Transcript ComparativeMarkerSelection

Broad Institute GenePattern
マイクロアレイ発現データ解析
ComparativeMarkerSelection
ComparativeMarkerSelection解析の手順
1. 入力ファイルの準備
Agilentの出力ファイルをExcelで開き、ProbeIDとgProcessedSignalのカラムをコピ
ペで抜き出してGCTフォーマットの入力ファイルを作ります。またサンプルのリス
トを含むテキストファイル（CLS）を用意します。
2. Preproecess & Utilities: UniquifyLabels
AgilentのProbeIDは重複する名前があるので一意的な名前に変換します。
3. Gene List Selection: ComparativeMarkerSelection
UniquifyLabelsの出力ファイルとCLSを指定して解析を始めます。
4. Gene List Selection: ExtractComparativeMarkerSelection
ComparativeMarkerSelectionの結果からFold Changeなどの条件にあてはまる
データを抜き出します。
5. Visualizer: ComparativeMarkerSelectionViewer
データの分布図や一覧表示をします。Excelで操作しても同じです。