Transcript Percent amino acid identity in the A/B domain of CAR and PXR

CAR,PXRのアミノ酸配列によるマルティプルアライメント
CAR,PXRのアミノ酸配列による分子系統樹
Percent amino acid identity in the
A/B domain of CAR and PXR
Percent amino acid identity in CAR and PXR
DBDs
短鎖散在性反復配列（SINE)
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１００－４００ｂｐ程度の短い反復配列
ポリメラーゼⅢスプリットプロモーターを持つ
LINEの増幅機構に便乗して増えている
多くのSINEはｔRNA由来である
LINEよりも起源が新しいものが多い
ポリメラーゼⅢ
スプリット
プロモーター
AAAAAAA
Vic-1のドットブロット ハイブリダイゼーション
ラマ
ビクーナ
ラクダ
ラクダ科に特有の
SINE（Vic-1)
CHR-2のドットブロット ハイブリダイゼーション
ニホンシカ
ウシ
キリン
カバ
カバとクジラに共通のSINE（CHR-2)の発見
カバとクジラの共通の祖先において
CHR-2が分化した
今までの分類学の修正
カバ（偶蹄目）
クジラ（鯨目）
偶蹄鯨目の新設
長鎖散在性反復配列（LINE)
• ゲノム中にほぼランダムに
分布している約６ｋｂｐの反
復配列
• ポリメラーゼⅡプロモーター
を持ち、ゲノム上の遺伝子
と同様にRNAに転写される
• このRNAは自身から翻訳さ
れたタンパク質と会合して
核に戻る
• この複合体はゲノムDNAに
切れ目を入れて、RNAは
DNAに逆転写され、ゲノム
DNA中に挿入される
LINE
ゲノムDNA
転写
LINEのRNA
核外に移行
LINE由来のタンパク質
核内に移行
逆転写されたDNA
ゲノムDNAへの挿入
ＬＩＮＥの構造
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ポリメラーゼⅡプロモーターを持つ
タンパク質に翻訳される２つの領域を持つ
逆転写酵素(pol)をコードしている
ポリAテールを持つ
ポリメラーゼⅡ
プロモーター
ORF1
ORF2(pol)
ＡＡＡＡＡＡ
polyA tail
LINEによる遺伝子重複
• 一部のLINE配列は３‘側が壊れている
• そのためLINEの外側まで転写される
• まれにLINEの外側の遺伝子までゲノム上にコピー
される
３‘側が壊れている
別の遺伝子
LINE
ここまでRNAに転写される
逆転写
コピーされたLINE
重複された遺伝子
別のゲノム領域に挿入される
大野のゲノム４倍化説
各動物のゲノムサイズの比較
各動物のＨＯＸ遺伝子群の比較
• カンブリア初紀の諸動物は共通するゲノ
ムを持っていた
• 脊椎動物のゲノムは、カンブリア紀の無顎
動物またはその直後に２回染色体重複を
起こして４倍体になった
ヒト第６、９、１、１９染色体上に見出される
相同遺伝子
第６染色体
第９染色体
コラーゲン
COL11A2
COL5A1
ノッチホモログ
NOTCH4
NOTCH1
ホメオボックス
PBX2
PBX3
補体因子
C2,C4A,C4B C5,C8G
テネイシン
TNX
HXB
熱ショック蛋白質 HSPA1,1L GRP78
原がん遺伝子
NTRK4
NTRK3
チロシンキナーゼ
JAK2
トロポニン
Fcレセプター
上流刺激因子
安藤ら（１９９７）より改変
第１染色体
第１９染色体
COL11A1
NOTCH2
PBX1
NOTCH3
C3
TNR
HSPA6,7
NTRK1,2
JAK1
TNNI1
FCGR1,3
USF1
HSPF1
TNN3
FCGRT
USF2
Relationship between six chromosomal regions
related to Hox gene cluster in the mouse genome
斬新的進化説と断続平衡説