogene Mengen Bestandteil des
Transfers (Sample.currentStock, Object_uses_Unit). Auch die
Ausleihe von Herbarbelegen kann hier dokumentiert werden
(sowohl Ausleihe als auch Rückgabe). Der Transaktionsvorgang
kann bei einzelnen Positionen unterschiedlich lange dauern,
weshalb Initiation (Object.lifeStart) und Vollendung
(Object.lifeEnd) auf dieser Ebene dokumentiert werden und nicht
auf der Ebene der Transaktion. Es ist außerdem damit zu rechnen,
dass bei Saatgutabgaben, die den Hauptteil der Transaktionen
ausmachen werden, der Arbeitsablauf unterschiedliche Stati
durchläuft, weshalb auch diese festgehalten werden
(Request.processingStatus).
Insbesondere bei der Abgabe von In-vitro-Kulturen kann es zu
Verzögerungen kommen, da diese nicht in jedem
Entwicklungsstadium abgegeben werden. Es wird deshalb ein
voraussichtliches Lieferdatum gespeichert (Request.awaited).
Bei der Abgabe von Material ist es erforderlich,
Gesundheitszeugnisse beizulegen. Diese werden in GBIS als
Register verwaltet. Dadurch sind sie GBIS-Objekte, die zu
Lieferpositionen (temporäre) Beziehungen eingehen können
(Object_to_Object).
Transactions consist of requests. The requests are patterns
of documents (Register). There is a relationship between
requested and delivered requests
((Register)Object_to_(Register)Object | roleName =
„delivered as“). Sometimes the purpose to send a request
may be different from the purpose of the complete
transaction. For this reason a separate relationship is
possible (Object_isOf_Purpose). Mostly a request is a seed
stock sample of an accession
((Register)Object_to_({accession | sample})Object).
Supplies are counted or weighted elements of the transfer
(Sample.currentStock, Object_uses_Unit).However, it is
also possible to handle loans and returns of herbarium
specimens. The time for acting a transaction of several
items can differ in a very wide range. For this reason the
initiation (Object.lifeStart) and completion
(Object.lifeEnd) of this act will be documented on the item
level in contrast to the transaction level. Furthermore,
there will be discrete statuses of transactions
(Request.processingStatus), particularly when seed
samples or in vitro plants will be transferred. These
statuses will be documented for tracking a transaction.
Especially in the case of in vitro samples retardings of
delivery may occur, because these samples will not be
transferred in every developmental stage. Due to this, an
awaited delivery date will be kept.
Sending material requires sending quarantine certificates.
These are registers in GBIS, and so they become GBIS
objects as well as deliveries. In turn, these are temporarily
interrelated with registers (Object_to_Object).
3.19 Evaluation (part 1)
Die Erfassung von Evaluierungsdaten folgt dem „Single
observation concept“ (vgl. Van Hintum & Hazekamp 1992;
McLaren et al. 2001). Danach ist jeder neue Deskriptor nicht
ein neues Attribut in einer beliebigen Tabelle, sondern die
Beobachtung (ObservationAct) wird als Tupel (Deskriptor –
Descriptor_for_ObservationAct; Beobachtungswert –
ObservationAct_has_SingleObservation; Beobachtungsobjekt
– ObservationAct_ refersTo_Object & ObservationAct_
about_Cultivation; [Zeitraum – ObservationAct.
{observationActStart | observationActEnd}; Beobachter –
Insitution_applies_ ObservationAct; Methode –
Descriptor_using_Method; Kontext – Experiment_with_
ObservationAct & ObservationAct_in_GrowthStage])
festgehalten.
Die einzelnen Beobachtungswerte (SingleObservation.
observationScore) sind Einzelexemplaren an Pflanzen des
Versuchs (SingleObservation.plantId) zuordenbar bzw. der
Anteil des Bestandes, auf den sich der Beobachtungswert
bezieht, wird festgehalten (SingleObservation.portion). Die
Ergebnisse können unter den Vorbehalt einer Prüfung gestellt
werden (SingleObservation.underReserve). Der
Beobachtungswert ist grundsätzlich (statistisch) bereinigt
worden, um die Beobachtungen vergleichbar zu machen.
Nicht bereinigte (Original-)werte werden nicht über die
Datenbank verfügbar gemacht (Experiment_isAn_Object;
Object_with_File). Außerdem können Bemerkungen geführt
werden (SingleObservation. singleObservationRemark).
Die BBCH-Liste der Entwicklungsstadien (Biologische
Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft 2001) wird zum
Standard in GBIS erhoben (GrowthStage.{macroStage |
microStage}). Sie beschreibt mit Hilfe einer Dezimalskala
detailliert den Entwicklungsstatus einer Pflanze von der
Keimung bis zum Absterben. Es gibt fruchtartenbezogene
BBCH-Listen (GrowthStage_isFor_Crop). Jedem Stadium
kann ein Bild zugeordnet werden
(GrowthStage_with_Picture).
The documentation way of evaluation data will be made by
single observation concept (see Van Hintum & Hazekamp
1992; McLaren et al. 2001). Due to this, not every new
descriptor will be a new attribute of any table. The result of
observation (ObservationAct) will be stored as a tuple of
(descroiptor – Descriptor_for_ObservationAct;value of
observation - ObservationAct_has_SingleObservation;
object of observation - ObservationAct_refersTo_Object &
ObservationAct_about_Cultivation; [time period –
ObservationAct.{observationActStart | observationActEnd};
observer – Institution_applies_ObservationAct; method –
Descriptor_using_Method; context – Experiment_
with_ObservationAct & ObservationAct_in_GrowthStage]).
The single observation scores have been made observing
individual plants (SingleObservation.plantId), or the portion
of plants associated with the observation score will be kept,
respectively. They belong to an observation
(SingleObservation_from_Observation). The results can be
accepted under reserve. The observation score will be
(statistically) cleaned for comparison of several
observations. Non-standardised observation data will not be
available from the database, but from other systems
(Experiment_isAn_Object; Object_with_File). Remarks can
be stored (SingleObservation .observationRemark).
The BBCH list of growth stages (Biologische Bundesanstalt
für Land- und Forstwirtschaft 2001) is the basis of
observations in GBIS (GrowthStage.{macroStage |
microStage}). It describes the growth stage of a plant
between germination and dormancy in detail using a
decimal scale. There are crop specific BBCH lists
(GrowthStage_isFor_Crop). To each growth stage a picture
may be linked.
3.19 Evaluation (part 2)
Experimente (Experiment) sind als Subtypen (patterns) von
Institutionen Objekte im Sinne des GBIS
(Experiment_isAn_Institution). Alle im Zusammenhang mit
einem Experiment erzeugten Daten unterliegen ggf.
(temporären oder permanenten) Restriktionen über ihre
Weitergabe, weshalb Rechte an diesen Daten gesondert
verwaltet werden (ExperimentData_with_Authorisation). Es
gibt dann ein Freigabe-Datum
(ExperimentData.restrictionEnd), ab dem die innerhalb des
Experiments erhobenen Daten öffentlich werden.
Die von der für ein Experiment verantwortlichen Institution
benannten Ansprechpartner werden in der Object_to_ObjectRelation verwaltet. Dort wird auch der Bezug zu wichtigen
Publikationen festgehalten.
Die Versuche finden in bestimmten Umgebungen statt
(Experiment_in_Environment). Da ggf. standardisierte
Umgebungsbedingungen in mehreren Experimenten
verwendet werden, ist eine Gültigkeitdauer festgehalten
(in.{validFrom | validTo}). Experimente sind zweckgebunden
(Experiment_isAn_Object; Object_isOf_Purpose).
Experiments are GBIS objects (Experiment_isAn_Institution)
as they are patterns of institutions. All data from experiments
are restricted in terms of an interexchange. These restrictions
can be temporary or permanent. For this reason the rights on
data are administered separately
(ExperimentData_with_Authorisation). In these cases a data
access restriction end date will occur, until the data created in
experiments become public.
The experiment’s responsible institution may name one or
many corresponding person(s), who are handled in the
Object_to_Object relation.
Experiments take place within an environment
(Experiment_in_Environment). Due to the existance of
standard environments and their reuse in other experiments, a
validity annotation is given (in.{validFrom | validTo}).
Experiments serve a purpose (Experiment_isAn_Object;
Object_isOf_Purpose).
Experiment
3.19 Evaluation (part 3)
Methoden (Method) spielen nicht nur im Zusammenhang mit
der Erhebung von Evaluierungsdaten eine Rolle, sondern sind
viel allgemeiner aufzufassen: Es gibt neben den Methoden für
Charakterisierung und Evaluierung Anbau-,
Keimfähigkeitstest-, TGW-Bestimmungs- und andere
Methoden (Method_isOf_MethodType). Streng genommen sind
sowohl die Bestimmungen des TGW als auch
Keimfähigkeitstests Versuche zur Evaluierung. Aufgrund der
Tatsache, dass solche Daten regelmäßig in großer Zahl und in
konstanter Struktur erzeugt werden, wurde aber von einer
Einbeziehung in das allgemeinere Modell abgesehen.
Da Methoden ggf. durch Teilmethoden beschrieben werden
können, ist eine Hierarchie durch einen Selbstbezug realisiert
worden (Method_has_Method). Für die Anwendung der
Teilmethoden ist ggf. die Reihenfolge wichtig (has.rank).
Außerdem kann die Anwendung der Teilmethode innerhalb
einer Methode mit einem Wert (has.value, has.valueGerman)
und einer Einheit (Method_has_Method_with_Unit) verknüpft
sein, z. B. kann die Teilmethode „Tageslänge“ mit dem Wert
„8“ und der Einheit „h“ verbunden werden.
Um sicher zu stellen, dass nur die Identifier von Methoden und
nicht die ihrer Teile als Fremdschlüssel in anderen Entities
benutzt werden können, muss sicher gestellt werden, dass nur
die Primärschlüssel klassifizierter Methoden Fremdschlüssel in
anderen Entities werden können, da Teilmethoden ggf.
mehreren Methodenklassen zugeordnet werden könnten.
Für Methoden existieren oft Publikationen, in denen sie
eingehend beschrieben wurden
(Publication_references_Method).
Methods are important not only in the context of evaluation
data, but they are much more commonly used. There are
methods for characterisation and evaluation as well as for
tests on both germinating capacity and thousand-grain
weight, or other methods respectively
(Method_isOf_MethodType). Strictly handled both test on
geminating capacity and thousand-grain weight are
experiments in a context of evaluation. They are not
implemented into the general model due to their constant
structure and the high data increase while doing these tests.
For the reason of existing hierarchies within methods a
recursive relationship has been implemented
(Method_has_Method). The rank of a method part within a
method can be important. Furthermore, the application of a
method part can be associated with a (german) value and a
unit, e. g. a method part “day length” is used with “8”
“hours”.
To guarantee the only use of identifiers of methods instead of
method parts as foreign keys in other entities only the
primary keys of classified methods can become a foreign key
in other entities due to a possible multiple usage of a method
part in more than one class.
There are often publications, which describe a method in
detail (Publication_references_Method).
3.19 Evaluation (part 4)
Deskriptoren sind die zu beobachtenden Eigenschaften von
Pflanzen (z. B. Wuchshöhe, Blütenfarbe, ...). Sie sind Objekte
in GBIS (Descriptor_isAn_Object), weil sie hinreichend viele
Beziehungen zu anderen Objekten (Publication,
ObservationAct, ScoringSchema) haben. In GBIS werden
ausschließlich standardisierte Deskriptoren verwendet, für die
die entsprechende Publikation angegeben werden muss
(Object_to_Object). Nicht standardisierte Namen (Synonyme
und Homonyme) sind gleichwohl abfragbar
(Descriptor_isAn_Object; Object_has_Acronym). Über einen
Selbstbezug werden Hierarchien verwaltet (Object_to_Object).
Da nicht alle Ebenen dieser Hierarchie als Fremdschlüssel in
anderen Entities verwendet werden dürfen, ist eine besondere
Kennzeichnung erforderlich (Descriptor.isMainDescriptor).
Für die Anwendung eines Deskriptors in einer Beobachtung
sind methodisch Bereiche von Entwicklungsstadien
vorgeschrieben, innerhalb derer der Deskriptor sinnvollerweise
beobachtet werden kann (Descriptor_in_GrowthStage).
Deskriptoren werden in speziellen Listen, sog.
Boniturschemata, zusammengefasst (ScoringSchema_isA_List;
List_isAn_Object). Die Schemata haben eine Gültigkeitsdauer
(Object.{lifeStart | lifeEnd}). Sie sind fruchtartenspezifisch
(ScoringSchema_isFor_Crop).
Jeder Deskriptor hat eine zulässige Methode
(Descriptor_using_Method) und einen Wertebereich
(Descriptor_has_ValueRange), der standardisierte Werte
enthält (ValueRange_with_SingleValue). Diese Werte sind ggf.
mit Bild-Informationen verknüpft
(ValueRange_with_SingleValue_hasA_Picture), die eine
Zuordnung erleichtern. Werden z. B. Boniturnoten erfasst, die
den Befall von Blättern mit pathogenen Pilzen dokumentieren,
so kann in Bildern illustriert werden, welcher Boniturnote
welches Befallsbild zugeordnet werden soll. Außerdem können
Werte per Konvention numerisch codiert sein
(SingleValue.singleValueCode).
Wertebereiche sind klassifiziert (ValueRange_isOf_
RangeType; nominal/ordinal/intervallskaliert – numerisch,
alphanumerisch, Datum).
Descriptors are observeable properties of plants (e. g. plant
height, colour of flower, etc.). They are objects in GBIS
(Descriptor_isAn_Object), because there is a sufficient
number of relationships to other objects (Publication,
ObservationAct, ScoringSchema). In GBIS only
standardised descriptors will be used. A referencing
publication must be named (Object_to_Object).
Nevertheless, non standardised names can be used in
queries, because the synonyms of decriptors will be kept
(Descriptor_isAn_Object; Object_has_Acronym). As well,
descriptor hierarchies can be administered by the objects’
universal recursive relationship (Object_to_Object). Not
every descriptor’s identifier can be used as a foreign key in
other entities. Due to this, a special flag
(Descriptor.isMainDescriptor) has been applied.
Observing a descriptor is mostly senseful only in a range
of developmental stages of a plant, which will be described
by method (Observation_in_GrowthStage).
From a list of descriptors a scoring schema can be
constructed (ScoringSchema_isA_List; List_isAn_Object).
The schemas are temporarily valid (Object.{lifeStart |
lifeEnd}). They are specific for crops
(ScoringSchema_isFor_Crop).
Each descriptor uses a valid method and has a value range
with standardised scores (ValueRange_with_SingleValue).
These scores can be connected with images
(ValueRange_with_SingleValue_hasA_Picture) to facilitate
associations. If ratings of affection by pathogen fungi
should be documented, an image can easier support the
mapping of affection to rating than a long verbal
description.
The value range can be classified (ValueRange_isOf_
RangeType; nominal/ordinal/scaled by interval –
numerical, alphanumerical, as date).
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