Transcript 4. Struktur, Bentuk dan Informasi makromolekul Struktur Makromolekul 1. 1. 2. 3. 2. 3. Pengantar Struktur dan kereaktifan asam amino Pengantar Struktur dan kereaktifan protein Pengantar Struktur asam nukleat Protein sebagai biokatalis Pengantar.

4. Struktur, Bentuk dan
Informasi makromolekul
Struktur Makromolekul
1.
1.
2.
3.
2.
3.
Pengantar Struktur dan kereaktifan asam amino
Pengantar Struktur dan kereaktifan protein
Pengantar Struktur asam nukleat
Protein sebagai biokatalis
Pengantar Informasi genetika
10/31/2015
KI-1213-2
3
Struktur & Kereaktifan Asam
Amino

Asam amino:
◦ Struktur umum & penamaan
◦ Zwiter ion dan kelarutan
◦ Penggolongan asam amino berdasarkan gugus
R-nya:
 Alifatik, aromatik, siklik, hidroksil/sulfur,
asam,basa, netral
 L-asam amino merupakan asam amino yang
banyak di alam.
 20 aa. Penyusun protein
10/31/2015
KI-1213-2
4
Struktur dan Kereaktifan Protein



Protein: merupakan polimer kondensasi dari aa.
Polimerisasi ini terbentuk melalui ikatan peptida.
Sifat ikatan peptida
Organisasi struktur protein:
◦
◦
◦
◦
Struktur primer
Struktur sekunder : -Helix, -pleeted sheet
Struktur tersier
Struktkur kuarterner : Globular, serabut
10/31/2015
KI-1213-2
5
Struktur dan kereaktifan Asam
Nukleat

Molekul penyusun asam nukleat
◦ Basa nitrogen
◦ Gula
◦ Gugus fosfat
Nukleosida dan Nukleotida
 Asam nukleat merupakan polimer
kondensasi dari nukleotida
 Arah kepolaran asam nukleat

10/31/2015
KI-1213-2
6
Gula penyusun asam
nukleat
Ribosa,
penyusun asam
ribo nukleat
(Ribonucleic
acid= RNA)
 Deoksi-ribosa,
penyusun asam
deoksi-ribo
nukleat (Deoxyribonucleic acid=
DNA)

10/31/2015
KI-1213-2
7
Nukleosida dan
Nukleotida



ribosa/deoksi ribosa
bergabung dengan basa
N, membentuk nukeosida
(adenosin/ deoksiadenosin, uridin, Timidin
guanosin/ deoksi
guanosin, Sitidin/deoksi
sitidin
Nukleosida yang
bergabung dengan gugus
fosfat membentuk
nukleotida
Contoh : ATP, GMP
10/31/2015
KI-1213-2
8
Basa N : C, G, A, U
 Untai tunggal
 RNA diperlukan sel dalam sintesis protein:
messenger RNA (m-RNA), transfer RNA
(t-RNA), ribosomal RNA (r-RNA); pada
prokariot.

Asam Ribonukleat (Ribonucleic
acid, RNA)
10/31/2015
KI-1213-2
9
Asam deoksiribonukleat
(Deoxyribonucleic acid, DNA)



Basa Nitrogen penyusun: C,G,A,T
Terdiri dari 2 untai ganda dengan konformasi
heliks ganda. Heliks itu terbentuk sedemikian
rupa sehingga tulang punggung deoksiribosafosfat ada di bagian luar, sedangkan basa N
berpasangan (tak sembarang) di dalam untai.
Arah kepolaran kedua untai itu berbeda satu
sama lain (antiparalel).
10/31/2015
KI-1213-2
10

Definisi:
◦ Merupakan protein
◦ Fungsi: katalis
◦ Sifat: spesifik: bahkan beberapa bersifat
stereospesifik

Penamaan:
◦ Jenis reaksi + akhiran “ase”
◦ Substrat + jenis reaksi + akhiran “ase”


Kofaktor & Koenzim
Penggolongan:
◦ Berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisisnya
PROTEIN SEBAGAI BIOKATALIS
10/31/2015
KI-1213-2
11
Tabel Penggolongan Enzim
10/31/2015
KI-1213-2
12
Kerja enzim
 Model ‘Kunci & anak kunci’ : Emil Fisher
(1894)
 Model ‘Induced-fit’: Daniel Koshland
(1958)

Model Mekanisme Kerja Enzim
10/31/2015
KI-1213-2
13

Reaksi:
k3
E  S  ES 
EP

Pendekatan Kesetimbangan
Kinetika Reaksi Enzim
10/31/2015
KI-1213-2
14
E  S  ES
Pendekatan
Kesetimbang
an
(cepat )
k3
ES 
EP
KS 
[ ES ]
[ E ][S ]
(lambat )
(1)
(2)
Dari pers (2) diperoleh:
V  k3 [ ES ]
(3)
[ Etot ]  [ E ]  [ ES ]
at au[ E ]  [ Etot ]  [ ES ]
(4)
Subst it usi pers (4) ke dalam pers (1) ,
akan didapat kan:
[ES] 
K S ([Etot ][S ])
1  K S [S ]
at au :
[ ES ] 
([Etot ][S ])
1
 [S ]
KS
(5)
Subst it usi pers.(5) ke dalam pers (3),diperoleh:
V  k3
([Etot ][S ])
1
 [S ]
KS
(6)
Jika :
dari pers.(3) dan pada saat [ ES ]  [ Etot ], maka
k3 [ Etot ]  Vmaks ; dan
1
Ks
 KM
maka pers.(6) dapat dit ulis menjadi:
V 
10/31/2015 KI-1213-2
Vmaks [ S ]
............ pers.Michaelis- Ment en
K M  [S ]
15
Penentuan Km & Vm

Berdasarkan pers MichaelisMenten
◦ Kurva antara V terhadap [S]
◦ Pada saat [V] = ½[Vmax], maka:
◦ V= Km
10/31/2015
KI-1213-2
16

Inhibisi Reversibel
◦ Kompetitif
◦ Non Kompetitif

Inhibisi Irreversibel
Inhibisi Enzim
10/31/2015
KI-1213-2
17
Contoh Inhibitor tak reversibel
10/31/2015
KI-1213-2
18
Fungsi Asam Nukleat
Sebagai blue
print suatu
organisme
 Dogma
central
 kodon
 Anti kodon

10/31/2015
KI-1213-2
19