Transcript Kvalitetsmanual för SNP&SEQ-teknologiplattformen vid Institutionen

Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Kvalitetsmanual för SNP&SEQ-teknologiplattformen vid
Institutionen för medicinska vetenskaper, Uppsala universitet
Innehållsförteckning
1. Kvalitetsmanualens syfte ....................................................................................................... 3
2. Omfattning ............................................................................................................................. 3
2.1 Organisation ..................................................................................................................... 4
2.2 Historik och verksamhetsprincip .................................................................................... 5
3. Kvalitetssystemets utformning ............................................................................................. 7
3.1 Dokumenthantering......................................................................................................... 7
3.2 Kvalitetssystem ................................................................................................................ 9
3.2.1 Ledningens ansvar och arbete .................................................................................. 9
3.2.2 Kvalitetspolicy ......................................................................................................... 10
3.2.3 Kvalitetsmål............................................................................................................. 10
3.2.4 Kvalitetsutveckling .................................................................................................. 10
3.2.5 Kompetensprövning................................................................................................ 11
3.3 Styrande dokument inom stödprocessen ”Kvalitetssystem” ........................................ 12
4. Personal................................................................................................................................ 12
4.1 Styrande dokument inom stödprocessen ”Personal” ................................................... 13
5. Förvaltning ........................................................................................................................... 14
5.1 Lokaler ............................................................................................................................ 14
5.2 Labsystem ...................................................................................................................... 14
5.3 IT-administration........................................................................................................... 15
5.4 Systemutveckling ........................................................................................................... 15
5.5 Styrande dokument inom stödprocessen ”Förvaltning” ............................................... 16
6. Inköp .................................................................................................................................... 19
6.1 Rutinmässiga inköp ........................................................................................................ 19
6.2 Upphandling av utrustning ............................................................................................ 19
6.3 Flexibel ackreditering av SNP-genotypning och sekvensning ....................................... 19
6.4 Styrande dokument inom stödprocessen ”Inköp” ........................................................ 20
7. SNP-genotypning och metyleringsanalys ............................................................................ 20
7.1 Beskrivning av metoderna ............................................................................................. 20
7.2 Processbeskrivning för SNP-genotypning och metyleringsanalys ................................. 21
7.3 Styrande dokument inom huvudprocessen ”SNP-genotypning och metyleringsanalys”
.............................................................................................................................................. 26
8. Sekvensning ......................................................................................................................... 28
8.1 Beskrivning av metoderna ............................................................................................. 28
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 1/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
8.2 Processbeskrivning......................................................................................................... 29
8.3 Styrande dokument inom huvudprocessen ”Sekvensning” .......................................... 32
9. Bilagor och referenser.......................................................................................................... 34
10. Dokumenthistorik .............................................................................................................. 35
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 2/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
1. Kvalitetsmanualens syfte
Kvalitetsmanualens syfte är att beskriva strukturen för den dokumentation som används i
ledningssystemet vid SNP&SEQ-teknologiplattformen med hänvisningar till styrande
dokument. Syftet med kvalitetsmanualen är även att beskriva den tekniska ledningens och
den kvalitetsansvariges funktioner och ansvar, inklusive deras ansvar för att säkerställa att
kraven i kvalitetsstandarden uppfylls. I kvalitetsmanualen definieras också verksamhetens
kvalitetspolicy och kvalitetsmål.
2. Omfattning
Kvalitetsmanualen omfattar kvalitetssystemet för SNP&SEQ-teknologiplattformen.
Kvalitetssystemet är styrt av föreskrifter och standard enligt STAFS 2011:33, STAFS 2010:10
och SS-EN ISO/IEC 17025:2005. Den kvalitetsstyrda verksamheten i laboratoriet omfattar en
process för genotypbestämning av singelnukleotidpolymorfier (SNPar) (INS-321) och en
process för sekvensanalys av genetiskt material (DNA och RNA) (INS-250), se analysförteckning i BLA-253. För SNP-genotypnings- och sekvensninsprocesserna tillämpas flexibel
ackreditering enligt EA-2/15; Requirements for the Accreditation of Flexible Scopes.
Kvalitetssystemet omfattar alla laborativa, datatekniska och administrativa rutiner som
stöder huvudprocesserna. Nya metoder som tas i bruk omfattas av kvalitetssystemet.
Kvalitetsmanualen är indelad i kapitlen kvalitetssystem, personal, förvaltning, inköp, SNPgenotypning och sekvensning.
Kvalitetssystemet omfattar alla medarbetare vid SNP&SEQ-teknologiplattformen vid
Uppsala universitet. Uppsala universitet är en juridisk person med organisationsnumret
202100-293201. Kvalitetssystemet omfattar alla de laboratorier och kontorsutrymmen som
används av personalen vid SNP&SEQ-teknologiplattformen (INS-246). SNP&SEQteknologiplattformen anlitar inte underleveratörer inom sin verksamhet.
Postadress:
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Institutionen för medicinska vetenskaper
BMC Box 1432
75144 Uppsala
Besöksadress:
Husargatan 3, D11:2
Biomedicinskt centrum
75237 Uppsala
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 3/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
2.1 Organisation
SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV)
vid Uppsala universitet (UU). För frågor relaterade till arbetsmiljö, anställning, skadestånd
och andra juridiska aspekter gäller Uppsala universitets bestämmelser. Plattformens
personal är anställd vid IMV. Forskargruppsledaren leder SNP&SEQ-teknologiplattformens
verksamhet och rapporterar till prefekten för IMV. Prefekten för IMV har delegerat
uppgifter relaterade till arbetsmiljö, personal och ekonomi vid SNP&SEQ-teknologiplattformen till forskargruppsledaren. SNP&SEQ-teknologiplattformens verksamhet sker
inom fem grupper, SNP-genotypning, sekvensering, bioinformatik, IT samt forskning och
utveckling (R&D), vilka leds av varsin gruppchef. Plattformens operativa ledning består av en
ledningsgrupp med forskargruppsledaren som ordförande, de fem gruppcheferna och
kvalitetssystemansvarig, och en representant för laboratorieverksamheten. SNP&SEQteknologiplattformens organisation beskrivs i ”Funktionsbeskrivning och ansvarslista” (INS270) och i Fig 1 (sid 5), som presenterar ett organisationsschema för verksamheten.
Kvalitetssystemet definierar forskargruppsledarens och gruppchefernas ansvar och
befogenheter. För ansvar och befogenheter, se Kapitel 3 och 4 nedan.
SNP&SEQ-teknologiplattformens verksamhet finansieras förutom av Uppsala universitet, av
Rådet för forskningens infrastrukturer vid Vetenskapsrådet (VR-RFI), Knut och Alice
Wallenbergs stiftelse (KAW) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab) som en nationell
forskningsinfrastruktur. SciLifeLab är ett nationellt nätverk för forskning och utveckling inom
livsvetenskaperna för vilket Karolinska Institutet (KI), Kungliga tekniska högskolan (KTH),
Stockholms universitet (SU) och Uppsala universitet (UU) är värduniversitet. I SciLifeLab
ingår ett flertal nationella teknologiplattformar som erbjuder tillgång till olika teknologier
och kompetens inom livsvetenskaperna till akademiska forskare. Den nationella
genomikinfrastrukturen (NGI), i vilken SNP&SEQ-teknologiplattformen ingår, är den största
av teknikplattformarna inom SciLifeLab. SNP&SEQ-teknologiplattformen och Uppsala
genomcenter (UCG) vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid UU bildar
NGIs nod i Uppsala, och genomikplattformen vid KTH är NGIs nod i Stockholm. De tre
laboratorierna inom NGI har samordnat vissa verksamhetsdelar, men drivs som separata
enheter med egen ledning inom ramen för linjeorganisationen vid respektive
värduniversitet. Uppsala universitet och IMV bidrar till SNP&SEQ-plattformens verksamhet
med stödfunktioner, såsom personal- och ekonomiadministration, lokalvård och tillgång till
bibliotek.
SNP&SEQ teknologiplattformens verksamheten är förlagd till Biomedicinskt centrum (BMC)
vid UU, till en del av BMC där andra teknikplattformar och forskargrupper som är
associerade med SciLifeLab är lokaliserade. Den huvudsakliga verksamheten vid BMC är
preklinisk medicinsk och naturvetenskaplig forskning och undervisning. SNP&SEQINS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 4/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
teknologiplattformens verksamhet är organiserad så att andra verksamheter vid BMC inte
kan inverka negativt på verksamhetens möjligheter att uppfylla kvalitetskraven i den
gällande standarden SS-EN ISO/IEC 17025:2005 (INS-271).
2.2 Historik och verksamhetsprincip
SNP-teknologiplattformen har sedan år 2001 utfört genotypning av singelnukleotidpolymorfismer (SNPar) i genetiskt material huvudsakligen insamlat för forskningsändamål
som service åt akademiska forskare från alla universitet i Sverige. År 2008 utökade
plattformen sin verksamhet genom att också erbjuda sk ”massivt parallell" DNAsekvensning (MPS) som service. I det sammanhanget bytte verksamheten sitt namn till
SNP&SEQ-teknologiplattformen. Sedan år 2009 har verksamheten finansierats som en
nationell forskningsinfrastruktur av Vetenskapsrådet i Sverige. Sedan 2010 fungerar
plattformen som en del av genomikplattformen vid Science for Life Laboratory i Uppsala,
och sedan 2013 är plattformen en av de tre faciliteter som bildar en samordnad nationell
genomikinfrastruktur (NGI) vid Science for Life Laboratory i Sverige. Plattformen bidrar även
med storskaliga genomanalyser till forskare i andra länder inom ramen för internationella
samarbetsprojekt. SNP&SEQ-teknologiplattformen har som målsättning att med hjälp av
den allra modernaste teknologin göra SNP-genotypning och DNA-sekvensning av hög
kvalitet tillgängliga för sina uppdragsgivare, och därigenom befrämja vetenskaplig forskning
av hög internationell standard inom livsvetenskaperna. För mer information, se
www.genotyping.se och www.sequencing.se .
Genomikteknologin har utvecklats snabbt under de senaste åren. Trots det har SNP&SEQteknologiplattformen haft möjligheter att kontinuerligt införskaffa och etablera den allra
modernaste genotypnings- och sekvensningsteknologin, vilket har lett till att plattformen
har utvecklats till ett av de ledande SNP-genotypnings- och DNA-sekvensningslaboratorierna
i Europa. SNP&SEQ-teknologiplattformen bidrar till projekt av varierande storlek, från
enskilda SNP-markörer till miljontals SNP-markörer i hundratals eller tusentals prover, med
hjälp av flera olika genotypningssystem för att svara mot uppdragsgivarnas behov.
Plattformen erbjuder DNA-sekvensningsservice inom alla MPS-applikationer, såsom
helgenomsekvensning, riktad sekvensing av anrikade genomregioner samt
transkriptomsekvensning i många olika arter, inklusive människan. Plattformens
uppdragsgivare faktureras enbart för reagenskostnaderna för genotypnings- eller
sekvensningsanalyserna. I alla aspekter av sitt arbete betonar SNP&SEQteknologiplattformen goda kontakter till sina uppdragsgivare och hög kvalitet på de utförda
analyserna.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 5/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Fig 1.Organisationsschema för SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 6/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
3. Kvalitetssystemets utformning
SNP&SEQ-teknologiplattformens kvalitetssystem styrs av standarden SS-EN ISO/IEC
17025:2005 och utgår enligt verksamhetens kvalitetspolicy (stycket 3.2.2 nedan) och från
plattformens användares behov och önskemål. Den här framlagda kvalitetsmanualen (INS371) beskriver kvalitetssystemets utformning. De föreskrifter och den standard som
kvalitetssystemet styrs av ingår i kvalitetsmanualen som de externa dokumenten EXT-377 EXT-380. Kvalitetssystemet omfattar två huvudprocesser, SNP-genotypning (INS-321) och
sekvensing (INS-250), som i sin tur är uppbyggda av ett flertal delprocesser.
Huvudprocesserna stöds av fyra processer: kvalitetssystem, personal, förvaltning och inköp.
3.1 Dokumenthantering
Dokument- och ärendehanteringssystemet CANEA innehåller beskrivningar av alla rutiner
vid SNP&SEQ-teknologiplattformen (INS-370). Startsidan för CANEA nås genom följande
länk:
http://mm-wweb003/Start/MyPage.aspx
Längst ner på startsidan till CANEA finns en schematisk illustration av SNP&SEQ-teknologiplattformens huvudprocesser, delprocesser och stödprocesser. Den visas nedan i Fig 2.
Genom att klicka på respektive ruta i processillustrationen, tar man fram styrande och
redovisande dokument som beskriver och ingår i varje process. Dokumenten är sorterade
enligt dokumenttyp i CANEA. Instruktionerna (INS) är de överordnade styrande dokumenten
som hänvisar till andra typer av dokument, såsom RAP = rapport; BLA = blankett; EXT =
externt dokument; MÖT = mötesprotokoll; PER = personalprotokoll; OFF = offerter/kontrakt.
"Dokumentkontroll” (INS-48) beskriver vilka typer av dokument som finns, remissflöden,
och distribution till medarbetarna. I INS-48 finns även en beskrivning av hur man praktiskt
går till väga för att lägga in och redigera dokument i CANEA. "Dokumentation av
laboratoriearbete och resultatbearbetning" beskrivs i INS-323 och arkivering finns beskrivet i
”Arkivering” (INS-49). Det finns även dokumentation om arkivering under stödprocessen
förvaltning, under IT-förvaltning.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 7/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Fig 2 : Illustration av SNP&SEQ-teknologiplattformens huvudprocesser, delprocesser och
stödprocesser.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 8/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
3.2 Kvalitetssystem
3.2.1 Ledningens ansvar och arbete
Forskargruppledaren utser en ledningsgrupp och en kvalitetssystemansvarig för SNP&SEQteknologiplattformen. Ledningsgruppen ansvarar för kvalitetsfrågor, personalfrågor,
kundfrågor och ekonomi. Detta ansvar utövas genom regelbundna möten som hålls minst
fem gånger under året. Ledningens ansvar och arbete beskrivs i dokumentet ”Ledningens
ansvar och arbete” (INS-55). Ledningsgruppen har befogenhet att besluta om nödvändiga
åtgärder för kvalitetssystemets efterlevnad och behandlar och tar beslut om
kvalitetsförbättrande åtgärder på varje möte. Ledningsgruppen har en stående
mötesagenda, och mötena protokollförs som "Protokoll ledningsgruppsmöte" (MÖT-327).
Med 1-2 månaders intervall hålls plattformsmöten där alla som omfattas av
kvalitetssystemet, inklusive ledningsgruppen deltar. På plattformsmötena behandlas
avvikelser och status för projekt, instrument och lokaler enligt en stående agenda,
“Protokoll plattformsmöte” (MÖT-351). En gång per år görs en uppföljning av hur
kvalitetssystemet fungerar, ”Ledningens genomgång”. Ledningens genomgång har en
stående agenda, "Protokoll ledningens genomgång" (MÖT-326). Ledningens genomgång
skall säkerställa att kvalitetssystemet är lämpligt för verksamheten. På basen av
verksamhetens utfall som presenteras vid ledningens genomgång definieras kvalitetsmålen
för SNP&SEQ-teknologiplattformens följande verksamhetsår.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 9/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
3.2.2 Kvalitetspolicy
Ledningen för SNP&SEQ-teknologiplattformen har antagit följande kvalitetspolicydeklaration för verksamheten:
•
•
•
•
•
•
SNP&SEQ-teknologiplattformen skall utföra servicetjänster av internationellt
hög standard utgående från sina uppdragsgivares behov och önskemål.
SNP&SEQ-teknologiplattformen skall använda de modernaste metoderna och
den modernaste utrustningen för SNP-genotypning och DNA-sekvensning.
SNP&SEQ-teknologiplattformen skall utföra sina analyser i enlighet med
kvalitetsstandarden SS-ISO/IEC 17025:2005, och plattformen skall
kontinuerligt utveckla sitt kvalitetssystem, sin metodik och datasäkerhet.
SNP&SEQ-teknologiplattformens personal skall känna till kvalitetssystemets
dokumentation och utföra sitt arbete i enlighet med den.
SNP&SEQ-teknologiplattformens kontakter till sina användare, finansiärer
och andra externa instanser skall ske i enlighet med god professionell praxis.
SNP&SEQ-teknologiplattformens verksamhet skall drivas i enlighet med de
etiska, juridiska och regulatoriska bestämmelserna vid Uppsala universitet
samt i enlighet med god praxis inom medicinsk och naturvetenskaplig
forskning.
3.2.3 Kvalitetsmål
I relation till gällande kvalitetspolicy och verksamhetens strategiska inriktning definieras
varje år SNP&SEQ-teknologiplattformens kvalitetsmål (INS-55) vid ledningens genomgång.
Kvalitetsmålen godkänns av ledningsgruppen, och ledningsgruppen upprättar varje år en
handlingsplan för hur målen ska uppnås. De årliga kvalitetsmålen och uppföljningsresultaten
dokumenteras och görs tillängliga för alla medarbetare vid SNP&SEQ-teknologiplattformen
via mötesprotokollen och via M:\Plattform\Kvalitetssystem\Kvalitetsmål
3.2.4 Kvalitetsutveckling
Verksamhetens kvalitet förbättras genom kontinuerlig utveckling av de metoder som ingår i
SNP-genotypnings - och sekvensningsprocesserna samt genom att ta i bruk nya metoder.
Ledningsgruppen behandlar och tar beslut om kvalitetsförbättrande åtgärder på varje
ledningsgruppsmöte.
Internrevisioner
utförs
regelbundet,
och
SNP&SEQteknologiplattformen har ett etablerat system för att förebygga och åtgärda avvikelser från
kvalitetssystemet. Avvikelsehantering (INS-52), riskanalyser (INS-258) och internrevisioner
(INS-50) används som centrala redskap i det kontinuerliga kvalitetsutvecklingsarbetet. På
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 10/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
varje ledningsgruppsmöte hålls en genomgång av de viktigaste avvikelserna som
rapporterats sedan förgående möte och av eventuella klagomål från plattformens
uppdragsgivare (INS-51). På basen av dessa beslutar ledningsgruppen om förbättrande eller
korrigerande åtgärder. För att förbättra informationssäkerheten tillämpas riskanalys av
informations-flödet under processerna (INS-258). Avvikelser, klagomål och internrevisioner
rapporteras i ärendedelen av CANEA och återfinns som ärendetypen AV och AVSEQ enligt
respektive instruktion.
3.2.5 Kompetensprövning
För att säkerställa kvaliteten på genotypnings- och sekvensningsresultaten strävar
SNP&SEQ-teknologiplattformen till att regelbundet delta i externa kvalitetsprövningar. I dag
finns inte ett väletablerat internationellt eller nationellt program för extern
kvalitetsprövning för SNP-genotypning och DNA-sekvensning (NGS). SNP&SEQteknologiplattformen deltar både i regelbundet återkommande och sporadisk kompetensprövning.
Regelbundet återkommande kompetensprövning: SNP&SEQ-teknologiplattformen följer
kontinuerligt upp kvaliteten för SNP-genotypanalyserna genom att i analyserna inkludera
DNA-prover från vilka genotyp- eller sekvensdata som producerats av andra laboratorier
finns tillgängligt i offentliga databaser såsom HapMap- (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/)
och 1000Genomes-projekten (http://www.1000genomes.org/)(INS-234). Regelbundet
återkommande uppföljning av DNA-metyleringsanalysernas kvalitet genom jämförelser med
resultat från mutationsanalysfaciliteten (MAF) vid Huddinge sjukhus har nyligen påbörjats.
INS-875 beskriver kompetensprövningen vid SNP-genotypning och sekvensing. Vid
sekvensning inkluderas DNA från bakteriofagen PhiX som har en väl definierad DNA-sekvens
som kontroll av sekvensningsresultatens noggrannhet i varje körning (INS-123). En gång per
år utförs exom- och RNA-sekvensning av cell-linjer som jämförs mot tidigare resultat (varje
år) eller ett annat lab (vartannat år) och med data i offentliga databaser.
Sporadisk kompetensprövning: I mån av möjlighet deltar SNP&SEQ-plattformen i EUfinansierade samarbetsprojekt som har en målsättning att etablera europeiska
kvalitetsstandarder för dessa teknologier. Ett sådant exempel är nätverket GEUVADIS, inom
ramen för vilket reproducerbarheten vid transkriptomsekvensning bestämdes och befanns
vara hög mellan sju NGS-laboratorier (t’Hoen et al. (2013) Reproducibility of highthroughput mRNA and small RNA sequencing across laboratories, Nature Biotechnology
31:1015, http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n11/full/nbt.2702.html). På initiativ av
SNP-teknologiplattformen organiserades i samarbete med Labquality OY i Finland en
kvalitetsprövning i vilken 11 laboratorier från de nordiska och baltiska länderna deltog
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 11/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
(Lahermo P et al. (2006) A quality assessment survey of SNP genotyping laboratories. Hum
Mutat.27:711)
3.3 Styrande dokument inom stödprocessen ”Kvalitetssystem”
INS-0048
Dokumentkontroll
INS-0049
Arkivering
INS-0050
Interna kvalitetsrevisioner
INS-0051
Klagomål
INS-0052
Avvikelsehantering och korrigerande åtgärder
INS-0055
Ledningens ansvar och arbete
INS-0371
Kvalitetsmanual för SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0393
Instruktionsmall_INS
INS-0323
Dokumentation av laboratoriearbete och resultatbearbetning
INS-1577
Instruction Template English
4. Personal
SNP&SEQ-teknologiplattformens personal är anställd vid Uppsala universitet och finansieras
huvudsakligen av Sci LifeLab och av VR-RFI. Personalen består av forskare/gruppchefer,
forskningsingenjörer, bioinformatiker, projektkoordinatorer samt i liten utsträckning av
teknisk och administrativ personal. En professionell och välutbildad personal är en hörnsten
för kvalitetsarbetet vid SNP&SEQ-teknologiplattformen. SNP&SEQ-plattformens personal
förbinder sig genom avtal att uprätthålla sekretess rörande uppdragsgivarnas identitet samt
målsättningar, innehåll och resultat inom pågående projekt tills uppdragsgivarna själva har
publicerat eller på annat sätt gjort dem offentligt kända. Alla medarbetare introduceras till
sina arbetsuppgifter vid nyanställning och erbjuds möjlighet till kompetensutveckling och
utbildning. Årligen görs en utbildningsplan för varje medarbetare (ärendetypen UTB).
Information om hur man går till väga då en anställning påbörjas och avslutas,
medarbetarsamtal och dokumentation av utbildningar återfinns i ”Personal, körkort med
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 12/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
mera”, INS-271. För att utföra aktiviteter inom huvudprocesserna krävs körkort, vilket också
beskrivs i INS-271. Denna instruktion hänvisar även vidare till andra dokument och
blanketter som behövs när personalrelaterade aktiviteter ska utföras. Befattningar och vissa
ansvarspunkter samt ställföreträdare finns beskrivet i "Funktionsbeskrivning" INS-270. För
varje befattning finns arbetsbeskrivningar med ansvar, arbetsuppgifter och befogenheter
(se nedan förteckning i 4.1). De som ansvarar för laboratoriesystemen och deras
ställföreträdare finns namngivna i anslutning till inventarieförteckningen, inom stödprocessen ”förvaltning”. Särskild information i samband med graviditet och amning ges i
"Riskbedömning av arbetsmiljön för gravida och ammande medarbetare" INS-1091. Att läsa
och känna till innehållet i dokumenten INS-271, INS-270, samt arbetsbeskrivningen för varje
persons egen befattning är obligatoriskt för vare medarbetare.
4.1 Styrande dokument inom stödprocessen ”Personal”
INS-0057
Arbetsbeskrivning forskargruppsledare
INS-0058
Arbetsbeskrivning gruppchef SNP-genotypning och sekvensning
INS-0122
Arbetsbeskrivning - Bioinformatiker
INS-0137
Arbetsbeskrivning - Gruppchef bioinformatik
INS-0207
Arbetsbeskrivning systemutvecklare
INS-0269
Arbetsbeskrivning forskningsingenjör
INS-0270
Funktionsbeskrivning och ansvarslista
INS-0271
Personal, körkort med mera
INS-0272
Arbetsbeskrivning Gruppchef IT
INS-0293
Regler för användning av IT-resurser
INS-0296
Arbetsbeskrivning - IT-administratör
INS-0299
Arbetsbeskrivningar för system- och informationsförvaltning
INS-0416
Arbetsbeskrivning för kvalitetssystemansvarig
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 13/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0819
Arbetsbeskrivning ingenjör
INS-1091
Riskbedömning av arbetsmiljön för gravida och ammande medarbetare
INS-1470
Säkerhet på arbetsplatsen
INS-1487
Arbetsbeskrivning- Gruppchef forskning och utveckling
5. Förvaltning
5.1 Lokaler
Laboratorierna är ändamålsenliga med åtskilda pre- och post-PCR-lab och
temperaturreglering i de flesta fall. Kritiska utrymmen är försedda med temperaturlarm och
reservkraft. Tillträde styrs med hjälp av passerkort och/eller i vissa fall nycklar(INS-246). För
att få arbeta i laboratorierna krävs körkort. Regler för laboratoriearbete, städning och
information om hantering av avfall och farliga kemikalier finns beskrivet i INS-249. Vissa
utrymmen delas med andra grupper, där gäller särskilda regler som finns anslagna på dörren
till respektive rum (INS- 1185).
5.2 Labsystem
Laboratorieinstrumenten och annan utrustning vid SNP&SEQ-teknologiplattformen har i
verksamhetens kvalitetssystem den gemensamma benämningen "labsystem". INS-282 i
kvalitetsmanualens kapitel "Förvaltning" beskriver alla aspekter rörande förvaltning av
verksamhetens labsystem, med hänvisningar till specifika dokument för de olika
aktiviteterna. För varje labsystem utses en systemförvaltare (INS-299) som ansvarar för ett
eller flera labsystem. I kvalitetsmanualen finns instruktioner för ett 30-tal olika labsystem.
Ett labsystem kan bestå av t.ex. ett antal hybridiseringsugnar , en pipetteringsrobot med
tillhörande dator eller en datorserver. Verksamheten använder ändamålsenlig, välbeprövad
laboratorieutrustning såsom centrifuger och PCR-maskiner. Tung specialutrustning som
utvecklats av leverantörerna specifikt för SNP-genotypnings- och sekvensningsmetoder är
centrala labsystem vid verksamheten. En stor del av instrumenten styrs med hjälp av
datorer. De komponenter som ingår i ett labsystem framgår av dess systembeskrivning. För
enklare utrustning utan dator, såsom pipetter, hybridiserignsungnar eller centrifuger har
inte upprättats en systembeskrivning. Varje labsystem omfattas av specifika handhavandeoch vårdinstruktioner. Behörighet att använda labsystemen styrs av ett körkortsförfarande
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 14/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
(INS-271). Systemförvaltarna etablerar en särskild pärm för varje labsystem i vilken
labsystemets instruktioner sätts in. Alla åtgärder och händelser under ett labsystems
livslängd, såsom installation, validering, service, eller haveri dokumenteras i systempärmen.
En inventarieförteckning ur vilken framgår vem som fungerar som systemförvaltare för varje
labsystem, när nästa servicetillfälle infaller, vilka servicekontrakt som gäller samt annan
relevant information rörande varje individuellt labsystem finns i CANEAs ärendehanteringsmodul under rubriken ”Inventarier”.
5.3 IT-administration
IT-miljön vid SNP&SEQ-teknologiplattformen är uppbyggd kring olika system till vilka
utrustning med närliggande funktion knyts. De olika systemen hanterar var för sig;
användar- och datorkonton via domänsystemet (INS-259), fillagring, back-up och arkivering
via lagringssystemet (INS-348) och leverans av resultatrapporter från SNP-genotypningen via
distributionssystemet (INS-64). Systemet för att hantera laboratoriespecifik data, CHIASMA
(BLA-372), och dokument- och ärendehanteringssystemet CANEA (INS-0370) lagrar sina data
på en gemensam databasserver (INS-209). På Biotanksystemet (BLA-870) mellanlagras och
processas sekvensdata innan vidare leverans till uppdragsgivarna via UPPNEX-projektet vid
SNIC-UPPMAX (Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science). Till
vissa delar är miljön virtualiserad och virtualiserings-plattformarna bildar ett eget
infrastruktursystem (INS-1044). Ett övervakningssystem används för att ge
prestandainformation om de olika delarna av IT-miljön (INS-825).
SNP&SEQ-teknologiplattformens servrar är placerade i en närbelägen serverhall som
administreras av en driftorganisation bestående av personal från Uppsala universitets dataavdelning och personal från Biomedicinskt centrum (BMC). Servrarna är installerade i två
låsbara rack med tillgång till dubbel strömförsörjning, UPS och reservkraft. Hallen är
utrustad med översvämningsskydd, brandskydd, inbrottsskydd samt miljö-övervakning.
Nätverksinfrastrukturen administreras av Uppsala universitets grupp för nätverksdrift.
SNP&SEQ-teknologiplattformen har tilldelats ett C-nät vilket delats upp i tre segment där vi
har servrar i ett segment, datorer anslutna till laboratorieinstrument i ett annat och
kontorsdatorer i ett tredje. Säkerheten övervakas och bedöms, förutom lokalt även, av
universitetets säkerhetsavdelning. Access till och mellan de olika segmenten regleras via
accesslistor i routern.
5.4 Systemutveckling
Verksamheten använder sig av ett antal helt eller delvis egenutvecklade datorsystem,
program och småskript. Dessa finns listade som dokumenttypen "KOD" i CANEA. Utveckling,
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 15/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
dokumentation, versionshantering, validering och driftssättning av egenutvecklade program
beskrivs i "Utveckling och förvaltning av egenutvecklade program och makron" (INS-862).
5.5 Styrande dokument inom stödprocessen ”Förvaltning”
INS-0064
Instruktion för distributionssystem
INS-0065
Kontoadministration i distributionssystem
INS-0066
Patchhantering
INS-0067
Vård av Distributionssystem
INS-0069
Standardklient
INS-0072
Installation av nätverksansluten utrustning
INS-0096
Vård av GENios Pro
INS-0126
Administration av git-server
INS-0157
Vård av bordscentrifug
INS-0167
Vård av Biomek FX och Biomek FXP
INS-0170
Vård av Multiprobe II och JANUS
INS-0184
Vård av Qubit
INS-0194
Vård av iScan
INS-0197
Vård av Freedom evo
INS-0200
Vård av kylar och frysar
INS-0209
Databasadministration på mm-wchs001
INS-0219
Programutveckling i C-Sharp
INS-0246
Översikt av lokaler
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 16/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0249
General rules concerning work in the pre and post PCR labs
INS-0258
Riskanalys - att dokumentera risker
INS-0259
Instruktion för Domänsystem
INS-0260
Vård av Domänsystem
INS-0274
Vård av Veriti PCR-maskiner
INS-0282
Förvaltning av labsystem
INS-0287
Pipetter -Handhavande och vård
INS-0288
Vård av termometrar
INS-0289
Vård av vågar
INS-0290
Rutiner vid förändring av IT-miljön
INS-0292
Säkerhetskopiering och arkivering
INS-0298
Säkerhet och incidenthantering
INS-0312
Vård av milliQapparat
INS-0313
Vård av cBot, HiSeq och HiSeqX
INS-0315
Vård av StepOnePlus qPCR-maskin
INS-0316
Vård av CANEA
INS-0317
Vård av Order
INS-0348
Instruktion för Lagringssystem
INS-0370
Instruktion för administration av CANEA
INS-0408
Vård av hybridiseringsugn och värmeblock
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 17/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0547
Vård av MiSeq
INS-0588
Vård av Covaris
INS-0621
Vård av Fragment Analyzer
INS-0774
Vård av MiVac
INS-0825
Instruktion för övervakning
INS-0862
Utveckling och förvaltning av program, skript och makron
INS-0869
Hantering av programkod med Git
INS-0884
Arkivering av sekvensdata på Swestore
INS-0888
Instruktion Biotank 3 och 4
INS-0889
Instruktion för gateway till Biotank
INS-0890
Vård av Biotank
INS-0931
Vård av etikettskrivare
INS-1044
Instruktion för Infrastruktursystem
INS-1098
Instruktion Biotank 5,6,7 och 8
INS-1166
Vård av TapeStation
INS-1185
Lab rules for common labs
INS-1206
Administrera användarkonto
INS-1081
Övergripande regler och specifikationer för vatten
INS-1519
Informationsklassning
INS-1561
Instruktion Biotank beräkningsservrar
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 18/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
6. Inköp
Kvalitetssystemet säkerställer att de produkter som köps in till SNP&SEQ-teknologiplattformen motsvarar verksamhetens kvalitetskrav. Målsättningen är att använda väl
etablerade leverantörer. Nya leverantörer utvärderas i enlighet med INS-276, och
nyckelprodukter, inklusive både laboratorieprodukter, metoder och labsystem
valideras/verifieras innan de tas i bruk enligt beskrivningen i INS-245 .
6.1 Rutinmässiga inköp
Vid inköp av förbrukningsartiklar beaktas de ramavtal som Uppsala universitet slutit med
vissa av leverantörerna (https://mp.uu.se/web/info/stod/bestalla-varor/avtal). Alla inköp till
SNP&SEQ-teknologiplattformen administreras med hjälp av systemet ”Order”, i vilket hela
inköpsprocessen dokumenteras och kan följas från beställning till betald faktura. Hur inköp
av kemikalier, reagenser och förbrukningsmaterial sker i praktiken beskrivs i INS-84.
Varorna tas emot, packas upp och kontrolleras gentemot det som har beställts enligt INS-85,
som också beskriver hur mottagna fakturor kontrolleras mot de produkter som tagits emot.
Primers för SNP-genotypning beställs av gruppchef för SNP-genotypning enligt INS-278 och
INS-279.
6.2 Upphandling av utrustning
Beslut om upphandling av utrustning till SNP&SEQ-teknologiplattformen tas beroende på
beställningsbeloppet av gruppchef (< 25.000 kr) eller av ledningsgruppen (> 25.000 kr).
Inköp av utrustning följer riktlinjerna från Uppsala universitet och lagen om offentlig
upphandling, såsom INS-277 "Inköp av utrustning" beskriver. För inköp av utrustning över
505 800 kr anlitas upphandlingsenheten vid Uppsala universitet.
6.3 Flexibel ackreditering av SNP-genotypning och sekvensning
För SNP-genotypnings- och sekvensninsprocesserna tillämpas flexibel ackreditering enligt
EA-2/15 (EXT-377). Detta innebär att SNP&SEQ-teknologiplattformen inom sin ackreditering
kan införa nya egenskaper, variabler eller analyter i en redan ackrediterad metod.
Plattformen kan även införa nya metoder inom området genetik, nya provtyper i
ackrediterade metoder samt modifiera icke standardiserade metoder inom ackrediteringen.
Nya metoder måste dock basera sig på samma mätprincip som redan ackrediterade
metoder, och metoderna skall vara validerade såsom beskrivs i INS-245, "Utvärdering av nya
laboratorieprodukter, metoder och labsystem". I praktiken innebär den flexibla
ackrediteringen av SNP-genotypning att nya versioner av SNP-paneler, samt SNPar både hos
människa och andra organismer omfattas av de tidigare ackrediterade metoderna, liksom
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 19/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
även DNA extraherat från olika vävnader och celltyper kan inkluderas. För
sekvensningsverksamheten innebär den flexibla ackrediteringen att alla applikationer av
DNA- och RNA-sekvensning kan inkluderas i den ackrediterade verksamheten så länge de
bygger på samma mätprincip som tidigare. Nya versioner av protokoll för
biblioteksframställning och sekvensning kan tas i bruk inom den ackrediterade
verksamheten efter validering enligt INS-245.
6.4 Styrande dokument inom stödprocessen ”Inköp”
INS-0084
Inköp av kemikalier, reagens och förbrukningsartiklar
INS-0085
Mottagning, verifiering, märkning och kontroll
INS-0245
Utvärdering av nya laboratorieprodukter metoder och labsystem
INS-0276
Utvärdering och uppföljning av leverantörer
INS-0277
Inköp av utrustning
INS-0278
Beställning av primers från IDT
INS-0279
Beställning av primers och reagenser för Illuminas GoldenGate assay
7. SNP-genotypning och metyleringsanalys
7.1 Beskrivning av metoderna
För SNP-genotypningsprocessen används tre olika metoder och genotypningssystem,
beroende på antalet SNP-markörer som skall analyseras. Gemensamt för de tre metoderna
är att de baserar sig på primer-extension av nukleotidanaloger med hjälp av ett DNApolymerasenzym. Minisekvensning i homogen lösning med fluorescenspolarisationsavläsning används för analys av enskilda SNP-markörer per DNA-prov (INS-396, INS-397).
Golden Gate Assay används för multiplex genotypning mellan 48 och 8 x 384 (3072) SNPmarkörer per prov (INS-233, INS-195) i kombination med ett unviersellt ”BeadChip” och
fluorescensavläsning med ett iScan instrument, eller alternativt med ”Veracode Bead
Plates” (VBP) för avläsning med ett BeadXpress instrument. Infinium II iSelect används för
upp till 200.000 SNP-markörer per prov. Dessa tre metoder används för genotypning av
valbara SNP-markörpaneler, vilket efterfrågas speciellt vid genotypning av DNA från andra
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 20/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
organismer än människan. Valet av de SNP-markörer som skall genotypas är ett centralt steg
i genotypningsprocessen med dessa tre metoder (INS-300, INS-304) liksom även det
påföljande metodutvecklingssteget varvid genotypningen av de utvalda SNP-markörerna
optimeras och valideras (INS-236, INS-286).
Infinium II-metoden används för genomomfattande SNP-paneler med tiotusentals till 2.5
miljoner förbestämda SNP-markörer per prov (INS-237, INS-195) för analys av DNA från
människan och från vissa husdjur och allmänt använda modellorganismer, såsom mus och
råtta. SNP-innehållet i dessa paneler är fixerat och metoderna har optimerats i förväg av
leverantören. De viktigaste delmomenten i Infinium II-metoden är helgenomamplifiering för
att fragmentera och skapa flera kopior av DNA provet, hybridisering av det fragmenterade
DNAt till primers immobliserade på ”BeadChips”, inkorporering av modifierade
nukleotidanaloger med primer-extension och detektion av nukleotidanalogerna med
fluorescencemärkta antikroppar. Resultatet från Infinium II-metoden fås med hjälp av
fluorescensavläsning med ett iScan instrument.
För DNA-metyleringsanalys av människans arvsmassa med Infiniummetoden behandlas
DNAt med bisulfit (INS-567), varvid ometylerade C-nukleotider konverteras till Tnukleotider, medan metylerade C-nukleotider är skyddade mot konversionen. Efter
bisulfitkonversionen bestäms metyleringsgraden för C-nukleotiderna i 450.000 CpG –
dinukleotidpositioner med hjälp av genotypning av C- och T-nukleotider (INS-1196) med
Infinium-metoden.
7.2 Processbeskrivning för SNP-genotypning och metyleringsanalys
INS-321 beskriver hela SNP-genotypningsprocessen med presentation av vilka dokument
som styr processens delmoment. Processen visas schematiskt nedan. I den schematiska
översikten visas även de interna kontrollpunkter där arbetet ej fortsätter innan
godkännande från gruppchef SNP-genotypning erhållits, samt de kontakter som sker mellan
uppdragsgivare och SNP&SEQ-teknologiplattformen under projektets gång.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 21/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Projektplanering
Förfrågan från
uppdragsgivare
Projektbeskrivning från
uppdragsgivare
Val av genotypningssystem
Offert till
uppdragsgivare och
kontrakt med
uppdragsgivare
INS-0248
INS-0300
INS-0248
Val av SNPar1
Primer- och assaydesign2
INS-0304
Inloggning av primers och
assays i databas
INS-0322
Intern kontrollpunkt och kontakt med uppdragsgivaren
Under dessa steg sker utbyte av information mellan uppdragsgivaren och gruppchef
SNP-genotypning. Efter avslutat SNP-val och primerdesign informeras uppdragsgivaren
om utfallet. Valet av SNPar revideras eventuellt efter uppdragsgivarens önskemål.
Kontraktet skrivs under av båda parter och därefter påbörjas det laborativa arbetet.
1
2
Ej tillämpbart i Infiniumprojekt med förbestämt SNP-innehåll.
Ej tillämpbart i Infinium eller Golden Gate projekt pga att detta steg sker hos Illumina Inc.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 22/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Provserier
INS-0076
INS-0088
BLA-0111
BLA-0217
Leverans av prover
Provmottagning
Inloggning av provinformation i databas
Koncentrationsbestämning av DNA-proverna
INS-0366
Kontakt med uppdragsgivaren
Vid eventuella oklarheter i provinformationen och/eller
om prover ej godkänns vid koncentrationsbestämningen.
Metodutveckling
INS-0236
PCR-test av primers (FP)
Genotypning för kontroll av
provmaterialet
Resultatanalys
INS-0236
INS-0286
INS-0396
BLA-0217
INS-0234
INS-0237
INS-0397
INS-0285
INS-0233
INS-0195
Intern kontrollpunkt och eventuell kontakt med uppdragsgivaren
Resultatet av metodutvecklingen rapporteras till gruppchef SNP-genotypning som
godkänner detta.
FP: Om överenskommet kontaktar gruppchef SNP-genotypning uppdragsgivaren för att
informera om utfallet av metodutvecklingen och vilka SNPar som går vidare till
produktion. Nydesign för de assays som ej fungerat om uppdragsgivaren så önskar.
GoldenGate och Infinium: Ifall osäkerhet råder om provernas kvalitet utförs
testgenotypning före beställning av genotypningsreagens. Uppdragsgivaren kontaktas
om utfallet från testgenotypning.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 23/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Produktion
Genotypning/metyleringsanalys
Resultatanalys
INS-0286
INS-0397
INS-0234
INS-0233
INS-0195
INS-1196
Delsammanställningav resultat
INS-234
INS-1196
INS-1198
Ev. omkörning och verifiering
INS-0235
INS-0285
INS-0396
INS-0237
INS-0567
INS-0225
Intern kontrollpunkt
Resultaten redovisas till gruppchef SNP-genotypning som ska godkänna dessa
innan slutlig resultatsammanställning görs för intern rapportering.
Slutsammanställning och
intern rapport av resultat
INS-0234
INS-1196
INS-1198
Kontakt med uppdragsgivaren
Vid projekt som pågår under lång tid ges kontinuerlig information till
uppdragsgivaren om fortskridandet i projektet.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 24/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Rapport av genotypresultat till uppdragsgivare
Resultatrapport iordningsställs och
skickas till uppdragsgivaren.
INS-0077
BLA-0114
INS-1196
Fakturaunderlag sammanställs och
faktura skickas till uppdragsgivaren
INS-0248
Projektet följs upp genom kontakt
med uppdragsgivaren cirka 3 månader
efter leverans av genotyper eller
senast inför ledningens årliga
genomgång av verksamheten
INS-0248
Kontakt med uppdragsgivaren
Under dessa steg sker utbyte av information mellan uppdragsgivare och gruppchef SNPgenotypning.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 25/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
7.3 Styrande dokument inom huvudprocessen ”SNP-genotypning och
metyleringsanalys”
INS-0076
Leverans av prover
INS-0077
Utformning av resultatrapport från SNP-genotypsbestämning
INS-0088
Provmottagning, -retur och –destruktion
INS-0156
Instruktion för centrifuger
INS-0168
Programmering Multiprobe II och JANUS
INS-0169
Instruktion för Multiprobe II och JANUS
INS-0171
Instruktion för BiomekFX och FXp
INS-0191
DNA/RNA-kvantifiering med Qubit fluorometer
INS-0192
INS-0195
Instruktion för iScan
Analys av genotypningsresultat från GoldenGate och Infinium i
GenomeStudio
INS-0201
Instruktion för Freedom evo
INS-0216
Instruktion för Veriti PCR maskiner
INS-0225
Jämförelse av genotypningsresultat i SNP Quality Analysis Tool
INS-0231
Instruktion för BeadXpress Reader
INS-0232
Vård av BeadXpress Reader
INS-0233
Genotypning med GoldenGate Assay
INS-0234
Import och bearbetning av genotypresultat i resultatdatabasen
INS-0235
Omkörning och verifiering
INS-0236
Metodutveckling för SNP-analys
INS-0237
Genotypning med Infinium assay
INS-0248
Projektadministration
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 26/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0281
MilliQ apparat
INS-0284
DNA-spädning SNP-genotypning
INS-0285
Metod för PCRuppsättning
INS-0286
Metod för agarosgelelektrofores/E-gel
INS-0300
Val av metod samt primer och assay design
INS-0302
Spädning av primers
INS-0304
Val av SNPar
INS-0310
Instruktion för GENios Pro
INS-0321
Processbeskrivning SNP-genotypning och metyleringsanalys
INS-0322
Skapande av assays i Chiasma
INS-0323
Dokumentation av laboratoriearbete och resultatbearbetning
INS-0366
Metod för bestämning av DNA-koncentrationer med PicoGreen
INS-0396
Analys av FPresultat i AllelleCaller
INS-0397
Minisekvensning med fluorescenspolarisationsdetektion
INS-0567
Metod för bisulfitkonvertering
INS-0704
Metod för helgenomsamplifiering med GenomiPhi v2
INS-0715
Chiasma User Manual
INS-0773
Instruktion för MiVac
INS-0875
Kompetensprövning
INS-1081
Övergripande regler och specifikationer för vatten
INS-1196
Metyleringsanalys baserad på Illuminas Infinium assay
INS-1198
Användarinstruktion för MethylationTracker
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 27/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-1315
Användarinstruktion SurveyMonkey för enkäter och återkoppling
8. Sekvensning
8.1 Beskrivning av metoderna
”Nästa generationens” DNA-sekvensning erbjuds som service av SNP&SEQ-teknologiplattformen med hjälp av sekvensningssystem (HiSeq och MiSeq) från Illumina. Den nya
sekvensningsteknologin gör det möjligt att identifiera alla typer av genetisk variation, såsom
SNPar och kopietalsvariationer i hela genomet eller i anrikade genomregioner från vilken
organism som helst. Sekvensningsteknologin används ofta för re-sekvensering av hela eller
anrikade genomregioner för att kartlägga den genetiska variationen hos ett flertal individer
inom en art via jämförelser av det producerade sekvensdatat med ett tidigare genererat
referensegenom. Genomsekvenser kan också produceras de novo från organsimer eller
arter med tidigare okänd genomsekvens. Sekvensningsteknologin utnyttjas också för
genomomfattande funktionella analyser såsom transkriptomanalys (RNA-seq) och analys av
protein-DNA interaktioner (Chip-seq). Både HiSeq- och MiSeq-systemen baserar sig på
”sekvensning via syntes”, varvid ett DNA-polymerasenzym används för stegvis primerextension med nukleotider som är märkta med fyra olika fluoroforer för att påvisa de fyra
baserna i DNA-sekvensen. Valet av sekvensningssystem beror på hur mycket sekvensdata
som önskas per prov. Sekvensningsmetodiken har mycket stor kapacitet, och kan användas
såväl för stora som små experiment. Ett HiSeq-instrument genererar upp till 2000 Gigabaser
DNA-sekvens per experiment, vilket motsvarar 10-20 genom från människan, medan MiSeq
generar ca 15 Gigabaser per experiment, vilket lämpar sig bäst för organismer med små
genom och för metodutvecklingsprojekt.
Sekvensningsmetodiken består av fyra delmoment, vilka omfattar DNA-biblioteksframställning (INS-842, INS-846), klustergenerering (INS-392), sekvensning (INS-309, INS546) och analys av sekvensdatat (INS-658). DNA-biblioteken framställs med hjälp av
molekylär-biologiska metoder såsom DNA-fragmentering, ligering av adaptorer, amplifiering
och koncentrationsbestämning. Biblioteksframställningen utförs semiautomatiskt med hjälp
av pipetteringsrobotar. Klustergenering består av PCR-liknande amplifiering med primers
som är immobiliserade på ytan av en flödescell. Denna reaktion leder till immoblisering av
de DNA-fragment som skall sekvenseras i flödescellen, varefter flödescellen placeras i ett
sekvensningsinstrument i vilket sekvensreaktionerna utförs. Det producerade sekvensdatat
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 28/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
kvalitetskontolleras, och en primär dataanalys för detektion av sekvensvariationer eller
genuttrycksnivåer utförs.
8.2 Processbeskrivning
INS-250 beskriver hela sekvensningsprocessen med presentation av vilka dokument som
styr processens delmoment. Processen visas schematiskt nedan. I den schematiska
översikten visas även de interna kontrollpunkterna där arbetet ej fortsätter innan
godkännande från gruppchef för sekvensning erhållits, samt de kontakter mellan
uppdragsgivare och SNP&SEQ-teknologiplattformen som sker under projektets gång.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 29/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Projektplanering
Förfrågan från
uppdragsgivare
Eventuellt projektmöte
INS-0248
INS-1465
Projektbeskrivning från
uppdragsgivare
Offert till uppdragsgivare
Kontrakt med
uppdragsgivare
INS-0248
Kontakt med uppdragsgivaren
Under dessa steg sker utbyte av information mellan uppdragsgivaren och
gruppchef-sekvensning.
Provmottagning
Leverans av prover
Provmottagning
Inloggning av provinformation i
databas
Koncentrationsbestämning av proverna
INS-0076
BLA-0116
INS-0088
BLA-0698
INS-0842
INS-0846
Intern kontrollpunkt och kontakt med uppdragsgivaren
Under dessa steg sker utbyte av information mellan uppdragsgivaren och gruppchefsekvensning gällande provmängder och provlistor. Om proverna ej godkänns i
koncentrationsbestämningen kontaktas uppdragsgivaren för diskussion.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 30/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
Produktion
Biblioteksberedning
INS-0842
INS-846
Klustring och sekvensning
INS-0309
INS-0392
Dataprocessning och
kvalitetsbedömning
INS-0123
INS-0546
BLA-1462
Intern kontrollpunkt och kontakt med uppdragsgivaren
Under dessa steg sker utbyte av information mellan uppdragsgivaren och gruppchefsekvensning gällande status på körning och preliminär tidpunkt för leverans av data.
Rapportering av sekvensresultat till uppdragsgivare
Resultatrapport iordningställs
och skickas till
uppdragsgivaren
Fakturaunderlag iordningställs
och faktura skickas till
uppdragsgivaren
Projektet följs upp genom kontakt med
uppdragsgivaren cirka 3månader efter
leverans av sekvensdata, eller senast
inför ledningens årliga genomgång av
verksamheten
INS-0080
INS-0248
INS-0248
Kontakt med uppdragsgivaren
Under dessa steg sker utbyte av information mellan uppdragsgivaren och gruppchefsekvensning
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 31/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
8.3 Styrande dokument inom huvudprocessen ”Sekvensning”
INS-0080
Resultatleverans från sekvensningsprojekt
INS-0088
Provmottagning, -retur och –destruktion
INS-0123
Bearbetning och kvalitetskontroll av sekvensningsdata
INS-0125
Användarmanual Sisyphus
INS-0156
Instruktion för centrifuger
INS-0168
Programmering Multiprobe II och JANUS
INS-0169
Instruktion för Multiprobe II och JANUS
INS-0171
Instruktion för BiomekFX och FXp
INS-0191
DNA/RNA-kvantifiering med Qubit fluorometer
INS-0216
Instruktion för Veriti PCR maskiner
INS-0248
Projektadministration
INS-0250
Processbeskrivning sekvensning
INS-0281
MilliQ apparat
INS-0286
Metod för agarosgelelektrofores/E-gel
INS-0309
INS-0319
Metod och instruktion för sekvensning med HiSeq
Instruktion för koncentrationsbestämning av sekvensningsbibliotek
med qPCR
INS-0323
Dokumentation av laboratoriearbete och resultatbearbetning
INS-0366
Metod för bestämning av DNA-koncentrationer med PicoGreen
INS-0392
Metod och instruktion för cBot och klustring HiSeq
INS-0546
Metod och instruktion för sekvensning med MiSeq
INS-0580
Fragmentering med Covaris
INS-0628
Instruktion för Fragment Analyzer
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 32/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-0658
Analyser_Piper
INS-0715
Chiasma User Manual
INS-0773
Instruktion för MiVac
INS-0839
Instruktion för PROSize 2.0
INS-0842
Metod för biblioteksberedning från DNA
INS-0846
Metod för biblioteksberedning från RNA
INS-0875
Kompetensprövning
INS-1129
Instruktion för TapeStation
INS-1178
Instruktion för TapeStation Analysis Software A.01.04
INS-1214
Leverans av prover för sekvensning
INS-1262
QC av DNA och RNA inför sekvensning
INS-1279
Metod för biblioteksberedning med icke akrediterade protokoll
INS-1081
Övergripande regler och specifikationer för vatten
INS-1315
Användarinstruktion SurveyMonkey för enkäter och återkoppling
INS-1465
Val av metod för sekvensning
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 33/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
9. Bilagor och referenser
BLA-253
BLA-381
BLA-372
BLA-870
Ackrediteringens omfattning
Systembeskrivning för CANEA
Systembeskrivning Chiasma
Systembeskrivning Biotank
EXT-991
Reproducibility of high-throughput mRNA and small RNA sequencing across
laboratories. t’Hoen et al, (2013) Nature Biotechnology 31:1015.
A Quality Assessment Survey of SNP Genotyping Laboratories, Lahermo P et al, (2006)
Hum Mutat, 27:711-714
EXT-378
STAFS 2011:33 Styrelsens för ackreditering och teknisk kontroll (Swedac)
föreskrifter och allmänna råd om ackreditering
EXT-379
STAFS 2010:10 Styrelsens för ackreditering och teknisk kontroll (Swedac)
föreskrifter och allmänna råd om ackreditering (konsoliderad)
EXT-377
EA-2/15 EA Requirements for the Accreditation of Flexible Scopes, kap 5.1
EXT-380 SS-EN ISO 17025_2005
kalibreringslaboratorier
Allmänna
kompetenskrav
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 34/36
för
provnings-
och
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
10. Dokumenthistorik
Beteckning
AK 1029
AK 1029
INS-371
INS-371
Utgåva
01
04
1
2
Giltigt datum
2005-04-04
2007-08-15
//
//
INS-371
3
//
INS-371
4
//
INS-371
5
//
INS-371
6
//
INS-371
INS-371
7
8
//
//
INS-371
9
//
Beskrivning av ändring
Nytt dokument
Completely revised and translated into English
New number, moved document to CANEA
Mainly updated according to the new document
system, CANEA. Updated policy. Limit for direct
purchase updated.
Added information about flexible accreditation.
Updated appendix2 (organization) and references.
Changed 2nd generation sequencing to massively
parallel sequencing. Added epigenetics. Updated
funding information. Platform 2/3 of molmed
group Annual individual meeting can be held with
group leader. VHS do not assist during
procurement any more. Removed SNPstream.
Added
sequencing
equipment.
Extended
functionality of Chiasma (sequencing libraries,
pools). Updated references.
Combined appendices and references into one
chapter. Updated references.
Paragraph 1, page 2:updated text. Paragraph 2,
New STAFS. Added sequencing to accreditation.
Paragraph 2.3: Added reference to RNAsequencing comparison between 7 European
laboratories. Added information about interlaboratory comparisons. Paragraph 3.2.2, 3.3.3:
Updated text
Policy update.
Översatt till svenska och omarbetat hela
dokumentet.
Uppdaterat sökvägar, referenser och listor över
styrande
dokument.
Upphandlingsgränsen
505800kr. Uppdaterat organisationsschemat, ny
FU-grupp. Tagit bort att kompetensprövning utförs
inom ramen för NGI-samarbetet. Ändrat från
15Mb/prov till ”per experiment” för MiSeq.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 35/36
Institutionen för medicinska vetenskaper
SNP&SEQ-teknologiplattformen
INS-371
10
//
INS-371
11
//
Utvecklat beskrivningen av relationerna mellan
plattformen, SciLifeLab och NGI.
Stycket ”Bakgrund” bytt namn till ”Historik och
verksamhetsprincip”, NGS->MPS. Inte bara
storskaliga SNP-analyser som kompetensprövas.
Språkliga justeringar. Lagt till information om
sekretessavtalet. Updpaterat referenser.
Uppdaterat skrivfel.
INS-0371-v.11.0_Kvalitetsmanual_för_SNP_SEQ-teknologiplattformen.docx
Utskrift: 2015-03-17 13:25
Sidan 36/36