Transcript appendices - VU-DARE Home - Vrije Universiteit Amsterdam

APPENDICES
NEDERLANDSE SAMENVATTING
De ziekte van Alzheimer (AD) is de meest voorkomende vorm van dementie bij ouderen
en gaat gepaard met onder andere vergeetachtigheid, desoriëntatie en verandering van
de persoonlijkheid. Dit alles heeft een effect op het uitvoeren van dagelijkse activiteiten
en op de kwaliteit van leven. Bij de ziekte van Alzheimer zijn de hersenen beschadigd.
De hersencellen die signalen doorgeven (neuronen) worden aangetast. De verbindingen
tussen de neuronen en uiteindelijk de neuronen zelf gaan verloren. Hierdoor kunnen
de hersenen hun functie niet meer correct uitvoeren met als gevolg het kwijtraken van
het geheugen.
In de hersenen van patiënten met AD zijn drie typische verschijnselen waar te nemen. Ten
eerste de vorming van eiwitkluwens van het langgerekte eiwit tau. In een gezond brein
is het tau eiwit onderdeel van het interne transportsystem in neuronen dat ervoor zorgt
dat voedingstoffen naar de uiteinden worden vervoerd. Een verstoord transportsystem
resulteert in een steeds verminderende functie van de neuronen waardoor ze
uiteindelijk afsterven. De kluwens die het tau eiwit in de neuronen vormt worden
aangeduid als neurofibrillaire kluwens (“tangles”). Het tweede typische verschijnsel is
een samenklontering van het beta-amyloid eiwit in de zogenoemde plaques in en rond
de bloedvaten (capillaire amyloid angiopathie). De beta-amyloid klontjes zijn toxisch
voor de neuronen en ze zorgen ervoor dat de communicatie tussen de neuronen wordt
verstoord. De ophoping van het beta-amyloid eiwit in de vaatwand geeft aan dat de
afvoer van het beta-amyloid eiwit uit de hersenen wordt belemmerd, en leidt tot verdere
ophoping van het beta-amyloid in het hersenweefsel (derde verschijnsel).
Kenmerkend voor AD is de lange symptoom-vrije periode die wel 20-30 jaar kan duren.
Recent onderzoek wijst erop dat chronische ontsteking (inflammatie) in de hersenen een
rol speelt bij het ontstaan van AD. Ook een verminderde werking van de synapsen, die
de communicatie tussen de neuronen in de hersenen tot stand brengen, wordt gezien
als mogelijke oorzaak. Omdat deze processen reeds verstoord zijn in een vroeg stadium
van AD wordt verondersteld dat beïnvloeding van deze processen door farmacologische
interventie het ziekteproces kan vertragen en misschien zelfs de ziekte zou kunnen
voorkomen.
Bij de regulatie van de communicatie tussen neuronen (synaptische activiteit) zijn veel
signaalroutes in de cel betrokken. Voor het goed functioneren van deze signaalroutes zijn
zogenaamde eiwitkinasen noodzakelijk. Eiwitkinasen zijn enzymen die ervoor zorgen dat
andere eiwitten geactiveerd of geïnactiveerd worden doordat ze een fosfaatgroep covalent
aan het eiwit koppelen. Eiwitkinasen zijn ook betrokken bij het AD ziekteproces. Zo is
bekend dat een verhoging van de activiteit van een bepaald eiwitkinase leidt tot een
bovenmatige fosforylering van het tau eiwit dat daardoor kluwens vormt die toxisch zijn
207
voor de cel. Ook het amyloid eiwit kan door eiwitkinasen worden gefosforyleerd waardoor
in het hersenvocht onoplosbare amyloid-aggregaten worden gevormd, die stress in de
hersenen veroorzaken. Over de eiwitkinasen die bij deze processen betrokken zijn en
hun specifieke rol bij de ziekte van Alzheimer is nog weinig bekend.
Het onderzoek beschreven in dit proefschrift begint dan ook met een literatuurstudie die
inventariseert van welke eiwitkinasen beschreven is dat ze betrokken zijn bij inflammatie
in de hersenen (neuroinflammatie) en synaptische activiteit tijdens AD. De NCBI PubMed
databank is doorzocht met trefwoorden. De naam en de synoniemen van elk van de
523 eiwitkinasen zijn gebruikt in combinatie met de zoekterm ‘Alzheimer’s disease’,
‘neuroinflammation’, of ‘synaptic changes’. Dit resulteert in een lijst van 66 eiwitkinasen
die actief betrokken zijn bij neuroinflammatie of bij synaptische veranderingen in AD
(Hoofdstuk 1).
Om meer inzicht te verkrijgen in de rol van eiwitkinasen gedurende de progressie van
AD, is de activiteit van de eiwitkinasen in post mortem hersenweefsel (hippocampus) van
100 breinen in verschillende stadia van AD (Braak stadium 0 t/m VI) gemeten. Hiervoor
is gebruik gemaakt van een peptide microarray waarop 144 verschillende peptiden zijn
bevestigd die elk door eiwitkinasen gefosforyleerd kunnen worden. De gefosforyleerde
peptiden worden herkend door antilichamen waaraan een fluorescent molecuul is
gekoppeld. Het onderzoek laat zien dat de activiteit van de eiwitkinasen afneemt met
de progressie van de ziekte. De afname van kinase activiteit wordt al waargenomen
in een vroeg stadium van de ziekte (Braak stadium I en II). Door koppeling van de
microarray resultaten aan informatie in databanken, zoals STRING, UniProt en HPRD,
zijn bekende en nog onbekende eiwitkinasen gevonden die mogelijk een rol spelen in
de ziekte. Zo vinden we veranderingen in de activiteit van Ephrin-receptor A1 (EphA1)
kinase, dat bekend is als een risico-gen voor AD, en het sarcoma tyrosine kinase (Src).
Beide eiwitkinasen zijn belangrijk voor het functioneren van neuronen en betrokken
bij de vorming van het geheugen. Ook zijn eiwitkinasen geïdentificeerd waarvan nog
niet bekend was dat ze in een vroeg stadium van AD veranderd zijn, zoals het protein
tyrosine kinase 6 (PTK6/BRK), feline sarcoma oncogene kinase (FES) en het fynassociated tyrosine kinase (FRK) (Hoofdstuk 2).
Over de rol van het eiwitkinase 2 (CK2, ook bekend onder de oudere naam casein kinase
II) tijdens de ziekte van Alzheimer is nog weinig bekend. Wij vinden dat de hoeveelheid
van dit kinase verhoogd is in de hippocampus en de temporale cortex van AD patiënten
in vergelijking met gezond hersenweefsel. Door gebruik te maken van antilichamen die
specifiek aan het CK2 eiwit binden is het mogelijk te bepalen waar in de hersenen het
eiwit zich bevindt. Het onderzoek toont aan dat de hoeveelheid CK2 kinase is verhoogd
met name in de astrocyten en op de plaatsen waar de amyloid-ophopingen voorkomen.
208
De functie van het CK2 eiwit in relatie tot AD is verder bestudeerd in een cellijn van
humane astrocyten (U373) en in gekweekte primaire astrocyten afkomstig uit menselijk
hersenmateriaal. Wanneer deze cellen worden gestimuleerd met de cytokines IL-1 of
TNF- resulteert dat in de productie en uitscheiding van pro-inflammatie cytokines zoals
MCP-1 en IL-6. In de aanwezigheid van een CK2 remmer zien we dat de hoeveelheid
uitgescheiden MCP-1 en IL-6 meer afneemt naarmate de concentratie remmer hoger
is (dosis-effect relatie). Deze resultaten tonen aan dat CK2 gezien kan worden als een
mogelijk therapeutisch aangrijpingspunt voor het beïnvloeden van neuroinflammatie in
AD (Hoofdstuk 3).
Het EphA4 eiwitkinase (Hoofdstuk 1+2) behoort tot de familie van Ephrin receptoren.
Onderzoek in transgene muizen laat zien dat het een rol speelt bij geheugenverlies.
Met behulp van immunohistochemische technieken hebben we de hoeveelheid EphA4
eiwit in weefsel van de hippocampus van patiënten met AD en gezonde controles
vergeleken. Ons onderzoek laat zien dat de totale hoeveelheid EphA4 hetzelfde blijft
maar dat de lokalisatie van het kinase in het hersenweefsel van AD patiënten anders is
dan in gezond hersenweefsel. In AD bevindt het EphA4 kinase zich op dezelfde plaats
als de amyloid ophopingen en de tau kluwens, de twee typisch kenmerken van AD.
Deze veranderde lokalisatie is al te zien in vroege stadia van AD (Braak stadium II)
(Hoofdstuk 4).
Een interessante vraag is of deze herschikking van het EphA4 eiwit ook een effect heeft
op de kinaseactiviteit. Om specifiek de activiteit van EphA4 te kunnen bepalen in een
extract van hippocampus weefsel waarin een groot aantal verschillende eiwitkinasen
aanwezig is, is een kinase immunodepletie assay (KID) ontwikkeld. In deze assay wordt
het EphA4 met behulp van een antilichaam verwijderd uit het hersenextract (depletie).
Vergelijking van de eiwitkinase activiteit voor en na depletie geeft informatie over de
activiteit van het verwijderde kinase. Door gebruik te maken van KID laten we zien dat
de activiteit van het EphA4 kinase niet verandert tijdens de ziekte, terwijl de lokalisatie
wel veranderd is (Hoofdstuk 5).
Het is duidelijk dat er een grote behoefte is aan specifieke biomarkers die in de kliniek
gebruikt kunnen worden om de ziekte van Alzheimer in een vroeg stadium, voordat
er symptomen zijn, te herkennen. In Hoofdstuk 6 van dit proefschrift wordt “proof of
principle” beschreven en tonen we aan dat serine/threonine eiwitkinase activiteiten in
ruggenmergvloeistof (CSF) te meten zijn met behulp van de microarray (zie beschrijving
hierboven). Tevens tonen we aan dat het fosforyleringspatroon van CSF van AD patiënten
verschilt van dat van gezonde personen. De kinase activiteit in CSF van AD patiënten
is lager (p-value < 0.05). Met name de activiteiten van eiwitkinasen die behoren tot de
CaMK familie en de AGC kinase groep zijn veranderd (Hoofdstuk 6).
209
Alhoewel er verschillende klinische onderzoeken gaande zijn die het effect van nieuwe
medicijnen op de ziekte van Alzheimer testen zijn de resultaten tot op heden nogal
teleurstellend. Het is daarom belangrijk nieuwe aangrijpingspunten voor medicijnen te
vinden waarvan is aangetoond dat ze niet alleen in muizen maar ook in mensen bij de
ziekte zijn betrokken. Dat is helaas voor de medicijnen die momenteel getest worden niet
altijd het geval. In dit proefschrift wordt een rol voor verschillende (zowel bekende als
nieuwe) eiwitkinasen in een vroeg stadium van ziekte aangetoond, voordat er symptomen
zijn. We laten zien dat EphA4 en CK2 een essentiële rol hebben bij de ziekte in de
mens door gebruik te maken van humane hersencellen en hersenweefsel afkomstig van
mensen. Het onderzoek beschreven in dit proefschrift laat zien dat eiwitkinase activiteit
metingen in post mortem humaan hersenweefsel een veelbelovende benadering is voor
het vinden van nieuwe kinasen en tevens voor het testen van (nieuwe) kinase remmers
(Hoofdstuk 7).
210
LIST OF PUBLICATIONS
Rosenberger AFN, Rozemuller AJM, van der Flier WM, Scheltens P, van der Vies SM,
Hoozemans JJM (2014) Altered distribution of the EphA4 kinase in hippocampal brain
tissue of patients with Alzheimer’s disease correlates with pathology. Acta Neuropathol
Commun 2:79. doi: 10.1186/s40478-014-0079-9
Rosenberger AFN, Hilhorst R, Coart E, Garcia Barrado L, Naji F, Rozemuller AJM, van
der Flier WM, Scheltens P, Hoozemans JJM, van der Vies SM (2016) Protein Kinase
Activity Decreases with Higher Braak Stages of Alzheimer’s Disease Pathology. J
Alzheimers Dis 49:927–943. doi: 10.3233/JAD-150429
Rosenberger AFN, Morrema THJ, Gerritsen WH, van Haastert ES, Snkhchyan H,
Hilhorst R, Rozemuller AJM, Scheltens P, van der Vies SM, Hoozemans JJM (2016)
Increased occurrence of protein kinase CK2 in astrocytes in Alzheimer’s disease
pathology. J Neuroinflammation 13:4. doi: 10.1186/s12974-015-0470-x
Rosenberger AFN, Boender PJ, Hilhorst R, van der Vies SM (2016) EphA4 protein kinase
activity in hippocampal brain tissue of patients with Alzheimer’s disease. in preparation
Rosenberger AFN, Hilhorst R, Teunissen CE, Scheltens P, Hoozemans JJM, van der
Flier WM, van der Vies SM (2016) Protein kinase activity profiling as potential biomarker
for Alzheimer’s disease. in preparation
Rosenberger AFN, Hilhorst R, Hoozemans JJM, van der Vies SM (2016) Protein kinases
orchestrate early pathological events in Alzheimer’s disease. review in preparation
Rosenberger AFN, Coart E, García Barrado L, de Wijn R, Rozemuller AJM, Scheltens
P, Ruijtenbeek R, Hoozemans JJM, van der Vies SM, Hilhorst R (2016) Protein kinase
activity profiling reveals Braak stage depending inhibitor effects in the hippocampus of
Alzheimer’s disease patients. in preparation
211
LIST OF AFFILIATIONS
Piet J Boender, PamGene International BV, Wolvenhoek 10, 5211 HH ‘s-Hertogenbosch,
The Netherlands
Elisabeth Coart, International Drug Development Institute, Avenue Provinciale 30,
1340 Louvain-la-Neuve, Belgium
Wiesje M van der Flier, Alzheimer center & Department of Neurology, Department
of Epidemiology and Biostatistics, Neuroscience Campus Amsterdam, VU University
Medical Center, De Boelelaan 1118, 1081 HZ Amsterdam, the Netherlands
Leonardo
García Barrado, International Drug Development Institute, Avenue
Provinciale 30, 1340 Louvain-la-Neuve, Belgium
Wouter H Gerritsen, Department of Pathology, Neuroscience Campus Amsterdam, VU
University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
Elise S van Haastert, Department of Pathology, Neuroscience Campus Amsterdam, VU
University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
Riet Hilhorst, PamGene International BV, Wolvenhoek 10, 5211 HH ‘s-Hertogenbosch,
The Netherlands
Jeroen JM Hoozemans, Department of Pathology, Neuroscience Campus Amsterdam,
VU University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
Tjado HJ Morrema, Department of Pathology, Neuroscience Campus Amsterdam, VU
University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
Faris Naji, PamGene International BV, Wolvenhoek 10, 5211 HH ‘s-Hertogenbosch, The
Netherlands
Andrea FN Rosenberger, Department of Pathology, Alzheimer center & Department
of Neurology, Neuroscience Campus Amsterdam, VU University Medical Center, De
Boelelaan 1118, 1081 HZ Amsterdam, the Netherlands
Annemieke JM Rozemuller, Department of Pathology, Neuroscience Campus
Amsterdam, VU University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam,
the Netherlands
212
Philip Scheltens, Alzheimer center & Department of Neurology, Neuroscience Campus
Amsterdam, VU University Medical Center, De Boelelaan 1118, 1081 HZ Amsterdam,
the Netherlands
Hripsime Snkhchyan, Department of Pathology, Neuroscience Campus Amsterdam, VU
University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
Charlotte E Teunissen, Neurochemistry Laboratory and Biobank Department of
Clinical Chemistry, Neuroscience Campus Amsterdam, VU University Medical Center,
De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
Saskia M van der Vies, Department of Pathology, Neuroscience Campus Amsterdam,
VU University Medical Center, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam, the Netherlands
213
LIST OF ABBREVIATIONS
aa
Amino acid
A
Amyloid beta
A Os
Amyloid beta oligomers
Abl
Abelson murine leukemia viral oncogene tyrosine kinase
AD
Alzheimer’s disease
ADP
Adenosine di-phosphate
AGC
A, G and C kinase superfamily
Akt
RAC-alpha serine/threonine-protein kinase (aka PKB)
AMPK
AMP-activated protein kinase
AMPAR
-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid receptor
ANOVA
Analysis of variance
aPK
Atypical protein kinase
ApoE
Apolipoprotein E
APP
Amyloid precursor protein
ATCC
American Type Culture Collection
ATM
Ataxia telangiectasia mutated kinase
ATP
Adenosine Triphosphate
BARK
Beta adrenergic receptor kinase
BBB
Blood-brain barrier
Bcr
Breakpoint cluster region protein
BLAST
Basic Local Alignment Search Tool
Brk
Breast tumor kinase (aka tyrosine protein kinase 6)
BSA
Bovine serum albumin
CA1-4
Cornu Ammonis region 1-4 of the hippocampus
CAA
Cerebral amyloid angiopathy
CAK
Cell adhesion kinase
CaMK
Calcium/cadmodulin-regulated kinase
CaMKK2
Calcium/cadmodulin-regulated kinase kinase 2
capCAA
Capillary cerebral amyloid angiopathy
CASK
Calcium/Cadmodulin-dependent serine protein kinase
CCD
Charge-coupled device
CCL2
Chemokine (C-C motif) ligand 2 (aka MCP-1)
CD33
Cluster of differentiation (designation) molecule 33
Cdk5
Cyclin-dependent kinase 5
CERAD
Consortium to establish a registry for Alzheimer’s disease
CK1
Protein kinase CK1 (former casein kinase 1)
CK2
Protein kinase CK2 (former casein kinase 2)
CLK
CDC-like kinase 1
CLU
Clusterin (apolipoprotein J)
214
CNS
Central nervous system
CON
Control
CR1
Complement component 3b/4b receptor 1
CREB1
cAMP-response element-binding protein 1
CRPC
Castration-resistant prostate cancer
CSF
Cerebrospinal fluid
CSNK2A1
casein kinase II (CKII) subunit
CTRL
Control
CX-4945
5-(3-Chlorophenylamino)-benzo[c][2,6]-naphthyridine-8-carboxylic
gene
acid
DAB
Diaminobenzidine
DAG
Diacylglycerol
DG
Dentate gyrus
DMEM
Dulbecco’s modified eagle’s medium
DMSO
Dimethylsulfoxide
DTT
Dithiothreitol
Dyrk1A
Dual-specific tyrosine regulated kinase 1A
ECL
Enhanced chemiluminescence reagent
EDTA
Ethylenediaminetetraacetic acid
eEF2K
Eukaryotic elongation factor-2 kinase
EGFR
Epidermal growth factor receptor
EICD
EphA4 intracellular domain
ELISA
Enzyme linked immuno-sorbent assay
EOAD
Early-onset Alzheimer’s disease
EphA1
Erythropoietin-producing hepatocellular (Eph) receptor A1
EphA4
Erythropoietin-producing hepatocellular (Eph) receptor A4
EphB2
Eph receptor B2
ePK
Eukaryotic protein kinase
EPOR
Erythropoietin receptor
ErbB2
v-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2
ERK1/2
Extracellular-signal-regulated kinase 1/2
ESR1
Estrogen receptor 1
EV
Envision method
F
Female
FAEC
Fully activated empty chip
FAK1/2
Focal adhesion kinase 1/2
FBS
Fetal bovine serum
FCS
Fetal calf serum
FDR
False discovery rate
Fer
Fps/Fes related tyrosine kinase
215
FES
Feline sarcoma oncogene kinase
FITC
Fluorescein isothiocyanate
FLT1
Fms-like tyrosine kinase 1
FMS
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor (MCSF1R)
FRAP
FKBP12-rapamycin-associated protein (mTOR)
FRK
Fyn-associated tyrosine kinase
FTLD
Frontotemporal dementia
Fyn
Proto-oncogene tyrosine protein kinase Fyn
GCN2
General control nonderepressible 2 kinase
GDS
Global deterioration scale of Reisberg
GFAP
Glial fibrillary acidic protein
GL
Granular layer
GLP
Good laboratory practice
Glu
Glutamate
GPCR
G-protein-coupled receptor
GPRK5
G-protein-coupled receptor kinase 5
Gsk3
Glycogen synthase kinase 3 beta
GTP
Guanosine-triphosphate
GWAS
Genome-wide association study
HeLa
Henrietta Lack’s immortal cell line
HPRD
Human protein reference database
HRI
Heme-regulated eukaryotic initiation factor eIF2 kinase
HRP
Horseradish peroxidase
HSYA
Hydroxyl-safflor yellow A
IFN-
Interferon gamma
IGF1R
Insulin-like growth factor 1 receptor kinase
IgG
Immunoglobulin G
IHC
Immunohistochemistry
IL-1
Interleukin 1 beta
IL-6
Interleukin 6
ILK
Integrin-linked kinase
IRAK1/4
Interleukin-1 receptor-associated kinase 1/4
JAK1/2
Janus kinase 1/2
JNK
c-Jun N-terminal kinase
kDa
Kilodalton
KID
Protein kinase immunodepletion
Lck
Lymphocyte-specific protein tyrosine kinase
LIMK2
LIM domain kinase 2
LKB1
Liver kinase B1 (aka Serine/threonine kinase 11)
LOAD
Late-onset Alzheimer’s disease
216
LPR
Liquid permanent red
LPS
Lipopolysaccharide
LRRK2
Leucine-rich repeat kinase 2
LTP
Long term potentiation
Lyn
Lck/Yes novel tyrosine kinase
M
Male
MAPK
Mitogen-activated protein kinase
MAP3K5
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
(aka apoptosis signal-regulating kinase 1)
MAPKAPK2
Mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 2
MAPT
Microtubule-associated protein tau
MARCKS
Myristoylated alanine-rich C-kinase substrate
MARK1-4
MAP/Microtubule affinity-regulating kinases 1-4
MCI
Mild cognitive impairment
MCP-1
Monocyte chemotactic protein 1
MLKL
Mixed lineage kinase domain-like
MMSE
Mini-mental state examination
MOK
MAPK/MAK/MRK overlapping kinase
M-PER
Mammalian protein extraction reagent
mRNA
Messenger ribonucleic acid
mTOR
Mammalian target of rapamycin
MTDD
Multitarget drug discovery
MTT
3-(4,5-diMethylThiazol-2-yl)-2,5-diphenylTetrazolium bromide
MUSK
Muscle-specific kinase
NA
Not available
NBB
Netherlands Brain Bank
NF- B
Nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells
NFT
Neurofibrillary tangles
NIA-AA
National Institute on Aging – Alzheimer’s Association
NIK
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
(aka NF-Kappa-B-inducing kinase)
NINCDS-ADRDA National Institute of Neurological and Communicative Disorders and
Stroke and the Alzheimer›s Disease and Related Disorders Association
NMDAR
N-Methyl-D-aspartate receptor
not det.
Not determined
NSAIDs
Nonsteroidal anti-inflammatory drugs
NT
Neuropil threads
p38
p38 mitogen-activated protein kinase
PAK1
p21-activated kinase 1
PART
Primary age-related tauopathy
217
PBS
Phosphate buffered saline
PD
Parkinson’s disease
PD(P)K1
3-Phosphoinositide-dependent (protein) kinase 1
PEG
Polyethylene glycol
PET
Positron emission tomography
PI3K
Phosphatidylinositol 3-kinase
PIP2
Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate
PINK1
PTEN induced putative kinase 1
PKA
Protein kinase A
PKB
Protein kinase B
PKC
Protein kinase C
PKG
Protein kinase G
PKR
Pre-apoptotic protein kinase R
PLC
Phospholipase C gamma
PMD
Post mortem delay
PPI
Protein-protein interaction
PS1
Presenilin 1
PS2
Presenilin 2
pTau
Phosphorylated tau protein
PTEN
Phosphatase and tensin homologue detected on chromosome 10
PTK
Protein tyrosine kinase
PTK6
Protein tyrosine kinase 6 (BRK)
RACK
Receptor for activated C-kinase
RAF
Rapidly accelerated fibrosarcoma 1 serine kinase
Ras
Rat sarcoma proteins
Rb
Retinoblastoma
RET
Rearranged during transfection receptor tyrosine kinase
RGC
Receptor guanylate cyclases kinases
ROCK1
Rho-associated, coiled-coil-containing protein kinase 1
ROS
Reactive oxygen species
RSK1
Ribosomal S6 kinase 1
RT
Room temperature
RTK
Receptor tyrosine kinase
S
Serine
SAPK
Stress activated protein kinase
SATA
N-succinimidyl S-acetylthioacetate
SCD
Subjective cognitive decline
SD
Standard deviation
SDS
Sodium dodecyl sulfate
SFKs
Src family kinases
218
SFPB
Serum-free protein blocking
SGK
Serum- and glucocorticoid-induced protein kinase
S6K
p70 S6 kinase
SL
Stratum Lacunosum
SMC
Subjective memory complaints
smMLCK
Myosin light-chain kinase
Sod2
Superoxide dismutase 2
SOP
Standard operating procedures
Src
Proto-oncogene sarcoma protein tyrosine kinase
STAT3
Signal transducer and activator of transcription 3
STE
Homolog of sterile kinases
STK
Serine/threonine kinase
STRING
Search Tool for Retrieval of Interacting Genes/Proteins
Syk
Spleen tyrosine kinase
T
Threonine
TAK1
Transforming growth factor beta-activated kinase 1
TBB
4,5,6,7-TetraBromo-1H-Benzoztiazole
TBK1
Tank-binding kinase 1
TBS
Tris-buffered saline
TDP
Transactive response DNA binding protein
TGF-
Transforming growth factor beta
TGFbR2
TGF-beta type 2 serine/threonine kinase receptor
TKL
Tyrosine kinase-like
TNF-
Tumour necrosis factor alpha
TREM2
Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
TRKA
Tropomyosin receptor kinase A
TRKB
Tropomyosin receptor kinase B
tTau
total tau
TTBK1
Tau-tubulin kinase 1
USA
The United States of America
UV
Ultraviolet
VU
Vrije Universiteit Amsterdam
VASP
Vasodilator-stimulated phosphoprotein
WB
Western blotting
Y
Tyrosine
ZAP70
Zeta-chain-associated protein kinase 70
219
ACKNOWLEDGMENTS
Surround yourself with people who believe in you, support and inspire you,
not the ones who say ‘you can’t’.
This is probably the most read part of my thesis and likely the second (and last) after
the title page. Therefore, I will do my best to make my colleagues, collaborators, friends
and family proud. Just know, even if your name is not listed here, I am grateful for your
support during the last 5 years.
First and foremost, I am grateful to the patients for letting us use their brain fluid
(CSF) and private information and who donated their brains. Without them, we wouldn’t
be able to conduct our research. A special thanks to Charlotte Teunissen and the
NUBIN CSF bank for the supply of CSF samples for my studies. Also, to the Nederlands
Brain Bank for providing brain tissue, especially to Michiel Kooreman for helping with
patient data.
I would like to express my deepest gratitude to my promotors Saskia and Philip and my
co-promotors Jeroen and Riet for giving me the opportunity to be part of their teams and
for their continuous support during the last years.
Dear Saskia, we have been through a lot together. You challenged and encouraged me
even-handedly and played an essential role in forming the person I have become. I can’t
put into words all the lessons I have learned from your tough love. Especially during
difficult phases, I could always count on your support. You always made time for me
when I needed help and I am honoured to have had such a strong female leader as my
promotor.
Dear Philip, when we first met, I immediately valued your charisma and your fantastic
sense of humour. Notwithstanding that you have countless responsibilities, you always
made time for me and my concerns and I can’t thank you enough for the confidence you
had in me and for giving me the opportunity to be part of your outstanding team at the
Alzheimer center.
Dear Jeroen, I learned so much from you. Not only scientifically, but also how to be
convincing and respected without negativity. Your kind nature and generosity in sharing
knowledge and materials, the way you handle the students, your integrity and dry sense
of humour made it a pleasure to share an office with you.
220
Dear Riet, you are so much more than a co-promotor to me. In you, I found a
nederlandse moeder and I will miss working with you the most. I am impressed by your
vast knowledge and relentlessness when it comes to ‘digging through the data’. I also
have the utmost respect for your social skills.
Thank you Annemieke and Wiesje for your precious input and suggestions and for
sharing your expertise and knowledge with me. Elise, Marlies and Wouter you are
the backbone of our Pathology lab. You deserve special thanks for your patience in
explaining the diverse procedures to me and for helping with the tissue samples. You
always had an open ear for trouble-shooting and helping hands when the weeks were
too short.
David, with your calm nature and wicked sense of humour you kept me going. How
awesome that we shared similar experiences as PhD students. It was a pleasure working
with you and to meet your (not so imaginary) family. Hripsime, thank you for the warm
hugs and don’t forget: ‘Life is like a zebra! And if you get on the donkey it is one shame,
Sandra, thank you for your support
throughout the years, I admire you. Sietske, Betty, Sofie, Marissa, Sander, Maja, Rik,
Lieke, Christiane, Argonde, Willem, Lieza and all the other AC colleagues: What a
great time we had in Vancouver and Copenhagen at the AAIC.
In addition, I want to thank my PamGene family for their scientific input and friendship.
Without you guys, I couldn’t have done it. Thank you, for your constant and invaluable
support. Faris (fashion twins), Savi (turkish pizza), Niek (lab buddies), Lies (travels
and SOPs), Rik (bioinformatics mastermind), Rene (Game of thrones), Rob (Syk,
motivation), Arjé (motivation, curiosity), Diana (sample storage and sugarfree cake),
Rinie (thinking outside the box), Adrienne (series, dogs), Almar (technical support and
Vienna), Iskander (production, green cake), Piek (running), Mostafa (support), Monique
(antibodies and relationships), Liesbeth (flipping the plate master), Karin (logistics),
Martijn (cookies and sales), Dirk (GeneGO), Theo (surprise), Piet (KID), Hans (IT) and
all the others.
I owe gratitude to our students. Tjado, without you, no Chapter 3. Beer is on me!
Sjoukje, Marloes and Roxanna, thank you for your contribution to this thesis. Denise,
Vera and Marina, thank you for the good times in the lab.
Astrid, I admire your networking and leadership skills. Our friendship has grown and
blossomed over the years and I am grateful for your continuous support and help. I
can’t wait to meet the little human you made. Ingrid, thanks to you I’ve changed so
much and you showed me a whole new world (of IBP). Special thanks to Joe, Manfred,
221
Yvonne, Eli, Andrea, Anna Lena, Annemieke (buvy), Pasquale, Marina, Simone,
Eliška, Filippo, Yuri, Markus and Linda. Meeting you has touched my heart. Thank
you for staying close, no matter where you are in the world. It made all the difference.
For emotional, financial and moral support, I thank my parents and grandparents. My
family has always encouraged my dreams and aspirations which I am deeply grateful
for.
222
CURRICULUM VITAE
Andrea Friederike Nina Rosenberger was born on 5th of April
1985 in Vienna, Austria. From a young age she loved reading and
travelling and organized her own birthday parties. In 2003, she
graduated and started studying Biotechnology at the University
of Natural Resources and Life Sciences in Vienna. The topic of her
master thesis was Xylosylation in Trichomonas vaginalis. Whilst
undertaking her studies, she worked at Biovertis for 2 years.
Then she conducted research at the Department of Physiology,
Pathophysiology and Immunology of the Medical University of Vienna. The goal was to
identify candidate pharmacological chaperones and anti-chaperones from classes of
target specific ligands.
After finishing her MSc (DI) in 2010, Andrea spent 4 months in Dundee, Scotland, where
she joined the Lamond lab and researched ageing (Gene Regulation and Expression).
The project focused on in vitro splicing and purification of HisUbi HeLa cells (Exo70).
In the following 10 months, she gave a talk at a Parasitology conference in Melbourne
and travelled around the world by herself. Visited countries included New Zealand,
Fiji, Australia, Thailand, Malaysia, Singapore, Mexico, Guatemala and Belize. Mid
2011, Andrea started her PhD (onderzoeker in opleiding) at the Alzheimer center and
Department of Pathology of the VU Medical Center in Amsterdam. During her PhD,
she closely collaborated with two companies (IDDI, International Drug Development
Institute and PamGene International B.V.
In 2012, she received the Life Science Award for public-private partnership from
Johnson&Johnson (Janssen). During the work on her PhD, Andrea accomplished the
Nederlandse Staatsexamen and the European Business Competence Licence Certified
Manager Level A-C.
223