Transcript Bioinformatique

Cours L3 Biologie Cellulaire && Moléculaire
Bioinformatique
Responsable: KERMEZLI Yasmina
2013/2014
Après l’activation des comptes
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Pour voir le travail sans modifications
Pour voir avec modifications
Pour envoyer la séquence à la correction
KERMEZLI Yasmina
Comment peut-on poser des
questions sur le forum ?!!
KERMEZLI Yasmina
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Quelles sont les étapes à suivre
pour annoter une séquence
génomique?!!
KERMEZLI Yasmina
1
La recherche d’ORF
2
Traduction
3
Modélisation 3D
4
Domaine protéique
5
Blast
6
Rapport Taxonomique
7
Homologues
8
Alignement multiple
9
Arbre phylogénétique
10
11
Classification taxonomique
Conclusion
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1
La recherche d’ORF
2
Traduction
3
Modélisation 3D
4
Domaine protéique
5
Blast
6
Rapport Taxonomique
7
Homologues
8
Alignement multiple
9
Arbre phylogénétique
10
11
Classification taxonomique
Conclusion
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Open Reading Frame
Protocole suivi
ORF finder /copier coller la séquence génomique avec la
forme fasta /code génétique standard /cadre de lecture
(1,2, 3)
/any codon pour l’initiation /nombre minimale
d’a.a =60
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Copier
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Coller
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Résultats
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Copier
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Coller
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Il faut refaire le meme protocole pour le
sens indirect
KERMEZLI Yasmina
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1
La recherche d’ORF
2
Traduction
3
Modélisation 3D
4
Domaine protéique
5
Blast
6
Rapport Taxonomique
7
Homologues
8
Alignement multiple
9
Arbre phylogénétique
10
11
Classification taxonomique
Conclusion
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KERMEZLI Yasmina
Sauvegardez à chaque fois
le travail!
KERMEZLI Yasmina
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KERMEZLI Yasmina
Copier la
traduction
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Coller ici
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Copier coller ici
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1
La recherche d’ORF
2
Traduction
3
Modélisation 3D
4
Domaine protéique
5
Blast
6
Rapport Taxonomique
7
Homologues
8
Alignement multiple
9
Arbre phylogénétique
10
11
Classification taxonomique
Conclusion
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KERMEZLI Yasmina
Coller
KERMEZLI Yasmina
KERMEZLI Yasmina
KERMEZLI Yasmina
Supprimez la
description!
KERMEZLI Yasmina
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KERMEZLI Yasmina
Supprimez le codon
stop !
KERMEZLI Yasmina
Voila!
KERMEZLI Yasmina
Vous allez recevoir un mail avec les résultats
KERMEZLI Yasmina
Voici le mail des
résultats
Cliquez sur
ce lien
KERMEZLI Yasmina
Puis ici
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Faites glisser le fichier sur le bureau
KERMEZLI Yasmina
Le logiciel de
visualisation
Le fichier
PDB
KERMEZLI Yasmina
Cliquez ici
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Puis ici
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Après ici
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Et enfin sur ouvrir
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KERMEZLI Yasmina
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KERMEZLI Yasmina
KERMEZLI Yasmina
Mais, comment introduire
ce modèle 3D dans E-gène
??
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KERMEZLI Yasmina
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