Transcript Qui fait quoi dans la flore intestinale?

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Qui fait quoi dans la flore intestinale?
Escherichia Coli, une des 200 espèces de bactéries qui peuplent les intestins humains. ARCHIVES
Stéphany Gardier
> Santé Les actions
des bactéries du
microbiote restent
encore mal connues
> Une nouvelle
méthode aide à
mieux comprendre la
fonction de chacune
digestion, ces microbes se sont révé- decine de l'Université de Washinglés, il y a une quinzaine d'années, ton ont développé une nouvelle mé-
bien plus importants qu'il n'y pa- thodologie d'analyse, combinant
raissait. Et l'intérêt que leur portent expérimentation et modélisation
les scientifiques ne se dément pas mathématique. Leur étude, publiée
depuis. De l'obésité à la résistance jeudi dans la revue Science Transational Medicine, a permis d'isoler des
souches bactériennes capables de
moduler l'immunité et le métabolisme de leur hôte.
Le microbiote intestinal humain
devenu un enjeu majeur, avec, en
toile de fond, l'espoir de pouvoir uti- est composé de quelque 200 espèenvers certains médicaments, le microbiote intestinal joue un rôle dans
moult fonctions de l'organisme.
Mieux connaître ces bactéries est
liser ces micro-organismes pour ces de bactéries, dont une petite
Elles sont des milliards, lovées améliorer le bien-être, voire la santé.
dans le corps de chaque adulte, et Maintenant que la quasi-totalité du
pèsent ensemble pas loin de deux génome de chacune de ces bactéries
kilogrammes. Elles, ce sont les bac- a été séquencée, le défi consiste à
proportion seulement diffère entre
les individus. Cette variabilité expliquerait, pour une part, certaines différences dans la capacité de chaque
téries qui constituent la flore intesti- définir le plus précisément possible organisme à faire face aux infecnale, aujourd'hui appelée micro- «qui fait quoi» dans cette commu- tions, à tirer profit des nutriments
biote
intestinal.
Longtemps nauté bactérienne. Pour y parvenir, ou à métaboliser les médicaments.
confinés au statut d'auxiliaires de des chercheurs de la Faculté de mé- L'enjeu est donc, un jour, de pouvoir
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prévenir ou traiter de manière spécifique les patients selon la combi-
après seulement
naison de souches bactériennes 15 jours confirment
qu'ils possèdent, leur «entérotype». la forte influence de
«Nous avons énormément progressé dans la connaissance et la certaines bactéries»
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quel point ces bactéries peuvent
avoir une forte influence sur l'organisme, souligne Joël Doré. Mais il est
frappant de voir que certaines modifications des cellules immunitaires et des adipocytes [les cellules
graisseuses] se retrouvent aussi en
compréhension du microbiote intestinal ces dernières années, dit surer de manière précise l'effet des
n'utilisant que certaines souches
Joël Doré, microbiologiste à l'Insti- bactéries sur leur fonction immunitut national français de recherche taire, leur métabolisme, ainsi que isolées.» Un résultat qui confirme
que le fonctionnement du microagronomique. Pour passer à l'étape leur tissu graisseux.
biote est très hétérogène, certaines
suivante, et pour vraiment avancer
«Face à la complexité du proen direction d'une utilisation théra- blème, tout modèle présente forcé- bactéries étant actives seules, alors
que d'autres ont besoin d'interagir
peutique de ces bactéries, il faut ment des inconvénients, commente
avec leurs pairs.
maintenant que l'on affine notre sa- Joël Doré. Ici, la limite majeure est
L'environnement dans lequel les
voir, et que l'on identifie quelle bac- que seules les bactéries que nous
micro-organismes évoluent, est
térie influence quelle fonction.»
sommes capables de «faire pousser»
En tenant compte du nombre de
souches existant et de la variabilité en laboratoire ont pu être utilisées.
interindividuelle, on mesure l'am- Or, elles ne représentent que 20% de
pleur de la tâche! «L'étude améri- la population du microbiote.»
Les chercheurs ont, certes, tracaine de Science Transational Medicine n'est bien sûr qu'un premier vaillé sur un nombre restreint de ces
pas, mais elle présente le gros avan- micro-organismes. Mais pour se raptage de proposer une méthode élé- procher au mieux des interactions
gante qui diminue la complexité du qui existent entre bactéries dans le
problème», estime Jacques Schren- milieu naturel, ils ont testé différenzel, responsable du laboratoire de tes combinaisons de souches. «Cette
bactériologie des Hôpitaux univer- approche est un peu comparable à
la logique du jeu de réflexion Massitaires de Genève (HUG).
L'équipe à l'origine de cette nou- termind [dans lequel il faut décou-
velle approche n'en est pas à son
coup d'essai. Emmenée par Jeffrey
Gordon, c'est elle qui, en 2004, avait
frappé un grand coup en établissant, chez la souris, un lien entre
également un facteur prépondérant. dl faut être très vigilant sur les
applications possibles de ce type de
travail, prévient Jacques Schrenzel.
Il est difficile de conclure, sur ces
bases expérimentales, que les bactéries se comportent exactement de
la même manière dans leur milieu
naturel.»
S'il faudra encore de la patience
avant que des produits thérapeuti-
ques ciblés à base de bactéries
soient disponibles, le microbiote
démontre déjà certains intérêts cli-
vrir par itérations empiriques une niques. Récemment, Joël Doré et ses
combinaison de pions de différentes collègues ont publié dans Science
couleurs], sourit Jacques Schrenzel. une étude montrant le rôle de cerCela peut paraître simple sur le prin- taines bactéries dans le renforcecipe, mais l'entreprise demande des ment de la réponse immunitaire.
moyens considérables, car le nom- «Chez les patients qui possèdent ces
bactéries intestinales et développe- bre de combinaisons croît très rapiment de l'obésité. Cette fois-ci, les dement, donc aussi la quantité
chercheurs américains ont travaillé d'animaux nécessaires, et d'autant
à partir des microbiotes de cinq plus celle des données à traiter!»
femmes volontaires. Après avoir
Les chercheurs américains ont eu
isolé chaque souche bactérienne et recours à des modèles mathématiles avoir cultivées en laboratoire, ils ques et ont finalement retenu et
les ont transférées chez des souris, testé 94 «cocktails» bactériens hétédites ((germ free» car exemptes de rogènes. Plusieurs se sont révélés
toute bactérie intestinale. Après biologiquement actifs sur les celludeux semaines, les scientifiques ont les de l'immunité, différents pararéalisé de nombreux tests et prélè- mètres métaboliques ainsi que le
vements sur les rongeurs, pour me- développement du tissu adipeux.
«Le fait d'observer des effets sur
l'organisme des souris après seule«Les effets observés
bactéries, l'administration d'antibiotiques pendant une chimiothérapie peut en diminuer l'efficacité,
explique le chercheur. Il serait donc
très utile que le «profilage» bactérien soit intégré dans certains parcours de soins.»
Du côté des HUG, c'est un projet
de transplantation fécale qui est
d'actualité. dl existe des indications
pour lesquelles le transfert de microbiote intestinal a clairement démontré son intérêt thérapeutique»,
indique Jacques Schrenzel. La méthode provoque encore sourire ou
ment deux semaines confirme à dégoût chez certains. Mais le méde-
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est bien décidé à faire le maximum pour que, dans les prochains
mois, des patients atteints de colites
cm
à Clostridium difficile ou de la mala-
die de Crohn, deux maladies inflammatoires de l'intestin, puissent,
accéder à cette option thérapeutique. «Les patients dont la qualité de
vie est très détériorée par ces pathologies auront sans doute peu de difficulté à surmonter cette transplan-
tation, un acte qui n'est finalement
qu'un obstacle lié à nos constructions socioculturelles.»
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