SAINT PIERRE Aude 32 rue Turenne, 29200 Brest Tel : +(33) 6 51 24 64 45 e-mail : [email protected]

Date de Naissance : 30/10/81 Célibataire Nationalité : Française

Situation professionnelle

Mai 2013/ Nov 2014 Post-doctorat de génétique statistique, Eectué sous la direction d'Emmanuelle Génin (INSERM U1078, Brest).

Thème de recherche : Génétique des populations, Stratication de population dans les études d'association pan-génomiques.

Formation universitaire

2011/2013 Post-doctorat de génétique statistique, Eectué sous la direction de Cristian Pattaro (EURAC, Italie).

Thème de recherche : Mise en place d'un pipeline informatique pour l'analyse de liaison géné tique dans des familles de grandes tailles en utilisant des marqueurs de SNPs.

Février 2012 2007/2011 2008/2009 2004/2005 2003/2004 1999/2003 Qualication aux fonctions de Maître de Conférences en 67ème section.

Doctorat de Biostatistique, École Doctorale de Santé Publique, Université Paris-Sud 11 - Paris Descartes, France.

Eectué sous la direction de Maria Martinez (INSERM U563), soutenue le 3 Janvier 2011 à l'hôpital Paul Brousse (Paris).

Titre : Méthodes d'analyse génétique de traits quantitatifs corrélés : application à l'étude de la densité minérale osseuse.

Jury : Bertram Müller-Myhsok (rapporteur), Edouardo Manfredi (rapporteur), Françoise Clerget Darpoux, Emmanuelle Génin, Pascale Le Roy.

Master 2 de génétique statistique (Candidat libre), École Doctorale Santé Publique, Université Paris-Sud 11 - Paris Descartes, France.

Cours suivis : Génétique des populations ; Génétique quantitative et formelle ; Études d'as sociation en génétique ; Analyse de liaison génétique ; Logiciels d'analyse génétique.

Master 2 M3I (Modèles Mathématique et Méthodes Informatiques), Option Statistique.

Université Paul Sabatier, Toulouse III, France.

Cours suivis dans l'option Statistique : Estimation fonctionnelle : application à la prévision ; Extensions multivariées du modèle linéaire généralisé ; Biostatistique et statistique des essais cliniques ; Classication automatique ; Simulation, algorithmes stochastiques et modèles a données manquantes et méthodes bayésiennes.

Master 1 de mathématiques fondamentales, Option Probabilité-Statistique.

Université Paul Sabatier, Toulouse III, France.

Licence de mathématiques fondamentales, Option Mathématiques et Informatique.

Université Paul Sabatier, Toulouse III, France.

Activité professionelle

Mai 2013/ Nov 2014/ Jan 2011/ Mai 2013/ Ingénieur de recherche en Biostatistique, UBO (Brest).

CDD réalisé au sein de l'équipe d'épidémiologie génétique dans l'unité de "Génétique fonctionnelle" UMR 1078 (Coordonnateur : C. Férec).

Poste de chercheur en Biostatistique, EURAC (Italie).

CDD réalisé au sein de l'équipe de biostatistique dirigée par Cosetta Minelli (Imperial College, London) à l'Institut de Médecine Génétique, EURAC Research (Académie Européenne de Bolzano, Italie).

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Activité professionelle (suite)

Jan 2007/ Jan 2011/ Jan 2006/ Déc 2006 Ingénieur de recherche en Biostatistique, INSERM U563 (Toulouse).

CDD réalisé au sein de l'équipe dirigée par M.P. Roth et H. Coppin dans le département "Génétique-maladies humaines et modèles animaux" (Coordonnateurs : A. Hovnanian et M.P.

Roth).

Biostatisticienne, Sano-Aventis Recherche et Développement.

Mise au point d'une application destinée aux chercheurs et permettant d'identier les types d'in hibition dans une réaction de cinétique enzymatique.

Thèmes de recherche

Biostatistique et bioinformatique.

Statistique et probabilités, modèle linéaire, modèle linéaire généralisé, équations d'estima tion généralisées (GEE), analyse multi-traits, statistique multivariée, test d'hypothèses.

Génétique des populations, stratication de population, population génétiquement isolée, analyse de liaison, analyse d'association, analyse de variant rare, approche par simulations.

Connaissances informatiques

Logiciels scientiques : R, Splus, SAS, Maple, Matlab Logiciels de génétique : Solar, Plink, Merlin, Loki, Eigenstrat, FastIBD, IBD-LD, Beagle, FineSTRUCTURE, Package GenAbel (R) Systèmes et autre logiciels : Unix, DOS, Windows, Latex Langage de programmation : Shell, C++

Formations suivies

2014 2010 2008 2007 Methodological issues in personalized and predictive medicine, atelier INSERM.

Phase théorique (3 jours).

Design and Analysis of Genetic-based Association Studies, organisé par le Well come Trust Advanced Courses, Hinxton, Angleterre (5 jours).

Epidemiology genetics of human diseases, organisé en partenariat avec l'ESHG et l'université Paris-Sud 11, France (5 jours).

Statistical Methods and novel strategies to search for genes involved in common diseases, atelier INSERM. Phase théorique (2 jours) et phase pratique (2 jours).

Activité en matière d'administration et responsabilités collectives

Membre du groupe de travail "Population Stratication and Genetics" avec E. Génin, A.L.

Leutenegger, H. Perdrix, C. Bardel, P. Broët, A. Sabbagh, R. Kazma, C. Bellenguez et G.

Marenne.

Organisatrice du "Journal Club" de l'EURAC (réunion hebdomadaire) Participation à l'organisation du groupe de travail "The French Parkinson's Disease Gene tics Study Group" à Toulouse (2009) Reviewer pour le journal "European Journal of Human Genetics"

Informations générales

Langues Loisirs Anglais : lu, écrit, parlé.

Italien Espagnol : Niveau scolaire.

Voyages au long cours, randonnée en montagne, escalade.

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Activités d'enseignement

J'ai eectué ma thèse de doctorat à Toulouse dans l'unité INSERM U563. Étant rattachée à l'Université Paris-Sud 11, je n'ai pas pu eectuer de monitorat ni enseigner beaucoup d'heures pendant ma thèse. Cependant, j'ai eu l'opportunité d'enseigner deux années consé cutives (2009 et 2010) dans le module de génétique humaine (responsable : A. Cambon Thomsen) au sein du Master 2 professionnel de Bio-ingénierie (Université Toulouse III).

Cette expérience d'enseignement a porté sur l'apport des analyses d'association par criblage du génome dans l'étude de la génétique des maladies multifactorielles.

2009/2010 Lors de ces cours, j'ai commencé par présenter aux étudiants les principaux modèles statis tiques utilisés en génétique. J'ai ensuite décrit les problématiques d'ordre méthodologique spéciques à l'étude de la composante génétique des maladies multifactorielles. J'ai ter miné en discutant de la qualité des données requises et de leur impact sur les résultats.

Je me suis en particulier inspirée d'exemples de mes travaux de doctorat en insistant sur l'importance de conduire des analyses statistiques avec précaution an d'éviter tant que possible les biais pouvant aecter la qualité des résultats.

Cours sur la Contribution des études d'association "Genome wide" pour l'analyse génétique des maladies multifactorielles. Master 2 de Bioingénierie, Université Paul Sabatier, Toulouse III, France (2h).

2013 2013 Depuis que je suis rentrée en France, j'ai eu l'occasion de participer à l'école d'été de "Gé nétique Epidémiologique et Statistique" organisée par E. Génin. Mon intervention portait sur les études d'association.

Cours sur les Études d'association. École d'été INSERM, Rosco, France (1h).

J'étais également responsable de l'enseignement de statistique au sein du Master 2 Biologie et Santé, spécialité gestion et conservation de la biodiversité (UBO, Brest). Lors de ce cours, j'ai présenté les bases de la statistiques (Loi de probabilité, Estimation et intervalle de conance, Principe des tests statistiques, Comparaison de deux pourcentages, Comparaison de deux moyennes, Régression linéaire et corrélation, Analyse de la variance). Mon objectif était de montrer le principe général et les conditions d'utilisation de ces méthodes an de montrer leur puissance et leurs limites pour les employer à bon escient.

Cours de Statistique. Master 2 Biologie et Santé, spécialité gestion et conservation de la biodiversité, responsable : X. Dauvergne. Université de Bretagne Occidentale, France (20h).

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Thèse de Doctorat

Titre Thèse de doctorat de l'Université Paris 11 en Biostatistique soutenue le 3 Janvier 2011 à l'hôpital Paul Brousse (Paris). Mention Très Honorable.

Méthodes d'analyse génétique de traits quantitatifs corrélés : application à l'étude de la densité minérale osseuse.

Directeurs Rapporteurs Jury Résumé Mots-clés Maria Martinez, Directrice de recherche INSERM Bertram Müller-Myhsok, Professeur des Universités et Directeur de recherche au "Max Planck Institute of Psychiatrie" (Munich) Edouardo Manfredi, Professeur des Universités et Directeur de Recherche INRA Françoise Clerget-Darpoux, Directrice de recherche INSERM Emmanuelle Génin, Directrice de recherche INSERM Pascale Le Roy, Directrice de Recherche INRA La plupart des maladies humaines ont une étiologie complexe avec des facteurs génétiques et environnementaux qui interagissent. Utiliser des phénotypes corrélés peut augmenter la puissance de détection de locus de trait quantitatif. Ce travail propose d'évaluer diérentes approches d'analyse bivariée pour des traits corrélés en utilisant l'information apportée par les marqueurs au niveau de la liaison et de l'association. Le gain relatif de ces approches est comparé aux analyses univariées. Ce travail a été appliqué à la variation de la densité osseuse à deux sites squelettiques dans une cohorte d'hommes sélectionnés pour des valeurs phénotypiques extrêmes. Nos résultats montrent l'intérêt d'utiliser des approches bivariées en particulier pour l'analyse d'association. Par ailleurs, dans le cadre du groupe de travail GAW16, nous avons comparé les performances relatives de trois méthodes d'association dans des données familiales.

Génétique statistique, trait complexe, analyse bivariée, échantillons sélectionnés, puissance statistique, analyse pangénomique, analyse de liaison, analyse d'association, QTL, DMO, ostéoporose.

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Liste des publications

Publications - Kwan J.,...,Saint-Pierre A. et al. (2014). Meta-analysis of genome-wide association stu dies identies two loci associated with circulating osteoprotegerin levels. Hum. Mol. Genet., pii : ddu386.

- Saint-Pierre A., Génin E. (2014). How important are rare variants in common disease ?

Brief. Funct. Genomics, 13(5) :353-361.

Articles soumis Article préparation en Travaux scientifiques divers - Saint-Pierre A., D'Elia Y., Ciullo M., Pramstaller P., Pattaro C. (2014). SNP-based linkage analysis in extended pedigrees : comparison between two alternative approaches.

Hum. Hered., 78(1) :27-37.

- Pattaro C., Saint-Pierre A. (2013). Family-based studies to the rescue of genome-wide association studies in renal function. Kidney Int., 83(2) :196-8.

- Van Der Harst P.,..., Saint-Pierre A. et al. (2012). Seventy-ve genetic loci inuencing the human red blood cell. Nature, 492(7429) :369-75.

- Saad M., Saint-Pierre A., Bohossian N., Mace M., Martinez M. (2011). A Comparative Study of Four Methods for Detecting Associations with Rare Variants in Exon-Resequencing Data. BMC Proc., 5(Suppl 9) :S33.

- Saint-Pierre A., Kaufman J.M., Ostertag A., Cohen-Solal M., Boland A., Toye K., Zelenika D., Lathrop M., de Vernejoul M.C., Martinez M. (2011). Bivariate association analysis in selected samples : application to a GWAS of two bone mineral density phenotypes in males with high or low BMD. Eur. J. Hum. Genet., 19(6) :710-6.

- Saad M., Lesage S., Saint-Pierre A. et al. (2011). Genome-wide association study conrms BST1 and suggests a locus on 12q24 as risk loci for Parkinson's disease in the European population. Hum. Mol. Genet., 20(3) :615-27 - Saint-Pierre A., Vitezica Z., Martinez M. (2009). A comparative study of three methods for detecting association of quantitative traits in samples of related subjects. BMC Proc., 3(Suppl 7) :S122.

- Kaufman J.M., Ostertag A., Saint-Pierre A., Cohen-Solal M., Boland A., Van Pottel bergh I., Toye K., de Vernejoul M.C., Martinez M. (2008). Genome-Wide linkage screen of bone mass density in European pedigrees ascertained through a male relative with low BMD values : Evidence for QTLs on 17q21-23, 11q12-13, 22q11 and 13q12-14. J. Clin.

Endocrinol. Metab., 93(10) :3755-62.

- Pattaro C.,...,Saint-Pierre A. et al. (2014). Genetic Associations at 53 Loci Highlight Cell Types and Biologic Pathways for Kidney Function. The Lancet.

- Saint-Pierre A., Génin E. (2014). Correlation between genes and geography in France : a genome-wide analysis on the 3 Cities study.

- Saint-Pierre A., Pattaro C. (2012). Rapport d'activité EURAC. Stratégies pour l'analyse de traits complexes dans une population isolée du Haut-Adige : sélection des individus pour le séquencage et imputation des données de séquences dans le reste de la population.

- Saint-Pierre A., D'Elia Y., Pattaro C. (2011). Rapport d'activité EURAC. Évaluation et mise en place d'une procédure automatique pour l'analyse de liaison génétique utilisant l'information apportée par des cartes de marqueurs denses dans une population isolée du Haut-Adige.

- Saint-Pierre A. (2011). Thèse de doctorat, Université Paris-Sud 11. Méthodes d'ana lyse génétique de traits quantitatifs corrélés : application à l'étude de la densité minérale osseuse.

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Liste des publications (suite)

Travaux scientifiques divers - Saint-Pierre A.(2005). Mémoire de Master 2. Analyse statistique de données de puces à ADN. Réalisé au sein de l'unité INSERM 586 (Toulouse), sous la direction des professeurs A. Baccini, S. Déjean (Université Toulouse III) et N. Viguerie, (INSERM, U586) - Saint-Pierre A. (2004). Mémoire de Master 1. Régression non paramétrique multivariée et éau de la dimension. Sous la direction du professeur P. Vieu, Université Toulouse III.

Projet de col laboration - Mise en place d'une collaboration avec L. Corcos (INSERM, Brest) an d'étudier des méthodes statistiques pour l'analyse de données d'expression.

Conférences internationales

Présentations orales - Saint-Pierre A., Bellenguez C., Génin E. (2014). Comparison of similarity measures for ne-scale population structure inference. European Mathematical Genetic Meeting (EMGM), Cologne (Allemagne), 1-2 Avril. Hum Hered 2013 ;76 :86-113 - Saint-Pierre A., D'Elia Y., Pattaro C. (2012). Linkage analysis based on high density SNP arrays in large and complex pedigrees. Statistical Method for Post Genomic Data (SMPGD), Lyon (France), 26-27 Janvier.

- Saint-Pierre A., Mangin B., Martinez M. (2009). Bivariate linkage tests for quantitative traits : Assessing the null distributions in NEMO data. EMGM, Munich (Allemagne), 14-15 Mai.

- Saint-Pierre A., Boussac N., Agut C. (2006). Study of enzyme kinetic data. World Wide Preclinical and Research Biostatistics Meeting, Milan (Italie), 21 Juin.

Posters - Saint-Pierre A., et al. (2013). Axe épidémiologie, génétique épidémiologique et génétique des populations. Les Rencontres INSERM du Grand Ouest, 3 Décembre.

- Saint-Pierre A., Taliun D., Pattaro C. (2012). Next generation sequencing in the MI CROS study : Strategy for sample selection. Comité scientique de l'EURAC avec Boehnke M. (Professeur de Biostatistique à l'Université du Michigan), Myers R.H., Gusella J., Campbell H. et Wichmann H.E., 26 Octobre.

- Saint-Pierre A., D'Elia Y., Pramstaller P., Pattaro C. (2012). Linkage analysis on high density SNP arrays in large and complex pedigrees. EMGM, Göttingen (Allemagne), 12-13 Avril.

- Saint-Pierre A., D'Elia Y., Pattaro C. (2011). A workow for linkage analysis using high density SNP arrays. Comité scientique de l'EURAC avec Boehnke M., Myers R.H., Gusella J., Campbell H. et Wichmann H.E., 11 Novembre.

- Saint-Pierre A., Del Greco F., Pramstaller P., Pfeufer A., Pattaro C. (2011). On the detection of pleiotropic QTLs in extended pedigree data : evaluation of dierent multi-trait association approaches. EMGM, Londres (Angleterre), 11-12 Avril.

- Saint-Pierre A., Martinez M. (2009). On the value of family data in genome-wide association studies for quantitative traits. European Society of Human Genetics (ESHG), Vienne (Autriche), 23-26 Mai ; Eur. J. Hum. Genet. 2009 ; 17 (P08.13) - Saint-Pierre A., Mangin, B., Martinez M. (2009). Bivariate linkage analysis for map ping quantitative trait loci in pedigrees : Comparison of methods and assessment of the test statistics distributions in the NEMO study. EMGM, Munich (Allemagne), 14-15 Mai ; Annals of Human Genetics, 73, 658-658 6

Conférences internationales (suite)

- Saint-Pierre A., Martinez M. (2008). A comparative study of three methods for detecting association of quantitative traits in samples of related subjects. Genetic Analysis Workshop 16 (GAW16), Saint-Louis (États Unis), 17-20 Septembre.

- Saint-Pierre A., Martinez M. (2008). On the detection of pleiotropic QTLs in non random and large pedigrees : empirical evaluation of dierent multitrait linkage tests. In ternational Genetic Epidemiology Society meeting (IGES), Saint-Louis (États Unis), 15-16 Septembre, Genet. Epidemiol. ; 32 :7 (A148) - Saint-Pierre A., Martinez M. (2007). Evaluation of dierent type of bivariate analysis in a genome-wide search for pleiotropic loci on two Bone Mineral Density quantitative traits. IGES, York (Angleterre), 7-10 September. Genet. Epidemiol. 2007 ; 31 :6 (A130) 7