Transcript Array als stand-alone test bij invasieve prenatale diagnostiek

Klinische Genetica
Vooraanstaand in erfelijkheidsvraagstukken
Array als test bij invasieve prenatale diagnostiek
NIPT symposium 31 maart 2014
Karin Diderich, klinisch geneticus
NIPT
Trisomie 21, 18 en 13
Geen miskraamrisico
NIPT vs. invasieve PND I
Trisomie 21, 18 en 13
RAD
Geen miskraamrisico
Miskraamrisico
NIPT vs. invasieve PND II
Trisomie 21, 18 en 13
Array
Geen miskraamrisico
Miskraamrisico
Array na invasieve PND
Van chromosoom naar array
Resolutie: Karyotypering ~5-10Mb => Array ~0,5 Mb
Array
llumina HumanCytoSNP-12 Array
300.000 markers, meestal SNPs (Single Nucleotide Polymorphism)
Array: moleculair karyogram
LogR
BAF
22q11 microdeletie syndroom
22q11 microdeletion syndrome
(~3Mb)
q Karyotyping (5-10Mb) –
microdeletion not detectable
q FISH 2 probes
q MLPA ~14 probes
q ARRAY ~400 probes
Waarom array i.p.v. karyotypering?
Betere diagnostiek
•  Hogere resolutie (ook detectie van submicroscopische
afwijkingen)
•  Slechts 1 test
•  Kortere uitslagtermijn (ongekweekt materiaal)
o  Minder afhankelijk van omgevingsfactoren
o  Minder arbeidsintensief
o  Beter te automatiseren
Tijdspad
Vanaf januari 2010 array voor diagnostiek bij echo-afwijkingen
aCGH (Agilent 105K/180K), op gekweekt VW/LTC-villi
Vanaf september 2010
SNP array (HCS Illumina), op ongekweekte VW cellen/LTC-villi
Vanaf 1 juli 2012 SNP array voor ALLE indicaties,
op ongekweekte VW en mesenchymale kern van CV
De dagelijkse praktijk
•  Rapid Aneuploidy Detection op verzoek gynaecoloog (ETS
> 1/50, AMA> 40, echo, etc)
•  Indien RAD normaal: array op ongekweekt materiaal
•  Uitslagtermijn 2 weken
•  2x RAD per week (ma->wo; wo->vr)
•  2x array per week
SNP array prenataal
Verschillende typen uitslagen mogelijk:
Pathogenic: causative findings
Pathogenic: unexpected diagnosis
Casus 1
Indicatie voor prenatale diagnostiek: schisis
Amniocentesis bij 21 weken AD
Uitslagen cytogenetica:
RAD: normaal vrouwelijk
karyotypering: 46,XX
Postnataal: bilaterale schisis en dysmorfieën
Consult klinische genetica:
DD Wolf-Hirschhorn syndroom
Wolf Hirschhorn syndroom
Tyische kenmerken: IUGR, microcephalie, verstandelijke beperking,
aangeboren afwijkingen, gehoorverlies ~40%, epilepsie
Array uitslag
8,3Mb loss in 4p16: Wolf-Hirschhorn syndrome
SNP array prenataal
Verschillende typen uitslagen mogelijk:
Pathogenic: causative findings
Pathogenic: unexpected diagnosis
Casus 2
Indicatie: afwijkende ETS: verhoogd risico op T21 van 1:68, NT 2.5 mm
Array op vlok: een afwijkend mannelijk profiel met een 428kb homozygote
deletie in band Xp21.1.
Het gedeleteerde gebied omvat ongeveer de exonen 51 tot 61
van het Duchenne muscular dystrophy (DMD) gen.
Spierdystrofie van Duchenne
In 1868 beschreven door de Franse arts Duchenne
Frequent voorkomende erfelijke ziekte:
1 op 3500 - 4000 jongens
SNP array prenataal
zwangeren met indicatie
leeftijd
verhoogd risico ETS (- verdikte NT)
hebben bevolkingsrisico op microdeleties / microduplicaties
Detectie extra ziekteveroorzakende genetische afwijkingen:
~1%
NIPT vs. invasieve PND
Trisomie 21, 18 en 13
RAD, karyogram, array
Geen miskraamrisico
Miskraamrisico
Klinische Genetica, prenatale genetica
Laboratoriumspecialisten Klinisch genetici
Psycholoog
Mw. dr. D. van Opstal
Mw. dr. K.E.M. Diderich Mw. dr. S.R. Riedijk
Mw. dr. M. Srebniak
Mw. dr. L.C.P. Govaerts
Mw. dr. F.A.T. de Vries
Mw. dr. A.M.S. Joosten
Dr. R.J.H. Galjaard
Mw. G. G. Oudesluijs
Dr. R.J.H. Galjaard