CLUSTALW2 ClustalW – ClustalW2 – Clustal Omega

CLUSTALW2 ClustalW es el más utilizado

CLUSTALW2 El algoritmo de ClustalW

CLUSTALW2 ClustalW compara las secuencias dos a dos

CLUSTALW2 Se utiliza el algoritmo de programación dinámica para calcular la distancia genética entre cada pareja de secuencias (nº de mismatches /nº matches) ClustalW: etapa nº 1

CLUSTALW2 ClustalW agrupa las secuencias y genera un dendrograma

CLUSTALW2 ClustalW: etapa nº 2 Con esos datos se construye un “árbol guía” que sirve para decidir el orden de los alineamientos (no tiene que ser especialmente preciso).

CLUSTALW2 ClustalW: etapa nº 3 Se empieza alineando las dos secuencias más parecidas. A este alineamiento se le van añadiendo secuencias o alineamientos por orden decreciente de similitud.

CLUSTALW2 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ El servidor EBI ya no mantiene ClustalW2 y recomienda utilizar Clustal Omega Página principal de ClustalW2 (EBI)

CLUSTALW2 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Página principal de Clustal Omega (EBI)

CLUSTALW2 Para hacer un AMS con ClustalW2: 1.- Seleccionar las secuencias en formato FASTA 2.- Introducir las secuencias en el campo 3. Seleccionar los parámetros del alineamiento por parejas 4. Seleccionar los parámetros del alineamiento múltiple 5.- Indicar si quieres recibir los resultados por e-mail 6.- Submit!!

Cómo se hace un AMS con ClustalW2

CLUSTALW2 Escoge DNA o proteínas Corta/pega las secuencias aquí (de una en una). El límite son 500.

Si ya tienes las secuencias seleccionadas en un único archivo, pincha aquí para cargarlo en el formulario. El tamaño máximo del archivo es 1 Mega Introduce las secuencias

CLUSTALW2 Selecciona el tipo de alineamiento Selecciona la penalización por abrir un indel Selecciona la penalización por extender un indel Selecciona la matriz de sustitución Selecciona parámetros del alineamiento por parejas

CLUSTALW2 Selecciona los parámetros del alineamiento múltiple Selecciona la matriz de sustitución Selecciona la penalización por extender un indel Selecciona la penalización por abrir un indel Indica si quieres recibir el resultado por e- mail Selecciona parámetros del alineamiento múltiple

CLUSTALW2 ClustalW2 está trabajando …

CLUSTALW2 Puedes guardar el alineamiento como un fichero Puedes aplicar colores Resultados de ClustalW2 (1)

CLUSTALW2 Resumen de los resultados Resultados de ClustalW2 (2)

CLUSTALW2 Árbol guía (dendrograma) Puedes utilizar Jalview para visualizar y/o editar el alineamiento Distancias entre las secuencias Tabla con las puntuaciones de todos los alineamientos posibles por parejas Resultados de ClustalW2 (3)

CLUSTALW2 Árbol filogenético en formato reconocible por el ordenador, que se puede cortar y pegar en otras herramientas bioinformáticas Cladograma (árbol guía utilizado para construir el AMS) Resultados de ClustalW2 (4)

CLUSTALW2 Jalview es una herramienta que te permite crear AMS o modificar AMS hechos con otros programas introduciendo otros tipos de información que ClustalW no ha tenido en cuenta.

JalView