Transcript και cn bw

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΜΑΘΗΜΑ
ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΚΑΙ ΑΝΟΣΟΛΟΓΙΑΣ
ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΔΡΟΣΟΦΙΛΑΣ
17/12/2014
ΟΜΑΔΑ Α
♀ ♀ [κίτρινο σώμα , λευκά μάτια, κεκαμμένες σμήριγγες]
F1
Χ
[άγριος τύπος] ♂ ♂
♀ όλα
[άγριος τύπος]
♀
[κίτρινο σώμα , κόκκινα μάτια, ίσιες σμήριγγες]
♂ πολλά [κίτρινο σώμα , λευκά μάτια, κεκαμμένες σμήριγγες]
♂ 5
[άγριος τύπος]
Οι γενετικοί τόποι φυλοσύνδετοι. Άρα οι τόποι συνδεδεμένοι.
Τα αλληλόμορφα για το κίτρινο σώμα και τα λευκά μάτια υπολειπόμενα.
Αναλογία φύλων
Θηλυκά : Αρσενικά
ywf/ywf
ywf/+
X
X
+/Y
ywf/Y
♀♀ [αγρίου τύπου]
F1
Μάτια
Χ
Σώμα
[κίτρινο σώμα, λευκά μάτια, κεκαμμένες σμηριγγες]♂ ♂
ywf/+
X
ywf/Y
Σμήριγγες
+
+
+
576
NCO
w
y
f
430
NCO
+
+
f
373
SCO
w
y
+
414
SCO
w
+
f
5
SCO
+
y
+
6
SCO
w
+
+
4
DCO
+
y
f
4
DCO
Σύνολο
NCO 1 : 1 ?
x2 = 21,888
df = 1
critical = 3,814
1812
SCO-1 1 : 1 ?
x2 = 2,136
df = 1
critical = 3,814
SCO-2 1 : 1 ?
DCO 1 : 1 ?
προφανές
προφανές
♀/♂
908/904 =
1,0045
x2 = 0,009
df = 1
cr = 3.814
♀♀ [αγρίου τύπου]
F1
Μάτια
Χ
Σώμα
[κίτρινο σώμα, λευκά μάτια, κεκαμμένες σμηριγγες]♂ ♂
ywf/+
X
ywf/Y
Σμήριγγες
ywf/+
+
+
+
576
NCO
w
y
f
430
NCO
w
y
+
414
SCO(w,f)
+
+
f
373
SCO(w,f)
+
y
+
6
SCO(y,w)
w
+
f
5
SCO(y,w)
w
+
+
4
DCO
+
y
f
4
DCO
Σύνολο
RFcor = ¼ ln [(1 + 2 * RF) / (1 - 2 * RF)]
1812
RF(w,f) = 68,236 cmu
RF(w,f) = 795/1812 = 0,4387
RF(y,w) = 1,049 cmu
RF(y,w) = 19/1812 = 0,0104
RF(y,f) = 798/1812 = 0,4404 χωρίς διόρθωση
RF(y,f) = 68,965 cmu
RF(y,f) = 814/1812 = 0,4492 με διόρθωση
σσ = 8/(1812*0,4387*0,0104) = 0,9596
y,w
w,f
Φαινοτ.
##
++
949
yw
Φαινοτ.
##
NR
++
582
NR
844
NR
wf
435
NR
y+
10
R
w+
418
R
+w
9
R
+f
377
R
Σύνολο 1812
RF(y,w) = 19/1812
=0,0104
Σύνολο 1812 RF(w,f) = 795/1812
=0,4387
y,f
Φαινοτ.
##
++
580
NR
yf
434
NR
y+
420
R
+f
378
R
Η0 όπως πριν
Σύνολο
Ηο (ασύνδετα: 1:1:1:1)
χ2 = 52,9 df = 3 critical 7,184
χ2
= 51,23 df = 3
1812 RF(y,f) = 798/1812 =
0,4404
y w
f
Μάτια
♀
♂
Σύνολο
χ2
+
484
475
959
0,0845
w
424
429
853
0,0293
Σύνολο
908
904
1812
0,0088
χ2
3,9647
2,3407
6,2009
Σώμα
♀
♂
Σύνολο
χ2
+
481
477
958
0,0167
y
427
427
854
0
Σύνολο
908
904
1812
0,0088
χ2
3,2115
2,7655
5,9691
Σμήριγγες
♀
♂
Σύνολο
χ2
+
512
488
1000
0,5760
f
396
416
812
0,4926
Σύνολο
908
904
1812
0,0088
χ2
14,819 5,7345
19,5055
Αποστάσεις (cmu)
Υπολογισθείσες
Πραγματικές (FlyBase)
w–f
y–w
y-f
68,236
1,049
68,965
55,2
1,5
56,7
Μάτια
Σώμα
Σμήριγγες Παρατ.
Αναμ.
+
+
+
576
533,564
w
y
f
430
533,564
w
y
+
414
358,85
+
+
f
373
358,85
+
y
+
6
9,16
w
+
f
5
9,16
w
+
+
4
4,426
+
y
f
4
4,426
1812
1812
Σύνολο
χ2 = 35,571
df = 7
critical = 14,067
bw
wt
cn
♀ ♀ [κυρτά φτερά, άσπρα μάτια]
F1
Χ
♀
~ ίσα
♂
~ ίσα
[άγριος τύπος] ♂ ♂
άγριος τύπος
Οι γενετικοί τόποι είναι αυτοσωμικοί.
Τα αλληλόμορφα που δίνουν άλλο φαινότυπο από εκείνον του άγριου τύπου
είναι όλα υπολειπόμενα.
Αναλογία Φύλων
F2
♀ / ♂ = 308 / 236 = 1,305
1:1
χ2+ = 9,529 df = 1 critical 3,814
♀ ♀ [άγριος τύπος]
Χ
[κυρτά φτερά, άσπρα μάτια] ♂ ♂
Μάτια
Φτερά
Σύνολο
Καφέ
κυρτά
45
Καφέ
+
64
Πορτοκαλί
+
90
Πορτοκαλί
κυρτά
60
Άσπρα
+
10
Άσπρα
κυρτά
104
Κόκκινα (+)
+
152
Κόκκινα (+)
κυρτά
19
Σύνολο
544
Φτερά
Απόγονοι
Μάτια
Απόγονοι
κυρτά
228
καφέ
109
+
316
πορτοκαλί
150
Σύνολο
544
άσπρα
114
+
171
Σύνολο
544
Η0: 1 τόπος (1:1)
χ2 = 14,235 df = 1
critical = 3,841
Το σχήμα φτερών ελέγχεται από ένα γενετικό τόπο.
Άσπρα : + : καφέ : πορτοκαλί είναι 1:1:1:1 ?
χ2 = 19,367
Άσπρα : + είναι 1:1 ? χ2 = 11,4
καφέ : πορτοκαλί είναι 1:1 ? χ2 = 6,491
Το χρώμα ματιών τουλάχιστον από 2 διαφορετικούς
γενετικούς τόπους.
Drosopterin pathway
GTP
brown
2άμινο4υδροξυπτεριδίνη
ξανθοπτερίνη
ισοξανθοπτερίνη
τετραυδροϊοπτερίνη
βιοπτερίνη
δροσοπτερίνη
σεπιαπτερίνη
ισοσεπιαπτερίνη
Ommochrome pathway
Τρυπτοφάνη
vermillion
N-Φόρμυλ-κυνουρενίνη
Κυνουρενίνη
cinnabar
3-Υδροξυ-κυνουρενίνη
Ξανθοματίνη
Interacting mutations affect eye color in Drosophila
Figure 1-9 part 1
Interacting mutations affect eye color in Drosophila
Figure 1-9 part 2
Interacting mutations affect eye color in Drosophila
Figure 1-9 part 3
Interacting mutations affect eye color in Drosophila
Figure 1-9 part 4
Interacting mutations affect eye color in Drosophila
Figure 1-9 part 5
Φτερά
Απόγονοι
Μάτια
Απόγονοι
κυρτά
228
καφέ
109
+
316
πορτοκαλί
150
Σύνολο
544
άσπρα
114
+
171
Σύνολο
544
Σχήμα φτερών ελέγχονται από ένα γενετικό τόπο.
Χρώμα ματιών τουλάχιστον από 2 διαφορετικούς γενετικούς τόπους.
Αν το χρώμα των ματιών ελέγχεται από 2 τόπους
RF(cn,bw) = (109 + 150) / 544 = 259 / 544 ~ 0, 4761
c cn bw / c cn bw
cn
bw
---------------+
+
c cn bw / +
X
X
47,61 cM
+/+
c cn bw / c cn bw
Φτερά
Μάτια
Απόγονοι
+
+
152
NCO
+
+
+
152
Κυρτά
άσπρα
104
NCO
c
cn
bw
104
+
καφέ
64
SCO
+
+
bw
64
Κυρτά
πορτοκαλί
60
SCO
c
cn
+
60
+
πορτοκαλί
90
SCO
+
cn
+
90
Κυρτά
καφέ
45
SCO
c
+
bw
45
+
άσπρα
10
DCO
+
cn
bw
10
Κυρτά
+
19
DCO
c
+
+
19
Σύνολο
Φτερά
Μάτια
Σύνολο
Απόγονοι
Φτερά
Μάτια
Απόγονοι
+
+
+
152
NCO
c
cn
bw
104
NCO
+
+
bw
64
SCO-1
c
cn
+
60
SCΟ-1
+
cn
+
90
SCO-2
c
+
bw
45
SCO-2
c
+
+
19
DCO
+
cn
bw
10
DCO
Σύνολο
544
NCO 1 : 1 ?
SCO-1 1 : 1 ?
SCO-2 1 : 1 ?
DCO 1 : 1 ?
χ2 = 9
df = 1
critical = 3.814
προφανές
χ2 = 15
df = 1
critical = 3.814
χ2 = 2,793
df = 1
critical = 3.81
Φτερά
Μάτια
Απόγονοι
c cn bw / + X c cn bw / c cn bw
+
+
+
152
NCO
c
cn
bw
104
NCO
+
+
bw
64
SCO(c,bw)
c
cn
+
60
SCO(c,bw)
+
cn
+
90
SCO(cn,c)
c
+
bw
45
SCO(cn,c)
c
+
+
19
DCO
+
cn
bw
10
DCO
Σύνολο
544
RF(c,cn) = 164 / 544 = 0,30147 ~ 30,147 cM
Η σειρά των τόπων είναι
cn c
bw
RF(c,cn) = 0,348878
RF(c,bw) = 0,318241
RF(cn,bw) = 0,927452
RF(c,bw) = 153 / 544 = 0,28125 ~ 28,125 cM
RF(cn,bw) = 259 / 544 = 0,4761
RF(cn,bw) = 317 / 544 = 0,5827
~ 47,61 cM χωρίς διορθώσεις για DCO
~ 58,27 cM με διορθώσεις για DCO
RFcor = ¼ ln [(1 + 2 * RF) / (1 - 2 * RF)]
σσ = 29 / (544 * 0.30147 * 0.28125) = 0,6287
Τόποι
Υπολογισθείσες Mapping
Αποστάσεις
αποστάσεις
function
από
(cM)
(Kosambi)(cM) βιβλιογραφία
(cM)
cn - bw
47,61
92,745
47
c - cn
c - bw
30,147
28,125
cn
34,887
31,824
c
Θυμηθείτε πως τα δεδομένα είναι προβληματικά.
18
29
bw
Τόποι
Υπολογισθείσες Mapping
Αποστάσεις
αποστάσεις
function
από
(cM)
(Kosambi)(cM) βιβλιογραφία
(cM)
cn - bw
47,61
92,745
47
c - cn
c - bw
30,147
28,125
Φτερά
Μάτια
34,887
31,824
Παρατηρ.
Αναμεν.
+
+
+
152
163
c
cn
bw
104
163
+
+
bw
64
62
c
cn
+
60
62
+
cn
+
90
38
c
+
bw
45
38
c
+
+
19
9
+
cn
bw
10
9
544
544
Σύνολο
18
29
χ2 = 105,897
df = 7
critical = 14,067
Φτερά
Απόγονοι
Μάτια
κυρτά
228
καφέ
+ bw / cn bw**
109
+
316
πορτοκαλί
cn + / cn bw**
150
Σύνολο
544
άσπρα
cn bw / cn bw**
114
+
+ + / cn bw**
171
Σύνολο
** πατρικής
προέλευσης
544
Είναι 1:1 ;
χ2 = 14,235
df = 1
critical = 3.814
Απόγονοι
cn
#
bw
#
Πορτοκαλί ή λευκά
264
Καφέ ή λευκά
223
Καφέ ή +
280
Πορτοκαλί ή +
321
Σύνολο
554
Σύνολο
544
Είναι 1:1 ;
χ2 = 0,4706
df = 1
critical = 3.814
Είναι 1:1 ;
χ2 = 17,654
df = 1
critical = 3.814
Φτερά
♀
♂
Σύνολο
χ2
+
180
136
316
6,1266
c
128
100
228
3,4286
Σύνολο
308
236
544
9,5294
χ2
8,779
5,492
14,235
cinnabar
♀
♂
Σύνολο
χ2
+
154
126
280
2,8
cn
154
110
264
7,333
Σύνολο
308
236
544
9,529
χ2
0
1,085
0,4706
brown
♀
♂
Σύνολο
χ2
+
181
140
321
5,237
bw
127
96
223
4,309
Σύνολο
308
236
544
9,529
χ2
9,468
8,203
17,654
c cn bw / + X c cn bw / c cn bw
Για να κοιτάξω τους τόπους ανά ζεύγη:
Αν αγνοήσω το bw τότε πρέπει να συνυπολογίσω τα cn [πορτοκαλί]
και cn bw [λευκά]
Αν αγνοήσω το cn τότε πρέπει να συνυπολογίσω τα bw [καφέ] και
cn bw [λευκά]
Φτερά
Τόποι c cn (αγνοώ το bw)
Μάτια
Απόγονοι
+
+
+
152
c
cn
bw
104
+
+
bw
64
Φτερά
Μάτια
Κυρτά
Πορτοκαλί ή λευκά
164 NR
c
cn
+
60
Κυρτά
Καφέ ή +
64 R
+
cn
+
90
+
Πορτοκαλί ή λευκά
100 R
c
+
bw
45
+
Καφέ ή +
216 NR
c
+
+
19
+
cn
bw
10
RF(c,cn) = 164 / 544 = 0,30147 30,147 cM
Σύνολο
544
Τόποι c bw (αγνοώ το cn)
RF(c,bw) = 153 / 544 = 0,28125
Φτερά
Μάτια
Κυρτά
Καφέ ή λευκά
149 NR
Κυρτά
Πορτοκαλί ή +
79 R
Φτερά
+
Καφέ ή λευκά
74 R
+
+
+
152
+
Πορτοκαλί ή +
242 NR
c
cn
bw
104
+
+
bw
64
c
cn
+
60
+
cn
+
90
c
+
bw
45
c
+
+
19
+
cn
bw
10
28,125 cM
Τόποι cn bw
Μάτια
Απόγονοι
καφέ
109 R
πορτοκαλί
150 R
άσπρα
114 NR
+
171 NR
Σύνολο
701
Μάτια
Σύνολο
Απόγονοι
544
RF(cn,bw) = (150 + 109)/544 = 259 / 544 = 0,4761
47,61 cM