Transcript Gérer sa bibliographie et ses pdfs avec Zotero

Gérer sa bibliographie et
ses pdfs avec Zotero
Pour ne plus être dans cette situation
Dernière mise à jour : 20/01/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie
Rappels sur la bibliographie
Outils pour
rédiger une
bibliographie
• des données
fiables et complètes
• un style
bibliographique
• un logiciel de
gestion de
bibliographie
Par DrJohnBullas Source Flickr
Rappels sur la bibliographie
Qu’est-ce qu’un style bibliographique?
Les styles définissent la façon dont les éléments
bibliographiques (citations et bibliographie) d’un document
doivent être organisés et formatés.
2 types de style principaux :
• le système dit de « Vancouver » : citations numériques
les références dans la bibliographie sont classées par ordre
d’apparition dans le texte
Ex : Vancouver, IEEE, ACS, Nature, Science
• le système dit de « Harvard » : citations « auteur-date »
les références dans la bibliographie sont classées par
ordre alphabétique d’auteur
Ex : AGU, Council of Science Editors
Voir :
• Guides de l’université de Murdoch
• RédAction - Les styles bibliographiques de Bernard Pochet (Université de Liège)
Critères de comparaison et de choix d’un logiciel de
gestion bibliographique
• Logiciel libre/propriétaire
• Formats d’import et d’export
disponibles
• Styles bibliographiques fournis
(et possibilité d’en créer de
nouveaux)
• Possibilité d’importer depuis
différentes sources
bibliographiques
• Capacité de la base
• Outils de recherche et de tri
dans les bibliothèques de
références
Zotero : présentation générale
 Plug-in Firefox, open source, gratuit, et extensible
 Version Standalone compatible avec Safari et Chrome limite : gère mal l’accès distant (cf. infra)
 Compatible avec d’autres logiciels de gestion
bibliographique : import/export de références en BibTex,
RIS, etc.
 Plug-in d’interface directe avec le traitement de texte
Word, LibreOffice et OpenOffice
 Stocker et gérer :
Terminologie Zotero
• des références bibliographiques = des documents
• les documents qu’elles décrivent = des fichiers joints
• des captures de pages Web
• des liens vers des pages Web
Zotero : Zotero ou Zotero Standalone?
Source : La boîte à outils des historiens - http://www.boiteaoutils.info/2012/05/zotero-version-firefox-oustand-alone.html
Voir aussi : http://forums.zotero.org/discussion/21623/zotero-30-for-firefox-vs-zotero-standalone
Zotero : fonctionnalités principales
 Collecter des documents depuis des catalogues de
bibliothèques, des bases de données en ligne, des sites
internet, des pdfs, etc.
 Gérer et organiser les documents par :
• dossiers et sous-dossiers (Collections)
• marqueurs (Tags)
• recherches dans les documents
 Générer des bibliographies, gérer les appels de citation et
la bibliographie d’un document
 Créer un compte en ligne et synchroniser sa bibliothèque
Zotero +
Zotero
 Partager des références bibliographiques
Zotero++
Gérer sa biblio avec Zotero en 2h
By Alexandra Guerson
Source : Flickr
1.Installer et
configurer Zotero
2.Collecter des
documents
3.Gérer ses documents
et ses pdfs
4.Exploiter ses
documents
5.Compléments divers
1.Installer Zotero
Les possibilités de
téléchargement sont
proposées en fonction
du navigateur utilisé
(seulement Zotero
Standalone et
l’extension Chrome
pour Chrome par
exemple)
1. Les 4 zones
Barre d’outils
Liste des
documents
Organiser les documents :
collections, marqueurs et
recherches sauvegardées
Détails du document
sélectionné
1. Configurer Zotero
Apparence + divers
Synchronisation : compte,
réinitialisation, etc.
Indexation des fichiers pdf et
statistiques
Citation rapide
Plug-ins Word/OpenOffice et styles
bibliographiques
Emplacement des données, intégrité de la
base, encodage des caractères, résolveur
de liens
1.Configurer
Zotero
Joindre
automatiquement
les fichiers PDF
associés…
= uniquement sur les
plateformes
(ScienceDirect,
IEEEXplore, ACS,
etc.) et pour les
revues et e-books
acquis par la BUPMC
ou en libre accès
1.Configurer Zotero : pour les chimistes
 Un paramètre caché vous permet de choisir le type
de PDF ACS téléchargé
 Il doit être ajouté manuellement
• taper about:config dans la barre d’adresse de Firefox
• clic-droit > Nouvelle > Nombre entier
• Saisir le nom entier :
extensions.zotero.translators.ACS.highResPDF et indiquer
la valeur souhaitée
Voir :
http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences#translator_preferences
1.Configurer
Zotero
Indiquer le
résolveur de
liens de la
BUPMC pour
fiabiliser l’accès
au texte intégral
et accéder au
menu SFX depuis
votre
bibliothèque
Zotero
http://sfxeu06.hosted.exlibrisgroup.com/33UPMC
1.Configurer Zotero
Menu SFX
2. Collecter des documents
1
Collecte en ligne
2
3
1
4 5
2
Import d’un fichier
4
3
Saisie manuelle d’une
document : différents types de
disponibles
6
Récupérer les
métadonnées d’un pdf
5
Création d’un document :
page Web en cours
Recherche d’une
document par son
identifiant (DOI, etc.)
2.1 En ligne
Les éléments à sélectionner correspondent à ceux
affichés sur la page web en cours
Pour récupérer tous les résultats d’une requête :
• Modifier les paramètres d’affichage des résultats
(20 per page à 50 ou 100 per page) ou
• Créer un fichier .ris puis l’importer dans Zotero
2.1 En ligne
2.1 En ligne
Si l’icône Zotero
n’apparaît pas dans la
barre d’adresse ou si l’enregistrement échoue,
il reste toujours possible d’exporter un fichier au format RIS ou BibTex, que l’on importera ensuite
dans Zotero, ou dont on copiera le contenu pour utiliser l’import depuis le presse-papiers de Zotero
Si l’on a choisi dans les Préférences « Utiliser Zotero pour les fichiers RIS/Refer téléchargés »,
l’import d’un fichier RIS dans Zotero se fera automatiquement
Pour le Web of Science, choisir le format Plain Text
3
Choisir les références et
1 générer le fichier Plain
Text
2
Ouvrir le fichier généré, Ctrl+A et Ctrl+C
pour sélectionner et copier tout le
contenu
Importer depuis le
presse-papiers
2.2 Import de fichier
Fichier de références dans un format spécifique, obtenu par
export d’EndNote ou d’une base de données biblio non
compatible Zotero
2.3 Saisie manuelle
A réserver aux documents dont les références sont
introuvables dans une base de données
Choisir le
type de
doc. à
décrire
Compléter les
champs, variables
en fonction du type
de document
2.4 Créer un élément à partir d’une page web
Ajouter un lien vers la
page web (gestion des
favoris) – possibilité
d’ajouter une capture de
la page web
2.5 Rechercher un document par son
identifiant
2.5 Rechercher un document par son
identifiant
Saisir plusieurs identifiants :
• séparés par Shift+Entrée
• ou copie d’un fichier multi-lignes
Sources :
WorldCat pour les
ISBN (livres),
CrossRef pour les
DOI et bien sûr
PubMed pour les
PMID.
NB import par ISBN :
données souvent
incomplètes
2.6 Récupérer les métadonnées du PDF
Ajouter les PDF à la Bibliothèque
Zotero en les faisant glisser depuis
leur emplacement d’origine
2.6 Récupérer les métadonnées du PDF
clic droit, installer pdftotext et pdfinfo
la 1ère fois
Si Zotero trouve les
métadonnées
correspondant au PDF, il
crée un nouvel élément,
auquel il rattache le pdf
3. Gérer ses documents
Collections
2
4 Recherches
1
Affichage
et tri
3 Marqueurs
5 Gérer ses PDF
3.1 Affichage et tri des documents
Définir les champs
d’affichage (i. e. les
critères de tri) des
documents
3.2 Collections
clic droit
Créer des collections et des sous-collections (glisser-déplacer les
dossiers pour créer une arborescence)
a)
Un document peut être classé dans plusieurs collections,
mais il existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque (i. e.
collections = vues différentes sur un document unique)
b) Ajouter un document à une collection : glisser-déplacer le
doc dans la nouvelle collection
c)
Déplacer un document d’une collection à une autre : glisserdéplacer + Shift (Cmd pour Mac) le doc dans la nouvelle
collection
glisser ≠ copier
glisser ≠ déplacer
3.2 Collections
Pour savoir dans quelles collections une document
est classé, le sélectionner et cliquer sur Ctrl (ou
Cmd pour Mac) : les collections dans lesquelles il
est classé apparaîtront en sur-brillance
3.2 Collections
Collections utilitaires
Repérer les doublons et les fusionner
Le contrôle de doublon se fait sur le titre, le DOI et l’ISBN
Repérer les documents non classés
3.3 Marqueurs
Tous les
marqueurs
Marqueurs du
document
sélectionné
Marqueur = doit
être créé dans un
document
Créer plusieurs
marqueurs
simultanément en
les séparant par
Shift+Entrée ou
par copie d’un
fichier multi-ligne
3.3 Marqueurs
Filtre sur un marqueur :
afficher uniquement les
documents comportant ce
marqueur
Appliquer un marqueur à un
ensemble de documents :
glisser-déplacer les
documents sur le marqueur
By KTVee
Source : Flickr
3.3 Marqueurs
Clic droit :
• renommer un marqueur
• le supprimer (mise à jour automatique dans les documents)
• attribuer une couleur et un raccourci clavier à un marqueur : le
raccourci clavier permet d’ajouter et de retirer un marqueur à un
document
Un marqueur auquel on a attribué une couleur n’est pas supprimé
automatiquement lorsque le dernier document le comportant est
supprimé
3.4 Recherche dans la bibliothèque
1. Définir les critères de
recherche
• Chaque champ ne doit contenir
qu’une chaîne de caractères
• Si la recherche porte sur un seul
critère, afficher un seul champ et
ne pas laisser de champ vide
2. Enregistrer et
nommer la recherche
3. Relancer la recherche
3.5 Gérer ses PDF (et tous ses fichiers)
Par : Dennis Skley - BY-ND – Source : Flick’r
3.5 Gérer ses PDF
Ajouter dans le document un
lien vers le fichier pdf du texte
intégral stocké sur le disque dur
Il vaut mieux copier le
fichier que joindre un
lien vers le fichier
Copier le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier
système de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les
Préférences):
› fichier non accessible par l’explorateur Windows,
› mais lien plus pérenne,
› possibilité de chercher dans le texte intégral
› + qqs autres aspects (notamment synchronisation)
3.5 Gérer ses PDF
Autre possibilité :
• copier = glisser-déplacer
• déplacer = glisser-déplacer + Shift (Cmd pour Mac)
le fichier depuis son emplacement, en l’attachant (ou
non) à un document
NB pas attaché = pas citable
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
• Faciliter la gestion des fichiers attachés :
attachement du dernier fichier téléchargé, renommage
automatique des fichiers, enregistrement des pdfs dans
un dossier déterminé, etc.
• Synchroniser les pdfs avec un IPad ou une tablette
• Extraire les annotations d’un fichier joint et les
intégrer dans une note
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone
Enregistrer le
fichier .xpi
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone
Installer l’extension dans Zotero Standalone
1
2
3
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
• Paramètres généraux : définir
l’emplacement du dossier source et
des fichiers
• Paramètres des tablettes :
synchronisation avec un iPad ou une
tablette
• Règles de renommage : définir le
schéma de renommage des fichiers
• Paramètres avancés : options
des annotations, options de
renommage (types de pièce jointe,
renommage automatique, etc.)
Vocabulaire
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
%a - noms des auteurs
%I - initiales de l’auteur
%F - nom de l’auteur et 1ère lettre de son
prénom (i.e. EinsteinA)
%A - 1ère lettre de l’auteur
%y - année (extrait du champ date)
%t - titre
%T - type de document
% h - titre abrégé
%j - titre de la revue
%p - nom de l’éditeur
%w - titre de la revue ou nom de l’éditeur
%s - titre de la revue abrégé
%v - volume
%e - numéro
%f - pagination
%n - numéro de brevet (que pour les brevets)
%i - détenteurs (que pour les brevets)
%u - date de publication (que pour les brevets)
%c collection (uniquement pour les sousdossiers, non pour les fichiers). Si un
document est classé dans plusieurs
collections, l’utilisateur choisira celle à
utiliser pour le classement du fichier
Séparateur pour Windows : \
Séparateur pour Mac et Unix : /
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Syntaxe
{…} : groupe optionnel
|: joker exclusif
Ex:
{%a}{-%y}{-%j (%s)} =
Abbott-1990-American Journal of Sociology (AJS)
si"%j" ou "%s" est vide = Abbott-1990
{%a-}{%y-}{%s|%j} = Abbott-1990-AJS
si "%s" est vide = Abbott-1990-American Journal of
Sociology
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
• Pour exploiter ses pdfs en
dehors de Zotero, on peut
paramétrer leur enregistrement
automatique dans un répertoire
déterminé (un lien est alors créé
dans le document).
• Pour déplacer des fichiers joints
déjà enregistrés dans Zotero, il
suffit de lancer le batch de
renommage (cf. diapo suivante).
Séparateur pour Windows : \
Séparateur pour Mac et Unix : /
Ne pas déplacer ni renommer les
répertoires ou sous-répertoires ou
fichiers, sinon les liens avec les
documents dans Zotero seront
rompus
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Clic droit
• Joindre un nouveau fichier : attacher le dernier
fichier téléchargé dans un dossier défini
• Gérer les pièces jointes : renommer et/ou déplacer
les fichiers joints, extraire les annotations des pdfs
4. Exploiter les
documents
1. LaTeX
2. Générer une
bibliographie
3. Citation
rapide
4. Plug-in
traitement de
texte
Auteur : Evil Erin - Source : Flickr
4.1
et
 Zotero vous permet de créer une véritable base de données de vos
références bibliographiques (et bien plus)
 Références que vous pouvez ensuite exploiter avec LateX, puisque Zotero
gère les imports/exports en BibTex
Zotero génère le type, les champs et la
clef : nom de l’auteur_mot du
titre_date
clic droit, « Exporter les
documents sélectionnés »
En savoir plus : cours du MIT et de l’EPFL
4.1
et
 AutoZotBib
› alimenter automatiquement un fichier .bib
› choisir les éléments constitutifs de la clef
générée automatiquement par Zotero
› ce plug-in peut ralentir considérablement le
fonctionnement de Zotero
 Zot2Bib
alimenter automatiquement un ou plusieurs documents
BibDesk
 Zotero autoexporting
› alimenter automatiquement un fichier .bib
› exporter toute sa bibliothèque ou seulement des
collections ou recherches sauvegardées déterminées
 Zotero Better Bib(La)Tex
› gérer les clefs : définies manuellement dans le champ
“Extra” des documents Zotero, et/ou générées
automatiquement
› glisser-déplacer des citations dans un éditeur LaTeX
› exporter automatiquement toute sa bibliothèque ou
seulement des collections déterminées
› etc.
4.2 Langue de la bibliographie
 Rédiger les citations et la bibliographie en anglais ou en français?
Installer ce addon:
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/14442
 Rédiger les citations et la bibliographie dans une autre langue
que l’anglais ou le français
•
•
•
•
•
•
taper about:config dans la barre d’adresse de Firefox et appuyer sur entrée
promettre de faire attention
taper “biblio” dans la boîte de filtre
double-cliquer sur extensions.zotero.export.bibliographyLocale
saisir le code de langue souhaité (voir liste ici)
redémarrer Firefox
4.2 Style de la bibliographie
Préférences > Citer > Styles
Désinstaller
un style
4.2 Générer une bibliographie
Sélectionner les documents (triées au préalable le cas
échéant), clic droit « Créer une bibliographie à partir des
éléments sélectionnés », choisir le style bibliographique
et le format d’enregistrement du fichier
4.3 Citation rapide
 Insérer rapidement une citation et 1 créer une bibliographie
par glisser-déplacer, ou 2 insérer seulement l’appel de citation
en appuyant sur Shift
1
2
• Paramétrer le style bibliographique dans Préférences >
Exportation
4.4 Installer le plug-in Word ou
Libre Office
Préférences > Citer > Traitements de texte
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
• Insérer et modifier des citation
• Insérer et modifier une bibliographie
• Choisir le style bibliographique et la place des notes (bas
de page et/ou fin du document, en fonction des styles)
• liste à définir dans les Préférences>Citer
• Possibilité de stocker les documents dans le fichier pour
le partager avec d’autres utilisateurs
Word ≥ 2007, onglet
« Compléments »
Insérer
une
citation
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
L’abréviation
automatique est
proposée
uniquement pour
les styles
prescrivant
d’utiliser les titres
abrégés de revue.
Chercher et
insérer la
citation
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
Fenêtre classique
= navigation dans
la bibliothèque
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
Autres fonctionnalités
Générer une bibliographie à partir de tous les
éléments référencés (NB : si le style le prévoit)
Modifier une citation
Modifier la bibliographie
Refresh : mise à jour des citations et de la
bibliographie
Afficher les préférences du document pour
changer le style bibliographique
Enlever les codes de champ (irréversible)
5.Compléments divers
Auteur : Sam Hames - source : Flickr
5.Supprimer une
bibliothèque Zotero
et en commencer
une nouvelle
 Fermer Firefox
 Supprimer
• le fichier
zotero.sqlite
• le dossier
storage
5. Les modules complémentaires de Zotero
 En plus de
• ZotFile
• Zotero bibliography locale switcher
• Zotero autoexporting
 Beaucoup d’autres modules
• Zutilo : ensemble de macros pour gérer les
marqueurs, modifier le chemin des fichiers
attachés, etc.
• Zotero QuickLook : pour les utilisateurs de
Mac OSX, permet de visualiser les notes et
les fichiers attachés avec QuickLook compatible avec Windows et Linux (mais peu
convaincant sur Windows) moyennant
l’installation d’un autre logiciel - vidéo de
démo
• liste complète sur le site Zotero et sélection
sur le blog The Zoteroist
By Alexandra Guerson
Source : Flickr
5. Zotero, les smartphones et les tablettes
Source (et cours complet) : Harvard Kennedy School Library and knowledge services
Et aussi
5. Ce que fait EndNote et ne fait pas Zotero
 Modifier par lots, par ex. modifier
ou ajouter un auteur
dans plusieurs notices à la fois
 Autoriser des bibliographies
multiples, par ex. une pour les
sources primaires et une pour les
sources secondaires
 Créer un lien hypertexte entre un
appel de citation et la référence
correspondante dans la
bibliographie
By Alexandra Guerson
Source : Flickr
 Et encore d’autres choses… qui ne
vous manqueront pas forcément
si vous n’avez jamais utilisé
EndNote!
5. Migrer d’EndNote à Zotero
 Procédure sur le site de l’EPFL :
http://flashinformatique.epfl.ch/spip.
php?article2618
 Aide sur le support et le forum
Zotero (notamment pour le
transfert des fichiers pdfs joints) :
http://www.zotero.org/support/kb/im
porting_records_from_endnote
http://forums.zotero.org/discussion/2
5117/endnote-ris-with-attached-pdfscode-suggestion
http://forums.zotero.org/discussion/5
311/importing-endnote-libarayincluding-pdf-attachments
By Alexandra Guerson
Source : Flickr