Transcript UPPNEX-SciLifeLab Bioinformatics Forum

UPPNEX-SciLifeLab Bioinformatics Forum
Datum: 2011-05-30
Plats: Scheelerummet, BMC
Närvarande: Ola Spjuth (sammankallande), Jonas Hagberg, Adam Ameur, Markus Rasmussen, Nils-Einar Eriksson, Linnea Smeds, Martin Dahlö, Samuel Lampa, Sebastian DiLorenzo,
Christian Tellgren-Roth, Pall Isolfur Olason, Hannah Hansen Erlandsson
Systemstatus
Jonas rapporterade om systemstatus. Lagring (bubo) och beräkningsresurser (kalkyl ) fungerar
bra. Den nya maskinen(halvan) med 64 cores har blivit uppgraderad till 2 TB. Det nya klustret
som kommer i oktober har fått namnet tintin.
En fråga uppkom angående projektquota, Jonas svar är att vi varit frikostiga hittils och ämnar
vara det tills lagring tar slut. Finansiering är ännu oklar men SNIC har informellt hintat att mer
resurser kommer. När och hur mycket är oklart.
SweStore
Nu har UPPNEX ett konto, det finns en tutorial på Webben hur man med UPPNEX hjälp kan
lagra data på SweStore. Storanvändare uppmanas att nyttja möjligheten.
FIMS
Samuel och Jonas presenterade iRODS, ett regelbabserad system och abstraktion av filsystemet
för att kunna ha metadata för filer och sätta upp regler, t ex en möjlighet är att om filer inte
rörts på X månader så migreras de från UPPNEX till SweStore. Utvärdering och pilotprojekt
pågår.
UPPNEX Webbserver
Martin har utvecklat en export så man kan publicera sina filer från UPPNEX ut på webben och
få en URL som kan matas in i t ex UCSC genome browser. Systemet är funktionellt men server
skall uppgraderas. Martin skall sätta upp tutorial och screencast på UPPNEX webb.
Galaxy
Galaxy (http://main.g2.bx.psu.edu/) är ett workflow-orienterat GUI som körs i browser och
kan ge tillgång till funktionalitet för NGS-analys. Pilotprojekt pågår tillsammans med Roman
på SciLifeLab.
1
2
Övrigt
UPPMAX flyttar alla resurser till ny datorhall enligt följande plan:
• 8 aug: halva kalkyl flyttad
• 15 aug: hela kalkyl flyttad
• 22 aug: halvan flyttad
• 29 aug: Alla UPPMAX-resurser flyttade.
• sept: tintin anländer, sätts upp, och testas
Hannah Hansen Erlandsson från Göteborgs universitet presenterade att man skall köpa in sekvenseringsmaskin och var intresserad att lära sig mer om datahantering och -analys.
Nästa möte
Ola kallar till nästa möte via Doodle efter sommaren.