Transcript DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER BIOLOGIE ET

UFR
Sciences
et
Technologies
DOSSIER DE CANDIDATURE
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT M2
Spécialité : Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies (MGEB)
Date limite de dépôt des dossiers : 10 juin 2014
Madame, Monsieur,
Vous trouverez ci-joint le dossier de candidature à l’entrée en 2ème année du Master Biologie et
Environnement spécialité MGEB.
Cette formation est construite sur deux semestres de mi-septembre à fin août, le premier semestre
correspondant à l’acquisition de connaissances (cours, conférences, travaux pratiques, projet
tuteuré) et le deuxième semestre au stage de fin d’études (stage de 5 à 6 mois à partir de mi-janvier).
Pour les étudiants qui se destinent aux métiers de la recherche, vous trouverez en annexe la liste
des sujets de stages de recherche proposés dans le cadre de cette spécialité. Il est indispensable que
vous preniez contact très rapidement avec les responsables des sujets de stage. Vous fournirez
dans votre dossier de candidature votre choix de 3 stages de recherche par ordre de préférence,
ainsi qu’une attestation des responsables de ces 3 sujets de stages recherche indiquant qu’il/elle
serait disposé(e) à vous accueillir en stage. La décision finale d’attribution des stages sera prise par
le jury de recrutement.
Pour les étudiants qui se destinent à un emploi dans une entreprise à l’issue du master, vous
devrez trouver votre stage par vous-même ou en fonction des offres régulièrement envoyées aux
responsables du Master. Il sera apprécié par le jury de recrutement que vous démontriez, dans
votre dossier de candidature, que vous avez entamé une démarche active de recherche de
stage (secteur d’activité envisagé, entreprises ciblées, contacts déjà réalisés et éventuellement
attestation d’acceptation pour un stage).
Le dossier de candidature est à retourner par voie postale uniquement à Mme Dominique
SABATER et impérativement avant le 10 juin 2014.
Après examen de chaque dossier, le jury se réunira et établira :
1) une première liste de candidats retenus sur la base de la qualité du dossier académique et de
l’engagement dans la recherche du stage ;
2) éventuellement une seconde liste de candidats admissibles qui n'ont pu être départagés sur le seul
examen du dossier et qui seront convoqués à un oral.
Le soin et l’attention que vous porterez à votre dossier de candidature seront donc de première
importance. A l’issue des ces entretiens, le jury finalisera l’établissement d’une liste principale et
d’une liste complémentaire.
Vous serez informé(e) par courriel du devenir de votre candidature (attention donc à la lisibilité de
votre adresse électronique).
Nous vous prions d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de nos sentiments les meilleurs.
Catherine TEXIER et Didier DEBROAS
Responsables de la spécialité MGEB
Pièces à joindre au dossier :
Lettre de motivation :
Dans une lettre de motivation manuscrite, vous expliquerez les raisons du choix de ce master
ainsi que vos centres d’intérêt pour le stage de recherche ou pour un stage à vocation
professionnelle en lien avec votre projet professionnel. Vous justifierez, le cas échéant votre
parcours (réorientation(s), motifs de redoublement, ou d’interruption d’études). Vous ajouterez
tout renseignement que vous jugerez utile et ne pouvant pas figurer dans les cases à remplir.
Photocopies des Diplômes de Licence et de Master 1 ère année ou de Diplômes équivalents.
Dans le cas où le Master M1 est en cours, joindre une attestation provisoire ou un relevé de note
intermédiaire et envoyer ensuite les résultats définitifs dès leur publication.
Copies des relevés de notes des deux dernières années universitaires.
Une lettre d’appréciation établie par un enseignant du dernier établissement fréquenté sous pli
cacheté.
Attestation(s) d’un ou plusieurs responsables de stage disposés à vous accueillir (obligatoires
pour les étudiants candidatant à l’orientation recherche ; appréciée pour les étudiants candidatant
à l’orientation professionnalisante).
Dossier à retourner impérativement par voie postale à :
Université Blaise Pascal
UFR Sciences et Technologies – Département de Biologie
Madame Dominique SABATER (M2 MGEB)
Bâtiment biologie B
24 avenue des Landais
BP 80026
63171 AUBIERE CEDEX.
Pour tout renseignement administratif complémentaire, s’adresser à :
Madame Dominique SABATER
Téléphone : +33 04 73 40 54 25
Fax : +33 04 73 40 78 34
Courriel : Dominique. [email protected]
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TOUT DOSSIER INCOMPLET OU NON CONFORME NE SERA PAS PRIS EN COMPTE.
L’ABSENCE DE PHOTO ENTRAINE L’ÉLIMINATION DU DOSSIER.
LES DOSSIERS DE CANDIDATURE NE SERONT PAS RETOURNÉS.
DATES :
La sélection des candidats se déroulera en quatre étapes :
1 - Le 10 juin 2014 : date limite de dépôt des dossiers de candidature (cachet de la poste faisant
foi) ;
2 - Le 13 juin 2014 : Examen des dossiers et établissement d’une liste de candidats retenus sur
le seul examen du dossier, et d’une liste de candidats admissibles aux oraux ;
3 - Le 30 juin 2014 : Entretien avec le jury de recrutement des candidats déclarés admissibles ;
4 - Au plus tard le 15 juillet 2014 : Les candidats retenus sur dossier et/ou après entretien
devront avoir confirmé leur acceptation.
SITES INTERNET :
www.univ-bpclermont.fr/formation/choisir sa formation/M/Sciences, Technologies,
Santé/Biologie et Environnement/Master Microbiologie: Génome, Ecologie et Biotechnologies
lien direct : http://www.univ-bpclermont.fr/formation/formation/UBP-PROG19546.html
DOSSIER DE CANDIDATURE
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT M2
Spécialité : Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
(MGEB)
N° de dossier
Photo
d’identité
(ne pas remplir)
NOM : …………………………………… Prénom : ……….…..………………………….
(en majuscules)
Date et lieu de naissance : ………………………….……… Nationalité : …………….….
Adresse (où doit être envoyée la correspondance) :
………………………………………………………………………………….………………
…………………………………………………………………………………………………
Situation de famille : …………………………………………………………….……...…..
Tél : ………………………… Fax : ……………………. Mail : ……………….……….….
(où le candidat est joignable à tout moment)
Cursus universitaire à dominante (préciser l’orientation générale : microbiologie, physiologie végétale, écologie, etc)
…………….……….…………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………...
Dernière formation suivie et Etablissement fréquenté : …….…………………………..
…………………………………………………………………………………………….……
Orientation du M2 choisie à préciser (rayer la mention inutile) :
- Professionnalisant (stage en entreprise, bureau d’étude, etc..)
Le cas échéant, joindre une attestation signée d’une structure d’accueil disposée à vous accueillir
pour votre stage de M2 orientation professionnalisante.
- Recherche (stage en laboratoire de recherche : obligatoirement dans la liste en annexe) : indiquer vos
choix de stage :
Vœu 1 : Responsable = __________________________________________________________
Vœu 2 : Responsable = __________________________________________________________
Vœu 3 : Responsable = __________________________________________________________
Vous devrez impérativement joindre à ce dossier une attestation signée des responsables de ces
stages indiquant qu’il/elle serait disposé(e) à vous accueillir pour votre stage de M2 orientation
recherche.
Scolarité depuis le Baccalauréat
Année d’étude
Résultat
Ecole ou Université
Diplôme préparé
Mention et/ou
classement
Préciser les modules d’enseignement, UE, EC en rapport avec la Spécialité envisagée :
…………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………
Stages intégrés dans le cursus :
Titre du stage
Organisme d’accueil
Responsable
Stages hors cursus :
Intitulé-thème
Organisme d’accueil
Durée
Rédaction
d’un rapport
(répondre par oui ou
non)
Fait à : ……………………
le : ……………….
Signature :
UFR
Sciences
et
Technologies
ANNEXE AU DOSSIER DE CANDIDATURE
MASTER 2 MGEB :
Liste des sujets de stage recherche
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil :
Laboratoire de Microorganismes: Génome et Environnement
Directeur : Télésphore Sime-Ngando
Nom et fonction de l’encadrant : Joan ARTIGAS (MC) et Clarisse Mallet (MC)
Equipe de recherche : Communautés Microbiennes : Ecotoxicologie-Santé
Titre : Processus de régulation des laccases fongiques de cours d’eaux contaminés: rôle des
microorganismes dans la dégradation des pesticides.
Présentation du sujet
Les enzymes laccases, produites par de nombreux champignons (y compris les hyphomycètes aquatiques),
sont potentiellement capables de dégrader une grande variété de composés xénobiotiques. Cependant, la
plupart des recherches menées sur le sujet l’ont été sur des souches isolées en laboratoire, où la complexité
des communautés microbiennes et le réalisme environnemental sont souvent omis. L'étude proposée vise
donc à identifier et analyser l'expression des gènes des laccases des populations fongiques aquatiques
naturelles à partir d'un écosystème fluvial présentant un gradient amont-aval de contamination par des
pesticides. Pour ce faire, des feuilles seront laissés pendant un mois en amont (référence) et en aval (polluée)
de la rivière Auzon (région de Puy-de-Dôme) afin d’être colonisées. Après colonisation, une expérience de
translocation sera effectuée pour évaluer la stimulation / inhibition des gènes des laccases des populations
fongiques en transplantant la communauté amont - en aval et vice versa. Dans un premier temps, une étude
de diversité des gènes codant pour la laccase sera réalisée en utilisant des amorces dégénérées (Cu1AF et
Cu3R). Les séquences obtenues permettront de dessiner des amorces spécifiques de ce gène afin de
quantifier leur expression par PCR quantitative en temps réel (RT-qPCR). Les analyses génétiques seront
accompagnées par des mesures chimiques de l'eau (concentrations en nutriments, en carbone organique
dissous et en pesticides), de l'activité enzymatique extracellulaire laccase, et de la biomasse et diversité
fongique. Les résultats de cette étude permettront d’approfondir nos connaissances sur l'activité des laccases
au sein de la communauté fongique aquatique des rivières contaminées par les pesticides et ainsi de
déterminer i) l’abondance et la diversité des laccases d’une communauté fongique de litière aquatique, ii)
l'expression de ces enzymes le long d’un gradient de contamination réaliste, iii) la capacité de la
communauté fongique à restaurer l’activité enzymatique laccase après translocation des communautés.
Mots clés: Hyphomycètes aquatiques, activité enzymatique laccase, bioremédiation, pesticides, litière.
Références bibliographiques récentes de l’équipe
Ramió-Pujol, S., Bañeras, L., Artigas, J., Romaní, A.M. (2013) FEMS: Microbiology Letters, 2: 184-191.
Artigas, J., Majerholc, J., Margoum, C., Volat, B., et al. (2012) Aquatic Toxicology, 122:197-205.
Mallet C., H. Agogué, F. Bonnemoy, K. Guizien, F. Orvain, C. Dupuy (2014). Journal of Sea Research,
http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.01.005
Contact : Nom : ARTIGAS
Tél :
0473407473
Email : [email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil : EA 4678 CIDAM
Directeur : Pr Monique Alric
Nom et fonction de l’encadrant : Boucher Delphine (MCU), Peyretaillade Eric (MCU)
Equipe de recherche : EA 4678 CIDAM
Sujet de recherche
Titre : Adaptation de pathogènes émergents au microbiote intestinal humain
Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) :
Selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), les maladies chroniques représenteraient,
aujourd’hui, la principale cause de mortalité dans le monde (63% des causes de décès). Le caractère
multifactoriel de ces pathologies est aujourd’hui parfaitement établi et représente un poids
considérable en termes de santé publique. En plus des différents facteurs physiologiques, génétiques
et immunologiques identifiés, des dysbioses du microbiote intestinal associés à la présence de
pathogènes émergents pourraient également contribués à l’apparition ou bien à l’aggravation de ces
pathologies digestives. L’objectif de ce travail sera donc de déterminer le rôle du microbiote
intestinal en relation avec la présence de pathogènes émergents (procaryotes ou eucaryotes) chez
des sujets sains et malades. Afin d’atteindre ces différents objectifs, cette étude sera conduite in
vitro (sur flore bactérienne intestinale standardisée à l’aide d’outils de digestion artificielle
développés par l’équipe) et in vivo (modèle murin). L’identification des populations microbiennes et
de leurs fonctions impliquées dans le rôle de barrière contre les pathogènes sera réalisée par des
approches de métagénomique et métatranscriptomique.
Mots clés (5) :
- microbiote intestinal humain, pathogènes émergents, biopuces, capture de gènes
Références bibliographiques récentes de l’équipe (3 maximum)
- Denonfoux J, Parisot N, Dugat-Bony E, Biderre-Petit C, Boucher D, Morgavi DP, Le Paslier D, Peyretaillade E,
Peyret P. 2013. Gene capture coupled to high-throughput sequencing as a strategy for targeted metagenome exploration.
DNA Res. 20:185-96.
- Peyretaillade E et al., 2012. Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals. Nat Commun.3:1137
- Boucher D, et al,. 2011. Bacterial community composition of biological degreasing systems and health risk assessment
for workers. Microb Ecol, 62:868-881.
Contact : Boucher Delphine
Peyretaillade Eric
Tél : 0473178309
0473178309
Email : [email protected]
[email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
UFR Sciences et Technologies
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil : INRA, UR454 Microbiologie
Directrice : Régine TALON
Nom et fonction de l’encadrant : Mickaël DESVAUX (CR1)
Equipe de recherche : BaDiAl (Adaptation des Bactéries aux environnements Digestif et Alimentaire)
Sujet de recherche
Titre : Identification de nouvelles adhésines chez les Escherichia coli pathogènes intestinaux
dans une stratégie de développement de vaccins
Présentation du sujet :
La sécrétion des protéines joue un rôle majeur dans les interactions des bactéries avec leur environnement.
Certaines protéines sécrétées et localisées en surface des cellules bactériennes sont impliquées dans
l'adhésion à des composants de la matrice extracellulaire (ECM) des tissues de l'hôte (collagène,
fibronectine,…etc). Ces protéines bactériennes jouent un rôle majeur dans l'infection mais sont aussi des
cibles de choix dans une stratégie vaccinale. Il s'agira d'identifier ces protéines de surface chez des
Escherichia coli pathogènes intestinaux, en particulier enterohémorragiques (EHEC), par une nouvelle
approche de protéomique basé sur le marquage et une séparation hors-gel. Parallèlement, la caractérisation
de certaines de ces protéines sera effectuée en suivant une approche de génétique fonctionnelle qui implique
la construction de mutants de délétion (techniques de génie génétique, PCR, clonage, remplacement
allèlique, complémentation, gène rapporteur, microscopie, fractionnement cellulaire, analyse protéique) puis
leur caractérisation phénotypique (tests d'adhésion et de colonisation, localisation cellulaire, formation de
biofilms).
Mots clés (5) :
- Protéines de surface, Adhésion bactérienne, Protéomique, Génétique fonctionnelle
Références bibliographiques récentes de l’équipe
-Chagnot C, Agus A, Renier S, Peyrin F, Talon R, Astruc T, Desvaux M. 2013. In vitro colonization of the
muscle extracellular matrix components by Escherichia coli O157:H7: the influence of growth medium,
temperature and pH on initial adhesion and induction of biofilm formation by collagens I and III. PLoS One.
8:e59386. doi:10.1371/journal.pone.0059386. PMID: 23516631.
-Chagnot C, Listrat A, Astruc T, Desvaux M. 2012. Bacterial adhesion to animal tissues: protein
determinants for recognition of extracellular matrix components. Cellular Microbiology. 14(11):1687-1696.
doi:10.1111/cmi.12002. PMID: 22882798.
-Renier S, Micheau P, Talon R, Hébraud M, Desvaux M. Subcellular localization of extracytoplasmic
proteins in monoderm bacteria: rational secretomics-based strategy for genomic and proteomic analyses.
PLoS One. 2012;7(8):e42982. doi:10.1371/journal.pone.0042982. PMID: 22912771.
Contact : Mickaël DESVAUX
Indemnisation :
436€/mois
Tél : 04 73 62 47 23
Mél : [email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil :
Laboratoire : Génome, Microbiologie et Environnement
Directeur : Dr Télésphore Sime-Ngando
Nom et fonction de l’encadrant : Dr Aurore DUBUFFET, maître de conférences
Equipe de recherche : Interactions Hôte-Parasite
Sujet de recherche : Impact de l’infection par le parasite Nosema ceranae sur l’expression des
gènes immunitaires dans l’intestin de l’abeille, à l’échelle cellulaire
Présentation du sujet :
De par son rôle prépondérant dans la pollinisation des cultures et dans le fonctionnement des
écosystèmes terrestres, l’abeille, et en particulier sa santé, est devenue une source de préoccupation
majeure. On observe en effet depuis plusieurs années des pertes importantes dans les populations
d’abeilles domestiques, pertes dont l’origine serait multicausale. Le parasite Nosema ceranae est l’un
des pathogènes les plus fréquents de l’abeille, et est considéré comme l’un des facteurs à l’origine des
fortes mortalités observées (Higes et al 2013). Ce parasite intracellulaire se développe dans les cellules
de l’intestin moyen de l’abeille. Différentes études indiquent qu’en présence de N. ceranae, l’immunité
de l’abeille est perturbée (Aufauvre et al, 2014; Antunez et al 2009; Schwarz & Evans 2013). Ces
perturbations semblent cependant différentes (surexpression ou répression des gènes) selon l’échelle à
laquelle l’étude est réalisée (échelle de l’individu ou de l’intestin) ou selon la dose de parasites ingérée
par les abeilles. L’objectif du M2 est de préciser l’impact de N. ceranae sur l’expression des gènes
immunitaires en se plaçant à l’échelle cellulaire et en corrélant ces niveaux d’expression à l’intensité et
au stade de l’infection. Afin de distinguer différents types de cellules dans l’intestin d’abeilles infectées
(cellules saines, cellules faiblement ou fortement infectées, stades précoces ou tardifs de
développement parasitaire), un marquage FISH (fluorescence in situ hybridization) sera effectué sur
des coupes d’intestins d’abeilles infectées expérimentalement (Dubuffet et al 2013). Les différents
types de cellules seront alors extraits des coupes par Microdissection Laser, et l’expression d’un
ensemble de gènes immunitaires sera analysée par qRT-PCR.
Mots clés (5) : - microsporidies – N. ceranae – A. mellifera – microdissection laser - Intestin
Références bibliographiques récentes de l’équipe Aufauvre et al 2012. Parasite-insecticide interactions: a
case study of Nosema ceranae and fipronil synergy on honeybee. Sci Rep 2:326. Dubuffet et al 2013. Specific detection
and localization of microsporidian parasites in invertebrate hosts using in situ hybridization. Appl Environ Microbiol 79
385-388. Aufauvre et al, 2014. Transcriptome analysis of the honeybee response to Nosema ceranae and insecticides.
Plos One
Contact: Nom : DUBUFFET Tél : 04 73 40 53 06 Email : [email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil : INRA de Clermont-Ferrand/Theix, UR454 Microbiologie, site de Theix, 63122
Saint-Genès Champanelle
Directeur : Régine Talon
Nom et fonction de l’encadrant : Michel Hébraud (DR2, HDR)
Equipe de recherche : UR INRA 454 Microbiologie
Sujet de recherche
Titre : Exploration des mécanismes d’adaptation de Listeria monocytogenes à un stress de dessiccation par des approches
protéomiques
Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) :
- Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène à Gram positif , responsable d'intoxications alimentaires sévères avec une
incidence d’environ 0.5 cas de listériose/105 hab. et un taux de mortalité de l’ordre de 22%. Cette bactérie, ubiquiste dans
l’environnement, est une préoccupation majeure dans les IAA. Elle est capable de former des biofilms sur les surfaces et de
s’adapter et persister dans des conditions hostiles (basse T°C, Aw faible, traitements de nettoyage-désinfection, etc). Les travaux
porteront sur les mécanismes moléculaires impliqués dans l'adaptation du pathogène à de faibles humidités relatives consécutives
à la déshumidification de l’air dans les ateliers des IAA, notamment après les phases de nettoyage-désinfection. La résistance des
biofilms à la dessiccation peut être due à l’effet protecteur de substances polymériques sécrétées, à la composition de l’enveloppe
cellulaire et/ou à des modifications métaboliques. Cependant, ces mécanismes moléculaires sont encore très mal connus bien que
des conditions d’humidité relative faible sont majoritairement celles qui règnent dans l’environnement.
L’objectif est donc de décrypter les mécanismes d’adaptation et de résistance à une faible humidité relative de l’air de L.
monocytogenes en biofilm. Les travaux seront focalisés sur l’analyse des protéomes intracellulaires et de l’enveloppe cellulaire.
Lors du stage, l’étudiant(e) mettra en œuvre des techniques culturales et de protéomique adaptées au modèle d’étude du stress
hydrique. La culture bactérienne en biofilm, l’extraction et la séparation (électrophorèse 2-D et/ou HPLC) de protéines, leur
identification par spectrométrie de masse et les analyses bioinformatique et statistique des données constitueront les principales
techniques et outils utilisés. Ce travail sera réalisé en lien avec la composante protéomique de la Plate-Forme d’Exploration du
Métabolisme de l’INRA.
Le sujet et le stage de Master sont financés par l’ANR ALID EcoSec (https://www.anses.fr/fr/content/le-projet-ecosec).
Mots clés (5) : L. monocytogenes, Biofilm, Stress hydrique (dessication), Analyses protéomiques, Imagerie MALDI
Références bibliographiques récentes de l’équipe (3 maximum)
- RENIER, S., CHAMBON, C., VIALA, D. CHAGNOT, C., HEBRAUD, M. and DESVAUX, M. 2013. Exoproteomic analysis of the
SecA2-dependent secretion in Listeria monocytogenes EGDe. J. Proteomics, 80: 183-195.
- RENIER, S., HEBRAUD, M. and DESVAUX, M. 2011. Molecular biology of surface colonization by Listeria monocytogenes: an additional
facet of a Gram-positive foodborne pathogen. Environ. Microbiol. 13: 835-850.
- DESVAUX, M., DUMAS, E., CHAFSEY, I., CHAMBON, C. and HEBRAUD, M. 2010. Comprehensive appraisal of the extracellular proteins
from a monoderm bacterium: Theoretical and empirical exoproteomes of Listeria monocytogenes EGD-e by secretomics. J. Proteome. Res., 9:
5076-5092
Contact : Nom : Hébraud Michel
Tél : 04 73 62 46 70
Courriel : [email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
X Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil : LMGE, Laboratoire Microorganismes : Génome et
Environnement
Directeur : Télesphore Sime-Ngando
Nom et fonction de l’encadrant : LEPERE Cécile (MCF UBP)
Equipe de recherche : Virus et Métabolismes Microbiens
Sujet de recherche: Rôles fonctionnels des parasites eucaryotes aquatiques
L’un des axes de recherche central concernant le fonctionnement des écosystèmes aquatiques concerne
l’étude des facteurs de régulation des communautés planctoniques. Si les interactions trophiques et le rôle
structurant des ressources ont été assez largement étudiés, le rôle des parasites est encore très rarement pris
en compte. Bien que de très nombreuses espèces phytoplanctoniques soient susceptibles d’être infectées par
des parasites eucaryotes, l’étude de la diversité de ce groupe fonctionnel ainsi que ces impacts directs
(mortalité des cellules hôtes) et indirects (effet en cascades, redistribution et recyclage de la matière
organique …etc.) sont encore très mal évalués. Or des résultats récents ont permis de révéler la présence
récurrente d’eucaryotes parasites (appartenant notamment aux champignons, oomycètes, Perkinsozoa,
dinoflagellés) et ont rapporté le rôle de ces parasites dans des mortalités phytoplanctoniques massives, ou
dans des effets sélectifs sur la composition taxonomique avec pour conséquence des changements dans les
successions planctoniques. L’objectif principal du projet concerne la mise en évidence d’association
hôte-parasite dans le but de mieux appréhender à la fois la diversité et la phylogénie des taxons parasites
présents et d’accroitre notre compréhension du rôle de ces parasites dans la dynamique des communautés
microbiennes. Les résultats attendus concernant l’identification phylogénétique des parasites et de leurs hôtes
permettront également d’aborder la question de la co-évolution. Notre approche consistera à utiliser des
techniques de trie cellulaire (micromanipulation et cytometrie de flux) couplées à des méthodes moléculaires
(génomique) afin de caractériser les parasites eucaryotes et leurs hôtes dans plusieurs écosystèmes
aquatiques (lacustres et marins). Par ailleurs l’utilisation de la méthode de dénombrement TSA-FISH sera
utilisée pour cibler in situ certains groupes d’eucaryotes parasites à l’état libre ou intracellulaire.
Mots clés (5) :
Parasites eucaryotes, phytoplancton, lacs, océans, facteurs de régulation
Références bibliographiques récentes de l’équipe (3 maximum)
- Rasconi S, Niquil N, Sime-Ngando T. (2012). Phytoplankton chytridiomycosis : community structure and
infectivity of fungal parasites in aquatic ecosytems. Env Microbiol 14 : 2151-2170
- Lepère C, Demura M, Kawachi M, Romac S, Vaulot D. (2011). Whole genome amplification (WGA) of
marine photosynthetic eukaryote populations. FEMS Microb Ecol: 76: 513-523
- Lepère C, Domaizon I, Taïb N, Mangot JF, Bronner G, Boucher D, Debroas D. (2013). The repartition of
smallest protist assemblages is determined by geographic distance and ecosystem size. FEMS Microb Ecol
in press
Contact : Nom : Cécile Lepère Tél : 04 73 40 74 60 Email :
[email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
UFR Sciences et Technologies
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
SpécialitéGénomique, Écologie et Biotechnologies Microbiennes
Nom du laboratoire d’accueil :
Directeur : T. SIME-NGANDO
LMGE
Nom et fonction de l’encadrant : Isabelle Mary, MCU
Equipe de recherche : Microbiologie de l'environnement et bioinformatique
http://www.lmge.univ-bpclermont.fr/spip.php?rubrique27
Sujet de recherche
Titre : Exploration du potentiel génétique et métabolique des Archaea dans les milieux aquatiques
Présentation du sujet:La présence d’Archaea dans les milieux aquatiques mésophiles fut mise en évidence
lors d’une étude dans les eaux littorales d’Amérique du Nord. A l’époque, l’auteur estimaune proportion
d’Archaea dans ces écosystèmes d’environ 2% par rapport aux procaryotes totaux. Depuis, les études sur
l’abondance ont montré qu’elles peuvent représenter plus de 20% des procaryotes dans les océans.
Parmi les Archaea, le groupe des Euryarchaeota restent encore très mal connu dans les écosystèmes
aquatiques et en particulier en milieu d’eau douce. Cependant, d’après les spécimens cultivés, ce phylum
serait le plus diversifié (Church et al. 2003) mais son potentiel métabolique et physiologique reste donc
encore énigmatique à ce jour, à l’exception d’un métabolisme phototrophe potentiel mis en évidence dans les
eaux marines de surface (Martin-Cuadrado. 2008).
Les objectifs de ce projet seront de i) explorer la diversité et le potentiel métabolique des Archaea
afin de mieux comprendre leur importance dans le fonctionnement des lacset ii) réaliser une étude
comparative avec les populations retrouvées en milieu marin afin de mieux appréhender l’évolution et
l’adaptation de ce groupe. L’abondance et la diversité seront étudiées par des approches de biologie
moléculaire (séquençage, PCR quantitative…). Enfin, afin d’accéder à leur potentiel métabolique, une
analyse métagénomique sur communauté ciblée pourra être réalisée après enrichissement de cette
communauté.
Le candidat ou la candidate devra avoir une solide formation en microbiologie, biologie moléculaire
et des compétences en bioinformatique.
Mots clés (5) : Archaea, écosystèmes aquatiques, métabolisme, diversité, métagénomique
Références bibliographiques récentes de l’équipe
1) Structure of the rare archaealbiosphere and seasonaldynamics of active ecotypes in surface coastal waters.
2013. Hugoni M, Taib N, Debroas D, Domaizon I, JouanDufournel I, Bronner G, Salter I, Agogué H, Mary
I, Galand PE. ProcNatlAcadSci U S A. 2013
2) Dynamics of ammonia-oxidizing Archaea and Bacteria in contrasted freshwater ecosystems. 2013.
Hugoni M, Etien S, Bourges A, Lepère C, Domaizon I, Mallet C, Bronner G, Debroas D, Mary I. Res
Microbiol. 2013
Contact : Nom : Isabelle MARY Tél : 0473407470Email : [email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil :
Laboratoire Microorganismes : Génomes et
Environnement
Directeur : SIME-NGANDO Telesphore
Nom et fonction de l’encadrant : PETIT Corinne, CR1 CNRS
Equipe de recherche : MEB (Microbiologie de l’Environnement et Bioinformatique)
Sujet de recherche
Titre : Acquisition de nouvelles connaissances sur le rôle des microorganismes dans la
formation et la dégradation de composés chlorés dans les milieux lacustres naturels
Les microorganismes sont essentiels au fonctionnement des écosystèmes et donc aux cycles
biogéochimiques. Parmi ces cycles, celui du chlore est encore peu connu. Or le chlore est présent
dans des sols non pollués en proportion équivalente à celle du phosphore, ce qui présume de son
importance pour de nombreux microorganismes pour maintenir les propriétés d’un écosystème. De
plus, d’après des travaux récents, son cycle serait étroitement lié à celui du carbone. Utilisé comme
modèle, le milieu lacustre permettra d’acquérir de nouvelles connaissances sur le cycle du chlore
dans un système d’eau douce, que ce soit sur les mécanismes microbiens de chloruration ou de
déhalogénation. Les approches mises en œuvre reposeront sur l’utilisation d’outils moléculaires
dont certains haut débit (séquençage Illumina par exemple) ciblant à la fois des marqueurs
phylogénétiques et fonctionnels. L’objet du rapport d’étude sera de dégager, parmi les approches
développées actuellement pour appréhender la diversité structurale et fonctionnelle des
communautés microbiennes lacustres, celles qui semblent être les plus prometteuses, et de réfléchir
à de nouvelles approches. Les nouvelles données de génomique microbienne qui seront recueillies
au cours de ce travail, seront essentielles pour mieux prédire l’impact de l’Homme sur le
fonctionnement des écosystèmes naturels, à l’échelle locale ou dans le cadre du changement global.
Mots clés :
-Ecosystèmes lacustres, cycle naturel du chlore, écologie microbienne, chloruration, déhalogenation
Références bibliographiques
-Hugoni M et al (2013). Structure of the rare archaeal biosphere and seasonal dynamics of active
ecotypes in surface coastal waters. Proc Natl Acad Sci USA, 110, 6004-9.
- Dugat-Bony E et al (2012). In situ TCE degradation mediated by complex dehalorespiring
communities during biostimulation processes. Microbial Biotechnology, 5, 642-653. (3 maximum)
Contact : Nom :
PETIT Tél :0473405131
Email : corinne.petit@univ-bpclermont
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologies
Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux
Spécialité Génomique, Écophysiologie et Production Végétales
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil : Lab. Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE)
Directeur : Dr. Télesphore SIME-NGANDO
Nom et fonction de l’encadrant : Pradeep Ram ANGIA SRIRAM, CR 1 (CNRS)
Equipe de recherche : Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique (VMM)
Sujet de recherche
Titre: Régulation virale des métabolismes procaryotes dans les systèmes d’eaux douces
Mots clés (5) :
Viruses, lytic infection, prokaryotic metabolism, prokaryotic diversity and freshwater lakes
Références bibliographiques récentes de l’équipe (3 maximum)
Pradeep Ram et al. (2014) Freshwater Biology 59(2): 300-311
Pradeep Ram et al. (2013) Microbial Ecology 66(4): 906-916
Pradeep Ram et al. (2011) Applied and Environmental Microbiology 77(16): 5610-5618
Contact : Nom : ANGIA SRIRAM
Tél : 04 73 40 74 63
Email : [email protected]
MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT
PROPOSITION DE STAGE RECHERCHE M2
ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014-2015
UFR Sciences et Technologie
Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies
Nom du laboratoire d’accueil : LMGE UMR CNRS 6023
Directeur : Télesphore SIME-NGANDO
Nom et fonction de l’encadrant : Ousmane TRAORE, PU-PH, Anne Marie ROGUES (PU-PH
Bordeaux)
Equipe de recherche : Communautés microbiennes : Ecotoxicologie-Santé (Christiane Forestier)
Titre : Potentiel biofilmogène de souches de Pseudomonas aeruginosa isolées des réseaux d’eaux
hospitaliers et responsables d’infections urinaires nosocomiales
Présentation du sujet :
Le rôle de l’environnement hydrique dans l’acquisition de Pseudomonas aeruginosa (Pa) par les
patients hospitalisés est connu. Toutefois d’autres facteurs, comme la pression de sélection
antibiotique, peuvent intervenir. La présence de Pa dans les réseaux d’eaux hospitaliers est
fréquente mais n’aboutit pas toujours à des colonisations et des infections. L’impact des
caractéristiques bactériennes comme la capacité des souches hydriques de Pa à former du biofilm
sur le risque d’acquisition nosocomiale de Pa n’a pas été étudié. Dans ce projet, nous
déterminerons si le potentiel biofilmogène de souches hydriques de Pa impliquées dans des cas
nosocomiaux est différent de celui de souches environnementales.
Le projet comporte 3 objectifs majeurs :
(i) étudier les biofilms, d’une part de souches de Pa isolées à la fois de prélèvements cliniques
urinaires et de prélèvements d’eaux (pulsotypes identiques), d’autre part de souches isolées
uniquement du réseau d’eau. Ces études se feront sur des biofilms en urines artificielles selon des
modèles statique (en microplaques) et dynamique. Toutes les souches ainsi que les données
cliniques correspondantes ont été recueillies par une équipe bordelaise dans le cadre d’une étude
conduite en Réanimation qui a été publiée.
(ii) déterminer si des concentrations sub inhibitrices d’antibiotiques ont un impact sur la production
de biofilm sur les 2 types de souches définis en (i).
(iii) étudier les variations de formation de biofilm des souches de Pa en fonction de la nature
physico chimique des urines (pH, glucose, albumine) et des matériaux constitutifs des sondes
urinaires (latex, silicone,…).
Mots clés (5) : Pseudomonas aeruginosa, biofilm, eau de réseau, infections nosocomiales
Références bibliographiques récentes de l’équipe (3 maximum)
Desrousseaux C, Sautou V, Descamps S, Traoré O. Modification of the surfaces of medical devices to prevent microbial
adhesion and biofilm formation. J Hosp Infect. 2013 Oct;85 (2):87-93.
Hennequin C, Aumeran C, Robin F, et al. Antibiotic resistance and plasmid transfer capacity in biofilm formed with a
CTX-M-15-producing Klebsiella pneumoniae isolate. J Antimicrob Chemother. 2012; 67(9):2123-30.
Boyer A, Doussau A, Thiébault R, Venier AG, Tran V, Boulestreau H, Bébéar C, Vargas F, Hilbert G, Gruson D, Rogues
AM. Pseudomonas aeruginosa acquisition on an intensive care unit: relationship between antibiotic selective pressure
and patients' environment. Crit Care. 2011;15 (1):R55
Contact : Nom : Traoré O
Tél : 04 73 75 48 72
Email : [email protected]