Transcript Présentation DREAL sur le référentiel taxonomique

CoTech SINP
14 mars 2014
Référentiel taxonomique
régional
Retours des usagers, état des lieux
Direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement
Languedoc Roussillon
www.developpement-durable.gouv.fr
Plan de la présentation
1. Rappels sur la demande
2. Premiers retours
3. Passage à la V7.0 de TaxRef
4. À venir
2
1. Rappels
Objectifs

Disposer d’une liste des taxons présents en LR : objectif
à moyen terme pour certains groupes taxonomiques.

Rattacher les taxons aux divers statuts : réglementaires,
listes rouges, connaissance, etc.

Préparer la mise en place de la plate-forme régionale
SINP (2014).

Faciliter l’interopérabilité des données SINP dans le
prolongement de TaxRef

Préparer la mise en place des quelques indicateurs ORB
(2014)
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1. Rappels
Modèle de données
4
1. Rappels
Premiers avis Têtes de réseau / Utilisateurs
Soumis pour avis : un export au format tableur
- des données extraites du référentiel taxonomique régional,
- export basé sur la V6.0 de TaxRef
- les données sur les statuts issues de l’INPN sont incomplètes dans la
V6.0
Il s’agissait de donner un avis sur la forme :
- format de présentation des données (Table, Liste)
- champs : utiles, inutiles, attendus
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2. Premiers retours
Un premier retour (très rapide) :
=> correction d’un bug qui conduisait à attribuer des statuts différents à
un même taxon cité avec des cd_nom d’origine différents
=> Rajout de statuts oubliés (ex. : L’annexe 2 de la réglementation
cueillette en Lozère)
Un second retour (assez rapide) d’un utilisateur habitué à la gestion de
bases de données : format Table difficilement exploitable
=> renvoi d’une version avec export à la fois en Table et en Liste
=> Mettre à disposition une version (dump) de la base (Postgresql) ?
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2. Premiers retours
Troisième retour récent : cas de taxons absents du territoire mais cités
dans TaxRef (ex. du cas de Artemisia campestris subsp. lempergii Sennen,
1936, ce taxon arrive dans les listes par application du statut Liste Rouge
Europe LC aux descendants de Artemisia campestris L. mais Artemisia
campestris subsp. lempergii Sennen est cité Douteux (D) dans TaxRef).
Comment tenir compte des statuts biogéographiques de TaxRef ?
Rappel des statuts biogéographiques dans TaxRef :
Code
P
B
E
S
C
I
J
M
D
A
W
X
Y
Z
Q
Libellé
Présent (indigène ou indéterminé)
Occasionnel
Endémique
Subendémique
Cryptogène
Introduit
Introduit envahissant
Introduit non établi (dont domestique)
Douteux
Absent
Disparu
Éteint
Introduit éteint / disparu
Endémique éteint
Mentionné par erreur
Exemple : Gymnospermes V 7.0
Plantes
Plantes
Plantes
Plantes
Plantes
Plantes
Plantes
vasculaires
vasculaires
vasculaires
vasculaires
vasculaires
vasculaires
vasculaires
Gymnospermes
Gymnospermes
Gymnospermes
Gymnospermes
Gymnospermes
Gymnospermes
Gymnospermes
P
E
C
I
M
D
Q
Présent (indigène ou indéterminé)
Endémique
Cryptogène
Introduit
Introduit non établi (dont domestique)
Douteux
Mentionné par erreur
96
1
1
17
165
7
1
7
2. Premiers retours
Statuts concernant la chasse : en cours de traitement textes récupérés
(ONCFS pas de liste spécifique => consulter l’arrêté national cadrant les
espèces chassables et les arrêtés départementaux pour les listes de
nuisibles disponibles sur Internet.)
Questions sans réponses à ce jour espèces envahissantes :
L ’analyse des documents en ligne sur le site de la Commission Européenne
laisse penser que la liste des envahissantes validée par les pays membres
n’est pas encore produite.
Question : en attendant cette liste, la publication dans le référentiel
régional des taxons listés dans DAISIE est-elle utile ?
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3. Passage à la V7.0 de TaxRef
Début mars 2014 : passage à la version de 7.0
Rappel : le modèle doit permettre une implantation facile d’une nouvelle
version de TaxRef
Constat : quelques surprises !
- modification de la structure de la table INPN : ajout de champs de regroupement
group1_inpn et group2_inpn ex. contenu : Plantes vasculaires;Fougères.
- Erreurs d'attribution de synonymie à des références du genre Acer (mis en synonymie
de Aconitum napellus) !
- 190 cas de doublons, c’est-à-dire 190 paires d’enregistrements dont la seule
différence (entre deux enregistrements) est le cd_nom !
- dans table d’enregistrement des changements entre V6.0 et V7.0 : 888 entrées sans
différence entre VALEUR_INIT et VALEUR_FINAL !
- dans table d’enregistrement des changements entre V6.0 et V7.0 : incohérences.
recherche dans taxref 7.0 les cd_nom signalés comme retirés de taxref 6.0 retourne 12
lignes !
- etc.
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3. Passage à la V7.0 de TaxRef
Début mars 2014 : passage à la version de 7.0
- Meilleure complétude des listes réglementaires
- Mise à disposition des listes rouges (récentes...)
MAIS :
ces deux améliorations ont été obtenues par demande directe auprès du
SPN et ne sont toujours pas téléchargeables sur le site INPN !
CONCLUSION : implantation de la V 7.0 un peu plus longue que prévue
mais sans difficultés particulières (hormis surprises citées).
Remarque 1 : sauvegarde de la base en l’état V 6.0
Remarque 2 : à savoir, l’INPN fait quelquefois des mises à jour de la
version en ligne qui devient du coup différente de la version en
téléchargement !
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4. À venir
Vérification du contenu : cohérence des listes
récupérées.
✗
Vérification par les Têtes de réseau des mises en
correspondance cd_orig / cd_nom
✗
Recrutement d’un stagiaire (IUT informatique) pour
création d’un site Web de mise en ligne de référentiel
taxonomique régional.
✗
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Merci de votre attention !
12