Transcript The Gene Expression Analysis For Lung Cancer

The Gene Expression Analysis For Lung Cancer
肺癌基因表現分析
學 生 姓 名 :趙 汝 融 、鄧 祐 銓
指 導 教 授： 李 宗 夷 老 師
目標、概述
目標:
找出人體中，在罹患肺癌時，受到影響而變得特別活躍或是受
到抑制而無法執行應有功能的基因。
概述:
透過GEO網站上經過篩選過後的基因晶片，針對晶片上的數據、
表格進行分析及比較，另外也從相關論文、資料庫中參考部分
分析的方法。
研究方法
實驗資料：
GEO(Gene Expression Omnibus)網站中所下載的基因晶片資
料、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)資料庫
所提供的疾病基因資料。
簡易流程
從GEO取得基因晶片資料
截取出基因ID、識別碼、及實驗sample的數據
分析資料並選擇適合的分類方式
將基因表現量做成分佈圖
使用cluster程式將資料分層(Euclidean
distance)並將分層資料使用correlation
coefficient計算差異
將分層過後的資料和OMIM疾病資料庫做比對
找到已確認及可能為影響肺癌之基因
實驗數據
結果
下圖為與疾病基因資料庫所比對的結果，其中黃色代表與資
料庫中的基因相符合。紅色、綠色分別代表表現量的數值，
紅色為正，綠色為負，再依顏色深淺來表示數值大小。
Q&A