Transcript 4-Diversité des Bactéries

Diversité du monde Bactérien
1-Introduction
5-Explication d’une telle diversité
2-Classification du monde vivant
5.1-Mutations et transfert horizontaux
5.2-Transduction
5.3-Transformation
5.4-Conjugaison
2.1-Classification phénotypique
2.2-Classification phylogénétique: L’arbre du vivant
2.3-Taxinomie
2.4-LUCA
3-Les Archées
4-Diversité des Bactéries
4.1-Thermotoga
4.2-Aquifex
4.3-Bacteroides/Cytophaga
4.4-Planctomyces
4.5-Cyanobactéries
4.6-Spirochètes
4.7-Proteobactéries
4.8-Gram-positives
4.9-Bactéries vertes filamenteuses
6-La Métagénomique
6.1-Principe
6.2- Intérêt
6.3- La métagénomique des Océans
6.4-La métagénomique de notre corps
6.4.4-Les microbes et nous
6.4.5- « Human Microbiome Project » et
« METAgenomics of the Human Intestinal Tract »
6.4.6-Un transfert horizontal entre un sushi et un
japonais!!!
7-Conclusion
Notions à Acquérir
-Définir l’arbre du vivant (Les différents domaines du vivant-LUCA-Utilisation de
l’ARN16S)
-Acquérir quelques notions de Taxinomie (Les différents niveaux)
-Savoir donner quelques caractéristiques des Archées (Caractéristiques cellulaires et
métaboliques)
-Diversité des Bactéries (Citez les phyla majeurs et caractéristiques associées)
-Comprendre l’origine de la diversité bactérienne (Citez les mécanismes à l’origine du
polymorphisme génétique)
-Définir/Comprendre/Analyser la métagénomique
Hier…
Animalia
Animalia Plantae
Plantae Protista
Protista Monera
Anthonie Van Leeuwenhoek
(1632-1723)
Haeckel
(1866)
(1950)
Animalia
Plantae
Protista
Monera
Fungi
Whittaker
(1969)
2-Classification du monde vivant
2.1-Classification phénotypique
Plantes
Champignons
Protistes
Monera
1960
Whittaker
Whittaker's classification Tree of 1967
Animaux
Hier…
Animalia
Animalia Plantae
Plantae Protista
Protista Monera
Anthonie Van Leeuwenhoek
(1632-1723)
Haeckel
(1866)
1950
Animalia
Plantae
Protista
Monera
Fungi
Whittaker
(1969)
Archées
Bactéries
Eucaryotes
Woese
Fox
(1977)
2-Classification du monde vivant
2.2-Classification phylogénétique
2-Classification du monde vivant
2.2-Classification phylogénétique
Domaine:
Embranchement:
Des protéines paralogues anciennement dupliquées
2-Classification du monde vivant
2.3-Taxinomie
Genre/genus
Escherichia coli
Escherichia
Enterobacteriaceae
Enterobacteriales
Gamma Proteobacteria
Embranchement/Phylum/Division
Règne/Kingdom
Proteobacteria
Eubacteria
Bacteria
2-Classification du monde vivant
2.4-LUCA
3-Les Archées
Haloquadratum walsbyi
http://fr.wikipedia.org/wiki/Bactéries_carrées_de_Walsby
LUCA
Halobacterium et les marais salants
L’archée Ferroplasma acidarmanus
http://microbewiki.kenyon.edu/
Photo Karl Stetter
Pyrolobus fumarii
Blacksmoker in Atlantic Ocean
4-Diversité des Bactéries
4.1-Thermotoga
4.2-Aquifex
Thermophiles avec un embranchement ancien
Thermotoga
LUCA
Aquifex
Rappel
4-Diversité des Bactéries
4.3-Bacteroides/Cytophaga
Bacteroides
LUCA
Kientz B. PLOS ONE 2012
Cytophaga
4-Diversité des Bactéries
4.4-Planctomyces
Planctomyces
LUCA
A thin-sectioned cell of Gemmata obscuriglobus
prepared by a high-pressure freezing method,
showing a clear nuclear body compartment
bounded by a nuclear envelope that consists
of two membranes. The nuclear envelope is
clearly delineated by the ribosome-like particles.
Courtesy of Kuo-Chang Lee and John A. Fuerst,
University of Queensland
4-Diversité des Bactéries
4.5-Cyanobactéries
4.6-Spirochètes
Cyanobactéries
LUCA
Spirochètes
4-Diversité des Bactéries
4.7-Proteobactéries
Myxobactéries
LUCA
Helicobacter pylori
Rappel
Gram+
Gram-
microscopic image of a Gram stain of mixed
Gram-positive cocci (Staphylococcus aureus
ATCC 25923, purple) and Gram-negative
bacilli (Escherichia coli ATCC 11775, red).
Magnification:1,000”
source: wikipedia
4-Diversité des Bactéries
4.8-Gram-positives
4.9-Bactéries vertes filamenteuses
Staphyloccocus
LUCA
Chloroflexux aurantiacus
Pierson & Castenholz (1974) Arch. Microbiol. 100, 5-24.
Chloroflexi
5-Explication d’une telle diversité
5.1-Mutations et transfert horizontaux
5.2-Transduction
Bactériophage T4. Modèle géant créé
par l’artiste Gaelle Bauer pour les 4èmes
journées de microbiologie.
5-Explication d’une telle diversité
5.3-Transformation
5.4-Conjugaison
Conjugaison