Transcript Exposicion bioinformatica ()

Bioinformática
FJS
Introducción
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Bioinformática es la aplicación del
desarrollo de la computación y las
matemáticas que permite la
administración, análisis y comprensión de
datos para resolver preguntas biológicas.
(con conexiones a medi-, quimio-, neuro-,
etc. informática), donde se requiere un al
poder computacional para poder resolver
todos sus problemas.
De aquí los clusters.
Introducción
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Planificadores
Difícil selección de procesos
Propone el planificador FJS
Implementación
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Funciona aunque exista otros
planificadores
Utiliza PHP
Manejador de Base de Datos
Broker (Utilizado en Condor)
Arquitectura
DB Server
Cluster Manager
3. Estado de Cluster
4. Regresa el Ip del
Mejor Nodo
Broker
3. Estado de Cluster
2.Petición de IP
1.Ejecuta Comando
6. Regresa el
resultado
Cluster
Aplicación
Web
5. Lanaza el
comando al Nodo
Arquitectura

Colector del Estado del Nodo

Cada nodo en el cluster es responsable de obtener
su propio estado, comunicándolo a la base de
datos del servidor, datos tales como:
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El tipo de maquina
Numero y tipo de procesadores
La conf. RAM
La versión del SO
la lista de servicios
el nivel de carga
el uso de memoria
el estado de la memoria swap
Arquitectura
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Base de Datos del Servidor

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Contiene toda la información con respecto a todos
los nodos, dentro del cluster.
Broker
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Es implementado en el Servio Web
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Regresa el Ip del Mejor Nodo
Ejecución de las Tarea

Un numero de métodos alternativos puede ser
usado para que los nodos entreguen su trabajo.
Arquitectura

Aplicación Web u Otros Clientes


El rol del servidor de la aplicación web es
proporcionar acceso a herramientas de
bioinformática y remotamente lanzar la
tarea hacia la IP previamente obtenida por
el broker.
Existe Transparentemente
Arquitectura

Nodos virtuales


Los sistemas actualmente son instalados
en clusters de 56 nodos y es fácil
escalarlos, para poder hacer mas poderoso
el cluster. Estos pueden conectarse a nodos
externos.
El planificador tienen la opción de distribuir
el trabajo en nodos virtuales.
Trabajo del planificador
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Disponibilidad de nodos.
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
Los nodos deben de ser configurados como
activos.
Tipo de ejecución de la tarea
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Interactivos
Poco interactivos
Tratados por lotes.
Nodos con carga <=25% y memoria swap
>=90%, se utlizan para trabajos rapidos.
Planificador
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Disponibilidad de Memoria

Si se necesita una cantidad mínima de
RAM, es posible que se ejecute en
cualquier nodo del cluster.
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Disponibilidad de Servicio en el nodo

Distribución de Trabajo